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Kurze Zeit später, erscheint ein [[Nyrianer]] auf der ''Voyager'', der zunächst angibt, nicht zu wissen, wie er an Bord gelangte. Janeway befragt ihn und will ihm helfen in seine Heimat zurückzukehren. Man erkennt, dass er gegen Kes ausgetauscht wurde. Immer mehr Besatzungsmitglieder verschwinden. Janeway lässt die Nyrianer in den Frachträumen und Shuttlerampen internieren. Nachdem sie selbst transportiert wird, erkennt sie, dass die Nyrianer die ''Voyager'' übernehmen wollen. Im Internierungslager bespricht sie die Lage mit Tuvok. Als ein anderer Gefangener Jarlath aus einem anderen Habitat erscheint, verhandelt sie mit ihm. Sie suchen nach weiteren Portalen zu anderen Habitaten. Zusammen mit Torres und Paris gelangt er so in einen Kontrollraum, welcher Portale zu verschiedenen Habitaten enthält. Mithilfe des Übersetzungsalgorithmus der ''Voyager'' kann Janeway auf die Informationen zugreifen. Als sie einen Plan des Komplexes sucht, stößt sie auf SIcherheitscodes, die Tuvok überwinden kann. Sie erkennen, dass sie auf einem Schiff sind. Beim Versuch auf die Daten zuzugreifen, lösen sie einen Alarm aus. Sie gelangen in einen Tunnel und findden das Computersystem. Janeway versucht darauf zuzugreifen. Nachdem es ihnen gelingt, entdecken sie Paris und Torres im [[Argala]]-Habitat. Sie erkennen, dass die dortige Umgebung langfristig tödlich für Paris und Torres ist. Sie kann sie zurück ins Habitat der Föderation beamen und so retten. Anschließend beamt sie die Nyrianer in das Argala-Habitat und verlangt ihre Kapitulation. Angesichts der Umweltbedingungen kapitulieren die Nyrianer und die ehemaligen Gefangenen werden von ihren Völkern nach Hause geholt. ({{VOY|Translokalisation}})
Als das Holoprogramm [[Rebellion Alpha]] unter der Mannschaft sehr beliebt wird, welches eine Rebellion des Maquis auf der ''Voyager'' zum Inhalt hat, spricht Janeway dies bei einem Treffen der Führungsoffiziere an. Dort offenbart sich Tuvok als Autor und empfiehlt , das Programm zu löschen, was Janeway jedoch als nicht notwendig erachtet. Durch eine von Seska verursachte Fehlfunktion, geraten Tuvok und Paris in Lebensgefahr. Janeway versucht ebenfalls, das Programm ebenfalls umzuschreiben, um den beiden zu helfen. So lässt sie den beiden einen [[Plasmalöscher]] zukommen. Die Versuche des Programms , ihre Rettungsversuche zu kompensieren, umgeht Janeway , indem sie eine Fehlfunktion in das Phasergewehr programmiert, mit dem Seska Paris und Tuvok erschießen will. Dadurch stirbt Seska sie und die Simulation wird beendet. Anschließend stößt sie Janeway im Kasino mit den Führungsoffizieren auf die erfolgreiche Rettung von Tuvok und Paris an. ({{VOY|Rebellion Alpha}})
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