Laut dem [[Khan (Comic)|Comic ''Khan'']] wird Khan nachdem die ''[[Botany Bay]]'' von Admiral Alexander Marcus vorgefunden wird, auf eine geheime Basis im Oribit Orbit von [[Io]] gebracht, wo sein Gedächtnis gelöscht wird und sein Äußeres chirurgisch verändert wird während der Rest seiner Crew nach London gebracht wird. Khan wird erklärt sein Name sei <em>John Harrison</em> und er arbeite für [[Sektion 31]]. Als Grund für seinen Gedächtnisverlust wird ihm eine gescheiterte Mission auf [[Kronos]] genannt. Er arbeitet an dem Schlachtschiff [[USS Vengeance|USS ''Vengeance'']] und verbessert ihre Antriebs und Waffensysteme. Bei einer Undercover-Mission vernichtet er den Klingonischen Mond [[Praxis]] und erinnert sich an seine tatsächliche Identität.