Bashir bekommt kurz darauf den Auftrag sich um eine Gruppe [[Augment|genetisch aufgewerteten Menschen]] zu kümmern und diesen bei der Resozialisierung zu helfen. Er soll ihnen zeigen, dass auch genetisch aufgewerteten Menschen ein normales Leben führen können. So trifft Bashir auf [[Jack (24. Jahrhundert)|Jack]], [[Lauren]], [[Patrick]] und [[Sarina Douglas]] und Bashir beginnt mit ihnen zusammen zu arbeiten. Bashir erkennt bei dieser zusammenarbeit, welches Glück er gehabt hat, dass bei seiner genetischen Aufbesserung alles gut gegangen ist. Wenig später sieht die Gruppe eine Aufzeichnung von [[Damar]] und die Gruppe erkennt an dieser Aufzeichnung sofort die Hintergründe von Damar und seiner Machtübernahme. Bashir erkennt darauf das Potential dieser Menschen und gibt ihnen weiter Berichte und Pläne über den Dominion-Krieg. Mit ihren strategischer Analysen helfen sie Sisko bei den Verhandlungen mit dem Dominion. Allerdings ergibt eine weitere Analyse, dass die Föderation den Dominion-Krieg verlieren wird. Bashir ist entmutigt und versucht Sisko zu überreden, dass die Föderation kapituliert um so viele Leben wie möglich zu retten. Aber Sisko will dies nicht zu lassen. Bashir ist deprimiert über die bevorstehende Zukunft, da er nun weiß das die Föderation diesen Krieg verlieren wird. Da die Föderation nicht kapitulieren will, wollen Jack, Lauren und Patrick Angriffspläne der Föderation an das Dominion übergeben, damit das Dominion den Krieg so schnell wie möglich gewinnt. Die Gruppe will durch eine schnelle Niederlage mehr Leben retten, als über einen langen andauernden Krieg, welchen die Föderation eh verlieren wird. Doch Bashir ist dagegen, er will zwar so wenig wie möglich Verluste in diesem Krieg haben, aber er will kein Verräter sein. Darauf schlägt Jack Bashir nieder und fesselt diesen. Jack will sich danach mit [[Weyoun 5|Weyoun]] und Damar treffen, und wichtige Pläne der Föderation übergeben. Zur selben Zeit wird Bashir aber von Sarina Douglas befreit und er kann Jack aufhalten seine Pläne durch zu führen. Durch diese Aktion sieht Bashir ein, dass trotz der Berechnungen eine einzelne Person den Verlauf der Geschichte verändern kann. Darauf verabschiedete sich Bashir von den Vier in Freundschaft und hofft diese wieder zu sehen. ({{DS9|Statistische Wahrscheinlichkeiten}})

Wenige Wochen später unternimmt die ''Defiant'' erfolgreich die erste Mission im cardassianischen Raum seit dem Ausbruch des Krieges. Darauf können Bashir, Dax und O'Brien von ihrer erfolgreichen Mission im Quarks berichten. ({{DS9|Der glorreiche Ferengi}})

Kurz darauf wird die [[USS Honshu|USS ''Honshu'']], auf der sich zu dieser Zeit Captain Sisko und der gefangene Dukat befinden, von Cardassianern angegriffen und zerstört. Die ''Defiant'' bekommt den Auftrag nach Überlebenden der ''Honshu'' zu suchen. Bashir behandelt einige verletzte Crewmitglieder der ''Honshu'' und auch später Captain Sisko, nachdem dieser gerettet worden ist. ({{DS9|Das Gute und das Böse}})

Nachdem O'Brien nach Deep Space 9 zurück gekehrt ist, gelingt es O'Brien Bashir davon zu überzeugen Quark beim [[Tongo]] herauszufordern. Quark ist ein sehr guter Spieler, aber O'Brien glaubt, dass Bashir mit seinem genetisch Aufgewerteten Intellekt Quark schlagen kann. Schließlich willigt Bashir ein und fordert Quark zu einem Tongospiel heraus. Anfangs führt Bashir bei dem Spiel bis Quark plötzlich anfängt über Jadzia Dax und ihre Beziehung zu Worf zu erzählen. Da Bashir sie noch immer liebt ist er schließlich abgelenkt und wird in ein tiefes Gespräch mit Quark über Dax verwickelt. Durch die Ablenkung macht Bashir einen Fehler und Quark gewinnt das Spiel. ({{DS9|Wandel des Herzens}})

Wenig später schlägt Bashir O'Brien vor in der Holosuite die [[Schlacht von Alamo]] nach zu spielen. Anfangs ist O'Brien wenig begeistert eine Schlacht zu spielen bei der sie verlieren werden, aber bald darauf wird dieses [[Alamoprogramm|Programm]] das Lieblingsprogramm der beiden. Zu der Zeit steht Major Kira unter ziemlichen Stress, wegen einer Botschaft von Dukat an sie. Auch Bashir bekommt dies mit, als Kira ihn anbrüllt. ({{DS9|Tiefes Unrecht}})

Bashir wird für eine medizinischen [[Konferenz]] auf [[Casperia Prime]] eingeladen und Bashir freut sich sehr auf diese Konferenz. Bevor er aufbricht behandelt er die ausgerenkte Schulter von O'Brien. Bashir legt sich schlafen und wird kurz darauf geweckt. Obwohl Bashir um diese Uhrzeit aufstehen wollte, kommt ihm die Nacht ziemlich kurz vor. Er und sämtliche Führungsoffiziere werden auf die OPS gerufen. Dort angekommen erfährt Bashir, dass er nicht nach Casperia Prime fliegt, sondern an einer Befragung von [[Vizedirektor]] [[Luther Sloan]] aus der [[Abteilung für Interne Angelegenheiten]] des [[Sternenflottengeheimdienst]]es teilnimmt. Sloan befragt später Bashir vor allem wegen der Gefangenschaft beim Dominion ein Jahr zuvor. Die Befragung verläuft freundlich und Bashir ist erleichtert, dass er es hinter sich hat. Später meldet sich O'Brien bei Bashir, er erwähnt, dass Solan Bashir Verdächtigt ein Spion des Dominions zu sein. Kurz darauf wird Bashir wieder von Sloan verhört, aber diesmal ist der Ton schärfer. Solan wirft Bashir vor für das Dominion arbeitet. Bashir wird von Sloan verhaftet und in den Arrest gebracht. Sisko verspricht Bashir, ihn wieder herauszuholen. Als Bashir sich in der Arrestzelle befindet, wird er plötzlich fort gebeamt und er wird von Weyoun empfangen. Weyoun freut sich seinen besten Spion wieder zu haben, aber Bashir streitet dies ab. Schließlich wird Bashir von der Crew der ''Defiant'' gerettet. Als sich Bashir wieder an Bord der ''Defiant'' befindet, glaubt ihn keiner mehr, selbst Sisko hält Bashir für einen Spion des Dominions. Als Bashir aus Versehen O'Briens Schulter berührt, hat dieser keine Schmerzen und er spricht O'Brien auf seine Schulter an. Schließlich merkt Bashir das etwas faul ist und er stellt O'Brien eine Fangfrage, auf die O'Brien herein fällt. Bashir will bei dem Spiel nicht mehr mitmachen und er bemerkt, dass er sich auf einem [[Holodeck]] befindet. Plötzlich erscheint Solan und klärt Bashir auf. Solan wollte mit diesem Programm die Loyalität von Bashir testen. Solan will Bashir für [[Sektion 31]], einem inoffiziellem [[Geheimdienst]] der Sternenflotte rekrutieren. Da diese Organisation illegal ist, lehnt Bashir ab und er wird nach Deep Space 9 zurück gebracht. Nach dem Julian Bashir dem Führungsstab von Deep Space 9 Bericht erstattet, schlägt Captain Sisko vor, weitere Versuche zu akzeptieren, um so als Spion in der Sektion 31 zu dienen. ({{DS9|Inquisition}})

Als das Dominion [[Betazed]] erobert hat, versucht Sisko einen Weg zu finden die Romulaner mit in den Dominionkrieg einzubeziehen. Sisko versucht mit einem Trick den romulanischen [[Senator]] [[Vreenak]] zu täuschen. Für diese Täuschung benötigt Sisko auch Biomimetisches Gel für einen Handel. Dieses Gel fordert Sisko von Bashir ein. Aber Bashir weigert sich das Gel auszuliefern, da es illegal ist. Sisko befiehlt es Bashir ihm das Gel auszuliefern. Bashir liefert Sisko das Gel, aber er vermerkt dies in seinem [[Logbuch]]. Später gelingt es Sisko die Romulaner mit in den Krieg gegen das Dominion einzubeziehen. ({{DS9|In fahlem Mondlicht}})

Während der [[Zeit der Abrechnung]] zwischen den Propheten und den Pah-Geistern, bemerkt Bashir die ersten Anzeichen als er sich mit seinen Freunden unterhält und die Station plötzlich erschüttert wird. Später findet der Kampf zwischen den Propheten und den Pah-Geist in den Körper von Kira und Jake Sisko auf dem Promenadendeck auf Deep Space 9 statt, aber Kai Winn hält den Kampf auf, indem sie die Station mit [[Chronotonpartikel]]n überflutet. Bashir behandelt darauf die leicht verletzte Kira und Jake Sisko. ({{DS9|Zeit der Abrechnung}})

Wenige Wochen später behandelt Bashir die Überlebenden der [[USS Valiant (NCC-74210)|USS ''Valiant'']], darunter Jake Sisko, Nog und [[Dorian Collins]]. ({{DS9|Valiant}})

Nachdem [[Molly O'Brien]] durch ein Zeitportal auf [[Golana]] in Vergangenheit versetzt worden ist, versucht die Crew der ''Defiant'' sie zu retten. Es gelingt ihr zwar, aber in der Zwischenzeit hat Molly zehn Jahre auf Golana verbracht und ist dort erwachsen geworden. Da sie dort allein ohne Gesellschaft aufgewachsen ist, reagiert sie auf Fremde panisch. Bashir untersucht Molly und erklärt sie für körperlich gesund, aber sie hat Schwierigkeiten sich der Gesellschaft anzupassen. Da sich Molly O'Brien nicht anpassen kann bringen ihre Eltern sie zum ein Zeitportal auf Golana, damit sie in der Vergangenheit leben kann. Als Molly durchs Portal tritt, trifft sie auf ihr jüngeres Ich und schickt das Kind wieder zu ihren Eltern zurück. ({{DS9|Das Zeitportal}})

Während eine Konvoi Mission der ''Defiant'' ist Bashir ziemlich überarbeitet, er schreibt viele Missionsberichte. Zu der Zeit erhält die ''Defiant'' einen Notruf von Captain [[Lisa Cusak]]. Sie ist auf einen Klasse L Planeten abgestürzt und droht an einer [[Kohlendioxid]]vergiftung zu sterben. Während die ''Defiant'' zu dem Planeten fliegt, um sie zu retten unterhält sich Lisa Cusak mit der Besatzung der ''Defiant''. Sie unterhält sich auch mit Bashir, aber Bashir ist aufgrund seiner Arbeit desinteressiert, um mit ihr zu reden. Als dies Captain Cusak bemerkt, gibt sie vor von einem Monster gefressen zu werden und so bekommt sie die vollständige Aufmerksamkeit von Bashir. Bashir vertraut sich mit der Zeit Lisa Cusak an und redet viel mit ihr. Als die ''Defiant'' den Planeten endlich erreicht, gehört Bashir zu dem Außenteam, welches auf die Planetenoberfläche fliegt. Auf der Oberfläche findet das Außenteam den Leichnam von Captain Cusak. Cusak ist bereits seit mehren Jahren tot, aber aufgrund der Zeitbarriere, welche den Planeten umgibt konnte die ''Defiant'' mit Cusak Kontakt aufnehmen. Auf Deep Space 9 veranstaltet man eine Gedenkfeier zu Ehren von Captain Cusak. Bei der Feier hält Bashir eine Rede und erklärt dort, obwohl er Lisa Cusak nicht persönlich gekannt hat, hat sie ihm sehr viel bedeutet. ({{DS9|Der Klang ihrer Stimme}})