In den nächsten Monaten leitet die zum [[Colonel]] beförderten Kira die Station. Bashir und O'Brien befinden sich in dieser Zeit mit der ''Defiant'' häufig auf Konvoimissionen und dies bedrückt sie. Den beiden fällt es auch auf, dass es Worf nach dem Verlust seiner Frau sehr schlecht geht. Bashir und O'Brien versuchen Worf zu helfen und finden heraus, dass es Worf bedrückt das seine Frau nicht ehrenvoll gestorben ist und sie nach den klingonischen Sitten nicht ins [[Sto'Vo'Kor]] gelangt. Durch die Konvoimissionen, hat Worf auch keine Möglichkeiten ihre Ehre in einem glorreichen Kampf wieder herzustellen, damit ihre Seele ins Sto'Vo'Kor gelangen kann. Darauf bitten Bashir und O'Brien General Martok, dass dieser eine gefährliche Mission für Worf plant, damit dadurch die Seele von Jadzia ins Sto'Vo'Kor gelangen kann. Mit der IKS ''Rotarran'' plant Martok die Schiffswerft des Dominion im Orbit von [[Monac IV]] an zu greifen und Worf willigt sofort ein an dieser Mission teil zu nehmen. Als Freunde von Jadzia Dax wollen Bashir, O'Brien und auch Quark Worf auf dieser Mission begleiten, um diese zu ehren. ({{DS9|Das Gesicht im Sand}})

Aufgrund seiner Erfahrungen mit den Biogenen biogenen Waffen des Dominions wird Bashir zu einer Konferenz auf [[Romulus]] eingeladen. Vor seinem Abflug wird Bashir von Sloan besucht, welcher ihm für eine Mission für Sektion 31 beauftragt. Admiral Ross fliegt ebenfalls zu der Konferenz und Bashir informiert ihn über Sloan und sein Vorhaben auf Romulus. Ross empfiehlt ihm erstmal erst einmal mit Sloan zusammen zuarbeitenzusammenzuarbeiten. Die [[USS Bellerophon (NCC-74705)|USS ''Bellerophon'']] bringt Bashir, Admiral Ross und die Föderationsdelegation nach Romulus. An Bord der ''Bellerophon'' informiert Sloan Bashir über seine wahre Mission. Bashir soll für Sektion 31 feststellen, ob der Vorsitzende des [[Romulaner|romulanischen]] [[Geheimdienst]]es [[Tal Shiar]] [[Koval]] an dem unheilbaren [[Tuvan-Syndrom]] erkrankt ist. Auf der Konferenz trifft Bashir schließlich auf Koval. Bashir kann aber nichts an ihm feststellen. Als Bashir Sloan schließlich durch Admiral Ross verhaften lassen will, erkrankt der Admiral plötzlich. Bashir ist schließlich auf sich allein gestellt und da er niemanden trauen kann , wendet er sich an die romulanische Senatorin [[Kimara Cretak|Cretak]]. Als Bashir auf Romulus wieder auf Koval trifft, bringt er Bashir plötzlich in einen Verhörraum. Koval glaubt , Bashir sei ein Föderationsagent, welcher ihn töten will. Bashir wird sogar vor dem romulanischen Senat gebracht und dort gesteht Bashir, dass Sektion 31 geplant hat Koval zu töten. Bashir erklärt auch das , dass Sektion 31 eine illegale Organisation ist. Da Cretak Bashir bei dieser Verschwörung geholfen hat , wird diese verhaftet. Plötzlich bringt Koval den schwer verletzten Sloan hinein. Koval erzählt, dass Sloan ursprünglich für den [[Geheimdienst der Sternenflotte]] gearbeitet habe und die Sektion 31 erfunden hat, damit er Koval ungestraft töten kann. Bashir wird darauf freigesprochen und darf zur ''Bellerophon'' zurück, während Sloan durch einen Kampf mit einer romulanischen Wache getötet wird. Zurück auf der ''Bellerophon'' stellt Bashir Admiral Ross zur Rede, da er nicht daran glaubt, dass Sloan tatsächlich tot ist. Ross räumt ein, dass Sloan kurz vor dem Phasertreffer weggebeamt werden sollte, wisse aber nichts über dessen Verbleib. Außerdem bestätigt er, dass Koval eigentlich für Sektion 31 arbeitet, man deswegen auf ihn angewiesen ist. Nachdem Bashir nach Deep Space 9 zurückgekehrt ist, taucht Sloan plötzlich wieder auf und dankt Bashir für seine Hilfe. ({{DS9|Unter den Waffen schweigen die Gesetze}})

Worf und Dax gelingt es mit der Hilfe von Damar dem Dominion zu entkommen. Auf Deep Space 9 angekommen, berichten die beiden von der neuen [[Dominion-Breen-Allianz]]. Bashir freut sich, dass Dax sicher zur Station zurückgekehrt ist. Währenddessen beginnen die Breen mit einem [[Überfall auf die Erde|Angriff auf die Erde]] und es kommt zu einer Wende im Dominion-Krieg. Auf der Station bereitet man sich ebenfalls auf einen Angriff vor. Um sich von dem Stress abzulenken, spielen O'Brien und Bashir an einem [[Modell]] des Alamo und den denken sich dort neue Strategien aus, um bei der Schlacht von Alamo zu gewinnen. Worf und Dax beobachten die beiden dabei. Worf findet das Verhalten der beiden kindisch, während Dax es süß findet, wie sich Bashir mit dem Modell beschäftigt. Beim Spiel mit dem Modell verliert Bashir die Figur des [[William Travis]] und dies verärgert O'Brien etwas. Kurz darauf greift das Dominion zusammen mit den Breen das [[Chin'toka-System]] an. Bashir nimmt an an Bord der ''Defiant'' an der [[Dritte Schlacht von Chin'toka|dritten Schlacht von Chin'toka]] teil, um das System zu verteidigen. Doch mit einer neuen [[Energiedämpfungswaffe]] gelingt es den Breen die Flotte der [[Föderationsallianz]] aus zu löschenauszulöschen. Auch die ''Defiant'' wird bei dem Kampf schwer beschädigt und Sisko befiehlt das Schiff zu evakuieren. Bashir bringt die verletzte Kira von Bord der ''Defiant'' in eine [[Fluchtkapsel]] und kurz darauf wird die ''Defiant'' vernichtet. Allerdings beginnt nach der Schlacht von Chin'toka Damar mit der [[Cardassianische Rebellion|cardassianische Rebellion]] gegen das Dominion zu kämpfen und die Föderation hat somit einen weiteren Verbündeten. ({{DS9|Im Angesicht des Bösen}})

Nach der Niederlage von Chin'toka versucht die Föderation Damars Rebellion zu unterstützen. Kira, Odo und Garak werden zu Damar geschickt, um ihn zu unterstützen. Bevor Odo aufbricht, bittet Bashir ihn um eine Probe seiner [[Morphogene Matrix|morphogenen Matrix]], da er mit dieser [[Synthetisches Organ|synthetische Organe]] herstellen will. Während seiner Forschung macht Bashir sich Sorgen, dass Dax wieder mit Worf zusammen kommt. Als Dax gerade zu Bashir kommt, um ihre Gefühle ihm gegenüber zu offenbaren, stellt Bashir fest, dass Odo an den dem [[Morphogener Virus|morphogenen Virus]] leidet, welcher sein Volk tötet. Bashir teilt dies Odo mit und beginnt sofort mit der Forschung an einem Heilmittel für Odo. Bashir bittet darauf die [[Sternenflotten-Medizin]] um Hilfe, doch weder Fähnrich [[Weldon]], noch Commander [[Hilliard]] sind Bashir eine Hilfe. Hilliard bezichtigt Bashir sogar des Verrats, da er ein Heilmittel für die Gründer finden will. Erst mit Hilfe von Sisko bekommt Bashir sämtliche Informationen, von der Sternenflotte, die er benötigt. Aber Bashir stellt fest, dass die Daten gefälscht sind und vermutet, dass Sektion 31 hinter der Krankheit der Gründer steckt. Bashir stellt schließlich fest, dass Sektion 31 Odo 2372 mit dem Virus infiziert hat, damit mit diesem Virus sämtliche Formwandler ausgelöscht werden. Bashir muss nun ein Heilmittel finden, ohne das Sektion 31 davon etwas mitbekommt. ({{DS9|Ein Unglück kommt selten allein}})

Die nächsten Wochen forscht Bashir erfolglos nach einem Heilmittel gegen Odos Krankheit, aber er ist erfolglos. Auch hat er keinen Erfolg dabei , Sektion 31 aufzuspüren, um so an ein Heilmittel zu gelangen. Bashir arbeitet schließlich bis zur völligen körperlichen Erschöpfung. Da Bashir keinen Erfolg hat ein Heilmittel zu finden, versucht dieser mit einem Trick Sektion 31 auf die Station zu locken. Bashir gibt der Sternenflotte bekannt, dass er ein Heilmittel für die Krankheit der Gründer gefunden hat und hofft das , dass Sektion 31 den Köder schließlich schluckt. Bashir hofft so von Sektion 31 das Heilmittel zu bekommen. ({{DS9|Kampf mit allen Mitteln}})

Odo kehrt inzwischen von seiner Mission nach Deep Space 9 zurück, doch Bashir gibt Odo nur noch eine Woche zu leben. Bashir gelingt es die Schmerzen von Odo zu lindern und setzt seine Forschungen fort. Allerdings hat Odo die Hoffnungen aufgegeben und er bereitet sich auf seinen Tod vor. O'Brien berichtet Sisko, dass er und Bashir Sektion 31 auf die Station locken will. Als Sisko erfährt, dass diese Krankheit, welche die Gründer tötet von Sektion 31 stammt, genehmigt er Bashirs plan, da Sisko nicht für einen Völkermord mit verantwortlich sein will. Bashirs Trick geht inzwischen auf und eines Nachts taucht Sloan auf und fordert das Heilmittel von ihm. Da Bashir mit Sloans erscheinen Erscheinen gerechnet hat, gelingt es ihm Sloan gefangen zu nehmen. Sloan bemerkt den Trick mit Bashirs Heilmittel und gibt zu, überrascht zu sein. Bashir und O'Brien versuchen darauf mit einem [[Romulanischer Gedächtnisscanner|romulanischen Gedächtnisscanner]] in seinen Geist einzudringen, um so an die Informationen für das Heilmittel zu gelangen. Aber mit Hilfe einer [[Neurodepolarisationsvorrichtung]] begeht Sloan Selbstmord und er droht innerhalb einer Stunde zu sterben. Mit Hilfe einer [[Multitronischer engrammatischer Übersetzer|multitronischen engramatischen Übersetzers]] dringen die beiden in das Gehirn und den Geist von Sloan ein, um so an die Information zu gelangen. Bashir und O'Brien wissen das , dass sie nur wenige Zeit haben, um an die Informationen in Sloans Geist heranzukommen und Sloan tut alles , um dies zu verhindern. Schließlich gelingt es den beiden die Information zu bekommen. Sloan versucht Bashir mit in den Tod zu reißen und bietet ihn noch viele weitere Informationen über Sektion 31 an. Bashir kann dieser Falle nicht widerstehen und will noch mehr Information, aber O'Brien kann Bashir davon überzeugen den sterbenden Geist von Sloan zu verlassen. Den beiden gelingt es noch rechtzeitig Sloan zu verlassen und mit dem Heilmittel gelingt es Bashir Odo zu heilen. ({{DS9|Extreme Maßnahmen}})

Bashir hat die nächsten Tage auch weiterhin auch Probleme seine Gefühle gegenüber Dax zu offenbaren. Zur selben Zeit wird die [[USS Sao Paulo|USS ''Sao Paulo'']] nach auf Deep Space 9 stationiert und durch einen Sondererlass wird die ''Sao Paulo'' in ''Defiant'' umbenannt. Als erstes begutachtet Bashir die Krankenstation der neuen ''Defiant''. Wenig später schreibt Bashir Odo wieder für Diensttauglichdiensttauglich, da er nun vollständig genesen ist. Bashir informiert Odo auch, dass Sektion 31 ihn mit den Virus 31 infiziert hat und somit für einen Völkermord verantwortlich ist. Wenig später hat Bashir eine weitere peinliche Begegnung mit Dax und er geht ihr darauf danach wieder aus dem Weg. Als sie sich zufällig im Replimat begegnen , sprechen sie schließlich darüber und beschließen nur Freunde zu bleiben. Doch bei einer weiteren Begegnung im Turbolift ändern die beiden ihre Meinung und beginnen sich zu küssen. ({{DS9|In den Wirren des Krieges}})

Als sich das Dominion in den cardassianischen Raum zurück zieht zurückzieht, fliegt ein Kampfverband der Föderation, der Klingonen und der Romulaner nach Cardassia , um den Krieg zu beenden. Auch Bashir und Dax, welche nun ein Paar geworden sind, fliegen mit den dem Kampfverband nach Cardassia. Während des Fluges versucht O'Brien mehrfach seinem Freund mit zu teilenmitzuteilen, dass er Deep Space 9 verlassen wird, aber er kommt nicht dazu. Kurz darauf beginnt die die [[Schlacht um Cardassia]]. Die ''Defiant'' kämpft mit den anderen Schiffen der Föderationsallianz gegen die starke Übermacht des Dominions, der Breen und der Cardassianer. Während des Kampfes macht sich Bashir vor allem um Dax Sorgen, er hat Angst sie bei dem Gefecht zu verlieren. Bei dem Kampf wird O'Brien verletzt und Bashir muss diesen behandeln. Während Bashir O'Brien behandelt, gesteht dieser Bashir das , dass er Deep Space 9 verlassen und zur Erde zurückkehren wird. Doch die Verletzung des Chiefs ist schwer und Bashir befiehlt diesen diesem, sich auf die Krankenstation zu begeben. Währenddessen verläuft der Kampf schlecht für die Föderationsallianz, doch plötzlich wechselt die cardassianische Flotte die Seiten und schließt sich der Föderationsallianz an. Die Schlacht verläuft erfolgreich und das Dominion und die Breen ziehen sich nach Cardassia zurück. ({{DS9|Das, was du zurückläßt, Teil I}})

Die Föderationsallianz erreicht Cardassia und trifft dort auf die letzten Flotten des Dominions und der Breen. Die Gründerin weiß das , dass der Krieg verloren ist, jedoch schwört sie , jeden Jem'Hadar und Breen kämpfen zu lassen das , damit es in der Föderationsallianz so viele Opfer gibt das , dass ein Sieg der Allianz so hart sein wird wie eine Niederlage. Doch darauf beamt sich Odo auf die Planetenoberfläche, er heilt die Gründerin und kann diese überzeugen den Krieg zu beenden. Auf Cardassia trifft Bashir Garak wieder, doch Bashir ist entsetzt über die cardassianischen Opfern. Darauf verabschiedet sich Bashir von seinem Freund Garak, da dieser auf Cardassia bleiben will. Beide versprechen sich wieder zu sehenwiederzusehen. Wenig später wird auf Deep Space 9 der Friedensvertrag mit dem Dominion unterzeichnet und der Dominion-Krieg ist offiziell beendet. Danach findet im Vics eine Feier für das Ende wegen des Endes des Krieges und für die Personen , welche Deep Space 9 verlassen werden , statt. Auf der Feier erklärt Bashir das , dass er O'Brien vermissen wird, aber beide versprechen sich im echten Alamo auf der Erde wieder zu treffen. Wenig später verschwindet Sisko , nachdem er seine Pflicht als Abgesandter erfüllt hat. Sisko gelangt nach seinem Sieg über die Pah-Geister in das Wurmloch und will dort vorerst bei den Propheten bleiben. Kira übernimmt nun das Kommando über die Station. Inzwischen verabschiedet sich Bashir von seinem Freund O'Brien. Danach beginnt für Bashir ein neues Leben zusammen mit Dax auf Deep Space 9. ({{DS9|Das, was du zurückläßt, Teil II}})