Wenige Wochen später führen Bashir und O'Brien einige Biountersuchungen auf [[Merik III]] im Gamma-Quadranten durch. Auf den Rückflug nach Deep Space Nine 9 erhält ihr Schiff einen Notruf und die beiden Offiziere gehen diesem nach. Als sie auf dem Planeten landenDas Runabout fliegt nach [[Bopak III]], von dem wo der Notruf stammt. Doch als O'Brien das Runabout landen will, stürzt dieses ab und auf der Oberfläche werden die beiden von den Jem'Hadar gefangen genommen. Als ihr Die Jem'Hadar wollen Bashir und O'Brien hinrichten, doch als der Anführer [[Goran'Agar]] herausfindet, dass Bashir ein Arzt ist lässt er Bashir und O'Brien am Leben. Goran'Agar bittet Bashir ihm bei Forschung zu helfen. Bashir soll den Jem'Hadar bei der Befreiung vom , damit seine Soldaten ohne die Droge [[Ketracel-White]] leben können, zu helfen. Bei der Zusammenarbeit mit Goran'Agar bemerkt Bashir, dass dieser kein normaler Jem'Hadar ist und Bashir ist bereit ihm zu helfen. Aber O'Brien sieht in Goran'Agar nur einen normalen Jem'Hadar und er sieht in den Jem'Hadar eine Bedrohung. O'Brien ist nicht mehr bereit Bashir bei seinen Forschungen zu unterstützen und beide geraten in einen heftigen Streit. O'Brien versucht nun zu fliehen. Als die Jem'Hadar O'Brien einfangen, verschont Goran'Agar ihn. Die anderen Jem'Hadar sehen nun darauf in Goran'Agar Schwäche und bedrohen nun auch ihn. Doch Goran'Agar will noch immer Bashirschützen und auch O'Brien vor den anderen retten. Bashir ist somit allein, als plötzlich O'Brien auftaucht und Bashir auffordert mit zum Runabout zu kommen. Doch Bashir will seine Forschung beenden. Darauf zerstört O'Brien können die Forschungseinrichtung von Bashir und zwingt ihn mit Hilfe zum Runabout zu kommen, damit diese von dem Planeten zu fliehen. Plötzlich taucht Goran'Agar wieder auf und sieht was O'Brien getan hat. Trotzdem hilft Goran'Agar zu ihrem Schiff fliehenden beiden bei der Flucht. Aber Goran'Agar bleibt , trotz der Bitte von Bashir bei seinen Männern auf den Planeten zurück. ({{DS9|Der Hippokratische Eid}})

Als [[Kasidy Yates]] auf die Station ziehen will, kommt es zu Streitigkeiten zwischen ihr und Benjamin Sisko. Sisko holt sich Ratschläge bei seinen Freunden, darunter auch Bashir und Dax, wie er sich nun verhalten soll. ({{DS9|Indiskretion}})

Bashir ist begeistert von Jadzia Dax' [[Zaubern|Zaubertricks]]. Er beobachtet sie gern dabei und er lernt auch von ihr einige Tricks um Quark zu ärgern. Später als [[Lenara Kahn]] an Bord der Station kommt, bittet Jadzia Dax Bashir zu einer gemeinsamen Verabredung mit ihr und Lenara Kahn. Khan und Dax sind in einem früheren Leben verheiratet gewesen. Damit es nicht so aussieht, dass die beiden romantische Verabredung haben, begleitet Bashir sie. Dax und Khan unterhalten sich über ihre früheren Leben und Bashir beginnt sich sehr schnell zu langweilen. Erst als er wegen eines medizinischen Notruf gerufen wird, kann er gehen. Khan und Dax scherzen daraufhin, dass Bashir ihr diesen langweiligen Abend nie verzeihen wird. ({{DS9|Wiedervereinigt}})

In einer [[Alternative Zeitlinie|Alternativen Zeitlinie]] wird Captain Sisko 2372 durch einen Unfall in den [[Subraum]] gezogen. Da es keine Möglichkeit gegeben hat Sisko zu retten, wird dieser für tot erklärt. Bashir nimmt schließlich an der Gedenkfeier für Sisko teil. 2373 taucht Sisko wieder auf und Bashir untersucht ihn darauf. Aber Bashir kann nicht verhindern, dass Sisko wieder in den Subraum gezogen wird. In der Zwischenzeit verschlechtert verschlechtern sich die Beziehung zwischen den Klingonen und der Föderation immer mehr und schließlich verlässt die Sternenflotte Deep Space Nine9. Jake Sisko versucht mehre einige male seinen Vater zurück zu holen, aber es gelingt ihm nicht. [[25. Jahrhundert|2422]] versuchen Jake Sisko, Jadzia Dax, Julian Bashir und Captain Nog Sisko aus dem Subraum zu befreien. Bashir ist in dieser Zeit bereits zum Commander befördert worden. Bashir führt in dieser Zeit viele Referate oder er kümmert sich um seine Kinder. Auf der ''Defiant'' wird der Unfall, durch den Sisko in den Subraum gezogen worden ist , nachgestellt. Aber auch dies misslingt Jake und ihm gelingt es nicht seinen Vater zu retten. Schließlich Jahre später findet Jake heraus, dass sein Tod seinen Vater retten kann. Beim letzten Besuch von seinen Vater tötet sich Jake und Benjamin Sisko wird zu dem Moment des Unfalls zurück geschleudert. Sisko kann diesen Unfall verhindern und diese [[Zeitlinie]] wird aufgelöst. ({{DS9|Der Besuch}})