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Als man auf ein Raumschiff der Hirogen trifft, nimmt Janeway Kontakt mit ihnen auf. Ein Außenteam entdeckt an Bord einen verletzten und einen getöteten Hirogen. Daraufhin lässt sie den Verletzten auf der Krankenstation behandeln und Untersuchungen anstellen, wer die Hirogen angegriffen hat. Sie lässt den Jäger behandeln und einen Ausweichkurs setzen. Sie gibt Eindringlingsalarm und lässt das Mitglied von Spezies 8472 jagen. Als Torres im Maschinenraum von dem Wesen angegriffen wird, begibt sie sich persönlich dorthin und lässt sie auf die Krankenstation bringen. Dort befragt sie den Alpha und lässt Vorbereitungen treffen das Wesen aufzuspüren. Sie begibt sich später zu Chakotay und dem Doktor, die das fremde Wesen untersuchen. Dieses nimmt telepathisch Kontakt zu Tuvok auf, und bittet um die Rückkehr in den fluiden Raum. Dem stimmt sie zu und weist Seven of Nine an, eine Quantensingularität in den fluiden Raum zu öffnen. Wenig später greifen drei Hirogen-Schiffe die ''Voyager'' an und verlangen die Auslieferung des Jägers und ihrer Beute. Dies lehnt Janeway ab. Jedoch beamt Seven of Nine den Hirogen-Alpha und das Mitglied von Spezies 8472, welche sich in einem Kampf befinden, auf eines der Hirogen-Schiffe. Daraufhin spricht sie mit Seven of Nine im Frachtraum über ihre Handlung. Zunächst will sie ihre Bewegungsfreiheit einschränken, begnadigt sie jedoch, als Seven meint, dass sie Angst vor ihrer Individualität und abweichenden Meinungen habe. ({{VOY|Die Beute}})
Bald darauf verhandelt Captain Janeway mit dem [[Entharaner]] [[Kovin]] über den Kauf von verschiedenen Waffensystemen. Sie erwirbt für die ''Voyager'' auf diese Weise eine [[isokinetische Kanone]]. Nachdem Seven Kovin angegriffen hat, spricht sie mit ihr in ihrem Bereitschaftsraum. Sie versucht ihr zu verdeutlichen, dass man nicht jeden Impuls umsetzt, den man verspürt. Kurze Zeit später erlebt Seven einen akuten Angstzustand. Darüber spricht Janeway mit dem Doktor. Er informiert sie, dass es wohl mit einer unterdrückten Erinnerung zusammenhängt. Anschließend versucht er diese mit Seven zu rekonstruieren und informiert Janeway über ihre Ergebnisse. Dabei erhebt er die Anschuldigung gegen Kovin, dass dieser Seven angegriffen und einen Mann mit Borg-Nanosonden infiziert habe, was Kovin bei einer Befragung durch Janeway jedoch vehement abstreitet. Da er eine Untersuchung seines Labors verweigert, droht sie damit die Behörden der Entharaner zu kontaktieren. Daraufhin lenkt Kovin ein. Als die Untersuchung seines Labors durch Tuvok, den Doktor und einen entharanischen Magistrat scheinbare Beweise für einen Angriff auf Seven of Nine ergibt, flieht er mit seinem Raumschiff. Janeway lässt daraufhin den Magistrat an Bord beamen und Verfolgungskurs setzen. Anschließend untersucht sie mit Tuvok die Geräte. Ihre Untersuchung bleibt ergebnislos, was bei Janeway ein schlechtes Gefühl verursacht. Sie lässt daraufhin die Gewehrsalve mit einer Probe von Nanosonden simulieren. Sie stellen fest, dass dies die Nanosonden regeneriert hat. Daher bekommt Janeway Zweifel an der Zuverlässigkeit der regenerierten Erinnerungen. Sie fragt Seven daraufhin, ob es traumatische Erinnerungen an ihre Zeit bei den Borg sein könnten. Daraufhin versucht sie Kontakt mit Kovin aufzunehmen. Dieser greift jedoch die ''Voyager'' an und stirbt, als es auf seinem Schiff eine Überlastung seiner Energiesysteme gibt. Janeway lässt daraufhin Kurs auf die entharanische Kolonie setzen. Nach drei Tagen bittet sie der Doktor seine ursprüngliche Programmierung wiederherzustellen, damit so etwas nicht wieder geschieht. Sie lehnt den Antrag ab und fordert ihn auf, das Erlebte zu verarbeiten. ({{VOY|Im Rückblick}})
Kurze Zeit später wird die ''Voyager'' von den Hirogen angegriffen und