Nach seinem Abschluss an der Sternenflottenakademie, lässt sich Bashir im [[Rang]] eines [[Lieutenant Junior Grade]] auf den neuen Sternenflottenaußenposten auf Deep Space 9 versetzen. Er möchte auf diesem entlegenen Außenposten neue Abenteuer erleben. [[2369]] wird er mit einem [[Weitere Schiffe der Oberth-Klasse|Föderationsraumschiff]] zur Station gebracht. Auf den Flug zur Station lernt er [[Jadzia Dax]] kennen, diese wird ebenfalls nach Deep Space 9 versetzt. Er freundet sich mit ihr an und will sich gleich mit ihr verabreden. Auf der Station zeigt ihr [[Major]] [[Kira Nerys]] die [[Krankenstation]]. Obwohl die Krankenstation schwer beschädigt ist, ist Bashir davon begeistert. Genau sowas so was hat sich Bashir erhofft, dass er sich was neues Aufbauen kann und den armen [[Bajoraner]]n helfen kann. ({{DS9|Der Abgesandte, Teil I}})

Nur wenige Wochen später kommt eine Delegation der [[Wadi]] an Bord von Deep Space 9. Bashir bekommt mit Sisko Ärger, da dieser keine [[Galauniform]] dabei hat. Aber die Wadi wollen nur ins [[Quarks]] um dort zu spielen. Als Quark die Wadi beim [[Dabo]] betrügt wollen die Wadi mit Quark ein neues Spiel spielen. Das Spiel heißt [[Chula]]. Sisko, Kira, Bashir und Dax sind die Spielfiguren in dem Spiel, aber Quark weiß zu Anfangs nichts davon. Bashir wacht in einem Raum auf und denkt, dass es sich um einen Albtraum handelt. Bashir schreit laut los, um so aus seinem Traum wach zu werden. Durch die Schreie von Bashir finden die anderen ihn. Bashir wird nun klar, dass es sich nicht um einen Traum handelt. Die vier Offiziere müssen das Spiel nun spielen und mehre Aufgaben lösen. Eine davon ist die [[Chandra]], die durch ein [[Kraftfeld]] springt. Bashir findet einen Lösungsansatz aber dieser Funktioniert nicht ganz. Erst Dax findet die Lösung. Danach werden die Offiziere in einen Raum geführt, indem giftiges Gas austrittAustritt. Bashir findet hier die Lösung und trinkt das [[Getränk]] der Wadi und kann die anderen damit retten. Währenddessen bemerkt Quark, dass seine Spielfiguren die vier Offiziere sind. Der nächste Spielzug verläuft schlecht für Quark, eine Figur er verliert eine Figur. Im Spiel löst sich Bashir vor den Augen der anderen auf. Am Ende verliert Quark das Spiel und die vier Offiziere erscheinen wieder gesund im Quarks. ({{DS9|Chula - Das Spiel}})

Um sich mit O'Brien besser anzufreunden an zu freunden lädt Bashir ihn zu einem Racquetballmatch ein. O'Brien nimmt an, aber verliert gegen den überlegenen Bashir. O'Brien fühlt sich in seiner [[Ehre]] verletzt und fordert Bashir einige weitere Male heraus. Obwohl O'Brien weiterhin verliert versucht er weiter gegen den Arzt zu spielen. Bashir macht sich inzwischen Sorgen um den Chief, da er nicht mehr der jüngste ist. Um O'Brien nicht zu überfordern gelingt es Bashir mit einigen Tricks die Spiele vorzeitig abzubrechen. Zu der Zeit befindet sich der [[El-Aurianer]] [[Martus Mazur]] an Bord der Station. Dieser besitzt ein außerirdischen [[Glücksspiel]]gerät. Zu der Zeit weiß niemand, dass seine Spielgeräte das Glück jeder Person auf der Station beeinflusst. Mazur eröffnet sein eigenes Lokal und wird somit einen direkter Konkurrent von Quark. Um sein Geschäft wieder aufleben zulassen lässt Quark ein Racquetballmatch zwischen Bashir und O'Brien veranstalten. Quark nimmt die Wetteinsätze auf den Sieger entgegen, um aber selbst zu gewinnen versucht Quark Bashir mit einem Trank außer Gefecht zu setzen. Bashir durchschaut aber Quark und Spiel zwischen O'Brien und Bashir findet ohne Quarks Manipulation statt. Obwohl Bashir wieder überlegen ist, scheint Bashir in diesem Spiel nur Pech zu haben, während O'Brien jeden Ball trifft. Anhand dieses Spiels finden die Führungsoffiziere heraus, dass die Glücksspielgeräte von Mazur für den ganzen Zustand verantwortlich ist. ({{DS9|Rivalen}})

Als die Führungsoffiziere mit der ''Defiant'' die Erde besuchen, kommt es zu einem Transporterunfall. Sisko, Dax und Bashir werden in die Vergangenheit gebeamt. Bashir und Sisko erwachen in [[San Francisco]] im Jahr [[2024]]. Die beiden werden von zwei Aufsehern gefunden und da sich die beiden nicht Ausweisen können werden Sisko und Bashir in eine [[Schutzgebiet|Schutzzone]] gebracht. In diesen Schutzgebieten leben zu dieser Zeit, Arbeitslose und Behinderte, die dort versorgt werden sollen. In Wirklichkeit herrscht in diesen Gebieten große Armut. Sisko und Bashir versuchen aus dieser Schutzzone zu entkommen, aber dies gelingt ihnen nicht. Die beiden gelingt es dort ansässige Kleidung zu bekommen und sich mit einigen Einwohnern der Schutzzone anzufreundenan zu freunden. Eines Abends wird Bashir von [[B.C. Coleridge]] angegriffen. Bashir wird darauf von [[Gabriel Bell]] verteidigt. Coleridge tötet Bell, raubt ihn dann aus und verschwindet. Sisko bemerkt, dass durch diesen Mord die [[Zeitlinie]] verändert worden ist. Kurz darauf brechen Unruhen in den Schutzzonen aus, damit die Zeitlinie erhalten bleibt übernimmt Sisko die Rolle von Gabriel Bell. ({{DS9|Gefangen in der Vergangenheit, Teil I}})

Kurz darauf muß muss Bashir [[Morn]] behandeln, nachdem sich dieser im Quarks mit verdorbenen [[Kanar]] eine Lebensmittelvergiftung zugezogen hat. ({{DS9|Trekors Prophezeiung}})

Anfang [[2372]] wird Bashir zum vollen Lieutenant befördert. Nach dem Ereignis mit dem Gründer auf der ''Defiant'' werden Übungen auf Deep Space 9 durchgeführt um getarnte Gründer aufzuspüren. Alle Führungsoffiziere nehmen an dieser Übung teil. Odo stellt den Gründer da und ihm gelingt es die Offiziere mehrmals auszutricksenaus zu tricksen. Bashir läuft sogar in eine Falle von Odo und die Übung wird darauf beendet. Plötzlich erscheint eine klingonische Flotte bei Deep Space Nine welche von [[General]] [[Martok]] angeführt wird. Die Klingonen kommen darauf zu Besuch auf die Station. O'Brien und Bashir befinden sich zu der Zeit im Quarks. Quark ist der erste der bemerkt, dass etwas nicht stimmt. Für Klingonen ist es zu ruhig in der Bar. Er teilt dies den beiden mit, aber O'Brien und Bashir machen sich zu Anfang nichts daraus. Später wird Garak von den Klingonen angegriffen und Bashir muss diesen behandeln. Aufgrund des seltsamen Verhaltens fordert Captain Sisko darauf [[Lieutenant Commander]] [[Worf]] an. Worf findet heraus, dass die Klingonen einen Angriff gegen die Cardassianer planen. Die Föderation stellt sich aber gegen diesen Angriff, darauf kündigen die Klingonen das [[Khitomer-Abkommen]] und die Klingonen beginnen mit der Invasion. Sisko lässt die Cardassianer über Garak warnen. ({{DS9|Der Weg des Kriegers, Teil I}})

Julian Bashir spielt gerade ein neues Holosuitprogramm als Garak ihn besucht. In diesem [[Julian Bashir, Geheimagent|Holosuitprogamm]] ist Bashir ein [[Julian Bashir (Geheimagent)|Geheimagent]] im Jahr [[1964]]. Zur gleichen Zeit wird die [[USS Orinoco|USS ''Orinoco'']] von eine cardassianischen Gruppe welche sich [[Der wahre Weg]] nennt, vernichtet. Die Offizier der ''Orinoco'' beamen nach Deep Space 9 als das Shuttle explodiert. Durch die Explosion werden die Muster der Offiziere in Bashirs Programm integriert. Als Bashir Kira plötzlich in seinem Programm sieht hält er dies anfangs für einen [[Scherz]], aber Lieutenant Commander [[Michael Eddington]] informiert Bashir über die aktuelle Lage. Bashir muß muss das Programm durchspielen um seine Freunde zu retten. Bashir gelingt es das Programm durchzuspielen durch zu spielen auch wenn er und Garak sich mehrmals in Lebensgefahr befunden haben. Als Garak das Programm beenden will schießt Bashir sogar auf ihn, um seine Freunde zu schützen. Schließlich gelingt es Bashir das Programm durchzuspielendurch zu spielen, während es Eddington und Rom gelingt die Offiziere aus den Programm raus zubeamen. ({{DS9|Unser Mann Bashir}})

Nachdem die Gründer einen Anschlag auf der Erde verübt haben, ist Bashir in schlechter Stimmung. Er macht sich Sorgen um seine Bekannten, welche auf der Erde leben. Auf der Erde findet Captain Sisko heraus, dass Amiral Admiral [[Leyton]] einen [[Militärputsch (2372)|Militärputsch]] plant. Sisko beordert die ''Defiant'' zur Erde, welche Beweise für den Putch Putsch von Leyton hat. Leyton will das verhindern und lässt die ''Defiant'' [[USS Lakota|USS ''Lakota'']] angreifen. Es gibt tote und Verletzte an Bord der ''Defiant'' und Bashir muss diese behandeln. Schließlich bricht die ''Lakota'' den Angriff auf die ''Defiant'' ab, als ihr Captain den Verrat von Leyton erkennt. Schließlich ist Leyton gezwungen zurückzutreten. ({{DS9|Die Front|Das verlorene Paradies}})

Garak lädt kurz darauf Bashir zu einem [[Springball]]-[[Spiel]] ein. Die beiden schauen interessiert dem Spiel zu, bis sich Garak mehr für [[Tora Ziyal]] interesiertinteressiert. ({{DS9|In eigener Sache}})

Bashir macht sich Sorgen um seinen Freund O'Brien, da er sehr mit seinem Sohn [[Kirayoshi O'Brien|Kirayoshi]] beschäftigt ist. Der Chief hat kaum noch Zeit für sich, da er sich immer um das Baby kümmern mußmuss. Bashir bietet dem Chief seine Hilfe an, aber O'Brien lehnt dies ab. ({{DS9|Kriegsgeschäfte}})

Nach der Rückeroberung der Station planen Worf und Jadzia Dax ihre [[Klingonische Hochzeit|Hochzeit]]. Worf fragt seine Freunde, ob sie an dem [[Kal'Hyah]]-Ritual teilnehmen. Bashir denkt sofort an eine Junggesellenabschiedsparty und sagt sofort zu. Aber in Wirklichkeit handelt es sich um eine harte Prüfung für die Ausdauer. So muß muss Bashir vier Tage in der Hitze fasten. Während der Prüfung des Blutes schläft Bashir vor Erschöpfung ein. Worf fragt darauf wer sich als erstes freiwillig meldet, um sich seine Adern aufschneiden zu lassen. Als O'Brien bemerkt, dass Bashir schläft, treten O'Brien, Sisko und [[Alexander Rozhenko]] einen Schritt zurück. Somit ist Bashir ohne es zu ahnen der erste Freiwillige für diese Prüfung. Später müssen Bashir und O'Brien über glühende Kohlen hängen. Durch einen Streit von Worf und Dax wird die Hochzeit abgesagt. Bashir und O'Brien freuen sich, dass sie endlich wieder was essen dürfen. Als die beiden gerade bei Quark was essen wollen, hält sie Sisko davon ab, da die Hochzeit nun doch statt findet. Auf der Hochzeit dürfen die Teilnehmer der Kal'Hyah darauf das Paar symbolisch verprügeln. Während der Hochzeit fragt Bashir Martok wann er endlich zuschlagen darf. Als die Hochzeit abgeschlossen ist, dürfen Bashir und O'Brien endlich auf Worf einschlagen, für das Leiden, welches die beiden während des Kal'Hyah ertragen mussten. ({{DS9|Klingonische Tradition}})

Kurz darauf untersucht die ''Defiant'' ein [[Subraum-Kompression]]s-PhänomPhänomen. Diese Forschung soll bei der Erschaffung von [[Transwarpkanal|Transwarpkanälen]] helfen. Durch die Anomalie werden auch Objekte [[Schrumpfen|verkleinert]]. Mit einem Runabout erforschen Bashir, Dax und O'Brien die Anomalie. Durch den Effekt der Anomalie werden auch sie verkleinert. Sisko und seine Crew überwachen auf der ''Defiant'' die Mission des Runabouts, als plötzlich die ''Defiant'' von den Jem'Hadar angegriffen und darauf übernommen wird. Das Rounabout Runabout fliegt zwar aus der Anomalie, ist aber immer noch winzig klein. Durch einen Impulsschacht gelangt das kleine Schiff in die ''Defiant'' hinein. Dort angekommen bemerken Bashir, Dax und O'Brien, dass die ''Defiant'' von den Jem'Hadar übernommen worden ist. Sisko versucht währenddessen wieder heimlich die Kontrolle über die ''Defiant'' zu bekommen. Auch die Crew des Runabout versucht bei der Rückeroberung der Defiant zu helfen. Bashir und O'Brien werden ins Computersystem der ''Defiant'' gebeamt und schalten in ihrer winzigen Größe die Kontrolle der ''Defiant'' frei. Das Rounabout Runabout greift einige der Jem'Hadar an und es gelingt der Crew der ''Defiant'' wieder die Kontrolle über das Schiff zu erlangen. Nach der Rückeroberung der ''Defiant'' werden Bashir, Dax und O'Brien wieder auf ihre normale Größe gebracht. ({{DS9|Das winzige Raumschiff}})

Ende 2374 teilt Jadzia Dax Bashir und Quark mit, dass sie und Worf sich ein Baby wünschen. Als dies Bashir und Quark erfahren deprimiert sie das sehr, da die beiden noch immer die Hoffnung haben, dass die Ehe von Worf und Dax nicht lange hält. Die beiden begeben sich ins Vics und blasen dort Trübsal. Aber Vic Fontaine rät den beiden sich von Jadzia Dax zu lösen, da es keinen Sinn macht ihr nachzurennennach zu rennen. Bashir bedankt sich bei Vic für den Rat. Als Dax später erfährt, dass sie und Worf genetisch kompatibel sind und ein Baby bekommen können, bedankt sie sich bei Bashir für alles und das er ein guter Freund ist. Später befindet sie sich im bajoranischen Tempel, als sie plötzlich, von dem mit einem Pah-Geist besessenen Dukat, angegriffen wird. Dukat verletzt sie schwer. Bashir gelingt es zwar den Dax-Symbionten zu retten, aber Jadzia stirbt aufgrund ihrer schweren Verletzungen. ({{DS9|Tränen der Propheten}})

Nach dem Tod von Jadzia Dax verlässt Captain Sisko für einige Zeit die Station. Währenddessen trauert Worf um seine Frau. In dieser Zeit führt die ''Defiant'' häufig Konvoimissionen durch. Dies bedrückt Worf umso mehr, da seine Frau nicht ehrenvoll gestorben ist, wird sie nach den klingonischen Sitten nicht ins [[Sto'Vo'Kor]] gelangt. Durch die Konvoimissionen, hat Worf auch keine Möglichkeiten ihre Ehre in einem glorreichen Kampf wieder herzustellen, damit ihre Seele ins Sto'Vo'Kor gelangen kann. Auch Bashir und O'Brien bemerken, dies und versuchen Worf zu helfen. Mit Hilfe von General Martok kann Worf an einer gefährlichen Schlacht teilnehmen. Mit der IKS ''Rotarran'' plant Martok die Schiffswerft des Dominion im Orbit von [[Monac IV]] angreifen. Als Freunde von Jadzia Dax wollen auch Bashir, O'Brien und auch Quark Worf auf dieser Mission begleiten. Während der Mission ist Worf verärgert über Bashir, O'Brien und Quark, da er eifersüchtig auf die drei ist. Obwohl die drei auch Freunde von Dax gewesen sind, will Worf diese Mission allein für Jadzia Dax durchführen. Als Worf deswegen die drei anbrüllt, nimmt sich Martok ihn zur Brust und gibt ihn zu verstehen, dass sein Verhalten falsch ist und auch Jadzia Dax Freunde das Recht haben ihre Ehre wieder herzustellen. Später entschuldigt sich Worf bei den drei für sein Verhalten und erklärt ihnen wie viel Bashir, O'Brien und Quark für Jadzia Dax bedeutet haben. Die Mission verläuft erfolgreich der ''Rotarran'' gelingt es die Schiffswerften des Dominions zu vernichten. Dieser Sieg wird Jadzia Dax gewidmet, damit ihre Seele ins Sto'Vo'Kor gelangen kann. Nach diesen Ereigniss Ereignis kehrt Captain Sisko auf die Station zurück und bringt [[Ezri Dax]], den Nachfolgenden Wirt von Jadzia Dax mit. ({{DS9|Das Gesicht im Sand|Schatten und Symbole}})

Bashir gelingt es mit der Zeit ein Heilmittel zu finden, um die genetisch aufgewertete Sarina Douglas aus ihrer Isolation herauszuhelfenheraus zu helfen. Als dies Jack, Patrick und Lauren erfahren bringen diese, als Sternenflottenoffiziere verkleidet, Sarina nach Deep Space 9. Auch Nog fällt auf die vermeintlichen Offiziere rein, aber Bashir erkennt die drei sofort und bringt diese in einem Frachtraum, wo sie vorübergehend wohnen werden. Die Operation an Sarina verläuft erfolgreich und sie beginnt ihre Außenwelt wahrzunehmen. Aus dem stummen Mädchen wird eine lebhafte junge Frau. Bashir und sie verbringen ihre Freizeit zusammen. Bashir stellt Sarina auch seinen Freunden vor. Sarina fügt sich wieder erfolgreich in die Gesellschaft ein. Während der Zusammenarbeit mit Sarina verliebt sich Bashir in sie und die beiden küssen sich. Aber Sarina erwidert seine Gefühle nicht, da sie aber nicht weiß wie sie sich verhalten soll kehrt Sarina in ihren alten Zustand zurück. Als Bashir von Jack, Patrick und Lauren erfährt, dass er dafür verantwortlich ist, lässt Bashir Sarina gehen. Sarina verabschiedet sich bald darauf von Bashir während er seiner neuen Lieben nachtrauert. ({{DS9|Sarina}})

Als Quark bemerkt, dass Bashir wieder mit Dax flirt flirtet, ist dieser schlimm eifersüchtig auf ihn. Kurz darauf betet Quark zum [[Fiskus]] und bittet das Bashir die Station verlässt, damit er Chancen bei Dax hat. ({{DS9|Die Tarnvorrichtung}})

Durch ein kleine Spielerei von Felix, wird das Programm von Vic Fontaine verändert und Vics Casino wird von der [[Mafia]] übernommen. Um das Programm wieder in den Normalzustand zu bringen, muss man die Mafia aus dem Casino vertreiben. Vics Freunde wollen dies bewerkstelligen, indem sie das Casino der Mafia ausrauben. Bashir muss hier bei für eine Ablenkung sorgen. Am Ende gelingt es das Casino der Mafia auszurauben aus zu rauben und Vics Programm kehrt in seine ursprüngliche Version zurück. ({{DS9|Badda-Bing, Badda-Bang}})

Die beiden versöhnen sich aber bald wieder. Ende 2375 bleibt Garak auf Cardassia, um dort mitzuhelfen mit zu helfen seine Welt wieder aufzubauen. Bashir bedauert, dass er einen guten Freund verliert und wünscht für Garaks Zukunft alles gute. ({{DS9|Das, was du zurückläßt, Teil II}})  

Als Ende 2374 Dax Bashir berichtet, dass sie und Worf sich ein Baby wünschen, zerbricht dies sämtliche Hoffnungen, dass Worf und Dax sich irgendwann doch wieder trennen könnten. Deprimiert setzen sich Quark und Bashir ins Vics. Aber Vic Fontaine rät den beiden, sich von Jadzia Dax zu lösen, da es keinen Sinn macht, ihr nachzurennennach zu rennen. Später trifft Dax auf Bashir und sie bedankt sich, dass er ein guter Freund ist. Kurz darauf wird Jadzia Dax von Gul Dukat getötet. ({{DS9|Tränen der Propheten}})

2370 spielt Bashir mit O'Brien Racquetball, um sich mit diesen besser anzufreundenan zu freunden. O'Brien nimmt an, aber verliert gegen den überlegenen Bashir. O'Brien fühlt sich in seiner Ehre verletzt und fordert Bashir einige weitere Male heraus. Obwohl O'Brien weiterhin verliert versucht er weiter gegen den Arzt zu spielen. Bashir macht sich inzwischen Sorgen um den Chief, da er nicht mehr der jüngste ist. Um O'Brien nicht zu überfordern gelingt es Bashir mit einigen Tricks die Spiele vorzeitig abzubrechen. Später werden die Racquetballspiele durch die Glücksspielgeräte von Martus Mazur beeinflusst und es scheint das O'Brien regelmäßig gewinnt. Aber auch nach dem die Geräte deaktiviert worden sind spielen die beiden in ihrer Freizeit weiter Racquetball. ({{DS9|Rivalen}})

In einer [[Alternative Zeitlinie|Alternativen Zeitlinie]] wird Captain Sisko 2372 durch einen Unfall in den [[Subraum]] gezogen. 2373 taucht Sisko wieder auf und Bashir untersucht ihn darauf. Aber Bashir kann nicht verhindern, dass Sisko wieder in den Subraum gezogen wird. In der Zwischenzeit verschlechtert sich die Beziehung zwischen den Klingonen und der Föderation immer mehr und schließlich verlässt die Sternenflotte Deep Space Nine. Jake Sisko versucht mehre male seinen Vater zurückzuholenzurück zu holen, aber es gelingt ihm nicht. [[25. Jahrhundert|2422]] versuchen Jake Sisko, Jadzia Dax, Julian Bashir und Captain Nog Sisko aus dem Subraum zu befreien. Bashir ist in dieser Zeit bereits zum Commander befördert worden. Auf der ''Defiant'' wird der Unfall, durch den Sisko in den Subraum gezogen worden ist nachgestellt. Aber auch dies misslingt Jake und ihm gelingt es nicht seinen Vater zu retten. Schließlich findet Jake heraus, dass sein Tod seinen Vater retten kann. Beim letzten Besuch von seinen Vater tötet sich Jake und Benjamin Sisko wird zu dem Moment des Unfalls zurück geschleudert. Sisko kann diesen Unfall verhindern und diese [[Zeitlinie]] wird aufgelöst. ({{DS9|Der Besuch}})