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Während ihres ersten Jahres als [[Commander]] auf der [[USS Billings|USS ''Billings'']] schickt sie ein [[Außenteam]] auf eine Vermessungsmission. Das [[Shuttle]] des Teams wird bei einem Magmaausbruch beschädigt und drei Crewmitglieder werden schwer verletzt. Am nächsten Tag fliegt Janeway selbst auf den Mond, um die Mission zu vollenden. Damit wollte sie der Crew zeigen, dass ihr Leiden nicht vergebens gewesen ist. Im Bestreben nach Wiedergutmachung ignorierte Janeway somit die Gefahr, welche für ihr eigenes Leben bestand.
Solche Vorkommnisse zeigen ihre unorthodoxen Methoden, welche von [[Tuvok]] einerseits als ihre Führungsstärke, andererseits als ihre größte Schwäche angesehen werden. ({{VOY|Nacht}})
Einmal besucht sie eine Konferenz, an der auch [[Lewis Zimmerman]] teilnimmt. Sie wird Zeugin, wie dieser geniale Wissenschaftler dort beinahe jeden Teilnehmer beleidigt. Sie selbst nennt er "Captain Jane", um sie zu ärgern. ({{VOY|Rettungsanker}})
==Auf der USS ''Voyager''==
Als sie durch intensive Recherchen das Geburtsdatum von Tuvok herausfindet, befiehlt sie ihn in ihren Bereitschaftsraum und gratuliert ihm. Sie werden jedoch von Kim unterbrochen, der sie auf die Brücke ruft, weil ein Schiff mit einem Ocampa-Lebenszeichen entdeckt wurde. Auf der Brücke meint Janeway zum irritierten Chakotay, dass sie diese Angelegenheit fast vergessen hätte. Anschließend gibt sie roten Alarm und evakuiert Deck 11. Anschließend lässt sie den Warpkern abschalten und übergibt Chakotay das Kommando auf der Brücke. Mit Tuvok betritt sie den Maschinenraum, nachdem eine Holoaufzeichnung von Kes abgespielt wurde, die ihr älteres Ich überzeugen kann, dass die Crew der ''Voyager'' nicht an ihrem Schicksal schuld ist. Anschließend verabschiedet sie mit Neelix und Tuvok Kes, die nach Ocampa zurückkehrt. ({{VOY|Voller Wut}})
Bald darauf empfängt man einen komprimierten Datenstrom von der Erde. Das Sternenflottenkommando teilt darin mit, dass man von nun an einmal im Monat mit der ''Voyager'' kommunizieren kann. Janeway teilt diese Neuigkeit ihren Führungsoffizieren bei einer Besprechung mit. Die Offiziere sollen in ihren Briefen auch Reginald Barclay und dem Pfadfinderprojekt danken, da sie nie aufgegeben wurden. Mit dem Datenstrom erhält der Doktor auch eine Nachricht, dass sein Schöpfer Lewis Zimmerman an einer tödlichen Krankheit leidet. Er schlägt daher vor, dass er in den Alphaquadranten geschickt wird. Nach einigem Zögern willigt Janeway in diesen Plan ein. Unterdessen informiert sie Chakotay darüber, dass Admiral Hayes einen Bericht über den Status der Sternenflotte und des Maquis wünscht. Da sie jedoch die Maquis seit langem als Teil ihrer Crew ansieht, verfassen die beiden gemeinsam eine Antwort. ({{VOY|Rettungsanker}})
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