Einige Zeit später bekommt die ''Enterprise'' den Auftrag [[Botschafter]] [[Kollos]] ein [[Meduser]] zu seiner Heimatwelt zu bringen. Zu seiner Delegation gehören auch [[Miranda Jones]] und [[Lawrence Marvick]]. Bei einem Empfang gerät McCoy mit Jones in eine heftige Diskussion. Er versteht nicht wie eine hübsche Frau wie sie mit so hässlichen Kreaturen wie den Medusen arbeiten und leben kann. Später versucht Marvick den Botschafter der Medusen tötet, doch er wird bei ihren Anblick [[Wahnsinn|wahnsinnig]]. McCoy kann nicht viel für Marvik tun und dieser stirbt wenig später. Marvick hat die ''Enterprise '' vor seinem Tod in die Galaktische Barriere gesteuert, doch mit Kollos Hilfe kann die ''Enterprise'' wieder aus der Barriere entkommen. ({{TOS|Die fremde Materie}})

Kurz darauf erhält die ''Enterprise'' den Auftrag, nach der vermissten [[USS Defiant (NCC-1764)|USS ''Defiant'' (NCC-1764)]] zu suchen. Als die ''Defiant'' entdeckt wird, beamt ein Außenteam, zu dem auch McCoy gehört, an Bord des Schiffes. Dort angekommen, finden sie die gesamte Besatzung tot auf. Aufgrund einer [[Interphasische Spalte]], die die [[Völker des Spiegeluniversums|Tholianer]] im Spiegeluniversum des [[22. Jahrhundert]]s erzeugt haben, befindet sich das Schiff in [[Interphase]]. Durch die Auswirkung der Interphase hat sich die gesamte Crew getötet. McCoy bemerkt als erstes, dass sich das Schiff mitsamt der Crew beginnt sich aufzulösen. Kirk befiehlt sofort auf die ''Enterprise'' zurück zu beamen, doch da die Energie für den Transport nicht ausreicht, bleibt Kirk an Bord der ''Defiant'' zurück. Doch aufgrund der Interphase verschwindet die ''Defiant'', mitsamt Kirk. Die Besatzung beginnt nach ihrem vermissten Captain zu suchen, als plötzlich Chekov beginnt wahnsinnig zu werden und die Crew anzugreifen. Auch weiter Crewmitglieder beginnen aufgrund der Interphase wahnsinnig zu werden und McCoy beginnt verzweifelt nach einem Heilmittel zu suchen. Während seiner Forschung wird McCoy von einen seiner eigenen Pfleger angegriffen, doch McCoy gelingt es diesen zu überwältigen. Spock sucht noch immer nach der vermissten ''Defiant'', als plötzlich die [[Tholianer]] auftauchen und die ''Enterprise'' angreifen. Mit ihren [[Tholianischer Netzspinner]]n spinnen die Tholianer ein Netz um die ''Enterprise'' und diese ist gefangen. Da Kirk nun scheinbar auch nicht mehr gerettet werden kann, hält Spock eine Gedenkfeier für den Captain, an der auch McCoy teilnimmt. Nach der Gedenkfeier will McCoy die Nachricht hören, welche Kirk im Falle seines Todes für Spock und McCoy hinter lassen hat. In dieser Botschaft erklärt Kirk, dass McCoy auf Spock hören soll. allerdings soll sich Spock bei McCoy Rat holen, wenn er diesen benötigt. Darauf entschuldigt sich McCoy für sein Verhalten gegenüber Spock, da er ihm die ganze Zeit die Schuld für den Angriff der Tholianer gegeben hat. Wenig später sieht [[Uhura]] eine Erscheinung von Kirk und sie berichtet dies sofort McCoy, doch dieser glaubt ihr nicht. McCoy vermutet, dass nun auch Uhura unter den Wahnvorstellungen leidet. Wenig später sehen auch weitere Crewmitglieder, darunter auch McCoy die Erscheinung des Captains. Durch die Erscheinung findet Spock einen Weg Kirk zurück zu beamen. Zur selben Zeit findet McCoy ein Heilmittel gegen die Wahnsymptome. Spock gelingt es durch einer Interphasenspalte aus dem Netz der Tholianer zu entkommen und darauf kann Kirk wieder aus der Interphase befreit an Bord gebeamt werden. ({{TOS|Das Spinnennetz}})

Bei der jährlichen Routineuntersuchung stellt McCoy fest, dass er unter [[Xenopolycytemia]] leidet und nur noch ein Jahr zu leben hat. McCoy teilt dies seinen Freund Kirk mit und Kirk meldet dies der Sternenflotte, da er bald einen Nachfolger für McCoy benötigt. Zur selben Zeit entdeckt die ''Enterprise'' einen Asteroiden, welcher droht auf die bewohnte Welt [[Daran V]] zu stürzen. Da Messungen ergeben, dass der Asteroid hohl ist und eine [[Atmosphäre]] besitzt, beamt Kirk mit einem Außenteam auf den Asteroiden. Auch McCoy will mit auf diese Mission, auch wenn Kirk dies zu beginn nicht will. Auf dem Asteroiden wird das Außenteam von den [[Fabrini]] begrüßt, welche ihre Welt [[Yonada|''Yonada'']] nennen. McCoy lernt dort die Hohe Priesterin [[Natira]] kennen. Diese verliebt sich in McCoy. Kirk und Spock finden inzwischen heraus, dass die Fabrini unter der Kontrolle eines Orakels stehen und nicht wissen, dass ''Yonada'' in Wirklichkeit ein Raumschiff ist. Als Kirk und Spock ''Yonada'' verlassen wollen, beschließt McCoy bei Natira zu bleiben. McCoy erklärt ihr, dass er nur noch ein Jahr zu leben hat, aber das ist Natira egal. McCoy geht die Verbindung zu Natira ein und gehört nun zum Volk der Fabrini und steht nun auch unter der Kontrolle des Orakels. McCoy findet einen Weg ''Yonada'' umzulenken, damit diese nicht auf Daran V stürzt. Als McCoy dies der ''Enterprise'' mitteilen will, greift ihn das Orakel an. Kirk und Spock kehren darauf nach ''Yonada'' zurück und deaktivieren die Kontrolle vom Orakel über McCoy. Auch Natira fängt an Kirk und Spock zu glauben, dass ''Yonada'' in Wirklichkeit ein Raumschiff ist. Doch auch diese wird vom Orakel angegriffen. Kirk und Spock gelingt es wenig später das Orakel vollständig zu deaktivieren. Spock findet in dem Archiv des Orakels das vollständige Wissen des Volkes und Spock gelingt es den Asteroiden umzulenken. Zur selben Zeit erkennt Natira, dass McCoy zu seinen Freunden gehört und nicht mit ihr auf ''Yonada'' glücklich werden kann. McCoy bittet sie ihn mit auf die ''Enterprise'' zu begleiten, doch Natira erklärt ihm, dass ihr Volk sie braucht. McCoy kehrt auf die ''Enterprise '' zurück und mit dem Wissen der Fabrini, kann dieser von seiner Krankheit geheilt werden. ({{TOS|Der verirrte Planet}})

Die ''Enterprise'' erhält einige Wochen später einen Notruf vom Planeten [[Beta XII-A]]. Dort soll sich angeblich eine Kolonie der Föderation befinden. Als Kirk mit einen Außenteam auf den Planeten beamt, gibt es jedoch keine Anzeichen einer Kolonie auf dem Planeten. Plötzlich erscheinen einige Klingonen, angeführt von [[Kang]] und machen die Menschen für einen Angriff auf ihr Schiff verantwortlich. In Wirklichkeit ist ein fremdes [[Beta-XII-A-Wesen|Wesen]] für diese Täuschungen verantwortlich.Zusammen mit den Klingonen, beamt das Außenteam daraufhin an Bord der ''Enterprise''. Da das Wesen vom Planeten von Hass lebt, schürt dieses Hass zwischen den Menschen und den Klingonen an. McCoy behandelt dabei die schwer Verwundeten und auch er entwickelt dabei einen starken Hass gegen die Klingonen. Als Kirk mit den Klingonen sogar Frieden schließen will, als McCoy strikt dagegen und Kirk sieht in McCoy nur noch den puren Hass. Kirk und Spock erkennen inzwischen, dass sie durch ein Fremdes Wesen manipuliert werden, welches auch die Verwundeten wieder heilt, damit diese weiter kämpfen können. Als McCoy erkennt, dass er unter der Kontrolle dieses Wesens steht, entschuldigt er sich für sein Verhalten bei Kirk und Spock. Schließlich verbündet Kirk sich mit Kang und zusammen gelingt es, das fremde Wesen schließlich aufzuhalten. ({{TOS|Das Gleichgewicht der Kräfte}})