Hat der Spieler den Simulator nicht manipuliert oder die falsche Entscheidung getroffen so kann er nichts unternehmen um nicht von den Klingonen vernichtet zu werden. Weder das System verlassen, noch die klingonischen Schiffe besiegen.

Es ist möglich vor dem Eintreffen in das System alle Energie auf die Schilde, den Antrieb und den Traktorstrahl zu legen um dann, sofort nach der Ankunft zur ''Kobayashi Maru'' zu fliegen und diese in den Traktorstrahl zu nehmen. In diesem Fall beginnt eine Videosequenz in der die Klingonen den Tanker vernichten.