Nachdem O'Brien nach Deep Space 9 zurück gekehrt ist, gelingt es will O'Brien Bashir davon zu überzeugen Quark beim [[Tongo]] herauszufordernschlagen und er bittet Bashir um Unterstützung. Während die beiden Tongo Üben, erkennt O'Brien das Potential von Bashir und schlägt diesem vor, dass er Quark beim Tongo heraus fordert. Quark ist ein sehr guter Spielerund hat zu dieser Zeit eine Glücksträhne, aber O'Brien glaubt, dass Bashir mit seinem genetisch Aufgewerteten Intellekt Quark schlagen kann. Schließlich Bashir willigt Bashir ein und fordert Quark zu einem Tongospiel heraus. Anfangs führt Bashir bei dem Spiel , bis Quark plötzlich anfängt über Jadzia Dax und ihre Beziehung zu Worf zu erzählen. Da Bashir sie Dax noch immer liebt , ist er schließlich abgelenkt und wird in ein tiefes Gespräch mit Quark über Dax verwickelt. Durch die diese Ablenkung macht Bashir einen Fehler und Quark gewinnt das Spiel. ({{DS9|Wandel des Herzens}})

Wenig später schlägt Bashir O'Brien Bashir vor , in der Holosuite die [[Schlacht von Alamo]] nach zu spielen. Anfangs ist O'Brien Bashir wenig begeistert eine Schlacht zu spielen bei der sie verlieren werden, aber bald darauf wird dieses [[Alamoprogramm|Programm]] das Lieblingsprogramm der beiden. Zu der Zeit steht Major Kira unter ziemlichen Stress, wegen einer Botschaft von Dukat an sie. Auch Bashir bekommt dies mit, als Kira ihn anbrüllt. ({{DS9|Tiefes Unrecht}})

Kurz darauf wird Bashir wird für auf eine medizinischen [[Konferenz]] auf [[Casperia Prime]] eingeladen und Bashir freut sich sehr auf diese Konferenz. Bevor er aufbricht behandelt er noch schnell die ausgerenkte Schulter von O'Brien. Bashir legt sich schlafen und er wird kurz darauf schnell wieder vom Computer geweckt. Obwohl Bashir um diese Uhrzeit aufstehen wollte, kommt ihm die Nacht trotzdem ziemlich kurz vor. Er Gerade als Bashir aufbrechen will, werden er und sämtliche Führungsoffiziere werden auf die OPS gerufen. Dort angekommen erfährt Bashir, dass er nicht nach Casperia Prime fliegt, sondern an einer Befragung von [[Vizedirektor]] [[Luther Sloan]] aus der [[Abteilung für Interne Angelegenheiten]] des [[Sternenflottengeheimdienst]]es teilnimmt. Wie die anderen Offiziere wird Bashir von Sloan befragt später Bashir und Sloan erkundigt sich vor allem wegen der Gefangenschaft von Bashir beim Dominion , welche ein Jahr zuvorstatt gefunden hat. Die Befragung verläuft freundlich und Bashir ist erleichtert, dass er es nun hinter sich hat. Später meldet sich O'Brien bei Bashir, er erwähnt, dass Solan Bashir Verdächtigt ein Spion des Dominions zu sein. Kurz darauf wird Bashir wieder von Sloan verhört, aber diesmal ist der Ton schärfer. Solan wirft Bashir nun vor für das Dominion arbeitetzu arbeiten. Bashir wird darauf von Sloan verhaftet und in den Arrest gebracht. Sisko verspricht Bashir, ihn wieder da herauszuholen. Als Bashir sich in der Arrestzelle befindet, wird er plötzlich fort gebeamt und er wird von Weyoun empfangen. Weyoun freut sich seinen besten Spion wieder zu haben, aber Bashir streitet dies ab. Schließlich Doch während Bashir mit Weyoun spricht, wird Bashir dieser von der der Crew der ''Defiant'' gerettetund zurück an Bord gebracht. Als sich Bashir wieder an Bord der ''Defiant'' befindet, glaubt halten ihn keiner mehr, selbst Sisko hält Bashir nun auch seine Freunde für einen Spion des Dominionsund selbst Sisko glaubt ihn kein Wort mehr. Als Bashir aus Versehen O'Briens Schulter berührt, hat dieser keine Schmerzen und er Bashir spricht O'Brien auf seine Schulter an. Schließlich merkt Bashir das etwas faul ist und er stellt O'Brien eine Fangfrage, auf die O'Brien herein fällt. Bashir will bei dem Spiel nicht mehr mitmachen und er bemerktplötzlich beendet Sloan die Simulation und Bashir erkennt, dass er sich auf einem [[Holodeck]] befindet. Plötzlich erscheint Solan und klärt Bashir auf. Solan wollte mit diesem Programm die Loyalität von Bashir testen. und ihn für Solan will Bashir für [[Sektion 31]], einem inoffiziellem [[Geheimdienst]] der Sternenflotte rekrutieren. Da Doch diese Organisation ist illegal und arbeitet im Verborgenen. Da Bashir von den Methoden von Sektion 31 nicht einverstanden ist, lehnt dieser das Angebot Sloan ab. Sloan lässt Bashir ab darauf betäuben und er wird bringt diesen nach Deep Space 9 zurück gebracht. Nach dem Julian Bashir erstattet darauf dem Führungsstab von Deep Space 9 Bericht erstattet, sofort bericht. Sisko schlägt Captain Sisko darauf vor, weitere Versuche zu akzeptierenwenn sich Sloan wieder bei Bashir meldet sein Angebot anzunehmen, um so als Spion in der mehr über Sektion 31 und deren Aktivitäten in Erfahrung zu dienenbrinegn. ({{DS9|Inquisition}})

Als Nachdem das Dominion [[Betazed]] erobert hat, versucht Sisko einen Weg zu finden die Romulaner mit in den Dominionkrieg Dominion-Krieg einzubeziehen. Sisko versucht mit einem Trick einer gefälschten Botschaft den romulanischen [[Senator]] [[Vreenak]] zu täuschen. Für diese Täuschung Der Verbrecher [[Grathon Tolar]] ist in Lage eine perfekte Fälschung zu erstellen und Sisko lädt ihn darauf auf die Station ein. Dort angekommen greift er Quark bei einem Streit an und er verletzt ihn mit einen Messer. Bashir behandelt darauf den verletzten Quark, doch dieser erstattet keine Anzeige gegen Tolar, da Sisko ihn besticht. Später benötigt Sisko auch für Tolar ein spezielles Datenstäbchen, doch der Schmuggler von dem Sisko das Stäbchen bekommt verlangt als Preis Biomimetisches Gel für einen Handel. Dieses Da Sisko das Stäbchen dringend benötigt, fordert er das Gel fordert Sisko von Bashir ein. Aber Bashir weigert sich das Gel auszuliefern, da es illegal und gefährlich ist. Doch Sisko befiehlt es gibt Bashir ihm den Befehl das Gel auszuliefern. Bashir liefert Sisko darauf das Gel, aber er vermerkt dies in seinem [[Logbuch]]. Später gelingt Als Vreenak überreicht ihn Sisko das Datenstäbchen mit der gefälschten Botschaft und Vreenak untersucht dieses. Allerdings erkennt Vreenak schnell das es Sisko sich um eine Fälschung handelt. Doch Garak sabotiert das Shuttle von Vreenak und dieses explodiert. Die Romulaner finden das beschädigte Datenstäbchen und sehen die Botschaft. Darauf erklären die Romulaner mit in dem Dominion den Krieg gegen das Dominion einzubeziehen. ({{DS9|In fahlem Mondlicht}})