Da Khan vorsorglich sämtliche Beweise für den Start hatte vernichten lassenlässt, wurde wird aus der ''Botany Bay'' und ihrer Besatzung bis zum [[22. Jahrhundert]] ein Mythos. ({{ENT|Die Augments}})

Im Jahr [[2267]] registrieren die [[Sensor]]en der [[USS Enterprise (NCC-1701)|USS ''Enterprise'' (NCC-1701)]] ein kleines Schiff. Als Captain Kirk sich mit einem [[Landetrupp]] auf die ''Botany Bay'' [[Beamen|beamt]], entdecken sie mehrere [[Mensch]]en in Stasis. Durch das Betreten des Schiff wurde wird automatisch ein Programm gestartet, das Khan aus dem Kälteschlaf holen soll, allerdings trifft Kirk aufgrund technischer Probleme die Entscheidung, Khan sofort aus dem Kälteschlaf zu holen. Khan wird in körperlich schlechter Verfassung auf die [[Krankenstation]] der ''Enterprise'' gebracht, wo [[Doktor]] [[Leonard McCoy|McCoy]] schließlich sein Leben rettet.

Während der Reise sind zwölf Stasiskammern ausgefallen. Captain Kirk nahm nimmt die ''Botany Bay'' daraufhin in Schlepptau, um die verbliebenen 72 Menschen an Bord zur [[Sternenbasis 12]] zu bringen. Da es jedoch keine Abfluginformationen zum Schiff gibt und auch die Aufzeichnungen über das 20. Jahrhundert nur fragmentarisch vorhanden sind, dauert es eine Weile, bis die wahre Identität von Khan und seinen Leuten bekannt wird.

Nachdem Kirk kleinbei gegeben hatklein beigibt, steckt Khan ihn in die [[Unterdruckkammer]], um ihn als Druckmittel gegen die [[Liste von Crewmitgliedern der USS Enterprise (NCC-1701)|Besatzung]] einzusetzen. Allerdings ist Lieutenant McGivers nicht bereit soweit , so weit zu gehen und hilft heimlich Kirk aus seiner Gefangenschaft zu fliehen. Letztendlich kommt es bei der Befreiung des Schiffes zum Zweikampf zwischen Khan und Kirk, den Letzterer für sich entscheidet, bevor Khan das Schiff mit einem herbeigeführten [[Warpkernbruch]] zerstören kann.

In der dann folgenden Verhandlung an Bord der ''Enterprise'' werden Khan und seine Männer zum [[Exil]] auf [[Ceti Alpha V]] verurteilt, auf dem Khan und seine Anhänger den Rest ihres natürlichen Lebens verbringen solltensollen. Lieutenant McGivers begleitet Khan auf diese neue Welt. ({{TOS|Der schlafende Tiger}})

Während ihres Exils auf dem unbewohnten [[Planet]]en Ceti Alpha V standen stehen Khan und seinen Anhängern lediglich einige ehemalige Frachtcontainer der ''Botany Bay'' zur Verfügung, die später mit einfachsten Mitteln wohnlich gestaltet wurdenwerden. Nach nur sechs Monaten des Exils ändern sich die Lebensbedingungen rapide, als der Nachbarplanet [[Ceti Alpha VI]] explodiert und so die Umlaufbahn von Ceti Alpha V verschiebt. Nur durch Khans überlegenen Intellekt und die karge Ausstattung der Frachtcontainer gelingt es den Augments zu überleben. Als ähnlich robust erweist sich der [[Ceti-Aal]], der die letzte verbleibende [[Lebensform]] auf dem Planeten darstelltedarstellt. Einige dieser kleinen Kreaturen töten im Laufe der [[Zeit]] 20 von Khans Anhängern, darunter auch Marla McGivers, die er mittlerweile zu seiner [[Ehe|Frau]] gemacht hat.

Im Jahr [[2285]] befindet sich die [[USS Reliant|USS ''Reliant'']] in unmittelbarer Nähe, als sie nach einem geeigneten und unbewohnten Planeten sucht, der als Testgebiet für das geheime [[Genesis-Projekt]] dienen soll. Als sich Captain [[Clark Terrell]] und sein Erster Offizier [[Pavel Chekov]] hinunterbeamen, glauben sie, auf Ceti Alpha VI zu sein. Jedoch treffen beide überraschenderweise überraschend auf Khan, der sie daraufhin gefangennimmtgefangen nimmt. Während des Gesprächs erfährt Khan auch einiges über seinen Erzfeind Kirk, der mittlerweile zum [[Admiral]] befördert wurde. ({{Film|2}})

Da Admiral Kirk weiß, dass er die ''Reliant'' im jetzigen Zustand nicht besiegen konntekann, lockt er Khan in den nahegelegenen [[Mutara-Nebel]], wodurch beide Schiffe nun die gleichen Voraussetzungen haben. Während des Kampfes wird Khan sein zweidimensionales Denken zum Verhängnis. Die ''Enterprise'' kann schließlich mehrere Volltreffer landen und die ''Reliant'' nun kampfunfähig schießen. In dem Wissen, dass er all seine Anhänger verloren hat, aktiviert Khan mit letzter Kraft das Genesis-Projektil, um seinen Erzfeind Kirk mit in den Tod zu nehmen. Khans letzte Worten warensind:

Selbst über seine Flucht und seinen späteren Tod hinaus, hat Khan Noonien Singh Einfluss auf die Menschheit bzw. die Föderation beeinflussen können:

Der [[Genetik]]er [[Arik Soong]] glaubteglaubt, dass man neue [[Augment]]s kreieren könntekönne, die nicht über bösartige Instinkte und Absichten verfügen. Er versuchte versucht daraufhin seine "Kinder", die er aus [[Embryo]]s erschaffen hatte, die er [[2134]] von der Forschungsstation [[Cold Station 12]] gestohlen hatteund aus [[Embryo]]s erschaffen hat, nach dieser Vorstellung zu erziehen. Jedoch scheiterte scheitert er damit, da die negativen Charaktereigenschaften der Augments einfach stärker warensind, als eine klassische Erziehung.

Nach seiner Inhaftierung im Jahr [[2154]] verfolgt er ein anderes Ziel, die Menschheit zu perfektionieren. Anstatt wieder zu versuchen, neue menschliche Augments zu erzeugen, widmete widmet er sich der Schaffung [[Android|künstlicher Lebensformen]]. Sein Nachkomme Doktor [[Noonien Soong]] setzte setzt seine Arbeit weiter fort, bis es ihm gelingt, eine Reihe von Androiden, wie beispielsweise [[Data]] und [[Lore]] zu konstruieren. ({{ENT|Die Augments}}; {{TNG|Das Duplikat}})

Ironischerweise sorgen Khans Handlungen in der [[2285|Vergangenheit]] dafür, dass [[2286]] die [[Erde]] vor den Auswirkungen der [[Walsonde]] gerettet wurdewird. Durch Khans Handlungen kommt eine Ereigniskette zustande, die Admiral Kirk wegen [[Befehlsverweigerung]] ins Exil nach [[Vulkan]] verbannt. Als er sich einige Monate später entschließt, zur Erde zurückzukehren, sind er und seine Crew schließlich die einzigen, die gegen die Walsonde vorgehen können. ({{Film|4}})

Durch das Beispiel Khan wurde wird offensichtlich, dass dringend entsprechende Gesetze geschaffen werden müssen. So existiert im [[24. Jahrhundert]] ein Gesetz innerhalb der Föderation, dass genetische Experimente strikt verbietet. Allerdings gab gibt es mit der [[Zeit]] eine Art Schwarzmarkt für zum Beispiel für Kinder, die nur über verminderte körperliche und geistige Fähigkeiten verfügten verfügen und durch gentechnische Eingriffe „verbessert“ wurden. Zu den prominentesten Personen, die in ihrer Kindheit verbessert worden sindwurden, zählt [[Doktor]] [[Julian Bashir]]. ({{DS9|Dr. Bashirs’ Geheimnis}})