[[Datei:Bashirs Ankunft auf DS9.jpg|thumb|Bashirs Ankunft auf Deep Space Nine9.]]

Nach dem Angriff auf die ''Odyssey'' ist sich die Föderation der Gefahr durch das Dominion bewusst. Auf Deep Space 9 bereiten sich die Offiziere auf eine [[Invasion]] des Dominions vor. Es finden in dieser Zeit Simulationen statt, um sich auf den Angriff des Dominions vorzubereiten. Allerdings verlaufen die Simulationen schlecht für die Station, da die Jem'Hadar bei einem Angriff auf die Station überlegen sind. Deswegen bekommt Commander Sisko für Deep Space 9 die [[USS Defiant (NX-74205)|USS ''Defiant'' (NX-74205)]] zugeteilt. Sisko hat den Auftrag Kontakt mit den [[Gründer]]n des Dominions aufzunehmen. Die ''Defiant'' ist für diese Mission mit einer [[Romulaner|romulanischen]] [[Tarnvorrichtung]] ausgestattet. Bashir begleitet Sisko mit in den Gamma-Quadranten, allerdings muss dieser vorher noch die Krankenstation an Bord der ''Defiant'' aufrüsten. Bei der Mission wird die ''Defiant'' von den [[Jem'Hadar]] angegriffen und schwer beschädigt. Bei den Kampf übernimmt Bashir die [[Conn]], aber schließlich wird die ''Defiant'' von den Jem'Hadar übernommen, und nur Kira und Odo können entkommen. Auf der Brücke kämpft Bashir gegen die Jem'Hadar, doch dieser wird beim Kampf überwältigt. Die ''Defiant'' wird darauf zur [[Heimatwelt der Gründer]] gebracht. ({{DS9|Die Suche, Teil I}})

Die Gründer erzeugen für die bewusstlosen Offiziere eine Illusion, was geschehen wird, wenn das Dominion Fuß im Alpha-Quadrant fasst und die Kontrolle über Bajor übernimmt. In dieser Illusion drohen durch den Kontakt mit dem Dominion Konflikte im Alpha-Quadranten auszubrechen, unteranderem unter anderem ein Krieg mit den Romulanern. In dieser Simulation verletzen die Jem'Hadar O'Brien und Bashir muss eingreifen. Bashir versteht einfach nicht, dass die Jem'Hadar aufgrund der neuen Allianz sämtliche Gesetze der Föderation brechen dürfen. Da Sisko und die Führungsoffiziere durch die neue Allianz mit dem Dominion und deren Übernahme von Bajor eine Bedrohung sehen, beschließen diese das Wurmloch zu versiegeln. Bashir und die anderen Offiziere werden kurz darauf von Odo und Kira, welche sich ebenfalls auf dem Planeten befinden, befreit und stellen fest das es sich um eine Illusion gehandelt hat. Es stellt sich schließlich heraus, dass Odos Volk die Gründer des Dominions sind. Die ''Defiant'' kehrt nach diesen Ereignissen nach Deep Space Nine 9 zurück. ({{DS9|Die Suche, Teil II}})

Nach diesen Ereignissen ist die Angst vor einer Invasion des Dominions auf Deep Space 9 groß und immer mehr Personen verlassen die Station. [[Keiko O'Brien]] muss ihre [[Schule]] schließen, da kaum noch Kinder an Bord sind. Chief O'Brien macht sich Sorgen um seine Frau und berät sich mit Bashir über dieses Problem. O'Brien will für seine Frau ein Aboretum Arboretum zu bauen, doch Bashir findet diese Idee nicht so gut, da so aus Keiko O'Briens Beruf nur ein [[Hobby]] wird. Bashir empfiehlt seinem Freund, dass sie wieder ihren alten Beruf als [[Biologie|Biologin]] ausführen muss, um wieder glücklich zu sein. Der Chief hört auf den Ratschlag und seine Frau nimmt an einer [[Expedition]] auf Bajor teil. ({{DS9|Das Haus des Quark}})

Wenige Wochen später leidet Jadzia Dax unter starken [[Halluzination]]en und sie verliert mehrmals ihr Bewusstsein. Bashir tut alles um ihr zu helfen, aber es gelingt ihm nicht. Da Bashir Dax nicht helfen kann, bringt die ''Defiant'' Dax zu ihren Heimatplaneten [[Trill (Planet)|Trill]]. Während des Fluges zum Planeten wünscht Dax die Gesellschaft von Bashir und möchte in seinem Quartier mit Übernachten. Doch auf Trill sinken die [[Isoboramin]]werte von Dax und diese droht daran zu sterben. Bashir kümmert sich auch auf Trill um Dax. Es stellt sich heraus, dass es Probleme mit einen der Wirte von Dax gibt. Die Erinnerungen von [[Joran Belar]] wurden im [[Dax (Symbiont)|Dax-Symbionten]] unterdrückt. Schließlich werden die unterdrückten Erinnerungen in Dax freigesetzt und Jadzia wird gerettet. ({{DS9|Das Equilibrium}})

Wenig später wird Kira nach Cardassia entführt und als diese vermisst wird, beginnen Odo und Dax zu ermitteln was mit Kira geschehen ist. Von Garak erfährt Bashir, dass Kira nach Cardassia entführt worden ist und Bashir teilt dies Sisko mit. Später kann Kira von Sisko, Odo und Kira Garak gerettet werden und kehrt auf die Station zurück. ({{DS9|Die zweite Haut}})

Kurz darauf kauft Quark die Trümmerteile eines im Gamma-Quadranten abgestürzten Raumschiffs. In diesen Trümmern befindet sich jedoch ein [[Baby]]. Quark bringt das Kind zu Bashir und dieser untersucht es. Das Baby scheint zwar gesund zu sein, allerdings kann Bashir die Spezies des Babys nicht zu ordnen. Allerdings stellt Bashir fest, dass das Baby einen erhöhten Stoffwecsel Stoffwechsel hat. Das Baby entwickelt sich innerhalb von wenigen Stunden zu einem Teenager. Bashir wundert sich über die Entwicklung, aber er stellt fest, dass dies bei seiner Spezies normal zu sein scheint. Innerhalb von wenigen Stunden wächst der Junge heran und es stellt sich heraus, dass es sich um einen Jem'Hadar handelt. Dieser greift Bashir an, aber Odo kann ihn unter Kontrolle bringen. Die Sternenflotte wünscht die Auslieferung des Jungen, da diese so ein Jem'Hadar untersuchen kann. Doch Bashir und Odo sind dagegen und wollen nicht das der Junge als Versuchsobjekt endet. Während seiner Arbeitet findet Bashir heraus, dass die Jem'Hadar die [[Droge]] [[Ketracel-White]] zum Überleben benötigen. Odo versucht inzwischen den Jem'Hadar zu zähmen, aber der Jem'Hadar will nichts anderes als kämpfen und töten. Odo sieht schließlich ein, dass er den Jem'Hadar nicht helfen kann und bringt ihn zurück zu seinem Volk. ({{DS9|Der Ausgesetzte}})

Bei der Löschung einiger Programme in der [[Erzverarbeitungsanlage]] aktiviert O'Brien aus Versehen das [[Antirebellionsprogramm]] der Cardassianer. Kira, Dax und Bashir versuchen das Programm von der Ops aus zu deaktivieren, doch ihnen gelingt dies nicht und auch Odo hat, trotz Cardassianischer cardassianischer Sicherheitsberechtigung keine Möglichkeit das Programm zu deaktivieren. Inzwischen wird die nächste Stufe des Antirebellionsprogramms gestartet und Deep Space Nine 9 wird durch [[Kraftfeld]]er abgesichert. Dadurch sitzen Bashir und die anderen Offiziere sitzen auf der OPS Ops fest. Als die nächste Stufe des Programms gestartet wird, droht [[Neurozingas]] in den [[Habitatring]] auszuströmen und dort alle Personen zu töten. Dax versucht dies zu verhindern und deaktiviert die [[Lebenserhaltungssystem]]e. Dabei wird Dax verletzt und Bashir behandelt siediese. Durch die Deaktivierung der Lebenserhaltungssysteme wird die nächste Stufe des Programms aktiviert und die [[Selbstzerstörung]] von Deep Space 9 wird eingeleitet. Als man versucht diese zu deaktivieren, wird die nächste Stufe aktiviert und die Offiziere werden von einem [[Phaser]] beschossen. Schließlich kommt Dukat an Bord und warnt Bashir, da dieser fast vom Phaser getroffen wird. Dukat deaktiviert danach den Phaser. Dukat stellt einige Forderungen, damit er seine Kommandocodes eingibt, doch Kira get geht nicht darauf ein. Als sich Dukat darauf wieder weg beamen will, aktiviert sich eine weitere Stufe des Programms und Dukats Kommadocodes Kommandocodes werden ungültig. Dukat sitzt nun mit den anderen auf der Station fest und ihm gelingt es weder, die Selbstzerstörung abzuschalten, noch die Flucht. Sisko und O'Brien gelingt es zur selben Zeit die Energie, welche für die Vernichtung der Station verantwortlich ist, umzuleiten und sie können so das Programm entgültig deaktivieren. ({{DS9|In der Falle}})

Trotz der Gefahr durch das Dominion führt die Föderation weitere Forschungsmissionen im Gamma-Quadranten durch. Im [[Trialus-System]] taucht plötzlich ein Planet aus dem Nichts heraus auf. Die Bewohner des Planeten rufen die ''Defiant'' und laden die Offiziere auf ihren Planeten [[Meridian]] ein. Die Bewohner erklären Sisko, dass ihr Planet immer für 60 Jahre in eine andere Dimension springt und sie dort als reine Gedanken leben, doch nun bleibt der Planet vorerst für die nächsten 12 Tage an diesem Ort. Darauf beamt ein Außenteam auf den Planeten. Bashir gefällt der Planet sehr und er nimmt an dem Essen mit den Bewohnern teil. In dieser Zeit verliebt sich Dax auf dem Planeten in [[Deral]]. Um auf Meridian bleiben zu können, nachdem der Planet in die andere Dimension wechselt, muss Bashir die [[Molekül]]e von Dax ändern. Aber dies funktioniert nicht und durch Dax Anwesenheit wird der Übergang in die andere Dimension gestörrt gestört und sie droht dabei zu sterben. Im letzten Moment kann Dax auf die ''Defiant'' gebeamt werden und der Planet verschwindet ohne sie. ({{DS9|Meridian}})

Durch einen Unfall wird [[Vedek]] [[Bareil Antos]] schwer verletzt. Bashir tut zwar alles um ihn zu retten, aber Bareil stirbt an seinen schwerenVerletzungenschweren Verletzungen. Bei der [[Autopsie]] werden plötzlich [[Nerv]]en von Bareil aktiviert und Bashir kann nun doch das Leben von Bareil retten. Wenig später erwacht Bareil wieder. Zu der Zeit finden wichtige Verhandlungen zwischen den Cardassianern und den Bajoranern statt. [[Kai]] [[Winn Adami]] benötigt Bareil als Berater für diese wichtigen Verhandlungen. Aber Bareils Zustand ist nicht stabil und Bashir möchte ihn zu Sicherheit ins Koma versetzen. Aber Bareil lehnt ab und will lieber ein neues riskantes Medikament testen. Bashir ist zwar dagegen, verabreicht ihm aber trotzdem das Medikament. Durch das Medikament versagen die [[Organ]]e von Bareil und auch das [[Gehirn]] nimmt schwere Schäden. Bashir will Bareil weiter ins Koma versetzen, um sein Leben zu retten, doch Bareil weigert sich, da er bei den Verhandlungen helfen muss. Darauf begibt sich Bashir zu Winn und bittet sie die Verhandlungen ohne Bareil fortzusetzen, doch auch sie weigert sich. Bashir erkennt, dass Winn Bareil als Sündenbock benötigt, fals falls die Verhandlungen scheitern. Mittlerweile werden immer mehr Organe von Bareil durch künstliche Implantate ersetzt und auch das Gehirn benötigt ein Implantat zur Stabilisierung. Bareil erwacht mit seinen ImplantenImplantaten, aber er fühlt sich nicht mehr wie eine richtige Person, trotzdem hilft er weiter bei den Verhandlungen. Winn gelingt es schließlich erfolgreich die Verhandlungen abzuschließen. Aber bei Bareil versagt das Gehirn nun endgültig. Bashir könnte es zwar durch ein Implantat vollständig ersetzen, aber Bashir will das nicht, da er so den Funken des Lebens von Bareil auslöscht. Kurz darauf stirbt Bareil. ({{DS9|Der Funke des Lebens}})

Durch einen Unfall wird O'Brien verletzt und Bashir behandelt ihn daraufhin und empfiehlt O'Brien nur leichten Dienst zu tun. Durch diesen Unfall macht O'Brien Zeitsprünge fünf Stunden in die Zukunft. Dieser bricht danach zusammen und wird von Bashir behandelt. Zu beginn hält Bashir O'Briens Zeitsprünge zuerst für eine Halluzination, doch als O'Briens Voraussagen eintreffen, fängt Bashir an diesen zu glauben. Bei seinem nächsten Sprung sieht O'Brien einen Kampf zwischen den Romulanern und den Klingonen im QuarksQuark's. Darauf wird die Sicherhheit Sicherheit verstärkt, doch trotzdem will im O'Brien mit Bashir im Quarks Quark's abwarten, ob das Ereignis eintrifft. Bashir glaubt zwar mehr daran doch plötzlich tauchen die Klingonen auf und der Kampf entbrennt und auch Bashir und O'Brien werden darin verwickelt. Plötzlich macht O'Brien seinen nächsten Sprung und sieht wie dieser von einer Energieentladung getötet wird. O'Brien berichtet davon Bashir und Odo und Sisko erkunden den Ort wo O'Brien getötet worden ist. Mit Hilfe von Dax findet Bashir eine Möglichkeit zu finden, damit O'Brien keine Zeitsprünge mehr macht. Beim nächsten Sprung sieht sich O'Brien tot in der Krankenstation. Bashir erklärt ihm, dass seine ursprüngliche Behandlung falsch gewesen ist und er gibt O'Brien eine Botschaft für sein Ich aus der Vergangenheit mit, damit dieser O'Brien retten kann. Durch diese Nachricht kann Bashir O'Brien schließlich behandenbehandeln, damit er keine Sprünge mehr macht. Doch O'Brien macht noch einen Zeitsprung und sieht dabei die Vernichtung von Deep Space 9 und dem Wurmloch. O'Brien warnt Sisko vor den Ereignisse, aber er weiß nicht was diese Katastrophe ausgelöst hat. Mit einem radioaktiven Isotop springt O'Brien in die Zukunft und erkennt das die Romulaner dafür verantwortlich sind. Doch die Strahlenbelastung ist zu hoch und O'Brien stirbt. Sein zukünfiges zukünftiges Ich springt dafür in die Vergangenheit und Bashir wundert sich warum O'Briens Strahlenwerte so niedrig sind und O'Brien erklärt ihm was geschehen ist. O'Brien warnt Sisko vor den Angriff der Romulaner und dieser startet sofort die Gegenmaßnahmen. Somit kann die Stationdoch Station doch gerettet werden. ({{DS9|Der Visionär}})

Nach einem gemeinsamen Essen mit Garak kommt es zu einem Anschlag auf dessen Geschäft. Garak wird dabei verletzt und Bashir eilt seinem Freund sofort zur Hilfe. Odo leitet die Ermittlung, wer diesen Anschlag begangen hat. Odo verhört Garak, doch dieser ist nicht besonders hilfreich dabei Odo zu helfen. Bashir bekommt das ganze mit und versteht nicht, warum es Garak so schwer fehlt die Wahrheit zu sagen und Odo bei seinen Ermittlungen zu helfen. Odo findet inzwischen heraus, dass Garak selbst für diesen Anschlag verantwortlich gewesen ist. Garak will dadurch verhindern, dass er vom ehemaligen Chef des Obsidianischen Orden Enabran Tain getötet wird. Odo und Garak versuchen darauf Tain aufzuspüren. Bashir verabschiedet sich von seinen Freund und Garak beginnt mit seiner Suche nach Tain. Odo und Garak werden kurz darauf von den Romulanern und Cardassianern gefangen genommen. Die Romulanern und Cardassianer planen einen Angriff auf das Dominion und Tain leitet diese Operation. ({{DS9|Der geheimnisvolle Garak, Teil I}})

Wenige Wochen später lernt Bashir die Bajoranerin [[Leeta]] kennen. Sie gibt vor an einem [[Husten]] zu leiden, damit sie mit diesen ein Gespräch beginnt. Doch kurz darauf erfährt Bashir von Dax, dass seine ehemalige Studienkollegin Elizabeth Lense von der ''Lexington'' nach Deep Space 9 kommt. Bashir ist ganz aufgeregt, da sie auf der Akademie seine härteste Konkurentin Konkurrentin gewesen ist. Doch als Lense auf die Station kommt, beachtet diese Bashir nicht. Bashir ist ziemlich enttäuscht darüber, dass sie ihn nicht beachtet hat. Zusammen mit O'Brien betrinkt Bashir sich und er ist sehr wütend auf Lense. Betrunken rät O'Brien Bashir sich mit Lense anzusprechen, Bashir tut dies dann auch und es stellt sich heraus, dass Lense ihn damals auf der Akademie mit dem [[Andorianer]] [[Erib]] verwechselt hat. Darauf verbringen die beiden ihren Abend im QuarksQuark's. ({{DS9|Die Erforscher}})

Wenige Wochen später hat O'Brien eine Glückssträhne beim Darts und Quark setzt Wetten auf ihn. O'Brien gewinnt jedes Spiel. Als er O'Brien gegen den Vulkanier [[Syvar]] spielt, kugelt er sich die Schulter aus. Bashir muss O'Brien darauf operieren. O'Brien muss sein Spiel aufgeben und verliert. Als später Bashir spielt, hofft Quark auf eine Glückssträhne von Bashir und er setzt nun auf ihn. ({{DS9|Shakaar}})

Kurz darauf bittet Jadzia Dax ihre Freunde an der [[Zhian'tara]]-Zeromonie teil zu nehmen. Dabei stellen die Freunde von Dax ihre Körper zur VerfüngenVerfügung, damit die Persönlichkeiten der vorherigen Wirte von Dax kurzzeitig den Körper einer anderen Person übernimmt. Bashir erklärt sich sofort Bereit bei diesem Ritual mit zu machen. Bashir übernimmt bei dem Ritual die Erinnerungen von [[Torias Dax]]. Torias teilt seine Lebenserfahrung im Körper von Bashir an Jadzia Dax mit. ({{DS9|Facetten}})

Ende des Jahres nimmt Bashir an der Feier zur [[Beförderung]] von Captain Sisko teil. Als zu einem angeblichen [[Putsch]] auf der [[Tzenkethi]]-[[Heimatwelt]] kommt, fliegt die ''Defiant'' in diesen Sektor, um die Kolonien der Föderation vor einen möglichen Angriff der Tzenkethi zu schützen. Bashir nimmt an dieser Mission an Bord der ''Defiant'' teil. Einige Zeit später sieht es so aus, als haben die Tzenkethi eine Kolonie der Föderation angegriffen und ein Krieg droht. Zur selben Zeit kommt es zu Systemausfällen an Bord der ''Defiant'' und Sisko vermutet einen Saboteur an Bord des Schiffes. O'Brien verdächtigt zuerst Bashir, da er diesen in den [[Jefferies-Röhre]]n gesehen hat. Bashir bestreitet jedoch in der Jefferies-Röhre gewesen zu sein. Später stellt sich heraus, dass ein [[Gründer]] für die Sabotage verantwortlich ist und auch Bashirs Gestalt angenommen hat. Der Gründer versucht einen Krieg zwischen der Föderation und den Tzenkethi auszulösen, damit das Dominion so leichter den Alpha-Quadranten erobern kann. Sisko und einige Teams beginnen mit der Suche nach dem flüchtigen [[Krajensky (Gründer)|Wechselbalg]]. Doch dem Wechselbalg gelingt es Bashir in ein Quartier zu sperren und setzt in dessen Gestalt Dax außer Gefecht.Später kann der Gründer enttarnt werden, als der echte Bashir gefunden wird. Bashir versucht darauf Dax zu behandeln, doch sie bleibt noch für einige Stunden außer Gefecht. Am Ende gelingt es Odo den Gründer aufzuhalten, indem er diesen tötet. O'Brien gelingt es darauf die Sabotage des Gründers zu beseitigen und die ''Defiant'' kehrt in den [[Föderationsraum]] zurück. Dadurch bleibt der Frieden zwischen der Föderation und den Tzenkethi erhalten. ({{DS9|Der Widersacher}})

Als Nog den Schreibtisch von Catain Sisko vorübergehend eintauscht, versucht O'Brien einen neuen zu besorgen, aber Bashir erwähnt nur, dass dieser neue Schreibtisch überhaupt keine Ähnlichkeit mit dem alten Schreibtisch von Captain Sisko hat. Doch Nog bringt zum Glück von O'Brien den Schreibtisch noch rechzeitig zurück. ({{DS9|Verrat, Glaube und gewaltiger Fluß}})

Einige Zeit später versuchen O'Brien und Bashir Worf von der Schlacht von Alamo und vor allem von dieser Legende zu berichten. Aber Worf scheint dies nicht all zu sehr zu interesieren. ({{DS9|Der Dahar-Meister}})