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Einige Zeit darauf kümmert sich Kira umd die Koordination der Flotten innerhalb der [[Föderationsallianz]]. Kira kümmert sich zusammen mit Cretak, dass die Klingonen und Romulaner zu häufig aufeinander treffen, um Streitereien zu vermeiden. ({{DS9|Unter den Waffen schweigen die Gesetze}})
Kurz darauf wird Worf in den Badlands vermisst und Kira berichtet den anderen davon. Dax stiehlt darauf eigen ein Runabout, um nach Worf zu suchen. Kira meldet dies Sisko, doch Sisko hält sie nicht auf, da Dax ihm das nie verzeihen würde. ({{DS9|Im Ungewissen}})
Dax und Worf sind schon einige Zeit verschollen, als Sisko beschließt Yates zu heiraten. Kai Winn kommt dafür auf die Station und bietet Sisko an die beiden zu trauen. Obwohl die Propheten gegen die Hochzeit sind, lässt sich Sisko schließlich von Amiral Ross trauen. Kira nimmt die Warnung der Propheten ernst und ist auch gegen die Hochzeit, dennoch nimmt sie an der Feier teil. ({{DS9|Bis daß der Tod uns scheide}})
Zur selben Zeit erhält Winn Botschaften von den Pah-Geistern, welche wollen, dass sie sich ihnen anschließt. Da Winn noch nie eine Botschaft von den Propheten erhalten hat, beginnt sie an sich zu zweifeln. Da Winn weiß wie gläubig Kira ist, sucht sie ihren Rat. Winn will die Vergebung der Propheten und Kira rät ihr ihren Ergeiz aufzugeben und als Kai zurück zu treten. Kira weiß, dass ihr Streben nach Macht Winn auf den falschen Weg geführt hat. Doch Winn will ihre Macht nicht aufgeben und will weiter Kai bleiben. Schließlich fühlt sich Winn von den Propheten verraten und schließt sich den Pah-Geistern an, um ihre Macht zu behalten. ({{DS9|Eine sonderbare Kombination}})
Worf und Dax werden inzwischen von den [[Breen]] gefangen genommen und nach Cardassia gebracht. Doch dort werden unerwartet die beiden von Damar gerettet und kehren nach Deep Space 9 zurück, um dort von der neuen [[Dominion-Breen-Allianz]] zu berichten. Währenddessen beginnen die Breen mit einem [[Überfall auf die Erde|Angriff auf die Erde]] und es kommt zu einer Wende im Dominion-Krieg. Kurz darauf greift das Dominion zusammen mit den Breen das [[Chin'toka-System]] an. Die ''Defiant'' nimmt an der [[Dritte Schlacht von Chin'toka|dritten Schlacht von Chin'toka]] teil, um das System zu verteidigen. Bei dieser Mission übernimmt Kira die Conn. Doch mit einer neuen [[Energiedämpfungswaffe]] gelingt es den Breen die Flotte der [[Föderationsallianz]] aus zu löschen. Auch die ''Defiant'' wird bei dem Kampf vernichtet und Kira wird dabei verletzt. Allerdings beginnt nach der Schlacht von Chin'toka Damar mit der [[Cardassianische Rebellion|cardassianischen Rebellion]] gegen das Dominion zu kämpfen und die Föderation hat somit einen weiteren Verbündeten. ({{DS9|Im Angesicht des Bösen}})
====Cardassianische Rebellion====