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Nach dem Rückzug der Cardassianer von Bajor tritt sie die Stelle als Verbindungsoffizier auf [[Deep Space 9|DS9]] an. Dabei geht sie davon aus, dass die [[Bajoranische provisorische Regierung|provisorische Regierung]] sie damit ruhigstellen will. ({{DS9|Der Abgesandte, Teil I}})
[[File:Kira nicht begeistert.jpg|thumb|171x171px|Kira sieht die Anwesenheit der Föderation nur als notwendiges Übel an]]
In mehreren Konflikten ergreift sie nach inneren Kämpfen Partei für die Sternenflotte und wandelt sich zu einer überzeugten Anhängerin eines des Beitritts Bajors zur Föderation. ({{DS9|Die Khon-Ma}})
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Nachdem Sisko sich nach der Schließung des Wurmlochs dazu entschließt ,zur Erde zurückzukehren, übernimmt Kira für die Dauer seiner Abwesenheit [[Feldbeförderung|kommissarisch ]] das Kommando über Deep Space 9.({{DS9|Tränen der Propheten}})
Gleich als Erstes konfrontiert Admiral [[William Ross|Ross]] sie mit dem Wunsch der [[Romulaner]], eine Präsenz auf DS9 zu etablieren. Kira ist skeptisch gegenüber diesen Vorhaben, doch Ross meint, dass ihre Anwesenheit nur temporär sei und es höchstens ein Dutzend Romulaner sein werden. Letztendlich muss sich Kira ihm beugen und es akzeptieren, da die Entscheidung sowieso schon gefällt wurde. ({{DS9|Das Gesicht im Sand}})
====Cardassianische Rebellion====
Kira unterstützt [[2375]] den von [[Legat]] [[Damar]] organisierten Widerstand gegen das [[Dominion]] und ist damit nicht unbeteiligt an der Niederlage des Dominion im [[Dominion-Krieg]]. Um aber Bajor, das eine neutrale Position im Dominion-Krieg eingenommen hat, nicht mit in den [[Krieg]] zu ziehen, verleiht ihr das [[Sternenflottenkommando]] ein [[Offizierspatent]]. Für diese Mission erhält sie den [[Rang]] eines [[Commander]]s. Jedoch bleiben die Cardassianer misstrauisch gegenüber einer, aus ihrer Sicht, ehemaligen Terroristin. Nur Damar kann seine Männer überzeugen, dass ihre Hilfe absolut notwendig ist. Trotzdem bleibt insbesondere sein engster Vertrauter [[Rusot|Gul Rusot]] skeptisch gegenüber Kira. Dies mündet in zahlreichen Provokationen. So weist Rusot sie auf Odos Rolle während der Besatzung hin, die nach ihm der eines Kollaborateurs gleiche, und somit Kira missfallen müsste. ({{DS9|Ein Unglück kommt selten allein}})[[Datei:KiraRusot.jpg|thumb|left|Kira überwältigt Rusot.]]
Weiterhin versucht Rusot immer wieder Kiras aktive Rolle beim Widerstand in ein schlechtes Licht zu rücken, und sie unteranderem unter anderem als Mörderin von hunderten von Cardassianern darzustellen, die sich ihre Halsknochen als Trophäen an den Gürtel hängt. Dies lässt sich Kira nicht gefallen und demonstriert Rusot, warum er sie lieber in Frieden lassen sollte.
Als wichtigster Erfolg Kiras bei der [[Cardassianische Rebellion|Rebellion]] erweist sich der Klau eines [[Jem'Hadar-Angriffsjäger|Jem'Hadar-Angriffsjägers]], der mit der [[Energiedämpfungswaffe]] der [[Breen]] ausgerüstet ist. Jedoch fordert der Auftrag seine Opfer. Beim Versuch sich Kiras zu entledigen, wird Rusot von seinem Freund Damar erschossen, da Rusot mit seinem Wunsch nach der Erhaltung des alten Cardassias nicht mehr für die Zukunft steht. ({{DS9|Kampf mit allen Mitteln}})
[[Datei:Kira_Odo_Verabschiedung.jpg|thumb|Kira verabschiedet sich von Odo - zum letzen Mal?]]
Mit ihrer Errungenschaft und dem bereits unter starken Symptomen leidenden Odo kehren die Rebellen nach Deep Space 9 zurück. Odo kann nicht mehr an den Operationen des Widerstands teilnehmen, sondern braucht die Hilfe [[Julian Bashir|Dr. Bashirs]]. Kira will bei ihrem Geliebten bleiben, doch dieser fordert sie auf zu gehen mit der Begründung, dass sie schon den Tod [[Bareil Antos|Vedek Bareils]] miterlebt hatte, und er ihr das kein zweites Mal zumuten will, sowie dass er nicht als letztes den Schmerz in ihren Augen sehen will. Mit einer Liebesbekundung und einem Kuss verabschieden sich die beiden. ({{DS9|Extreme Maßnahmen}})
Einen herben Rückschlag erlebt ihr Wirken bei einem geplanten Treffen auf [[Cardassia Prime]] mit den potenziellen Dissidenten [[Revok|Gul Revok]], [[Seltan]] und [[Goris|Legat Goris]], die eine nach Damar essenzielle Truppenzahl stellen könnten. Jedoch läuft die ganze Operation schief: Revok entpuppt sich als Verräter und alle Cardassianer, die sich der Rebellion anschließen wollen, werden von den [[Jem'Hadar]] eliminiert. Auch das erbeutete Schiff wird vernichtet. Nur Kira, Damar und [[Garak]] überleben dieses Unglück, gefangen in der Kernwelt des Feindes.