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Während Kirk, Uhura und Chekov auf den Planetoiden [[Gamma II]] gebeamt werden, verschwinden diese plötzlich. Als Spock mit der ''Enterprise'' den Orbit von Gamma II verlassen will, sind McCoy und auch Scott dagegen, denn die beiden vermuten, dass sich das Außenteam sich noch auf Gamma II befindet. Spock folgt mit der ''Enterprise'' einer Energiespur und das Schiff gelangt so zum Planeten [[Triskelion]]. Dort werden Kirk, Uhura und Chekov als Sklaven gehalten, welche in Spielen gegeneinander Kämpfen müssen. Später gelingt es Kirk die [[Versorger]] zu überzeugen die Sklaven wieder frei zu lassen. ({{TOS|Meister der Sklaven}})
Als sich ein Außenteam auf dem Planeten [[Argus X]] befindet, wird das Außenteam von der [[Dikironium-Nebelkreatur|nebelförmigen Lebensform]] angegriffen. Den Opfern wird sämtliches [[Blut|Hämoglobin]] entnommen. Nur Fähnrich [[Rizzo]] überlebt diesen Angriff und McCoy tut alles, um Rizzos Leben zu retten. Aufgrund des Hämoglobin Verlustes stirbt Rizzo allerdings später. Kirk beginnt sich während der Zeit seltsam zu Verhalten. McCoy und Spock finden schließlich heraus, dass Kirk es bereits mit dieser Kreatur zu tun gehabt hat. Kirk macht sich Vorwürfe, da er damals zu spät reagiert hat das soviele Personen ums Leben gekommen sind. McCoy stellt Kirk schließlich zu Rede und spricht ihn auf sein seltsames Verhalten und seiner Selbstzweifel an. Kirk beginnt wenig später die Nebelkreatur mit der ''Enterprise'' zu verfolgen und anzugreifen. Doch das Wesen dringt in die Enterprise ein und tötet weitere Personen. McCoy macht schwere Vorwürfe das seine Jagd und Kirks Rachdurst soviele Todesopfer gebracht hat. Doch Spock erkennt die Intelligenz dieser Kreatur und sieht eine große Gefahr in dieser. Spock ist nun wie Kirk der meinung, dass diese Kreatur vernichtet werden muss. Darauf tut sich auch McCoy bei Kirk entschuldigen. Später gelingt es Kirk diese gefährliche Nebelkreatur zu vernichten. ({{TOS|Tödliche Wolken}})
Wenig später fliegt die ''Enterprise'' zur [[Sternenbasis 6]], damit sich die Crew dort erholen kann. Allerdings bekommt die ''Enterprise'' den Auftrag nach der vermissten [[USS Intrepid (NCC-1631)|USS ''Intrepid'']] zu suchen. Die ''Enterprise'' findet auf dem Kurs der ''Intrepid'' eine Art Dunkelzone im Weltraum und fliegt in diese hinein. Während die ''Enterprise'' in die Zone rein fliegt, brechen viele der Crew zusammen und werden Ohnmächtig. McCoy kümmert sich in dieser Zeit um die Verletzten. Da sich aufgrund dieser Region die Crew immer schwächer wird, verabreicht McCoy einige Injektionen, welche die Crew wieder zu kräften bringen soll. Später stellt sich heraus, dass eine riesige [[Weltraumamöbe]] für diese Zone und der Vernichtung der ''Intrepid'' verantwortlich ist. Da die Weltraumamöbe eine große Gefahr für die Galaxie darstellt, erklärt sich McCoy sofort bereit mit einen Shuttle in die Amöbe hinein zu fliegen um diese zu untersuchen. Aber auch Spock meldet sich bereit, obwohl er sich der großen Gefahr, welche von der Amöbe ausgeht bewußt ist, die Amöbe zu untersuchen. Kirk entscheidet sich für Spock, da dieser logischer und rationaler als McCoy denkt und handelt. Spock findet heraus, dass die Amöbe kurz vor einer Zellteilung steht und Kirk ist gezwungen die Weltraumamöbe zu vernichten. Mit Hilfe von Spocks gesammelten Daten findet Kirk eine Möglichkeit die Amöbe zu vernichten. Die Amöbe wird durch eine [[Antimaterie]]-[[Explosion]] vernichtet und die ''Enterprise'' und auch Spocks Shuttle sind dadurch gerettet. ({{TOS|Das Loch im Weltraum}})
Einige Zeit später werden Kirk, Spock und McCoy von [[Bela Okmyx]] auf den Planeten [[Sigma Iotia II]] eingeladen. Doch der Planet wird von Gangstern regiert Okmyx fordert von Kirk Waffen. Als Kirk keine ausliefern will, werden die drei gefangen genommen. Doch den drei gelingt es zu entkommen. McCoy und Spock kehren auf die ''Enterprise'' zurück geraten später aber in eine weitere Falle von Okmyx und werden wieder gefangen genommen. Doch Kirk gelingt es die beiden zu retten. Später bekommt McCoy den Auftrag Okmyx zu bewachen, während Kirk und Spock versuchen eine Einigung zwischen den Gangsterbossen zu finden. Kirk findet schließlich eine Lösung und alle Gangsterbosse arbeiten nun friedlich mit Bela Okmyx zusammen. Später auf der Enterprise stellt McCoy fest, dass er seinen [[Kommunikator]] auf der Planetenoberfläche vergessen hat. McCoy macht sich schwere Vorwürfe, da er weiß das die [[Iotanier]] nund die Technik kopieren können. ({{TOS|Epigonen}})
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{{Dialogzitat|McCoy|Und dabei ist mir was rausgerutscht, was ich nicht sagen wollte.|Kirk|Was denn, Pille?|McCoy|Bitte sag' dem Spitzohr nicht, dass ich gesagt habe, er wäre der beste Erste Offizier der Flotte.|Spock|Wie nett von Ihnen, Doktor.|Kirk|Du warst wohl so sehr mit seinen vulkanischen Augen beschäftigt, dass du nicht an seine vulkanischen Ohren gedacht hast…}} ({{TOS|Spock außer Kontrolle}})
{{Dialogzitat||Als Kirk und Spock in der Krankenstation liegen müssen.|Kirk|Dr. McCoy, es sieht so aus als ob Du Dich an unserm Unglück weidest.|Spock|Es sieht so aus Captain, ich hab' ihn noch nie so glücklich erlebt.|McCoy|Halte die Klappe!|Kirk|Ähh...|McCoy|Pssst!||Alle sind auf der Krankenstation Ruhig|McCoy|Darauf warte ich schon lange, dass ich endlich mal das letzte Wort habe.|Kirk|Das vorletzte.}} ({{TOS|Reise nach Babel}})
{{Dialogzitat|McCoy|Halts Maul, Spock! Wir holen dich raus|Spock|Ich bin Ihnen sehr verbunden … ''Captain'' McCoy.}} ({{TOS|Das Loch im Weltraum}})
{{Dialogzitat||McCoy über Spock|McCoy|Gott, ich mochte ihn lieber, bevor er tot war.}} ({{Film|5}})
{{Dialogzitat|McCoy|Ich sehe keine Spitzen an ihren Ohren, mein Junge, doch Sie reden wie ein Vulkanier!|Data|Ich bin kein Vulkanier, Sir. Ich bin ein Android.|McCoy|Das ist ja beinahe genau so schlimm.}} ({{TNG|Der Mächtige}})