Nach einem dreimonatigen Exil auf Vulkan wollen sich Kirk und seine Offiziere für ihre Taten vor einem [[Gericht]] verantworten. McCoy gibt dem eroberten Bird-of-Prey den Namen [[HMS Bounty|HMS ''Bounty'']]. Inzwischen hat Spock sein Training vollständig abgeschlossen und hat seine meisten Erinnerungen wieder erlangt, allerdings traut McCoy in Bezug auf seinem Gedächtnis noch nicht. Während die ehemaligen Offiziere zur Erde fliegen, wird der Planet von der [[Walsonde]] bedroht, welche Kontakt zu [[Buckelwal]]en herstellen will. Durch die Kommunikation der Sonde verdampfen die [[Ozean]]e. Spock findet heraus, dass die Sonde mit den Walen in Kontakt treten will, aber die Buckelwale sind im 23. Jahrhundert ausgestorben. Um die Erde zu retten machen Kirk und seine Crew einen Zeitsprung in das Jahr [[1986]]. In der Vergangenheit bekommen McCoy, Scott und Sulu den Auftrag einen Tank in den Bird-of-Prey einzubauen. Während sich Spock und Kirk um die Wale und Chekov und Uhura um die Energie für den Bird-of-Prey kümmern. Damit die Offiziere in dieser Zeit zurecht kommen, besorgt Kirk ihnen erstmal Geld, indem er die Brille welche er von McCoy geschenkt bekommen hat bei einem Antiquitäten Händler verkauft.

Kirk und die anderen Offiziere an Bord der ''Enterprise'' finden heraus, dass einige Offiziere der Sternenflotte und einige Klingonen zusammenarbeiten um den Frieden zwischen der Föderation und den Klingonen zu verhindern. Die ''Enterprise'' fliegt darauf nach [[Khitomer]] um ein weiteres Attentat, diesmal auf den [[Föderationspräsident]]en zu verhindern. Im Orbit von Khitomer, wird die ''Enterprise'' von einen [[Changs Bird-of-Prey|getarnten Bird-of-Prey]] angegriffen. Bei den Kämpfen erleidet die ''Enterprise'' schwere Schäden. Spock rüstet schließlich zusammen mit McCoy einen Photonentorpedo um, damit dieser die [[Plasma]]spur von den Bird-of-Prey aufspüren kann. Der Torpedo detoniert beim Bird-of-Prey und die ''Enterprise'' kann zusammen mit der zu Hilfe geeilten [[USS Excelsior|USS ''Excelsior'']] den Bird-of-Prey vernichten.  Das Außenteam der ''Enterprise'' beamt nach dem Kampf auf den Planeten, um das Attentat zu verhindern. Kirk gelingt es den Präsidenten zu retten, während die anderen Crewmitglieder die Verschwörer verhaften. McCoy verhaftet den romulanischen Botschafter [[Nanclus]], welcher ebenfalls an der Verschwörung beteiligt ist. Kirk und seine Crew werden als Helden gefeiert und die [[Erstes Khitomer-Abkommen|Verträge von Khitomer]] kommen zustande. ({{Film|6}})