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In der Bar trifft sie später erneut auf Chakotay und lädt ihn zu einer Feier ein, weil sie sich entschlossen hat, mit Jaffen zusammenzuziehen. Chakotay lehnt die Einladung allerdings dankend ab. Daher verbringt sie den Abend mit Jaffen und nimmt ihn in ihr Apartement mit. Dort trifft sie allerdings unversehens wieder auf Chakotay, der angeschossen wurde und sich dort versteckt hat. Dieser bittet sie, ihm Unterschlupf zu gewähren. Janeway willigt ein und macht sich daran seinen Arm zu versorgen. Chakotay Erzählung kann sie jedoch zunächst nicht glauben und reagiert misstrauisch. Nachdem sie allerdings von Seven of Nine angesprochen wird, kommen ihr auch Zweifel und sie bespricht das weitere Vorgehen mit Seven, Paris, Yerid und Jaffen. Sie selbst nimmt mit Jaffen Kontakt zur ''Voyager'' auf und wird von Torres und Kim instruiert die Hauptenergie abzuschalten. Unterdessen kommt es zu einem Schusswechsel und Janeway macht sich daran die Hauptgeneratoren abzuschalten. Als ihr dies gelingt, kann die ''Voyager''-Crew hochgebeamt werden. Sie können allerdings von [[Chakotay]], [[Harry Kim]] und dem [[NKH]] gerettet werden. ({{VOY|Arbeiterschaft, Teil II}})
Als man einen eigenartigen Energiewert registriert, befiehlt Janeway Seven ins astrometrische Labor um diesen näher zu untersuchen. Da man keine anderen Schiffe feststellt, wechselt sie bald das Thema und kommt zu ihrer Überraschungsfeier im Kasino zurück. Wenig später gerät die ''Voyager'' ins Kreuzfeuer eines Langstreckenwaffentests. Daher macht Seven eine Analyse und Janeway nimmt in der Astrometrie mit Tuvok ihren Bericht entgegen. Sie entschließt sich trotz der Gefahr, durch das Testgebiet zu fliegen und meint durch rechtzeitige Warnung Sevens den Kurs rechtzeitig anpassen zu können. Nachdem Seven vorrübergehend nicht auf ihrem Posten war und das Schiff dadurch beinahe von zwei Subraumsprengköpfen getroffen worden wäre, zitiert sie diese in ihren Bereitschaftsraum und stellt sie zur Rede. Seven behauptet, dass sie auf dem Holodeck an einer [[Gravimetrische Phalanx|gravimetrischen Phalanx]] gearbeitet hätte. Janeway weist sie an, sich in Zukunft bei Chakotay abzumelden und bietet ihr ihre Hilfe bei der Phalanx in Zukunft an. Nachdem eine weitere Langstreckenwaffe die ''Voyager'' erfasst, lässt sie ein Ausweichmanöver fliegen. Schließlich entwickelt Seven den Plan, den Detonator aus der Waffe zu beamen, was auch gelingt. ({{VOY|Menschliche Fehler}})
Wenig später erhält die ''Voyager'' ihre erste offizielle Mission seit sieben Jahren zugewiesen. Da sich das Schiff in der Nähe der berechneten Position der Raumsonde [[Friendship 1 ]]befindet, soll sie nach der Sonde suchen und sie bergen. Bei einer Besprechung informiert sie die Führungsoffiziere über ihre Mission. Man folgt dem projizierten Kurs der Sonde zu einem Planeten, der sich in einem nuklearen Winter befindet. In der Astrometrie informiert Seven of Nine den Captain und Chakotay über den Status des Planeten. Janeway schickt ein Außenteam hinunter, dass den Planeten genauer untersuchen soll. Dieses wird jedoch von den einheimischen [[Uxali]] als Geiseln genommen und Janeway beginnt mit deren Anführer [[Verin]] zu verhandeln. Dieser verlangt eine Umsiedlung. Um sich alle Optionen offen zu halten, lässt Janeway Tuvok nach einem Klasse-M-Planeten scannen. Von [[Otrin]] erfährt Janeway, dass sie beim Versuch einen Warpreaktor zu bauen, den Planeten zerstörten. Sie bietet ihm an, seinen Leuten zu helfen. Da eine Umsiedlung der Uxali zum nächsten Klasse-M-Planeten zwei Jahre dauern würde, entschließt sich Janeway weiter zu verhandeln. Um eine andere Lösung für das Problem zu finden, unterhält sie sich erneut mit Otrin und befragt ihn zu seiner Arbeit: Einen Weg zu finden, die Verstrahlung zu beseitigen. Diese Ideen, geben ihr zu der Hoffnung Anlass, dass sie die Schäden beheben können. Daher bespricht sie diese Vorschläge mit Verin. Doch dieser will davon nichts hören. Die Atmosphäre kann durch eine [[isolytische Kettenreaktion]], welche die ''Voyager'' mit modifizierten Photonentorpedos auslöst, wieder bewohnbar gemacht werden. ({{VOY|Friendship One}})