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Innerhalb der nächsten Wochen versucht die ''Enterprise'' erfolglos Kontakt mit den Xindi aufzunehmen. Captain Archer erhält einen Hinweis, dass sich ein Xindi auf einem Planeten im benachbarten System befinden soll. Der Vorarbeiter auf der Planetenoberfläche gewährt Archer im Austausch von flüssigen [[Platin]] Kontakt zu dem Xindi [[Kessick]]. Allerdings ist dies eine Falle und der Vorarbeiter lässt Archer und Tucker gefangen nehmen. Der Vorarbeiter plant die gesamte Crew der ''Enterprise'' zu [[Sklaverei|versklaven]]. Zur selben Zeit versuchen Archer, Tucker und Kessick aus der Mine zu fliehen. Unterdessen versucht T'Pol eine Rettungsoperation zu planen. Reed hat probleme, dass die neu stationierten [[MACO]]s und nicht sein Sicherheitstrupp diese Mission leiten, doch er fügt sich den Befehl von T'Pol. Reed führt die MACOS und an und begibt sich mit diesen auf die Planetenoberfläche. Die Operation der MACOs ist erfolgreich und Archer und Tucker können gerettet werden. Allerdings wird Kessick tödlich verwundet. Kurz vor seinem Tod gibt der Xindi die Koordinaten der [[Xindus|Xindi Heimatwelt]] preis und Mayweather setzt einen Kurs dorthin. Kurz darauf erreicht die ''Enterprise'' die Heimatwelt der Xindi und findet diese zerstört vor und Archer befiehlt Mayweather einen Kurs zu setzen und tiefer in die Ausdehnung zu fliegen. ({{ENT|Die Xindi}})
Nachdem die ''Enterprise'' durch eine [[Delphische Anomalie|Anomalie]] schwer beschädigt worden ist, findet diese ein treibendes Schiff in der nähreren Umgebung vor. Archer erkundet mit Reed und einigen MACOs das Schiff, doch das Außenteam findet nur eine tote Crew vor. Wenig später wird die ''Enterprise'' ebenfalls angegriffen und die Räuber stehlen einiges von Bord der ''Enterprise''. Reed und die MACOs versuchen die [[Osaarianer]] aufzuhalten, dennoch gelingt ihnen mit Ausnahme von [[Orgoth]] die Flucht. Archer beginnt Orgoth zu verhören, während die ''Enterprise'' das Schiff der Osaarianer verfolgt. Schließlich entdeckt die Crew eine [[Delphische Sphäre|Delphischen Sphäre]] bei der sich die Osaarianer befunden haben. Ein Außenteam fliegt mit einer Fähre in die Sphäre und findet dort die gestohlen Vorräte von der ''Enterprise''. In der Sphäre findet das Außenteam Kontakt mit den Xindi gehabt haben. Archer verhört darauf wieder Orgoth und will sämtliche Informationen über die Xindi. Als sich Orgoth weigert zu reden bringt Archer ihn zur Luftschleuse und senkt dort den Druck. Reed kommt hinzu und fordert den Captain auf, mit dieser Foltermethode aufzuhören, da er Orgoth sonst tötet. Orgoth gibt schließlich nach und übergibt Archer sämtliche Daten über die Xindi die er weiß. Die Enterprise greift wenig später das Schiff der Osaarianer an und es gelingt der Crew die Datenbank der Xindi von den Osaarianern runter zu laden. ({{ENT|Die Anomalie}})
Durch diese Datenbank erhält Archer Informationen über einen Planeten, auf dem sich vor kurzem einige Xindi befunden haben. Archer, T'Pol, Reed und Sato erforschen diesen Planeten. Plötzlich mutiert die [[DNS]] des Außenteams und Reed ist als erstes davon betroffen. Alle mit Ausnahme vom Subcommander werden durch einen Virus in eine andere Spezies, genannt [[Loque'eque]], umgewandelt. Auch T'Pol wird von dieser Umwandlung betroffen, jedoch ist die Mutation bei ihr nicht so umfassend. T'Pol behält, entgegen dem Rest des Teams, die Kontrolle über sich. Sie wird von den drei mutierten Offizieren angegriffen und verliert das Bewusstsein. Als sie wieder zu sich kommt, bemerkt T'Pol, dass sie gefesselt ist. T'Pol kann Archer davon überzeugen, sie frei zu lassen und erklärt ihm ,dass sie auf die ''Enterprise'' zurück müssen. Aber Archer versteht dies nicht, da die drei an einen Ort namens [[Urquat]] hin wollen. Die drei mutierten Offiziere zwingen T'Pol, mit zu kommen. Plötzlich kommt Tucker mit einigen Macos in Raumanzügen auf die Planetenoberfläche und entführt Reed und bringt ihn zurück auf die ''Enterprise'' und Phlox untersucht diesen. Da T'Pol gegen diesen Virus fast immun zu sein scheint, versucht Phlox mit Hilfe ihrer DNS ein Heilmittel zu finden. Plötzlich taucht ein fremdes Schiff auf und ihr Kommandant [[Tret]] warnt die ''Enterprise'' vor dem Virus auf der Planetenoberfläche und das sie jeden Infizierten töten. Phlox gelingt es inzwischen ein Heilmittel zu entwickeln und mit diesen werden Reed und der Rest des infizierten Außenteams behandelt. Nachdem Archer geheilt wurden ist, übergibt er das Heilmittel an Tret. ({{ENT|Transformation}})
Wenig später wollen sich Archer, Reed und Tucker mit dem [[Chemie|Chemiker]] [[B'Rat Ud]], um von ihm die Formel für die Herstellung von flüssigem [[Trellium-D]] zu bekommen. Im Austausch von einigen [Gewürz]en bekommt das Außenteam die Formel. Allerdings ist diese Formel für die Crew nutzlos. Zur selben Zeit gelangt das Sklavenmädchen [[Rajiin]] an Bord der ''Enterprise'' und beginnt heimlich anatomische Daten über die Menschen zu sammeln, damit die Xindi eine Biowaffe bauen können. Kurz darauf dringen einige Xindi auf die ''Enterprise'' ein und trotz der Abwehr von Reed und den MACOS, gelingt es den Xindi Rajiin mit zu nehmen. Bei den Xindi gibt Rajiin ihre gesammelten Daten preis. ({{ENT|Rajiin}})
Wenige Wochen später erhält die ''Enterprise'' einen Notruf vom vulkanischen Raumschiff ''Seleya''. Das Schiff ist in einem [[Asteroidenfeld]] mit hohen Trellium-D-Vorkommen gestrandet. Archer und ein Außenteam fliegen mit einer Fähre zum Schiff, um den Vulkaniern zu helfen. Da T'Pol an Bord der ''Seleya'' gedient hat, begleitet sie das Außenteam, um mit ihren Kenntnissen behilflich zu sein. Außerdem gehören zum Außenteam Reed und einige MACOs. Durch den Einfluss des Trellium-D sind die [[Nerv]]enbahnen der Vulkanier beschädigt worden und in Folge dessen haben diese die Kontrolle über ihre Emotionen verloren. Die Vulkanier an Bord sind nur noch mörderische, aggressive Kreaturen, welche nun das Außenteam umbringen wollen. Das Außenteam kann die Angriffe der Vulkanier vorerst abwehren, allerdings sitzt das Außenteam nun auf der ''Seleya'' fest. Auch T'Pol zeigt Anzeichen von [[Paranoia]] und wendet sich nun gegen die Crew. Diese versuchen nun, auf ihre Fähre zurückzukehren. Archer schickt [[medizin]]ische Daten an Phlox, welcher herausfindet, dass das Trellium am Zustand der vulkanischen Crew schuld ist und dieser nicht rückgängig gemacht werden kann. Auch T'Pol wird immer aggressiver und wendet sich gegen die anderen. Archer muss sie schließlich außer Gefecht setzen, um sie mit zu nehmen. Schließlich erreicht das Außenteam die Fähre und kann entkommen. Die ''Seleya'' wird wenig später mit samt ihrer Besatzung zerstört. Zurück auf der ''Enterprise'' behandelt Phlox die extrem aggressive T'Pol und er kann sie schließlich heilen. ({{ENT|Impulsiv}})
Kurz darauf nimmt ein Fremder namens [[Tarquin]] mit Sato telepathisch Kontakt auf. Sato ruft Reed um Hilfe, doch er kann vorerst nichts vorfinden. Später zeigt Tarquin Sato wo er sich befindet und die ''Enterprise'' fliegt zu seinem Planeten. Tarquin möchte mit Sato eine Beziehung eingehen, doch diese lehnt ab. Später hilt Tarquin der ''Enterprise'' eine Xindi-Kolonie ausfindig zu machen. ({{ENT|Exil}})
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