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[[Datei:Bashir entfernt den Dax Symbiont.jpg|thumb|Bashir entfernt den Dax Symbionten.]]
Kurz darauf wird Deep Space 9 aufgrund eines [[Plasmasturm]]s vollständig evakuiert. Nur eine Notbesatzung, darunter auch Bashir bleibt zurück. Auch Quark bleibt wegen seinem Latinum auf der Station zurück. Quark versucht weiter Geschäfte zu machen und hat mit einem Söldner namens [[Yeto]] Kontakt. Quark manipuliert für ihn die [[Andockrampe]]n. Kurz darauf erhält die Station einen Notruf von einem Schiff und Sisko lässt es an die Station andocken. Aufgrund von Quarks Manipulation können die Söldner, welche von dem Trill [[Verad]] angeführt werden, bewaffnet auf die Station eindringen. Bashir wird gezwungen Odo in einem Behälter zu sperren und in die [[Stasiskammer]] einzuschließen. Später wird Bashir gezwungen den [[Trill-SymbiontSymbionten|Symbiont]] von Jadzia zu entfernen und in Verad einzusetzen. Die Operation verläuft zwar erfolgreich, aber aufgrund des Verlustes des Symbionten liegt Jadzia im sterbenSterben. Bashir tut alles um sie am Leben zu erhalten. Quark, der wie die anderen Offiziere gefangen gehalten wird , erkennt seinen Fehler und dass er für den Tod von Jadzia verantwortlich sein wird. Er greift den Klingonen [[T'Kar]] an und wird beim Angriff leicht verletzt. Auf der Krankenstation tut Quark, als ob er schwer verletzt ist und so gelingt es ihm und Bashir den Klingonen Yeto zu überwältigen und Odo zu befreien. Odo und Sisko gelingt es schließlich Verad und seine Söldner aufzuhalten. Im letzten Moment kann Bashir Jadzia ihren Symbiont Symbionten zurückgeben und sie wird gerettet. ({{DS9|Der Symbiont}})
[[Datei:Bashir und Dukat.jpg|thumb|left|Julian Bashir legt sich mit Gul Dukat an.]]
Einige Wochen später wird der cardassianische [[Frachter]] ''[[Bok'Nor]]'' vom Maquis bei Deep Space 9 vernichtet. Sisko und Gul Dukat leiten einige Untersuchungen zu diesem Anschlag. Sisko will den Maquis in den [[Badlands]] aufspüren und nimmt dafür auch Bashir mit. Auf einem Planeten werden sie vom Maquis gefangen genommen. Aber sie werden kurz darauf wieder freigelassen. Später ist Sisko gezwungen einige Schiffe des Maquis aufzuhalten. Es kommt zu einem Kampf im [[Weltraum]]. Mit O'Brien befindet sich Bashir auf der [[USS Mekong|USS ''Mekong'']] und greift die Maquis-Schiffe an. Am Ende gelingt es der Sternenflotte den Maquis vorläufig aufzuhalten. ({{DS9|Der Maquis, Teil I|Der Maquis, Teil II}})
Einige Zeit später bricht Garak im Replimat zusammen. Bashir will Garak behandeln, aber Garak dieser weigert sich, sich von Bashir behandeln zu lassen. Garak begibt sich darauf ins Quark und betrinkt sich dort. Quark ist gezwungen Bashir zu rufen. Bashir bringt den betrunkenen Garak auf die Krankenstation. Dort erfährt Bashir von Garak, dass ein Implantat ausgefallen ist, welches in seinen seinem Körper [[Endorphin]]e frei setzt. Doch Garak ist von diesem Implantat abhängig. Um Garaks Leben zu retten deaktiviert Bashir das Implantat. Garak erzählt Bashir mehre mehrere Lügengeschichten, wie er dieses Implantat erhalten hat. Als Garak allerdings unter Entzugserscheinungen leidet beschimpft er Bashir und erzählt wie er sein Leben hasst. Doch um Garaks Leben zu retten, begibt sich Bashir zu [[Enabran Tain]], dem ehemaligen Chef des [[Obsidianischer Orden|Obsidianischen Ordens]]. Von ihm bekommt Bashir ein neues Implantat und kann damit Garaks Leben retten. Garak entschuldigt sich darauf daraufhin für sein Verhalten und er ist Bashir sehr dankbar, dass dieser sein Leben gerettet hat. ({{DS9|Das Implantat}})
[[Datei:Bashir und Kira.jpg|thumb|left|Doktor Julian Bashir und Kira Nerys kämpfen gegen das Dominion.]]
Bashir und Kira helfen wenige Wochen später bei der Einrichtung eines Krankenhauses auf [[Neu Bajor]] im Gamma-Quadranten. Als die beiden durch das Wurmloch zurückfliegen, gelangen sie durch einen Unfall in das [[Spiegeluniversum]]. Die beiden werden dort gefangen genommen und zur Raumstation [[Terok Nor (Spiegeluniversum)|Terok Nor]] gebracht. Da Bashir ein Terraner ist, muss er in die Erzverarbeitung, welche unter der Aufsicht von [[Odo (Spiegeluniversum)|Odo]] steht. Kira wird währenddessen zur [[Intendant]]in [[Kira Nerys (Spiegeluniversum)|Kira]] gebracht. Bashir hat schwer unter Odo zu leiden. Dort freundet Bashir sich mit [[Miles O'Brien (Spiegeluniversum)|Miles "Smiley" O'Brien]] an. Als eine Leitung bricht, nutzen Bashir und die anderen Terraner das Chaos zur Flucht, dabei erschießt Bashir Odo. Mit Hilfe von [[Benjamin Sisko (Spiegeluniversum)|Benjamin Sisko]] aus dem Spiegeluniversum, können die Terraner, Kira und Bashir fliehen. Schließlich gelingt es Bashir und Kira wieder in unser Universum zurück zu kehren. ({{DS9|Die andere Seite}})
Nachdem O'Brien von den Cardassianern verhaftet worden ist, wird dieser er auf [[Cardassia]] angeklagt. O'Brien wird angeklagt für den Maquis wegen des Waffen zu [[schmuggel]]ns für den Maquis ageklagt. Bashir hilft auf Deep Space 9 nachzuweisen, dass O'Brien unschuldig ist. Bashir Ihm gelingt es schließlich auch nachzuweisen, dass O'Brien unschuldig ist und die Cardassianer hinter der ganzen Sache stecken. ({{DS9|Das Tribunal}})
Als Ende 2370 Sisko, sein Sohn Jake, Quark und [[Nog]] vom [[Dominion]] gefangen genommen worden sind, hilft Bashir bei der Befreiung. Zusammen mit der [[USS Odyssey|USS ''Odyssey'']] fliegen die drei Runabouts in den Gamma-Quadranten um diese aufzuspüren. Zwar gelingt es Sisko und die anderen zu befreien, aber die Schiffe werden in Kämpfe mit [[Jem'Hadar-Angriffsjäger]]n verwickelt. Als die Föderationsschiffe fliehen wollen, fliegt ein Angriffsjäger in die ''Odyssey'' und vernichtet diese. Die Runabouts gelangen sicher in den Alpha-Quadranten. ({{DS9|Der Plan des Dominion}})