Bashir lebt sich schnell ein auf der Station. Als Bashir einmal im [[Replimat]] sitzt, stellt sich ihm unerwartet der cardassianische [[Schneider]] [[Elim Garak]] vor. Garak sieht in Bashir einen interessanten Freund, doch Bashir vermutet, dass Garak ihn [[Spion|ausspionieren]] will und Bashir meldet dies Sisko. Doch Sisko sieht keine Gefahr in Garak, dennoch rät Sisko Bashir bei Garak vorsichtig zu sein. Plötzlich taucht ein bajoranisches Schiff auf, welches von den Cardassianern verfolgt wird. Der Bajoraner [[Tahna Los]] wird auf die Station gebeamt, bevor die Cardassianer sein Schiff vernichten und Bashir kümmert sich um die medizinische Versorgung von Tahna. Die Cardassianer fordern darauf die Auslieferung von Tahna, doch Sisko weigert sich ihn auszuliefern. Von den Cardassianern und Kira erfährt Sisko, dass Tahna zur [[Kohn-Ma]], einer bajoranischen Terroristengruppe gehört. Wenig später tauchen die beiden [[Klingone]]n [[Lursa]] und [[B'Etor]] aus dem [[Haus des Duras]] an Bord der Station auf und sie treten in Kontakt mit Tahna und auch mit Garak. Doch Garak traut den beiden Klingonen nicht und er bittet Bashir ihn abends in seinem Geschäft zu besuchen. Bei dem Besuch in Garaks Laden erfährt Bashir von den illegalen Geschäften zwischen den [[Duras-Schwestern]] und Tahna. Es stellt sich schließlich heraus, dass Tahna das Wurmloch vernichten will, damit sich die Föderation von [[Bajor]] zurück zieht. Doch Kira und Sisko gelingt es Tahna aufzuhalten und er wird schließlich verhaftet. ({{DS9|Die Kohn-Ma}})

Wenig später wird der Bajoraner [[Ibudan]] tot in der [[Holosuite]] aufgefunden. Bashir leitet die medizinische Untersuchung in dem Fall und Odo beginnt mit den Ermittlungen. Mit der Zeit führen die [[Indiz]]ien auf Odo und dieser wird [[Verdacht|verdächtigt]] Ibudan [[Mord|ermordet]] zu haben. Bashir sammelt inzwischen [[Gen|Gen-Proben]] vom Tatort und untersucht diese. Bashir und Dax forschen gemeinsam und mit der Zeit entwickelt sich eine [[Zelle (Biologie)|Zellkultur]] , die zu wachsen beginnt. Schließlich erkennt Bashir, dass sich aus dieser Zellkultur ein [[Klon]] von Ibudan entwickelt. Es stellt sich dadurch heraus, dass Ibudan in Wirklichkeit gar nicht ermordet worden ist, sondern das sein [[Ibudan (Klon 1)|Klon]] getötet wurde. Später kann Odo den echten Ibudan für den Mord an seinem Klon verhaften. Ibudan wollte diesen Mord Odo in die Schuhe schieben, um sich an Odo zu rächen, da ihn Odo ihn vor Jahren verhaften lassen hatließ. Zu dieser Zeit ist Bashir ziemlich [[Eifersucht|eifersüchtig]] auf Sisko in Bezug auf Dax. Bashir denkt, Sisko und Dax könnten eine Beziehung beginnen, aber nach einem Gespräch mit diesem erfährt Bashir, dass Sisko kein Interesse an Dax hat und die beide nur Freunde sind. ({{DS9|Unter Verdacht}})

Wenige Wochen später löst [[Chief]] [[Miles O'Brien]] bei der Reparatur eines [[Replikator]]s eine Vorrichtung aus, durch die ein [[Aphasie|Aphasie-Virus]] über die Station verbreitet wird. Durch die Benutzung des Replikators wird der Virus verbreitet und O'Brien ist der erste Infizierte dieser Krankheit. Durch den [[Virus]] werden die neuralen und visuellen Reize vom [[Gehirn]] falsch verarbeitet. Bashir untersucht O'Brien und versucht heraus zu findenherauszufinden, was diese seltsame Aphasie auslöst. Doch Bashir findet keine Hinweise , was diese Aphasie auslöst. Als Bashir erste Erkenntnisse über diese Krankheit Sisko erläutern will, erkrankt auch Dax an dieser Krankheit. Durch diese plötzliche Erkrankung findet Bashir heraus, dass ein Virus für diese Aphasie verantwortlich ist. Da immer mehr Personen an dieser Krankheit erkranken, wird die Station unter [[Quarantäne]] gestellt. Bei seinen Forschungen erkennt Bashir, dass sich der Virus mittlerweile über die [[Luft]] verbreitet. Während Bashir versucht ein Heilmittel zu finden, wird auch er infiziert. Major Kira gelingt es später zusammen mit dem Bajoraner [[Surmak Ren]], der Mitentwickler des Virus gewesen ist, ein Heilmittel zu finden. Surmak Ren bewundert den Erfolg von Bashir und knüpft daran an. Mit dem Heilmittel können die kranken Bewohner der Station behandelt werden. ({{DS9|Babel}})

Als ein [[Tosk]] aus dem [[Gamma-Quadrant]] en auftaucht und auf Deep Space 9 herum geführt wird, ist dieser erstaunt eine Krankenstation vor zu findenvorzufinden. O'Brien stellt Tosk Bashir als Chefarzt vor. Später kehrt Tosk in den Gamma-Quadrant Quadranten zurück. ({{DS9|Tosk, der Gejagte}})

Nach einer [[Expedition]] in den Gamma-Quadranten, wird eine junge Frau namens [[Vash]] mit nach Deep Space 9 gebracht. Die [[Offizier]]e an Bord der Station können sich nicht erklären, wie sie ohne das Wissen über das Wurmloch in den Gamma-Quadrant Quadranten gekommen ist. Bashir untersucht diese nach Krankheiten, stellt aber fest, dass sie absolut gesund ist. Bei der Untersuchung von Vash [[flirt]]et Bashir mit ihr. Später stellt sich heraus, dass Vash mit [[Q]] zusammen im Gamma-Quadrant Quadranten gewesen ist, allerdings will Vash nichts mehr mit Q zu tun haben. Als Vash gerade mit Q [[streit]]et, besucht Bashir sie in ihrem [[Quartier]] und Q verschwindet. Bashir will sich mit ihr im Replimat verabreden. Bei dem Gespräch erscheint Q heimlich hinter Bashir und schneidet Grimassen , ohne dass es Bashir bemerkt. Wenig später wartet Bashir auf Vash im Replimat und bestellt einen [[Pfefferminztee]]. Da erscheint Q als [[Kellner]] und will ihm die Verabredung ausreden. Als sich Bashir dies nicht ausreden lässt, wird Bashir durch den Einfluss von Q müde und legt sich schlafen. Bashir verschläft die darauf folgenden Ereignisse, die beinahe zur Vernichtung der Station geführt hätten. Wenig später verschwindet Q wieder und Bashir erkundigt sich bei Dax , ob er in der Zwischenzeit etwas verpasst hat. ({{DS9|"Q" – Unerwünscht}})

Wenig später wird bei einer Expedition in den Gamma-Quadranten eine fremde Technologie mitgebracht. Bashir hält dieses Gerät für einen medizinischen [[Scanner]] und möchte diesen untersuchen. Zu der Zeit dockt die [[USS Enterprise (NCC-1701-D)|USS ''Enterprise'' (NCC-1701-D)]] an Deep Space 9 an. Da die Station noch nicht über die geeigneten Mittel verfügt, untersucht Bashir das Gerät an Bord der ''Enterprise''. Er untersucht es unerlaubt unerlaubterweise auf der Krankenstation und [[Lieutenant Commander]] [[Data]] stellt ihn deswegen zur Rede. Bashir entschuldigt sich bei ihm und Data unterstützt Bashir darauf bei seiner Forschung. Bashir ist von Data fasziniert und erkundigt sich über Datas persönliche Funktionsweise. Bei dem [[Experiment]] mit dem Gerät geht aber etwas schief und Data wird von einen Plasmastrahl getroffen und verliert sein Bewusstsein. In diesem Zustand [[Traum|träumt]] Data zum ersten Mal und er will diesen Zustand weiter Erforschenerforschen. Bashir ist von diesen Ereignissen begeistert und hilft Data weitere Träume zu erleben. Nachdem das Experiment erfolgreich verlaufen ist und Data weitere Träume erlebt hat, erlaubt Data Bashir für seine Hilfe einen Bericht von diesen Ereignissen für das [[Kybernetik-Journal]] der Sternenflotte zu schreiben. Bashir bedankt sich dafür bei Data und wünscht angenehme Träume. ({{TNG|Der Moment der Erkenntnis, Teil I}})

Einige Zeit später verabreden sich Bashir und Dax im Replimat. Bashir möchte nach der Verabredung Dax in ihr Quartier begleiten, doch Dax lehnt dies ab und sie macht ihm klar, dass sie kein romantisches Interesse an ihm hat und geht. Bashir folgt ihr aber zu ihrem Quartier und sieht , wie Dax von Fremden angegriffen und [[Entführung|entführt]] wird. Bashir versucht ihr zu helfen, aber die Angreifer können mit ihr entkommen. Bashir gelingt es mit letzter Kraft die Sicherheit zu rufen, doch die Entführer können mit ihrem Schiff entkommen. Mit dem [[Traktorstrahl]] von Deep Space 9 kann das fliehende Schiff jedoch aufgehalten werden. Die Entführer sind [[Klaestroner]]. [[Ilon Tandro]], welcher Dax entführt hat, hat einen Haftbefehl gegen sie und macht den vorherigen Wirt von Jadzia [[Curzon Dax]] für den Verrat an seinem [[Ardelon Tandro|Vater]] verantwortlich und will sie dafür anklagen. Sisko will dies aber nicht zulassen, da Curzon und Jadzia zwei unterschiedliche Personen sind. Es kommt zu einer [[Gerichtsverhandlung|Verhandlung]] wegen der [[Auslieferung]] von Dax. Bashir macht dort seine Aussage zu diesem Fall aus der medizinischen medizinischer Sicht. Inzwischen findet Odo auf [[Klaestron IV]] [[Beweis]]e, dass Dax unschuldig ist. Durch die Beweise ist die Unschuld von Curzon Dax erwiesen und Ilon Tandro zieht seinen Haftbefehl zurück. ({{DS9|Der Fall Dax}})

Während einer Mission mit der [[USS Rio Grande|USS ''Rio Grande'']] erhalten Bashir und Kira einen [[Notruf]] von einem [[Kobliade|kobliadischen]] [[Frachter]]. Die beiden gehen den Notruf nach und begeben sich auf dem Frachter. Dort hilft Bashir den Kobliaden, aber [[Ty Kajada]] warnt Bashir davor, den dem in einem versiegelten Bereich befindlichen Verbrecher [[Rao Vantika]] zu helfen. Als Arzt hilft er ihm aber trotzdem. Bashir kann aber nicht mehr viel für ihn tun und Vantika stirbt. Bashir bemerkt nicht, dass Vantika seinen Geist in seinen [[Körper]] transferiert, als Vantika Bashir unerwartet [[Würgen|würgt]]. Vantika hat nun die Kontrolle über Bashirs Körper. Mit Hilfe von [[Quark]] und einigen Mittelsmännern gelingt es Vantika im Körper von Bashir die Kontrolle über den [[Deuridium]]-Frachter [[Norkova|''Norkova'']], der sich auf dem Weg vom Gamma-Quadranten zu Deep Space 9 befindet, zu übernehmen. Bashir versucht zu mit den dem Frachter zu fliehen, doch mit einem modifizierten Traktorstrahl, den Commander Sisko auf den den [[Frachter]] schießt, gelingt es Sisko, den fliehenden Vantika aufzuhalten. Vantika droht den Frachter zu vernichten und somit auch Bashir zu töten. Doch inzwischen erlangt Bashir durch den modifizierten Traktorstrahl kurzzeitig die Kontrolle über den seinen Körper und deaktiviert die [[Schutzschild]]e des Frachters. Bashir wird auf Deep Space 9 zurück gebeamt und dort von Vantika befreit. Die Überreste von Vantika werden durch Kajada vernichtet. Nach diesen Ereignissen kann sich Bashir an nichts erinnern, was Vantika mit seinem Körper getan hat. ({{DS9|Der Parasit}})

Nur wenige Wochen später kommt eine [[Delegation]] der [[Wadi]] an Bord von Deep Space 9. Bashir bekommt mit Sisko Ärger, da dieser keine [[Galauniform]] dabei hat. Als die Wadi ankommen, wollen diese sofort ins [[Quark's]], um dort zu spielen. Als Quark die Wadi beim [[Dabo]] betrügt, wollen die Wadi mit Quark ein neues Spiel spielen. Das Spiel heißt [[Chula]]. Ohne Quarks Wissen werden Sisko, Kira, Bashir und Dax Spielfiguren in diesem Spiel. Bashir wacht in einem Raum auf und denkt, dass es sich um einen [[Albtraum]] handelt. Bashir schreit laut los, um so aus seinem Traum wach zu werden. Durch die Schreie von Bashir finden die anderen ihn. Bashir wird nun klar, dass es sich nicht um einen Traum handelt. Die vier Offiziere müssen unwissend das Spiel spielen und mehrere Aufgaben lösen. Eine davon ist die [[Chandra (Wadi)|Chandra]], die durch ein [[Kraftfeld]] springt. Bashir findet einen Lösungsansatz, aber dieser funktioniert nicht ganz und er wird von dem Kraftfeld getroffen. Erst Dax findet die Lösung und die Offiziere gelangen durch das Kraftfeld. Danach werden die Offiziere in einen Raum geführt, indem in dem giftiges [[Gas]] austritt. Bashir findet hier die Lösung und trinkt das [[Getränk]] der Wadi und kann die anderen damit retten. Währenddessen bemerkt Quark, dass seine Spielfiguren die vier Offiziere sind und versucht diese sicher durch das Spiel zu bringen. Der nächste Spielzug verläuft schlecht für Quark; er verliert eine Figur. Im Spiel wird Bashir von einer Energieentladung getroffen und löst sich vor den Augen der anderen auf. Das Spiel läuft für Quark weiter schlecht und er muss eine Figur opfern. Da sich Quark nicht entscheiden kann, wählt das Spiel Dax aus. Doch Sisko will Kira und Dax durchbringen und dabei verlieren sie und stürzen in einen Abgrund. Quark hat somit das Spiel verloren, doch die vier Offiziere erscheinen wieder gesund im QuarksQuark's, da sich das ganze Ganze ja nur um ein Spiel gehandelt hat. ({{DS9|Chula – Das Spiel}})

Wenig später besucht der [[Großer Nagus|große Nagus]] [[Zek]] die Station, um dort eine wichtige [[Konferenz]] über die neuen Profitquellen im Gamma-Quadrant Quadranten zu halten. Während der Konferenz ernennt Zek Quark zu seinem Nachfolger. Wenig später sieht es so aus , als sei Zek verstorben und Quark übernimmt seinen neuen Posten als Nagus. Kurz darauf wird ein Anschlag auf Quark verübt. Bashir behandelt danach den verletzten Quark. Später stellt sich heraus, dass [[Krax]] , der Sohn des Nagus , für die Anschläge verantwortlich ist. Doch in Wirklichkeit ist Zek nicht Todtot, dieser hat seinen Tod vorgetäuscht, um zu sehen , ob sein Sohn Krax ein guter Nagus ist und von Quark die Macht ergreift. Doch in Zeks Augen hat sein Sohn versagt und Zek übernimmt wieder seinen Posten als Nagus. ({{DS9|Die Nachfolge}})

Nach einem Zwischenfall in der Holosuite wird der [[Miradorn|Zwillingsmiradorn]] [[Ro-Kel]] von dem [[Rakhari]] [[Croden]] erschossen. Bashir kann nur noch den Tod feststellen und Croden wird von Odo verhaftet. Croden stammt aus dem Gamma-Quadranten und er erzählt Odo, dass er weitere Formwandler im Gamma-Quadranten kennt. Aber Odo glaubt ihn nicht. Doch Croden versucht Odo seine Geschichte zu beweisen und übergibt ihn ein [[Amulett]], welches ähnliche wandlerische Fähigkeiten wie Odo hat. Bashir untersucht das Amulett und stelltfest, dass es Ähnlichkeiten zwischen dem Amulett und der [[Spezies]] von Odo gibt. Odo vermutet daraufdaraufhin, dass das Amulett ein Hinweis für seine [[Heimatwelt]] ist. Doch später stellt sich heraus, dass dieses Amulett nur als Schlüssel dient und nichts mit Odos Volk zu tun hat. ({{DS9|Der Steinwandler}})

Kurz darauf besucht [[Kai]] [[Opaka]] die Station. Sisko lädt die Kai zu einem Flug durch das Wurmloch in den Gamma-Quadrant Quadranten ein. Bashir und Kira begleiten die beiden. Im Gamma-Quadrant erhält die USS ''Yangtzee Kiang'' einen Notruf und Sisko geht diesem Notruf nach. Im [[Orbit]] eines [[Mond (Satellit)|Mondes]], von dem der Notruf stammt, wird die ''Yangtzee Kiang'' angegriffen und stürzt ab. Sisko, Kira und Bashir überstehen den Absturz unverletzt, jedoch wird Opaka tödlich verletzt und Bashir kann nichts mehr für sie tun. Die überlebenden Offiziere werden in einem Konflikt zwischen den [[Ennis]] und den [[Nol-Ennis]] verwickelt. Die Offiziere werden von den Ennis gefangen genommen und dort erfahren sie von den dem Konflikt zwischen beiden Völkern. Plötzlich greifen die Nol-Ennis an, aber der Angriff wird schnell abgewehrt. Nach dem Kampf kümmert sich Bashir um die Verletzten. Einige Augenblicke später taucht Opaka lebendig auf und Bashir kann sich dies nicht erklären und auch die toten Ennis erwachen plötzlich wieder zum Leben. Bashir will diesen Vorfall untersuchen und begibt sich zur abgestürzten ''Yangtzee Kiang''. Dort findet Bashir heraus, dass die beiden verfeindeten Gruppen durch eine [[Mikrobe]] in der [[Atmosphäre]] wiederbelebt werden. Bashir stellt auch fest, dass die Mikroben nur auf diesem Mond überleben können. Währenddessen versucht Sisko zwischen den Ennis und den Nol-Ennis zu vermitteln, doch er scheitert und beide Gruppen bekämpfen sich weiter. Als Sisko angegriffen wird, rettet Bashir Sisko, damit dieser nicht auch getötet wird. Bashir will versuchen die Mikroben zu deaktivieren, damit die Personen in Frieden sterben können und nicht mehr dieses grausame Leben führen müssen. Doch als Bashir sieht, dass die Ennis dies zu ihrem Vorteil im Kampf gegen die Nol-Ennis nutzen wollen, lässt er davon ab. Die Offiziere können schließlich von Dax und O'Brien gerettet werden und beamen auf die USS ''Rio Grande''. Kai Opaka bleibt auf dem Mond zurück, um den Ennis und den Nol-Ennis bei der Beendigung ihres Konfliktes zu helfen. ({{DS9|Die Prophezeiung}})

Nach diesen Ereignissen wird Doktor Bashir in ein [[Dorf]] nach Bajor gerufen. Die Dorfbewohner benötigen dringend die Hilfe des Arztes. O'Brien soll Bashir nach Bajor fliegen, aber O'Brien wünscht, dass jemand anderes Bashir nach Bajor fliegt, da der Chief Bashir ziemlich nervig findet. Doch Sisko befiehlt O'Brien Bashir nach Bajor zu fliegen. Auf den Flug nach Bajor wechselt O'Brien kein Wort mit Bashir. Schließlich bricht Bashir das [[Eis]] und fängt ein Gespräch mit O'Brien an. Bashir bietet O'Brien an ihn „Julian“ zu nennen, doch O'Brien hat damit Schwierigkeiten. Auf Bajor erfährt Bashir, dass er in dem Dorf den [[Sirah (Titel)|Sirah]] retten muss, damit dieser das Dorf vor dem [[Dal'Rok]] retten kann. Aber Bashir kann nicht viel für den Sirah tun. Als das Dal'Rok wieder auftaucht, rettet der Sirah das Dorf, doch dies ist zu viel für den alten Mann und er bricht zusammen. Kurz vor seinem Tod ernennt der Sirah O'Brien zu seinem Nachfolger. Bashir unterstützt O'Brien in seiner Rolle als Sirah, obwohl sich O'Brien sehr unwohl dabei fühlt. [[Hovath]] , der eigentlich der neue Sirah werden sollte, ist auf O'Brien eifersüchtig und versucht diesen sogar zu töten. Aber O'Brien und Bashir können ihn jedoch aufhalten. Die beiden erfahren von Hovath, dass die Bewohner ihm nicht mehr vertrauen, nachdem er einmal versagt hat. Am nächsten Abend muss O'Brien als Sirah das Dal'Rok aufhalten. Doch O'Brien scheitert bei dieser Aufgabe. Bashir erkennt sofort, dass es sich um eine List des alten Sirah handelt. O'Brien soll als Sirah versagen, damit die Bewohner Hovath wieder vertrauen. Bashir überzeugt Hovath seine Aufgabe als Sirah wahr zu nehmenwahrzunehmen. Hovath kann das Dorf retten und wird nun als neuer Sirah akzeptiert. Bashir und O'Brien kehren darauf nach Deep Space 9 zurück. ({{DS9|Die Legende von Dal'Rok}})

Wenige Wochen später hilft Bashir , den verletzten [[Mullibok]], auf dem bajoranischen Mond [[Jeraddo]] zu behandeln. Bashir will Mullibok mit nach Deep Space 9 mitnehmen, doch dieser weigert sich. Darauf erklärt sich Kira bereit sich um Mullibok zu kümmern und Bashir erklärt ihr wie. ({{DS9|Mulliboks Mond}})

Einige Zeit später erscheint eine Anomalie bei Deep Space 9, welche verursacht das , dass Gedanken Wirklichkeit werden. Zu dieser Zeit hat Bashir wieder eine Verabredung mit Dax. Bashir wird aber wieder von ihr abgewiesen. Als Bashir sich später in seinem Quartier befindet, erscheint Dax und will ihn [[Kuss|küssen]]. Bashir hält dies erst für einen [[Scherz]], aber er gibt sich ihr hin. Die beiden werden wenige Augenblicke später auf die [[Operations Center|OPS]] gerufen. Dort präsentiert Sisko einige Phantasiegestalten darunter auch [[Rumpelstilzchen]] und [[Buck Bokai]], welche plötzlich aufgetaucht sind. Dax soll darauf die Anomalie analysieren, als plötzlich eine zweite Dax erscheint. Es stellt sich heraus, dass die eine [[Jadzia Dax (Alien)|Dax]] eine Phantasiegestalt von Bashir ist. Allerdings stellt Bashir fest, dass all diese Phantasiegestalten real sind. Bashir ist seine Phantasiegestalt von Dax sehr peinlich, doch Dax nimmt ihm das nicht übel, schließlich ist sie auch mal ein junger Mann gewesen. Bashir und Dax untersuchen weiter die Anomalie und erkennen Ähnlichkeiten mit einer Anomalie, welche im [[23. Jahrhundert]] das [[Hanoli-System]] vernichtet hat. Die Anomalie wird zu einer Bedrohung für die Station und das gesamte [[Bajoranisches System|bajoranische System]]. Durch die Erschütterungen, welche durch die Anomalie ausgehen, wird die Phantasie -Dax verletzt und Bashir kümmert sich um sie. Die Anomalie droht zu kollabieren und alles zu vernichten, doch Sisko erkennt, dass es sich bei der Anomalie auch um ein Produkt der Phantasie handelt. Sisko befiehlt allen so zu tun, als würde diese Anomalie nicht existieren und plötzlich löst sich diese auf. Auch die Phantasiegestalten verschwinden plötzlich. Es stellt sich heraus, dass eine fremde Spezies aus dem Gamma-Quadranten in Form dieser Phantasiegestalten in Kontakt mit der Föderation getreten sind ist und sie auch weiterhin Kontakt mit der Föderation haben wollenwill. ({{DS9|Macht der Phantasie}})

Als eine Delegation von [[Botschafter]]n der Föderation an Bord der Station kommt, hat Bashir die Aufgabe den Botschaftern die Station zu zeigen. Bashir hat Probleme mit ihnen, da die Botschafter ihn nicht respektieren. Botschafterin [[Taxco]] will sich sogar beim Sternenflottenkommando über Bashir beschweren, da ein so unerfahrener Offizier sie durch die Station führt. Bashir bittet Sisko ihn von dieser Aufgabe abzuziehen, aber Sisko lässt dies nicht zu. Während Bashir die Botschafter durch einen [[Korridor]] führt, bricht durch eine Fehlfunktion des Computers ein [[Feuer]] aus, welches Bashir und die Botschafter einschließt. Bashir handelt schnell und bringt die Botschafter in einen einem Schacht in Sicherheit. Wenig später werden Bashir und die Botschafter von einem Rettungstrupp befreit. Die Botschafter sind von Bashirs schneller Reaktion begeistert und schlagen ihn für eine [[Auszeichnung]] vor. ({{DS9|Persönlichkeiten}})

Wenig später kommt das klingonische Schiff [[IKS Toh'Kaht|IKS ''Toh'Kaht'']] früher als erwartet aus dem Gamma-Quadranten zurück. Nachdem das Schiff das Wurmloch passiert hat, explodiert dieses. Nur ein Überlebender kann sich auf die Station beamen. Doch Bashir kann nichts für den Klingonen [[Hon'Tihl]] tun und dieser stirbt. Bashir stellt fest, dass der Klingone an den Folgen schwerer Phaserverbrennungen gestorben ist. Während sich der Klingone an Bord beamt, werden die [[Führungsoffizier]]e von Deep Space 9 durch eine [[Telepathie|telepathische]] [[Matrix]] der [[Saltah'na]] infiziert und diese beginnen sich seltsam zu Verhaltenverhalten. Es kommt durch den Einfluss der Matrix zu einem Machtkampf zwischen Kira und Sisko auf der Station. Die Offiziere stellen sich entweder auf die Seite von Sisko oder Kira. Obwohl auch Bashir infiziert ist, verhält sich dieser in diesem Konflikt neutral. Auch Odo bemerkt diese Vorgänge und berichtet dieses Bashir. Da Bashir in seinen Wahn eine Gefahr für die Station sieht, beginnt dieser nach einem Heilmittel zu forschen. Er findet schließlich nach langer Forschung ein Gegenmittel. Inzwischen eskaliert der Streit zwischen Kira und Sisko und es kommt zum Kampf. Doch Odo gelingt es die Offiziere, da diese ihn noch immer vertrauen, in [[Andockschleuse|Andockschleuse 4]] zu locken. Bashir gelingt es dort die Offiziere von der Matrix zu befreien und Odo lässt diese Matrix in den [[Weltraum]] entweichen. ({{DS9|Meuterei}})