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Wenig später begibt sie sich mit dem Doktor im ''Delta Flyer'' auf eine Außenmission. Als sie gerade versucht, sich im hinteren Teil des ''Flyers'' auszuruhen, singt der Doktor lautstark Opern, weshalb sie ihn kritisiert. Als sie in eine Subraumtubulenz geraten, bietet sie an, das Steuer zu übernehmen, was das MHN jedoch ablehnt. Wenig später wird der ''Flyer'' von einem Raumschiff der Hierarchie angegriffen und Janeway als Geisel genommen. Der Doktor soll so gezwungen werden, den Warpkern der ''Voyager'' auszustoßen und zu übergeben. Als das MHN die Geiselnehmer ruft, um über Details informiert zu werden, fordert Janeway den Doktor auf, die Forderungen nicht zu erfüllen. Dieser missachtet jedoch ihren Befehl. Auf dem Schiff, versucht Janeway inwzischen bei den Entführern Misstrauen zu wecken. Jedoch lässt sich [[Nar]] nicht davon beeinflussen und nimmt auch den Doktor als Geisel, als dieser mit dem Warpkern eintrifft. Anschließend versucht sie den Emitter des Doktors zu modifizieren. Sie werden jedoch von den Entführern unterbrochen, die versuchen das Programm des Doktors umzuprogrammieren, was jedoch Fehlfunktionen verursacht. Sie meint zu den Entführern, dass sie den Doktor zurücktransferieren sollen, da andernfalls sein Programm dauerhaft geschädigt wird. Wenig später greifen der ''Delta Flyer'' und ein Shuttle an, und können die Geiseln befreien. Da durch die Hierarchie das Programm des Doktors beschädigt wurde, denkt er zu dekompilieren, beichtet er Einiges, was er nach der Stabilisierung seines Programmes bereut. Da sich das MHN anschließend auf der Krankenstation versteckt, sucht Janeway ihn auf. Sie will ihn für sein unbotmäßiges Verhalten bestrafen und verurteilt ihn dazu, seinen mobilen Emitter sechs Tage nicht zu nutzen. Da er allerdings die Krankenstation eine Woche lang nicht verlassen hat, hat er die Strafe verbüßt und wird vom Captain auf das Holodeck eingeladen. ({{VOY|Renaissancemensch}})
Als man mit den Sensoren in einem Nebel Anzeichen für Wurmlöcher entdeckt, lässt Janeway den Kurs ändern. Dort angekommen, entdeckt man eine Vielzahl von Borgschiffen. Janeway lässt das Schiff wieder hinausfliegen und nach einem Plan suchen, trotzdem die Wurmlöcher zu nutzen. Bei den Planungen werden sie durch eine sich öffnende Spalte in der Raum-Zeit unterbrochen. Durch diese gelangt ein Shuttle mit Admiral Kathryn Janeway aus der Zukunft in die Gegenwart. Diese befiehlt dem Captain, die Öffnung mit einem Tachyonstrahll zuverschließen, was Janeway auch gelingt. Anschließend fragt sie den Admiral nach Informationen. Admiral Janeway meint zunächst nur, dass sie die Crew nach Hause bringen wird. ({{VOY|Endspiel, Teil I}})
====Spätere Karriere====
{{Alt|In einer dieser alternativen Zeitlinien, welche in der Zukunft spielt, stirbt sie durch diese Anomalie. ({{VOY|Zersplittert}})}}
{{Alt|In einer alternativen Zeitlinie kehrt sie mit der ''Voyager'' nach 22 Jahren in den Alphaquadranten zurück. Zehn Jahre später hält sie als Admiral Vorlesungen an der Akademie der Sternenflotte und wird von Reginald Barclay dazu gebracht, in einem seiner Seminare über die Borg als Lehrkraft zu arbeiten. Nachdem sie einige Fragen der Studenten beantwortet hat, wird sie jedoch aus dem Seminar geholt, da [[Miral Paris]] sie sprechen möchte. Diese informiert sie, dass es ihr gelungen ist, ein Treffen mit [[Korath]] zu arrangieren. Daraufhin begibt sich Janeway zu Tuvok, der geistig verwirrt ist und in einem abgedunkelten Raum Manuskripte verfasst, und verabschiedet sich von ihm. Anschließend lässt sie sich vom Doktor untersuchen, der überrascht ist, dass sie die Untersuchung vorzieht. Außerdem verlangt sie das Medikament [[Chronexalin]], dass gegen [[Tachyonstrahlung]] schützt. Nachfragen des Doktors blockt sie mit Verweis auf Geheimhaltungsvorschriften ab. Anschließend sucht sie Reginald Barclay auf und erkundigt sich nach dem Status eines Shuttles. Dieser meint, dass es einsatzbereit ist und er sie begleiten möchte. Janeway lehnt dies ab und bedankt sich nochmals für seine Hilfe. Anschließend besucht sie das Grab von Chakotay und spricht zu ihrem Ersten Offizier. Sie bittet ihn ihr zu vertrauen und will für sie alle alles besser machen. Reginald Barclay übergibt ihr ein Shuttle, mit dem sie in die Vergangenheit reisen kann. Anschließend trifft sie sich mit Miral Paris und Korath, um ein Tauschgeschäft abzuwickeln. Jedoch fordert Korath den Schildgenerator von Janeways Shuttle als zusätzliche Bezahlung. Als Janeway diesen als unverkäuflich bezeichnet, lässt Korath die Verhandlungen platzen und schickt Janeway zu ihrem Shuttle zurück. Um ihre Mission abschließen zu können, lässt sie Korath ausrichten, dass sie ihm die Schildvorrichtung übergeben wolle. Dieser lässt sie daraufhin das Gerät scannen. Diese Gelegenheit nutzte Janeway um einen Musterverstärker daran zu befestigen und sich mit dem Objekt auf den ''Flyer'' zu beamen. Anschließend setzt sie einen Kurs, wird aber von Harry Kims Raumschiff abgefangen. Sie informiert diesen über ihr Vorhaben, der sie schließlich ziehen lässt.
Auch reist sie selbst, zehn Jahre nachdem sie die ''Voyager'' zur Erde zurückgebracht hat in der Zeit zurück, um ihr früheres Ich mit hochmoderner [[Waffe]]n- und [[Ablativgenerator|Panzerungstechnologie]] auszurüsten, um der ''Voyager'' eine Reise durch einen [[Transwarptunnel]] der [[Borg]] zurück in den Alpha-Quadranten zu ermöglichen. ({{VOY|Endspiel, Teil I|Endspiel, Teil II}})}}