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Als O'Brien durch einen [[Replikant]] von [[Parada II]] ersetzt worden ist, bekommt Bashir von Sisko den Auftrag O'Brien genau zu untersuchen, um dies zu Beweisen. Aber Bashir kann nichts feststellen. Später kann der Replikant entkommen und Bashir nimmt an der Verfolgung mit teil. Auf Parada II gelingt es den richtigen O'Brien ausfindig zu machen und Bashir behandelt diesen. ({{DS9|O'Briens Identität}})
Als sich Odo und Jadzia Dax im Gamma-Quadrant befinden, bekommt Bashir von Kira den Auftrag Quark zu überwachen, damit dieser keine illegale Geschäfte durchführt. Bashir ist von diesem Auftrag begeistert, da er von Garak einige Überwachungs Tricks gelernt hat. ({{DS9|Die Illusion}})
Auf einen Transport lernt Bashir den jungen Trill-Kandidaten [[Arjin]] kennen. Er erzählt dem nervösen Trill alles über Jadzia Dax, welche Arjin zur Vereinigung mit dem Symbionten vorbereitet soll. Später hilft Bashir bei der Erforschung eines [[Mikrokosmos]]. ({{DS9|Der Trill-Kandidat}})
Einige Wochen später wird der cardassianische [[Frachter]] ''[[Bok'Nor]]'' vom Maquis bei Deep Space 9 vernichtet. Sisko und Gul Dukat leiten einige Untersuchungen zu diesem Anschlag. Sisko will den Maquis in den [[Badlands]] aufspüren und nimmt dafür auch Bashir mit. Auf einen Planeten werden sie vom Maquis gefangen genommen. Aber sie werden kurz darauf wieder freigelassen. Später ist Sisko gezwungen einige Schiffe des Maquis aufzuhalten. Es kommt zu einem Kampf im [[Weltraum]]. Mit O'Brien befindet sich Bashir auf der [[USS Mekong|USS ''Mekong'']] und greift die Maquis Schiffe an. Am Ende gelingt es der Sternenflotte den Maquis vorläufig aufzuhalten. ({{DS9|Der Maquis, Teil I|Der Maquis, Teil II}})
Einige Zeit später bricht Garak im Replimat zusammen. Bashir tut alles um seinen Freund will Garak behandeln, aber Garak weigert sich von Bashir behandeln zu lassen. Garak begibt sich darauf ins Quark und betrinkt sich dort. Quark ist gezwungen Bashir zu rettenrufen. Bashir bringt den betrunkenen Garak auf die Krankenstation. Dort erfährt Bashir findet herausvon Garak, dass ein [[Implantat]]implantat ausgefallen ist, welches Garak vom in seinen Körper [[Obsidianischer Orden|Obsidianischen OrdenEndorphin]] e frei setzt. Doch Garak ist von diesem Implantat abhängig. Um Garaks Leben zu retten deaktiviert Bashir das Implantat. Garak erzählt Bashir mehre Lügengeschichten, wie er dieses Implantat erhalten hat nicht mehr funktioniert. Als Garak allerdings unter Entzugserscheinungen leidet beschimpft Garak Bashir und wie er sein Leben hasst. Doch um Garaks Leben zu retten begibt sich Bashir zu [[Enabran Tain]] und besorgt für Garak , dem ehemaligen Chef des [[Obsidianischer Orden|Obsidianischen Ordens]]. Von ihm bekommt Bashir ein neues neue Implantatund kann damit Garaks Leben retten. Bashir gelingt es seinen Freund zu retten Garak entschuldigt sich darauf für sein Verhalten und Garak er ist ihm Bashir sehr Dankbar dafür, dass dieser sein Leben gerettet hat. ({{DS9|Das Implantat}})
[[Datei:Bashir und Kira.jpg|thumb|left|Doktor Julian Bashir und Kira Nerys kämpfen gegen das Dominion.]]
Bashir und Kira helfen wenige Wochen später bei der Einrichtung eines Krankenhauses auf [[Neu Bajor]] im Gamma-Quadrant. Als die beiden durch das Wurmloch zurückfliegen, gelangen die beiden durch einen Unfall in das [[Spiegeluniversum]]. Die beiden werden dort gefangen genommen und zur Raumstation [[Terok Nor (Spiegeluniversum)|Terok Nor]] gebracht. Da Bashir ein Terraner ist muss er in die Erzverarbeitung, welche unter der Aufsicht von [[Odo (Spiegeluniversum)|Odo]] steht. Kira wird währenddessen zur [[Intendant]]in [[Kira Nerys (Spiegeluniversum)|Kira]] gebracht. Bashir hat schwer unter Odo zu leiden. Dort freundet Bashir sich mit [[Miles O'Brien (Spiegeluniversum)|Miles "Smiley" O'Brien]] an. Als eine Leitung bricht, nutzen Bashir und die anderen Terraner das Chaos zur Flucht, dabei erschießt Bashir Odo. Mit Hilfe von [[Benjamin Sisko (Spiegeluniversum)|Benjamin Sisko]] aus dem Spiegeluniversum, können die Terraner, Kira und Bashir fliehen. Schließlich gelingt es Bashir und Kira wieder in unser Universum zurück zu kehren. ({{DS9|Die andere Seite}})
Nachdem O'Brien von den Cardassianern verhaftet worden ist, wird dieser auf [[Cardassia]] angeklagt. O'Brien wird angeklagt für den Maquis Waffen zu [[schmuggel]]n. Bashir hilft auf Deep Space Nine 9 nachzuweisen, dass O'Brien unschuldig ist. Bashir gelingt es schließlich nachzuweisen, dass O'Brien unschuldig ist und die Cardassianer hinter der ganzen Sache stecken. ({{DS9|Das Tribunal}})
Als Ende 2370 Sisko, sein Sohn Jake, Quark und [[Nog]] von dem [[Dominion]] gefangen genommen worden sind, hilft Bashir bei der Befreiung. Zusammen mit der [[USS Odyssey|USS ''Odyssey'']] fliegen die drei Runabouts in den Gamma-Quadrant um diese aufzuspüren. Zwar gelingt es Sisko und die anderen zu befreien, aber die Schiffe werden in Kämpfe mit [[Jem'Hadar-Angriffsjäger]]n verwickelt. Als die Föderationsschiffe fliehen wollen fliegt ein Angriffsjäger in die ''Odyssey'' und vernichtet diese. Die Runabouts gelangen sicher in den Alpha-Quadrant. ({{DS9|Der Plan des Dominion}})