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* Anfang 2372 gerät Chakotay in die Gewalt der Kazon. Janeway beamt wenig später mit einem Außenteam auf die Oberfläche, um nach Chakotay zu suchen, während Paris das Kommando über die Voyager übernimmt. ({{VOY|Der Namenlose}})
* Als man 2372 Captain Janeway und Commander Chakotay nach einem Insektenstich auf einem Planeten zurücklassen muss, erhält [[Tuvok]] das Kommando über die Voyager. ({{VOY|Entscheidungen}})
* Bei dem Angriff der [[Borg]] 2373 wird [[Kathryn Janeway|Janeway]] schwer verletzt und [[Chakotay]] übernimmt das Kommando über die Voyager. ({{VOY|Skorpion, Teil II}})
* 2375 leitet Harry Kim die Nachtschicht. Er glaubt, die Nachtschicht sei eine gute Gelegenheit, Kommandoerfahrung zu sammeln. Kurz daruaf übernimmt auch Fähnrich [[Jenkins (Fähnrich)|Jenkins]] kurz das Kommando ({{VOY|Geheimnisvolle Intelligenz}})
[[Datei:Der Doktor hat das Kommando.jpg|thumb|left|Der Doktor übernimmt das Kommando über die USS Voyager.]]