Kirk und seine Offiziere wurden wegen neun Vergehen gegen Sternenflotten-Bestimmungen angeklagt und vor ein Kriegsgericht gestellt. Angesichts der tatsächlichen Vorkommnisse wurden allerdings alle Anklagen niedergelegt mit Ausnahme der Befehlsverweigerung gegenüber einem höherrangigen Offizier von Admiral Kirk, der er schuldig gesprochen wurde. Der [[Föderationsrat]] verfügte aufgrund seiner Verdienste um die Rettung der Erde (eine fremde Sonde verursachte verheerende Umweltschäden bei dem Versuch mit den inzwischen ausgerotteten Buckelwalen Kontakt aufzunehmen), dass Kirk lediglich zum Captain degradiert wird und das Kommando über das zweite Raumschiff [[USS Enterprise (NCC-1701-A)|USS ''Enterprise'' (NCC-1701-A)]] erhält. (''"[[Star Trek IV: Zurück in die Gegenwart]]"'') Kirk kommandierte dieses Schiff für weitere sieben Jahre.

Der Höhepunkt seiner Karriere war die Eskorte des [[Klingonischer Kanzler|klingonischen Kanzlers]] [[Gorkon]] zur Erde zu einer Friedenskonferenz [[2293]]. Kirk war seit Jahren über den von Klingonen verursachten Tod seines [[David Marcus|Sohnes]] verbittert und opponierte gegen Gorkons Friedensinitiative. Insbesondere, dass ausgerechnet er der Überbringer des Olivenzweigs der Föderation sein soll. Während dieser Mission töteten Attentäter aus den Reihen seiner Mannschaft den Kanzler. Kirk wurde daraufhin zusammen mit McCoy verhaftet und fälschlicherweise des Mordes an Gorkon angeklagt. In Wirklichkeit hatten sich Kräfte aus den Reihen der Föderation wie auch der Klingonen verschworen, um in einer Art haßerfüllter Zusammenarbeit Gorkons Initiative zu stoppen. Sie wurden auf den berüchtigten Strafasteroiden [[Rura Penthe]], auch bekannt als der ''"Fremdenfriedhof"'' eingeliefert, aber Kirk und McCoy entkamen rasch. Er flog mit der ''Enterprise'' nach [[Khitomer]] um ein weiteres Attentat, diesmal auf den [[Föderationspräsident]]en, zu verhindern und rettete die historische [[Konferenz von Khitomer]] vor weiteren Angriffen. Drei Monate nachdem die [[Khitomer-Abkommen|Verträge von Khitomer]] unterzeichnet waren, zog sich Kirk zum zweiten Mal aus der Sternenflotte zurück. (''"[[Star Trek VI: Das unentdeckte Land]]"'')