Im Jahr [[2254]] lernt der junge McCoy eine Frau namens [[Nancy Crater|Nancy]] kennen und die beiden [[Liebe|verlieben]] sich ineinander. Nancy Crater nennt McCoy während ihrer Beziehung immer [[Pflaume]]. Allerdings trennen sich die beiden [[2256]]. ({{TOS|Das Letzte seiner Art}})

Einige Jahre später will Sternenflotte auf [[Capella IV]] eine medizinische Versorgungstation einrichten. Doktor McCoy, welcher mittlerweile den [[Rang]] eines [[Lieutenant Commander]] hat, nimmt an einer mehrmonatigen Beobachtungsmission teil. In dieser Zeit lernt McCoy viel über die Kultur und Gebräuche der [[Capellaner]]. Allerdings lehnen die Capellaner die medizinische Hilfe der Sternenflotte ab, da bei ihnen das Recht des Stärkeren gilt und sie keine Notwenigkeit von Notwendigkeit in medizinischen Behandlungen sehen. ({{TOS|Im Namen des jungen Tiru}})

Einige Wochen später wird Kirk durch einen [[Transporterunfall]] im [[Orbit]] von [[Alfa 177]] in zwei Personen aufgespalten. Der eine Kirk zeigt nur gute Eigenschaften, wie Liebe, Güte und Vernunft, der andere Kirk zeigt nur böse Eigenschaft wie Hass, Neid und Habgier. Anfangs bemerkt keiner an Bord, dass Kirk in zwei Personen aufgespalten wurde. McCoy bemerkt zuerst das seltsame Verhalten von Kirk, als der böse Kirk zu McCoy kommt und eine Flasche [[Saurianischer Brandy|saurianischen Brandy]] verlangt. McCoy berichtet diesen Vorfall [[Spock]], doch als Spock dies bei Kirk anspricht, weiß er von nichts und hält dies für einen der [[Scherz]]e von McCoy. Zur selben Zeit entdeckt [[Montgomery Scott]], dass der Transporter defekt ist und Personen in zwei verschiedene Persönlichkeiten aufspaltet. Es kommt zu weiteren Zwischenfällen und die Crew entdeckt, dass sich zwei Kirks an Bord der ''Enterprise'' befinden. Später kann der böse Kirk eingefangen werden , McCoy untersucht diesen und studiert auch das Verhalten des bösen Kirks. Später kann Kirk durch den reparierten Transporter wieder vereinigt werden. ({{TOS|Kirk : 2 = ?}})

McCoy muss einige Zeit später bei einer Routinemission auf dem Planeten [[M-113]] den [[Archäologie|Archäologen]] [[Robert Crater]] untersuchen. Auf den Planeten trifft er auch seine ehemalige Geliebte Nancy, welche inzwischen die Frau von Robert Crater geworden ist. McCoy ist nervös , als er seine ehemalige Geliebte wieder sieht und er glaubt vom Aussehen her, dass sie nicht gealtert ist. McCoy hegt noch immer Gefühle für sie. Später kommt es zu einem Todesfall, als ein Crewmitglied auf dem Planeten stirbt und McCoy stellt fest, dass diesem Crewmitglied sämtliches [[Salz]] entzogen worden ist. Es kommt zu weiteren Todesfällen an Bord der ''Enterprise'' und allen Opfern wurde das Salz entzogen. Auf der Planetenoberfläche erfährt Kirk von [[Professor]] Crater, dass Nancy schon seit einem Jahr Tod tot ist. Sie wurde von einem [[Salzvampir]] getötet, welcher das letzte Letzte seiner Art ist. Dieser Salzvampir benötigt Salz zum Überleben und kann jede Gestalt annehmen und hat nun die Gestalt von Nancy Crater übernommen. In der Gestalt von Nancy Crater verführt sie Doktor McCoy und bringt ihn dazu sich schlafen zu legen. Darauf nimmt der Salzvampir die Gestalt von McCoy an. Später erkennt Spock, dass es sich bei McCoy um den Salzvampir handelt. Als der Salzvampir bei McCoy Schutz sucht, nimmt er wieder die Gestalt von Nancy Crater an. Plötzlich erscheinen Kirk und Spock und greifen die falsche Nancy Crater an. McCoy will dies nicht zu lassenzulassen. Doch als dieser sieht , wie der Salzvampir seinen Freund Kirk töten will, ist McCoy gezwungen den Salzvampir in der Gestalt seiner Geliebten zu töten. ({{TOS|Das Letzte seiner Art}})

Einige Zeit später fliegt die ''Enterprise'' zum Planeten [[Psi-2000]], um dort die Wissenschaftler vom Planeten abzuholen. Allerdings findet das Außenteam die Wissenschaftler auf der Oberfläche Tod tot vor. McCoy untersucht später die Mitglieder des Außenteams, allerdings findet er keine Krankheitserreger vor. Später zeigt [[Joe Tormolen]], ein Mitglied des Außenteams, ein seltsames Verhalten und dieser verletzt sich mit einem [[Messer]] selbst. Trotz der leichten Verletzung kann McCoy nichts für Tormolen tun und dieser stirbt wenig später an den Folgen der Verletzung. Mit der Zeit zeigen immer mehr Crewmitglieder an Bord ein seltsames betrunkenes Verhalten an Bord der ''Enterprise'' und McCoy vermutet, dass ein Erreger von der Planetenoberfläche an Bord der ''Enterprise'' gelangt ist. McCoy forscht nach einem Gegenmittel für diese Krankheit und schließlich findet McCoy ein [[Heilmittel]] gegen das [[Psi-2000-Virus]]. Damit kann McCoy die Crew behandeln. ({{TOS|Implosion in der Spirale}})

Wenig später bringt die [[Antares (NCC-501)|''Antares'']] einen Jungen namens [[Charles Evans]]zur ''Enterprise'', welcher 14 Jahre auf dem Planeten [[Thasus]] gelebt hat. McCoy untersucht den Jungen, kann aber nichts vorfinden. Allerdings kann sich McCoy nicht vorstellen , wie der Junge allein auf dem Planeten aufwachsen konnte. Später zeigt der Junge ungewöhnliche Kräfte und McCoy kann sich nicht vorstellen , woher der Junge diese Kräfte hat. Spock vermutet allerdings, dass Charles Evans diese Kräfte von den [[Thasianer]]n erhalten hat, um überleben zu können. Später bestätigt sich Spocks Vermutung. Als jedoch Charles Evans eine zu große Gefahr für die ''Enterprise'' wird, wird dieser von den Thasianer Thasianern zurück nach Thasus gebracht. ({{TOS|Der Fall Charly}})

Einige Wochen später bringt die ''Enterprise'' [[Fracht]] zur [[Strafkolonie]] auf [[Tantalus V]], doch dabei gelingt es einem der Gefangen zu fliehen und an Bord der ''Enterprise'' zu gelangen. Doch der Gefangen wird schnell an Bord aufgespürt und gefangen genommen. McCoy untersucht diesen Gefangenen und er stellt ein seltsames Verhalten des Gefangen fest. Es stellt sich heraus, dass dieser Gefangener Gefangene in Wirklichkeit Doktor [[Simon van Gelder]], einer der Therapeuten von der [[Tantalus-Strafkolonie]] ist. Kirk begibt sich in die Kolonie, um heraus zu findenherauszufinden, was mit van Gelder geschehen ist. Währenddessen behandelt McCoy weiter van Gelder und versucht mit Spock weitere Informationen über die Ereignisse auf Tantalus V zu erlangen. Doch van Gelder ist zu verwirrt um, eine klare Auskunft zu geben. Van Gelder warnt allerdings die beiden, dass sich Kirk auf der Planetenoberfläche in Großer Gefahr befindet. Um eine klare Auskunft zu bekommen, wendet Spock bei van Gelder eine [[Gedankenverschmelzung]] an. Spock erfährt so, dass Doktor [[Tristan Adams]], der Leiter der Kolonie , für den Zustand von van Gelder verantwortlich ist. Mit einem [[Zentralnervensystemmanipulator]] [[folter]]t dieser seine gefangenen Patienten und auch van Gelder ist ein Opfer dieser Maschine geworden. Als Spock erfährt, dass nun auch Kirk von dieser Maschine manipuliert werden soll, dringt ein Außenteam auf die Planetenoberfläche und es gelingt diesen , Kirk zu retten. Allerdings wird Adams Opfer seiner eigenen Erfindung und kommt durch die Strahlung des Zentralnervensystemmanipulators ums Leben. McCoy gelingt es van Gelder von seinem Wahn zu befreien und dieser übernimmt darauf die Leitung der Kolonie. ({{TOS|Der Zentralnervensystemmanipulator}})

Kurz darauf erhält die ''Enterprise'' einen [[Notruf]] von einem Planeten, der genau wie die [[Erde]] aussieht. Kirk und [[Außenteam]] beamen auf dem Planeten , um den Notruf nachzugehen. Der Planet ist aber wie Ausgestorben ausgestorben und das Signal ist nur ein automatischer Notruf. Plötzlich wird das Außenteam von einem [[~/Person/TOS/1x11/23|Jungen]] angegriffen, doch dieser stirbt wenige Momente später. McCoy stellt einen rapiden Alterungsprozess an dem Jungen fest. Schließlich merkt das Außenteam, dass nur [[Kind]]er auf diesen Planeten leben und aller alle Erwachsenen Tod tot sind. McCoy stellt fest, dass alle Erwachsenen durch eine Krankheit gestorben sind, als man versucht hat , die Lebenserwartung auf den Planeten zu erhöhen. Auch das Außenteam wird von der Krankheit befallen, allerdings bekommt das Außenteam Hilfe von einer jugendlichen Namens namens [[Miri]], welche dem Außenteam hilft , ein Heilmittel zu finden. Gemeinsam finden Spock und McCoy ein Heilmittel, allerdings ist den beiden die genaue Dosierung nicht bekannt. Da die Zeit knapp wird , verabreicht sich McCoy eine Dosis und er bricht darauf schreiend zusammen. Doch die Dosis heilt die Krankheit und schließlich können das Außenteam und auch die Kinder behandelt werden. ({{TOS|Miri, ein Kleinling}})

Ende des Jahres nimmt Kirk eine Theatergruppe auf, welche von [[Anton Karidian]] geführt wird. Kirk beginnt sich in dieser Zeit seltsam zu Verhalten und Spock fällt dies auf. Als Spock McCoy darauf anspricht, hält dieser Kirks Verhalten für harmlos. Spock forscht jedoch weiter und vermutet, dass Kirk Karidian für [[Kodos]], auch genannt der Henker, hält. Spocks Vermutung bestätigt sich, als [[Kevin Riley]], welcher ebenfalls Kodos identifizieren kann vergiftet wird. Darauf fängt auch McCoy an Spock zu glauben und beide sprechen Kirk auf Kodos an. McCoy befürchtet, dass sich Kirk an Kodos [[Rache|rächen]] will, da Kodos für den Tod von vielen Menschen verantwortlich gewesen ist. Später kommt es zu einem weiteren Anschlag, diesmal auf Kirk. Allerdings kann sich Kirk im letzten Moment in Sicherheit bringen. Am Ende findet Kirk heraus, dass [[Lenore Karidian]] für die Mordanschläge verantwortlich ist, um ihren Vater Kodos zu schützen. Bei dem Versuch , Kirk zu töten, tötet sie aus Versehen ihren Vater Kodos. ({{TOS|Kodos der Henker}})

Anfang [[2267]] gehört McCoy zu der [[Landetrupp|Forschungsexpedition]], welche mit dem [[Shuttle]] [[Galileo (NCC-1701/7) (2267)|''Galileo'']] den [[Quasar]] [[Murasaki 312]] erforschen soll. Durch [[Ionensturm|Ionische Interferenzen]] muss das Shuttle auf [[Taurus II (Murasaki 312)|Taurus II]] notlanden. Das Shuttle wird schwer beschädigt und kann aus eigener Kraft nicht mehr starten. Spock versucht Kontakt mit der ''Enterprise'' aufzunehmen, aber er scheitert. Scott kümmert sich währenddessen um die Reparatur des Shuttles. Wenig später wird das Außenteam auf der Oberfläche von der [[Bewohner von Taurus II (Murasaki 312)|einheimischen Spezies]] angegriffen und es kommt sogar zu Todesfällen. McCoy ist verärgert über das kalte [[Logik|logische Verhalten]] von Spock. McCoy macht sogar Spock mit seiner Logik für den Tod der Crewmitglieder mit verantwortlichmitverantwortlich. Doch schließlich gelingt es Scott , mit der [[Energie]] aus den [[Phaser]]n das Shuttle wieder flugtauglich zu machen. Allerdings reicht die Energie nur dazu, dass sich das Shuttle kurz im Orbit halten kann. Spock zündet unerwartet den Treibstoff des Shuttles und darauf entdeckt die ''Enterprise'' das abstürzende Shuttle und beamt die Überlebenden an Bord. Nach dieser Mission ist McCoy beeindruckt, dass Spock durch das unerwartete Zünden des Treibstoffes, die Crew gerettet hat. Später berichtet der begeisterte McCoy Kirk , wie Spock mutig mit diesem verzweifelten Schritt die anderen Gerettet gerettet hat. ({{TOS|Notlandung auf Galileo 7}})

Einige Wochen später steht Kirk als erster Captain der Sternenflotte vor einem [[Kriegsgericht]]. Kirk steht unter Verdacht , fahrlässig gehandelt zu haben und somit für den Tod von [[Benjamin Finney]] verantwortlich zu sein. Auf [[Sternenbasis 11]] wird ihm der Prozess gemacht. McCoy gehört zu in dieser Zeit zu den wenigen, welcher zu Kirk steht und er ist sehr verärgert, als ehemalige Kameraden von Kirk, diesen fertig machen beschuldigen wollen. Später , als es zum Prozess kommt, sagt McCoy für Kirk aus. Die Verhandlung läuft jedoch schlecht für Kirk und dieser steht kurz davor Schuldig , schuldig gesprochen zu werden und [[Ehre|unehrenhaft]] aus der Sternenflotte entlassen zu werden. Unerwartet findet Spock heraus, dass Finney seinen Tod nur vorgetäuscht hat und den Computer der ''Enterprise'' manipuliert hat, um sich so an Kirk für sein früheres Verhalten zu rächen. Um dies zu Beweisen wird der Prozess auf die ''Enterprise'' und die ganze Crew wird auf die Sternenbasis verlegt. Da sich Finney noch an Bord der ''Enterprise'' versteckt hält, unterdrückt McCoy mit einem [[Soundabsorber]] die [[Herz]]töne der Anwesenden anwesenden Mitglieder des Gerichts und letztendlich ist nur noch Finneys Herzton zu hören. Kirk spürt darauf Finney im [[Maschinenraum]] auf und anhand der Beweise wird Kirk freigesprochen. ({{TOS|Kirk unter Anklage}})