Einige Zeit Während des langen Heimfluges wird Siskos Schiff vom Dominion entdeckt und Angegriffen. Sisko gelingt es zwar in einem [[Nebel]] aus [[Dunkle Materie|dunkler Materie]] zu entkommen, aber dort stürzt das Schiff auf einen Planeten. Während des Angriffs wird Dax verletzt und auf der Planetenoberfläche kümmert sich Bashir um ihre Verletzungen. Währenddessen erkunden Nog und Garak die Gegend, als diese plötzlich von Jem'Hadar angegriffen werden und gefangen genommen werden. Es stellt sich herrausheraus, dass ebenfalls eine diese Gruppe Jem'Hadar und ihr Vorta [[Keevan]] ebenfalls auf dem Planeten gestrandet sind. Keevan ist schwer verletzt und verlangt für die Freilassung von Nog und Garak den Kommandanten und einen Arzt als Austausch. Sisko stimmt den Gefangenenaustausch zu, um seine Männer zu retten. Sisko und Bashir werden zu Keevan gebracht und dort muss Bashir den schwer verletzten Keevan behandeln. Bashir operiert Keevan und Bashir gelingt die Operation. Zum Dank verrät Keevan Sisko die Wahrheit, dass er kaum noch Ketracel-White Vorräte hat und bald nicht mehr seine Jem'Hadar kontrollieren kann. Keevan erklärt Sisko, dass er seine Soldaten in eine Falle laufen lassen will, da diese ansosnten ansonsten auch für ihn gefährlich werden. Keevan will damit erreichen, dass er so von Sisko gerettet wird. Bei den darauffolgenden Kampf werden alle Jem'Hadar getötet und Keevan liefert sich freiwillig an Sisko aus. ({{DS9|Entscheidungen}})

Kurz darauf übernimmt die ''Defiant'' die [[Argolis-Mission]]. Zu der Zeit ist Sisko der [[Adjutant]] von Admiral Ross und arbeitet auf der Sternenbasis 375. Jadzia und Dax wird der neue Kommandant der ''Defiant''. Die ''Defiant'' hat bei dieser Mission den Auftrag eine [[Sensorenphalanx]] des Dominions zu vernichten. Während der Mission übernimmt Bashir die [[Conn]] für den erkrankten [[Haj]]. Dax ist erstaunt, dass Bashir ein so guter Pilot ist. Die Mission ist erfolgreich und die Phalanx wird vernichtet. Nach dieser Mission feiern die Offiziere bei Sternenbasis 375 ihren Erfolg. ({{DS9|Hinter der Linie}})

Wenig später bereitet Captain Sisko auf der Sternenbasis 375 die [[Operation Rückkehr]] für die Rückeroberung von Deep Space 9 vor. Die Föderationsflotte bricht auf, um die Station zurück zu erobern. Es kommt zu schweren Gefechten mit den Cardassianern und den Dominion. Mit Hilfe der Klingonen gelingt es der Föderation Deep Space 9 zurück zu erobern. Als Bashir und O'Brien wieder zurück auf der Station sind, verabreden sich die beiden für die Holosuite, um ihre Schlachten wieder durch zuspielenzu spielen. ({{DS9|Ein kühner Plan|Sieg oder Niederlage}})

Nach der Rückeroberung der Station planen Worf und Dax ihre [[Klingonische Hochzeit|Hochzeit]]. Worf fragt seine Freunde, ob sie an dem [[Kal'Hyah]]-Ritual teilnehmen. Bashir denkt sofort an eine Junggesellenabschiedsparty Junggasellenabschiedsparty und sagt sofort zu. Aber in Wirklichkeit handelt es sich um eine harte Prüfung für die Ausdauer. So muss Bashir vier Tage in der Hitze fasten und dies zerrt sehr an seinen Kräften. Während der Prüfung des Blutes schläft Bashir schließlich vor Erschöpfung ein. Worf fragt darauf wer sich als erstes freiwillig meldet, um sich seine Adern aufschneiden zu lassen. Als O'Brien bemerkt, dass Bashir schläft, treten O'Brien, Sisko und [[Alexander Rozhenko]] einen Schritt zurück. Somit ist Bashir ohne es zu ahnen der erste Freiwillige für diese Prüfung. Später müssen Bashir und O'Brien über glühende [[Kohle]]n hängen und beide schwören sich bei Worf für diese Qualen zu rächen. Doch durch einen Streit von Worf und Dax wird die Hochzeit abgesagt. Als dies Bashir und O'Brien erfahren, freuen sie sich, dass sie endlich wieder was essen dürfen. Beide begeben sich darauf in Quarks, um dort etwas zu essen. Doch als Quark den beiden das Essen vorbei bringt, hält sie Sisko vom Essen ab, da die Hochzeit nun doch statt findet. Auf der Hochzeit dürfen die Teilnehmer der Kal'Hyah darauf das Paar symbolisch verprügeln. Bashir und O'Brien können es nicht erwarten zu schlagen zu können und Bashir fragt Martok ständig wann er endlich zuschlagen darf. Als die Hochzeit abgeschlossen ist, dürfen Bashir und O'Brien endlich auf Worf einschlagen und beide stürzen sich auf Worf, um sich für das Leiden, welches die beiden während des Kal'Hyah ertragen mussten, zu rächen. ({{DS9|Klingonische Tradition}})

Bashir bekommt kurz darauf den Auftrag sich um eine Gruppe [[Augment|genetisch aufgewerteten Menschen]] zu kümmern und diesen bei der Resozialisierung zu helfen. Er soll ihnen zeigen, dass auch genetisch aufgewerteten Menschen ein normales Leben führen können. So trifft Bashir auf [[Jack (24. Jahrhundert)|Jack]], [[Lauren]], [[Patrick]] und [[Sarina Douglas]] und Bashir beginnt mit ihnen zusammen zu arbeiten. Bashir erkennt bei dieser zusammenarbeitZusammenarbeit, welches Glück er gehabt hat, dass bei seiner genetischen Aufbesserung alles gut gegangen ist. Wenig später sieht die Gruppe eine Aufzeichnung von [[Damar]] und die Gruppe erkennt an dieser Aufzeichnung sofort die Hintergründe von Damar und seiner Machtübernahme. Bashir erkennt darauf das Potential dieser Menschen und gibt ihnen weiter Berichte und Pläne über den Dominion-Krieg. Mit ihren strategischer Analysen helfen sie Sisko bei den Verhandlungen mit dem Dominion. Allerdings ergibt eine weitere Analyse, dass die Föderation den Dominion-Krieg verlieren wird. Bashir ist entmutigt und versucht Sisko zu überreden, dass die Föderation kapituliert , um so viele Leben wie möglich zu retten. Aber Sisko will dies nicht zu lassen. Bashir ist deprimiert über die bevorstehende Zukunft, da er nun weiß das die Föderation diesen Krieg verlieren wird. Da die Föderation nicht kapitulieren will, wollen Jack, Lauren und Patrick Angriffspläne der Föderation an das Dominion übergeben, damit das Dominion den Krieg so schnell wie möglich gewinnt. Die Gruppe will durch eine schnelle Niederlage mehr Leben retten, als über einen langen andauernden Krieg, welchen die Föderation eh verlieren wird. Doch Bashir ist dagegen, er will zwar so wenig wie möglich Verluste in diesem Krieg haben, aber er will kein Verräter sein. Darauf schlägt Jack Bashir nieder und fesselt diesen. Jack will sich danach mit [[Weyoun 5|Weyoun]] und Damar treffen, und wichtige Pläne der Föderation übergeben. Zur selben Zeit wird Bashir aber von Sarina Douglas befreit und er kann Jack aufhalten seine Pläne durch zu führen. Durch diese Aktion sieht Bashir ein, dass trotz der Berechnungen eine einzelne Person den Verlauf der Geschichte verändern kann. Darauf verabschiedete sich Bashir von den Vier in Freundschaft und hofft diese wieder zu sehen. ({{DS9|Statistische Wahrscheinlichkeiten}})

Als Morn scheinbar ums Leben gekommen ist, ist Bashir entsetzt als dieser von Morns Tod erfährt. Später besucht Bashir die Gedenkfeier von Morn. Da Bashir die [[Lurianer|lurianischen]] Bräuche kennt, bringt er zu Ehren von Morn ein [[Getränk]] mit, damit Morn dieses symbolisch mit ins Nachleben nehmen kann. Zu eheren ehren von Morn hält kurz darauf Bashir den Platz von Morn warm. Später stellt sich heraus, dass Morn seinen Tod nur vorgetäuscht hat. ({{DS9|Wer trauert um Morn?}})

Nachdem O'Brien nach Deep Space 9 zurück gekehrt ist, will O'Brien Quark beim [[Tongo]] schlagen und er bittet Bashir um Unterstützung. Während die beiden Tongo Üben, erkennt O'Brien das Potential von Bashir und schlägt diesem vor, dass er Quark beim Tongo heraus fordert. Quark ist ein sehr guter Spieler und hat zu dieser Zeit eine GlücksträhneGlückssträhne, aber O'Brien glaubt, dass Bashir mit seinem genetisch Aufgewerteten Intellekt Quark schlagen kann. Bashir willigt ein und fordert Quark zu einem Tongospiel heraus. Anfangs führt Bashir bei dem Spiel, bis Quark plötzlich anfängt über Jadzia Dax und ihre Beziehung zu Worf zu erzählen. Da Bashir Dax noch immer liebt, ist er schließlich abgelenkt und wird in ein tiefes Gespräch mit Quark über Dax verwickelt. Durch diese Ablenkung macht Bashir einen Fehler und Quark gewinnt das Spiel. ({{DS9|Wandel des Herzens}})

Kurz darauf wird Bashir auf eine medizinischen [[Konferenz]] auf [[Casperia Prime]] eingeladen und Bashir freut sich sehr auf diese Konferenz. Bevor er aufbricht behandelt er noch schnell die ausgerenkte Schulter von O'Brien. Bashir legt sich schlafen und er wird schnell wieder vom Computer geweckt. Obwohl Bashir um diese Uhrzeit aufstehen wollte, kommt ihm die Nacht trotzdem ziemlich kurz vor. Gerade als Bashir aufbrechen will, werden er und sämtliche Führungsoffiziere auf die OPS gerufen. Dort angekommen erfährt Bashir, dass er nicht nach Casperia Prime fliegt, sondern an einer Befragung von [[Vizedirektor]] [[Luther Sloan]] aus der [[Abteilung für Interne Angelegenheiten]] des [[Sternenflottengeheimdienst]]es teilnimmt. Wie die anderen Offiziere wird Bashir von Sloan befragt und Sloan erkundigt sich vor allem wegen der Gefangenschaft von Bashir beim Dominion, welche ein Jahr zuvor statt gefunden hat. Die Befragung verläuft freundlich und Bashir ist erleichtert, dass er es nun hinter sich hat. Später meldet sich O'Brien bei Bashir, er erwähnt, dass Solan Sloan Bashir Verdächtigt ein Spion des Dominions zu sein. Kurz darauf wird Bashir wieder von Sloan verhört, aber diesmal ist der Ton schärfer. Solan Sloan wirft Bashir nun vor für das Dominion zu arbeiten. Bashir wird darauf von Sloan verhaftet und in den Arrest gebracht. Sisko verspricht Bashir, ihn wieder da herauszuholen. Als Bashir sich in der Arrestzelle befindet, wird er plötzlich fort gebeamt und er wird von Weyoun empfangen. Weyoun freut sich seinen besten Spion wieder zu haben, aber Bashir streitet dies ab. Doch während Bashir mit Weyoun spricht, wird dieser von der der Crew der ''Defiant'' gerettet und zurück an Bord gebracht. Als sich Bashir wieder an Bord der ''Defiant'' befindet, halten ihn nun auch seine Freunde für einen Spion des Dominions und selbst Sisko glaubt ihn kein Wort mehr. Als Bashir aus Versehen O'Briens Schulter berührt, hat dieser keine Schmerzen und Bashir spricht O'Brien auf seine Schulter an. Schließlich merkt Bashir das etwas faul ist und er stellt O'Brien eine Fangfrage, auf die O'Brien herein fällt. Bashir will bei dem Spiel nicht mehr mitmachen und plötzlich beendet Sloan die Simulation und Bashir erkennt, dass er sich auf einem [[Holodeck]] befindet. Solan Sloan wollte mit diesem Programm die Loyalität von Bashir testen und ihn für Solan Sloan will Bashir für [[Sektion 31]], einem inoffiziellem [[Geheimdienst]] der Sternenflotte rekrutieren. Doch diese Organisation ist illegal und arbeitet im Verborgenen. Da Bashir von den Methoden von Sektion 31 nicht einverstanden ist, lehnt dieser das Angebot Sloan ab. Sloan lässt Bashir darauf betäuben und bringt diesen nach Deep Space 9 zurück. Bashir erstattet darauf dem Führungsstab von Deep Space 9 sofort berichtBericht. Sisko schlägt darauf vor wenn sich Sloan wieder bei Bashir meldet sein Angebot anzunehmen, um so mehr über Sektion 31 und deren Aktivitäten in Erfahrung zu brinegnbringen. ({{DS9|Inquisition}})

Während der [[Zeit der Abrechnung]] zwischen den Propheten und den Pah-Geistern, bemerkt Bashir die ersten Anzeichen , als er sich mit seinen Freunden unterhält und die Station plötzlich erschüttert wird. Später findet der Kampf zwischen den Propheten und den Pah-Geist in den Körper von Kira und Jake Sisko auf dem Promenadendeck auf Deep Space 9 und Sisko lässt die Station evakuieren. Aber Kai Winn hält den Kampf auf, indem sie die Station mit [[Chronotonpartikel]]n überflutet. Bashir behandelt darauf die leicht verletzte Kira und Jake Sisko. ({{DS9|Zeit der Abrechnung}})

Kurz darauf unterhalten sich Bashir, O'Brien und Dax im Replimat über Captain [[Boday]]. Bashir reagiert etwas eifersüchtig, als erfährter erfahren hat, dass Ezri Dax mit Captain [[Boday]] ihm ausgegangen ist. Da Jadzia Dax kurzzeitig ein Verhältnis mit ihm gehabt hat vermutet Bashir, dass Ezri Dax auch ein Verhältnis mit ihm beginnen will. Später Plötzlicht kommt Kira hinzu und erwähnt, dass Worf in den Badlands vermisst wird. Darauf begibt sich Dax auf mit einem Runabout in die Suche Badlands, um nach Worf, da er in den Badlands vermisst wirdzu suchen. ({{DS9|Im Ungewissen}})

Dax und Worf sind schon einige Zeit verschollen, als Sisko plötzlich Kasidy beschließt Yates heiraten will. Da diese Hochzeit kurzfristig geplant ist sind nur wenige Gäste anwesend. Auch Da die Hochzeit sehr kurzfristig ist kommt Bashir wird mit auf beinah zu spät zu dieser Feier. Admiral Ross leitet die Hochzeit eingeladen Zermonie und traut Sisko und feiert diese mitYates. ({{DS9|Bis daß der Tod uns scheide}})

Worf und Dax gelingt es mit der Hilfe von Damar dem Dominion zu entkommen. Auf Deep Space 9 angekommen, berichten die beiden von der neuen [[Dominion-Breen-Allianz]]. Bashir freut sich, dass Dax sicher zur Station zurück gekehrt ist. Währenddessen beginnen die Breen mit einem [[Überfall auf die Erde|Angriff auf die Erde]] und es kommt zu einer Wende im Dominion-Krieg. Auf der Station bereitet man sich ebenfalls auf einen Angriff vor. Um sich von dem Stress abzulenken , spielen O'Brien und Bashir an einem [[Modell]] des [[Alamo]] um und den denken sich mit dem Ausdenken neuer dort neue Strategien aus, um bei der Schlacht von Alamo abzulenkenzu gewinnen. Worf und Dax beobachten die beiden dabei. Worf findet das Verhalten der beiden kindisch, während Dax es süß findet, wie sich Bashir mit dem Modell beschäftigt. Beim Spiel mit dem Modell verliert Bashir die Figur des [[William Travis]], und dies verärgert O'Brien etwas. Später Kurz darauf greift das Dominion zusammen mit den Breen [[Chin'toka-System]] an. Bashir nimmt Bashir an an Bord der ''Defiant'' an der [[Dritte Schlacht von Chin'toka|dritten Schlacht von Chin'toka]] teil, um das System zu verteidigen. Die Breen beginnen das Doch mit einer neuen [[Chin'toka-SystemEnergiedämpfungswaffe]] anzugreifen und gelingt es kommt zu einer großen Niederlage den Breen die Flotte der [[Föderationsallianz]]aus zu löschen. Während der Schlacht wird Auch die ''Defiant'' zerstört wird bei dem Kampf schwer beschädigt und Sisko befiehlt das Schiff zu evakuieren. Bashir bringt die verletzte Kira von Bord der ''Defiant''in eine [[Fluchtkapsel]] und kurz darauf wird die ''Defiant'' vernichtet. Nach Allerdings beginnt nach der Schlacht beginnt von Chin'toka Damar mit der [[Cardassianische Rebellion|cardassianische Rebellion]] gegen das Dominionzu kämpfen und die Föderation hat somit einen weiteren Verbündeten. ({{DS9|Im Angesicht des Bösen}})

Nach der Niederlage von Chin'toka versucht die Föderation Damars Rebellion zu unterstützen. Kira, Odo und Garak werden zu Damar geschickt, um ihn zu unterstützen. Bevor Odo aufbricht, bittet Bashir ihn um eine Probe seiner [[Morphogene Matrix|morphogenen Matrix]], da er mit dieser [[Synthetisches Organ|synthetische Organe]] herstellen will. Während seiner Forschung macht er Bashir sich Sorgen, dass Dax wieder mit Worf zusammen kommt. Als Dax gerade zu Bashir kommt, um ihre Gefühle ihm gegenüber offenbart, stellt Bashir fest, dass Odo an den [[Morphogener Virus|morphogenen Virus]] leidet, welcher sein Volk tötet. Bashir teilt dies Odo mit und beginnt sofort mit der Forschung an einem Heilmittel für Odo. Obwohl er Bashir bittet darauf die [[Sternenflotten-Medizin]] um Unterstützung bittetHilfe, doch weder Fähnrich [[Weldon]], noch Commander [[Hilliard]] sind Bashir eine Hilfe. Hilliard bezichtigt Bashir sogar des Verrats, bekommt da er keine Hilfe von ihnenein Heilmittel für die Gründer finden will. Erst mit Hilfe von Sisko bekommt Bashir sämtliche Informationen, von der Sternenflotte, die er benötigt. Aber Bashir stellt fest, dass die Daten gefälscht sind und vermutet, dass Sektion 31 hinter der Krankheit der Gründer steckt. Bashir stellt schließlich fest, dass Sektion 31 Odo 2372 mit dem Virus infziert hat, damit mit diesem Virus sämtliche Formwandler ausgelöscht werden. Bashir muss nun ein Heilmittel finden, ohne das Sektion 31 dvaon etwas mitbekommt. ({{DS9|Ein Unglück kommt selten allein}})

Bashir gerät 2372 mit O'Brien in einen heftigen Streit, als dieser den Jem'Hadar helfen will sich vom Katrecel -White zu befreien. O'Brien sieht in den Jem'Hadar ohne das White eine noch größere Gefahr und ist nicht bereit Bashir zu helfen. Bashir ist schließlich gezwungen O'Brien es zu Befehlen ihn zu helfen. Später muss O'Brien Bashir sogar zwingen von dem Planeten zu fliehen. Durch diese Mission hat die Freundschaft der beiden etwas gelitten. ({{DS9|Der Hippokratische Eid}})

Ende 2374 beginnen Bashir und O'Brien die Schlacht von Alamo nach zu spielen. Bei diesem Programm verteidigen die beiden als [[Davy Crockett]] und [[William Travis]] mit einer 200 Mann starken Armee [[Alamo]]. Da der Feind mit 2000 Mann überlegen ist, verlieren die beide ständig die Schlacht. Bashir und O'Brien versuchen mit ihren gegebenen Mitteln die Schlacht zu gewinnen. Das Programm wird für die beiden zur Leidenschaft und ist den beiden heilig. Die beiden spielen dieses Programm stets zusammen und lassen keinen anderen an der Schlacht mit teilnehmen. Als Lieutenant Hector Ilario und Ezri Dax die beiden fragen ob sie mitspielen dürfen, verweigern die beiden ihnen den Zugang zu ihrem Programm. Nachdem O'Brien Ende 2375 Deep Space 9 verlässt, spielt Bashir das Programm nicht mehr, da er der Meinung ist, dass dieses Programm nur von den beiden gemeinsam gespielt werden sollte. ({{DS9|Tiefes Unrecht|Im Angesicht des Bösen|Das, was du zurückläßt, Teil II}})