Sisko bekommt Anfang [[2373]] den Auftrag , die Klingonen zu infiltrieren und Gowron als Gründer zu enttarnen. Um dies zu erreichen, verändert Bashir durch [[Plastische Chirurgie|plastische Chirurgie]] das Aussehen von Sisko, Worf, Odo und O'Brien zu verändern, damit sie wie Klingonen aussehen. Die Mission der vier verläuft darauf erfolgreich, zwar stellt sich heraus, dass Gowron kein Gründer ist, dafür wird General Martok als [[Martok (Gründer)|Gründer]] enttarnt. Nach der erfolgreichen Mission stellt Bashir das normale Aussehen der vier wieder her. ({{DS9|Die Apokalypse droht}})

Kurz darauf bestellt Bashir bei Quark einige [[regalianische Flohspinne]]n. Bashir will aus dem Gift der [[Spinne]]n ein Mittel, welche welches Kira bei ihrer ihre Schwangerschaft erleichtern soll, herstellen. Aber Quark nutzt diesen Auftrag um selbst Waren zu schmuggeln. Aber Odo verhaftet Quark und auch Bashir, dadurch das dass er Quark den Auftrag gegeben hat. Bashir ist sehr verärgert über Quark und kommt zusammen mit ihn vorläufig in den Arrest. ({{DS9|Das Schiff}})

Wenige Wochen später begleitet Jake Sisko Dr. Bashir auf eine medizinische Konferenz, um einen Artikel über Bashir ihn zu schreiben. Aber Jake langweilt sich über langweilen die Reden von Bashir, als plötzlich die beiden plötzlich einen Notruf von [[Ajilon Prime]] erhalten. Die Kolonie wird von den Klingonen angegriffen und Bashir leistet auf der Kolonie mit medizinische Hilfe. Auch Jake wird auf der Kolonie als Sanitäter eingesetzt. Bashir führt einige Operationen an den Patienten durch, als ein weiter Angriff der Klingonen auf die Kolonie stattfindet. Der Strom fällt aus, Bashir versucht zusammen mit Jake einen Generator aus ihrem Shuttle zu holen. Auf den Weg dorthin werden die beiden von den Klingonen angegriffen. Bashir wird verletzt und von Jake getrennt. Jake bekommt Angst und rennt weg. Mit letzter Kraft gelingt es Bashir den Generator aus dem Shuttle zu bergen und zur Kolonie zu bringen. Dort werden Bashirs seine Verbrennungen versorgt. Bashir macht sich VorwürfenVorwürfe, dass er Jake auf den Planeten mitgenommen hat, er . Er ahnt aber nichts von Jakes Schuldgefühlen ihm Gegenübergegenüber, weil Jake Bashir ihn im Stich gelassen hat. Schließlich trifft die ''Defiant'' bei Ajilon Prime ein und kann die Klingonen vertreiben. Wieder an Bord von Deep Space 9 schreibt Jake Sisko über die Ereignisse und seine Erlebnisse auf Ajilon Prime. ({{DS9|Die Schlacht um Ajilon Prime}})

Als die Cardassianer den Bajoranern den [[Drehkörper der Zeit]] übergeben, stiehlt der ehemalige klingonische Agent [[Arne Darvin]] diesen und reist damit in die Vergangenheit. An Bord der [[Raumstation K-7]] plant Darvin [[James T. Kirk]] umzubringen. Die ''Defiant'' befindet sich ebenfalls durch den Drehkörper ebenfalls in der Vergangenheit. Sisko und seine Crew realisieren, dass sie sich im [[2268]] befinden. Sisko und seine Leute versuchen Darvin auf der Raumstation K-7 und auf der [[USS Enterprise (NCC-1701)|USS ''Enterprise'' (NCC-1701)]] zu finden. Um nicht aufzufallen ziehen Sisko und seine Crew die [[Sternenflottenuniform Sternenflottenuniformen (2265-2270)|Uniformen]] dieser Zeit an und beginnen mit der Suche nach Darvin. Bashir und O'Brien beginnen mit der Suche auf der ''Enterprise''. Aber gleich dort haben sie gleich Probleme mit der Technologie dieser Zeit, den beiden gelingt es nicht den [[Turbolift]] zu bedienen. Erst durch die Hilfe von Lieutenant [[Watley]] gelangen sie aufs richtige Deck. Später treffen beide wieder auf Watley. Als sie ihren Namen nennt, glaubt Bashir das , dass sie seine Urgroßmutter ist und das Bashir dass er durch die Zeit gereist ist um , und sein eigener Urgroßvater istwird. Aber O'Brien redet ihm dies aus. Später treffen die beiden in der Bar auf K-7 auf Worf und Odo. Die beiden haben einen Hinweis auf Darvin gefunden.

Zur selben Zeit kommt es zu einer Schlägerei zwischen den Klingonen und der [[Liste von Crewmitgliedern der USS Enterprise (NCC-1701)|Enterprisecrew]] in der Bar. Auch Bashir und O'Brien werden in diese Schlägerei verwickelt. Worf und Odo gelingt es Darvin in Gewahrsam zu nehmen, während Bashir und O'Brien von der Sicherheit in Gewahrsam genommen werden. An Bord der ''Defiant'' erfährt Sisko den Plan von Darvin, er will Kirk mit einer Bombe, welche er in einem [[Tribble]] versteckt hat töten. Bashir und O'Brien werden in der Zwischenzeit von Kirk verhört , aber die beiden werden bald darauf wieder freigelassen. Auf dem Gang findet Bashir einen Tribble, aber O'Brien zeigt ihm, dass es noch mehr Tribbles an Bord der ''Enterprise'' gibt. Sie bekommen von Sisko den Auftrag nach dem vermeintlichen Tribble zu suchen. Die Auch die restliche Crew sucht verzweifelt nach dem Tribble mit der Bombe. Schließlich finden Dax und Sisko den Tribble mit der Bombe und beamen diesen von Bord. Damit bleibt die Zeitlinie erhalten und die ''Defiant'' kehrt darauf ins 24. Jahrhundert zurück. ({{DS9|Immer die Last mit den Tribbles}})

Bashir behandelt kurz darauf Sisko, Dax, Garak und Odo. Die vier werden Bewusstlos bewusstlos in einem Shuttle aufgefunden, als diese sie nach Deep Space 9 zurückgekehrt sind. Die vier befinden sich durch Odo in einer [[Große Verbindung|Verbindung]]. Schließlich können die vier sie dank Odo aus der Verbindung befreit werden und erwachen auf der Krankenstation. ({{DS9|Die Schuld}})

Einige Zeit später stranden Quark und Odo auf einem kalten einsamen Planeten und müssen dort um ihr Überleben kämpfen. Den beiden gelingt es ein Notsignal zu senden und kurz darauf werden die beiden sie von der ''Defiant'' gerettet. Bashir kümmert darauf sich um die beiden verletztenVerletzten. ({{DS9|Der Aufstieg}})

Bashir reist kurz darauf zu einer medizinischen [[Medizinische Konferenz auf Meezan IV|Konferenz]] auf [[Meezan IV]]. Er legt sich dort eines Abends zum Schlafen ins [[Bett]] und wacht später im [[Internierungslager 371]] auf. Das Dominion ersetzt ihn unterdessen durch einen [[Julian Bashir (Gründer)|Wechselbalg]], welcher zurück nach Deep Space 9 reist. Bashir verbringt mehre Wochen im Internierungslager 371 und freundet sich dort mit dem echten General [[Martok]] an. Nachdem sich Bashir über die Essensrationen beschwert hat, kommt Bashir er für fünf Tage in [[Isolationshaft]]. Als er aus der Isolationshaft entlassen wird, ist Bashir er überrascht auf Garak und Worf zu treffen, die ebenfalls vom Dominion gefangen genommen worden sind. Um festzustellen das , dass keiner ein Wechselbalg ist, macht Bashir mit den anderen einen Bluttest. Auch Enabran Tain ist ein Gefangener im Lager. Bashir ist dabei, als Tain stirbt und Tain sich von Garak verabschiedet. So erfährt Bashir das Tain Garaks Vater ist. Garak, Worf, Martok und Bashir beginnen darauf mit der Planung der Flucht aus dem Internierungslager. ({{DS9|Die Schatten der Hölle|Inquisition}})

Garak bekommt den Auftrag den [[Subraumtransmitter]] zu manipulieren um Kontakt mit dem Shuttle aufnehmen zu können, damit Garak und die anderen sie fliehen können. Garak arbeitet in einem Schacht hinter der Wand an dem Transmitter. Bashir bemerkt das , dass Garak an [[Klaustrophobie]] leidet. Bashir und verordnet Garak ihm einige Pausen, damit er sich Garak von diesem Stress erholen kann. Bashir muss aber auch Worf behandeln, welcher nach Kämpfen mit den Jem'Hadar in der [[Jem'Hadar-Arena]] Verletzungen zugezogen hat. Als Garak weiter am Transmitter arbeitet, kommen die Jem'Hadar und wollen ihn zur [[Hinrichtung]] abholen. Bashir versucht die Jem'Hadar abzulenken und wird von Ihnen ihnen angegriffen. Schließlich finden die Jem'Hadar Garaks Schacht hinter der Wand. Plötzlich greift ein [[Breen]] die Jem'Hadar an und verschafft Garak die nötige Zeit um den Transmitter zu aktivieren. Bashir und die anderen Gefangenen können so aus dem Internierungslager entkommen und in den Alpha-Quadrant Quadranten zurückkehren. Zur selben Zeit hat das Dominion mit der [[Invasion]] des Alpha-Quadranten begonnen und Cardassia hat sich dem Dominion angeschlossen. Das Dominion will Deep Space 9 und das Bajoranische-System durch die Explosion deren Sonne vernichten. Bashir warnt Deep Space 9 vor dem Wechselbalg. Die ''Defiant'' beginnt darauf mit der Verfolgung des Shuttles mit dem Wechselbalg. Das Shuttle fliegt auf die [[Bajoranische Sonne]] zu, um diese zu vernichten. Im letzten Moment gelingt es der ''Defiant'' das Shuttle aufzuhalten und dieses zu vernichten. Bashir, Worf, Martok und Garak kehren darauf nach Deep Space 9 zurück. Dort ist vor allem O'Brien entsetzt, dass er den Wechselbalg vier Wochen lang für Bashir gehalten hat. ({{DS9|Im Lichte des Infernos}})

Kurz darauf wählt Doktor [[Lewis Zimmerman]] Julian Bashir als Vorlage für sein neues [[Medizinisch-Holographisches Langzeitprogramm]]. Zimmerman kommt nach Deep Space 9 und entwickelt dort sein neues Programm. Das MHL bekommt das Aussehen und auch die Persönlichkeit von Bashir. Um soviel über Bashir zu erfahren befragt Zimmerman die Freunde und Kollegen von Bashir. Obwohl Bashir Zimmerman gebeten hat seine Eltern nicht zu befragen, lädt Zimmerman diese trotzdem auf die Station ein. Bashir hat Probleme mit seinen Eltern und möchte eigentlich den Kontakt mit ihnen vermeiden. Vor allem hat Bashir Angst, dass seine Eltern verraten könnten das , dass er genetisch aufgewertet worden ist. Zimmerman testet sein MHL an Bashirs Eltern. Diese ahnen nicht, dass es sich nur um ein Hologramm handelt und geben ihm gegenüber zu, nicht zu verraten das , dass Bashir genetisch aufgewertet worden ist. So erfahren Zimmerman und O'Brien Bashirs Geheimnis. Da genetische Aufwertung verboten ist, rechnet Bashir damit das , dass er unehrenhaft aus der Sternenflotte entlassen wird. Aber Richard Bashir stellt sich der Sternenflotte und nimmt die ganze Schuld der genetischen Manipulation von Julian Bashir auf sich. Julian Bashir darf sein Offizierspatent behalten, während Richard Bashir für zwei Jahre in die Strafkolonie nach [[Neuseeland]] kommt. Durch diese Ereignisse versöhnt sich Julian Bashir wieder mit seinen Eltern. ({{DS9|Dr. Bashirs Geheimnis}})

Wenige Wochen später bekommt Bashir von seinem Freund [[Felix]] ein weiteres Kapitel seiner Holosuitereihe Julian Bashir, - Geheimagent. Er verabredet sich mit seinen Freunden in der Holosuite, um dieses Kapitel zu spielen. Nur Odo sagt ab. Als Bashir dann das Programm spielt, taucht Odo plötzlich auf und erkundigt sich bei Bashir ihm über seine Erfahrungen mit Frauen. Bashir kann Odo darauf ein paar Tipps geben. ({{DS9|Der Datenkristall}})

Als der Cardassianer [[Tekeny Ghemor]] an Bord der Station kommt, behandelt Bashir ihn wegen dem des tödlichen [[Yarim-Fel-Syndrom]]s. Aber Bashir kann nicht mehr viel für ihn tun. Da Kira Ghemor am nächsten steht, begleitet sie den sterbenSterbenden. Bevor Ghemor stirbt , gibt er noch wichtige Informationen an Kira über die Cardassianer an Kira weiter. Nachdem Ghemor gestorben ist, stellt Bashir den Totenschein aus. ({{DS9|Die Überwindung}})

Nachdem O'Brien Leeta und Rom wieder zusammengebracht hat, ist Bashir stolz auf seinen Freund und bezeichnet O'Brien ihn scherzhaft als [[Cupido]]. ({{DS9|Liebe und Profit}})

Einige Zeit später muss Bashir General Martok behandeln, welcher sich beim [[Training]] in der Holosuite verletzt hat. Nachdem Worf und Dax vorübergehend auf die [[IKS Rotarran|IKS ''Rotarran'']] versetzt werden, muss Bashir einige Aufgaben von Worf übernehmen. So ist Bashir vorübergehend für die Geheimdienstberichte auf der Station zuständig. ({{DS9|Martoks Ehre}})

Während einer Mission im Gamma-Quadrant Quadranten will Dax einen [[Gaia|unbekannten Planeten]] erforschen. Ein den Planeten umgebendes [[Energiefeld]] verhindert [[Scan]]s aus größerer Entfernung und so fliegt die ''Defiant'' mit modifizierten [[Schilde]]n durch das Feld hindurch. Bei dem Durchflug durch das Energiefeld bekommt Major Kira eine [[Energie]]entladung ab und wird leicht verletzt. Bashir behandelt darauf Kira. Aber er sie, kann jedoch nicht viel für Kira nicht viel tun, er . Er muss Kira sie nach Deep Space Nine bringen um sie dort zu behandeln. Auf der Oberfläche des Planeten trifft die Crew der ''Defiant'' auf die eigenen Nachfahren. Die Mannschaft erfährt, dass die ''Defiant'' durch die Energiebarriere ins 22. Jahrhundert zurückgeschleudert wird und auf den Planeten abstürzt. Dort beginnt die Crew eine Siedlung aufzubauen. Bashir erfährt, dass er mit [[Angie Kirby]] zusammen kommt und mit ihr Kinder haben wird. Bashirs Nachfahren sind ebenfalls Ärzte und Bashir ist sehr stolz auf seinen Nachlass. Da man nicht will, dass die Siedlung aus der Geschichte ausgelöscht wird, lässt Sisko den Kurs der ''Defiant'' auf die berechneten Koordinaten setzen, damit das Schiff in die Vergangenheit geschleudert wird. Aber der Odo aus dieser Zeit hat die Flugroute der ''Defiant'' verändert , damit das Schiff im 24. Jahrhundert bleibt. Er will mit dieser Aktion verhindern das , dass Kira in der Vergangenheit aufgrund ihrer Verletzungen stirbt. Die Siedlung wird aus der Geschichte ausgelöscht und die ''Defiant'' kehrt nach Deep Space Nine zurück. ({{DS9|Kinder der Zeit}})

Bashir muss Quark behandeln, nachdem dieser von Morn verletzt worden ist. Quark hat Morn erzählt, dass das Dominion Deep Space 9 angreifen wird. Darauf hat Morn Panik bekommen und einen Barhocker auf Quark geworfen. ({{DS9|Glanz des Ruhms}})

Nog und Jake Sisko benötigen die Hilfe von Bashir. Die beide beiden versuchen von dem Wissenschaftler [[Elias Giger]] eine [[Baseballkarte]] für Jakes Vater zu bekommen. Um die Karte zu bekommen müssen die beiden Jungs von Bashir [[Hydrosaline|Hydrosaline-Lösung]] besorgen. Bashir verlangt dafür, dass Jake und Nog ihm seinen Teddy Kukalaka von Leeta zurück holen. Die beiden tun dies und Bashir bekommt seinen Teddy wieder. Mit Hilfe der Hydrosaline-Lösung können Jake und Nog die Baseballkarte für Benjamin Sisko besorgen. ({{DS9|Die Karte}})

Ende des Jahres bereiten Bashir und Jake Sisko die Krankenstation für den bevorstehenden Angriffs Angriff des Dominions auf die Station vor. Kurz darauf beginnt dann der Angriff auf die Station. Die Föderation versucht zu der Zeit das bajoranische Wurmloch zu vermienenverminen, damit das Dominion keine Verstärkung aus dem Gamma-Quadrant Quadranten holen kann. Mit der [[Schlacht von Deep Space 9 (2373)|Schlacht um Deep Space 9]] beginnt der [[Dominion-Krieg]]. Es gelingt zwar der Föderation zwar das Wurmloch zu vermienenverminen, aber das Dominion übernimmt die Station. Sämtliche Mitglieder der Sternenflotte, inklusive Bashir werden mit der ''Defiant'' evakuiert. Nachdem die ''Defiant'' Deep Space 9 verlassen hat, fliegt das Schiff mit einem Kampfverband der Föderation und Klingonen in die nächste Schlacht. ({{DS9|Zu den Waffen!}})