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Nachdem Janeway mit der Tagschicht das Kommando über das Schiff übernimmt, wird sie von Chakotay informiert, dass sich Harry Kim mit einem Außenteam auf der Oberfläche eines Planeten befindet, von dem sie einen Notruf empfangen haben. Kim meldet sich wenig später pünktlich und bittet um die Erlaubnis eine beschädigte künstliche Intelligenz an Bord der ''Voyager'' beamen zu dürfen. Diesem Vorschlag entspricht Janeway und das Objekt wird an Bord gebeamt. Bei dessen Untersuchung stellt sich heraus, dass es noch eine weitere Lebensform gab. Daraufhin scannt Janeway mit Seven of Nine die Oberfläche des Planeten nach dieser Lebensform ab. Jedoch finden sie nur noch Trümmer dieser Lebensform und erkennen anhand des radiogenen Zerfalls, dass es sich bei dieser Lebensform um eine Massenvernichtungswaffe handelt. Daraufhin berät sie mit den Führungsoffizieren, wie mit dem Gerät weiter zu verfahren ist. Während der Doktor nur den Explosivkörper der Waffe deaktivieren will, plädieren die anderen Offiziere dafür, die gesamte Sonde abzuschalten. Sie entscheidet, dass der Doktor, Kim und Torres den Sprengkörper deaktivieren sollen. Jedoch befiehlt sie auch, die Sonde beim ersten Anzeichen von Gefahr vom Schiff zu beamen. Zunächst scheint dieser Plan zu funktionieren. Als die KI jedoch erkennt, dass sie eine taktische Langstreckenwaffe ist, nimmt sie Kim und Torres als Geiseln und verlangt von Captain Janeway Kurs auf sein Ziel zu setzen. Janeway entgegnet, dass sie ihm nicht helfen werden einen Krieg zu beginnen. Um Zeit zu gewinnen, lässt sie den Kurs ändern und beruft ein Treffen der Führungsoffiziere ein. Man entschließt sich Kontakt mit [[Onquanii]] aufzunehmen, mit dem Neelix bei einer Außenmission Kontakt hatte. Dieser erklärt sich bereit zu helfen, die Waffe zu deaktivieren, wenn sie ihm überlassen wird. Janeway ist dazu jedoch nicht bereit und verlangt die Energiematrix der Waffe. Daraufhin beendet Onquanii die Verhandlungen und greift mit seinem Schiff die ''Voyager'' an. Die KI vernichtet daraufhin sein Schiff und zwingt Janeway den alten Kurs wieder aufzunehmen. Die Offiziere kommen unterdessen auf die Idee, die Energiematrix des Doktors zu sabotieren, um die KI zu stoppen. Dieser Plan scheitert jedoch, und die KI fordert Janeway auf das Schiff zu evakuieren. Janeway lehnt dies ab. In diesem Moment erscheinen 32 Waffenschiffe und umstellen die ''Voyager''. Es gelingt Kim jedoch die KI zu überzeugen, dass sie einen Abbruchbefehl erhalten hat und die Mission abbrechen muss. ({{VOY|Geheimnisvolle Intelligenz}})
Ende des Jahres empfängt Seven of Nine überraschend einen Notruf vom Föderationsraumschiff [[USS Equinox|USS ''Equinox'']]. Die ''Equinox'' ist wie die ''Voyager'' ebenfalls im Delta-Quadranten verschollen und wird von einer unbekannten Spezies angegriffen. Über diese Entdeckung informiert sie unverzüglich Captain Janeway und Commander Chakotay. Janeway erinnert sich sogleich an seinen Namen und lässt einen Abfangkurs mit Maximumwarp setzen. Inzwischen informiert sie Seven of Nine über die Biografie Captain [[Rudy Ransom|Ransom]]s von der ''Equinox'' und fügt hinzu, dass sie Ransom schon immer gern kennenlernen wollte. Sie bedauert nur die Umstände, unter denen dies nun geschieht. Nachdem man die ''Equinox'' erreicht, stellt man fest, dass deren Schilde von Energieentladungen durchbrochen werden. Janeway ruft das Schiff und wird von Ransom energisch gebeten, die Schilde auf sein Schiff auszudehnen. Diesem Wunsch kommt Janeway prompt nach und begibt sich anschließend mit einem Außenteam an Bord des Schiffes. Gemeinsam mit Tuvok erreicht sie die Brücke des Schiffes und stellt fest, dass bis auf den Captain und den Steuermann alle tot sind. SIe informiert Captain Ransom über die Situation und bringt ihn zur Behandlung auf die USS ''Voyager''. Anschließend lässt sie Torres und Kim die Primärsysteme der Equinox sichern. Nach einer Trauerfeier für die Getöteten, beginnt man mit der Reparatur der ''Equinox''. Janeway bespricht dabei mit Seven of Nine und einigen Offizieren der ''Equinox'' das weitere Vorgehen. Anschließend spricht sie an Bord der USS ''Equinox'' allein mit Ransom. Dieser fragt sie, ob sie die Oberste Direktive auf ihrer Reise verletzt habe. Sie antwortet, dass sie die wichtigste Vorschrift der Sternenflotte nur gebogen, aber nicht gebrochen hat. Bei einer anschließenden Besprechung der Führungsoffiziere, befiehlt sie Captain Ransom sein Schiff aufzugeben und seine Crew auf die Voyager zu transferieren, da sie ein Schiff besser verteidigen können. Nachdem Seven of Nine und Tuvok im Labor der ''Equinox'' eine hohe thermionische Strahlung entdecken, schickt sie den Doktor rüber, um die Ursache festzustellen. Dieser erkennt, dass die Crew der Equinox mit den Wesen Experimente durchgeführt hat. Dabei haben sie einige Wesen getötet und als Energiequelle für ihren Warpantrieb benutzt. Janeway lässt Captain Ransom daher verhaften und verhört ihn. Dieser rechtfertigt sich mit Sternenflottenverordnung 3 Paragraf 12, die einen Captain dazu ermächtigt, alles Vertretbare zu tun, um eine drohende Vernichtung seines Schiffs zu verhindern. Janeway kontert, dass dies wohl kaum Massenmord abdeckt. Ransom berichtet ihr, wie sie die Ankari den Geistern des Glücks vorstellten und sie weitere Wesen töteten, um schneller voranzukommen. Janeway entbindet ihn daraufhin von seinem Kommando und lässt ihn unter Arrest stellen. Anschließend lässt sie den Doktor die medizinischen Daten analysieren und Seven of Nine die Warpkernmodifikationen deaktivieren. Als die fremden Wesen die ''Voyager'' angreifen, lässt sie Tuvok das Sicherheitsgitter aktivieren. Zunächst halten diese. Jedoch bricht die ''Equinox''-Crew aus ihrem Arrest aus und flieht auf ihr Schiff. Außerdem beamen sie den Feldgenerator der ''Voyager'' auf ihr Schiff, weshalb die Schilde ausfallen. Anschließend dringen die fremden Wesen in die ''Voyager'' ein und werden mit Phaserfeuer abgewehrt. Ein Wesen greift jedoch Janeway an. ({{VOY|Equinox, Teil I}})
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