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Während ein Außenteam auf einem Planeten, der vom [[Mokra-Orden]] kontrolliert wird, dringend benötigtes [[Tellerium]] zu erstehen versucht, hält Kim inzwischen die Systeme des Schiffes am laufen. Er muss Chakotay jedoch mitteilen, dass wenn die Reaktionsrate unter 9 % fällt, würden sie den Antrieb nie wieder starten können. Nachdem Neelix sich meldet, beamt Kim ihn direkt in den Maschinenraum und führt das Tellerium ihrem Antrieb zu. Daraufhin normalisieren sich die Schiffssysteme. Inzwischen werden Tuvok und Torres vom Mokra-Orden gefangen genommen und werden inhaftiert. Nachdem diplomatische Versuche der Konfliktbeilegung gescheitert sind, plant man eine Befreiungsaktion für das Außenteam. Dazu berät sich Kim mit Neelix, Chakotay und Paris. Chakotay trägt ihm auf, einen Weg zu finden unbemerkt in das Gefängnis zu gelangen. Kim präsentiert seinen Plan dem Commander und ist bei der Durchführung an seiner Station. Jedoch wird ihr Deflektor durch einen Präzisionstreffer der Mokra erheblich beschädigt, sodass ihr Rettungsversuch vorerst gescheitert ist. später können die Gefangen aus der Gewalt des Mokra-Orden befreit werden. ({{VOY|Die Resistance}})
Als die ''Voyager'' auf eine künstliche Lebensform, die [[Automatische Einheit 3947]], im Weltall stößt, repariert Kim diese mit Torres. Jedoch entführt die Lebensform kurze Zeit später Torres. Kim ist nicht in der Lage den Transport der beiden auf ein Raumschiff der [[Pralor]]-Androiden zu verhindern. Janeway versucht mit dem Schiff zu kommunizieren. Dieses antwortet jedoch nicht. Nachdem der Versuch Torres gewaltsam zu befreien, gescheitert ist und die ''Voyager'' unter schwerem Feuer des [[Pralor-Raumschiff]]es steht, meldet Kim Janeway die Schäden. Später greift ein Schiff der verfeindeten [[Cravic]] das Schiff der Pralor an. Da die automatischen Personaleinheiten abgelenkt sind, fliegt Paris nun mit einem Shuttle in die Nähe der beiden Schiffe und kann Torres an Bord des Shuttles beamen. Als sich beide Offiziere wieder an Bord der ''Voyager'' befinden, entfernt sich diese von den beiden Schiffen, welche noch immer in schwere Kämpfe verwickelt sind. ({{VOY|Prototyp}}) Wenig später erscheint ein [[Quinn|Q]], welcher einige Jahrhunderte in einem [[Komet]]en eingesperrt gewesen war, an Bord der ''Voyager''. Dieser Q will wenig später verschwinden, doch stattdessen verschwinden alle Männer inklusive Kim. Janeway befiehlt diesem Q sofort alle Männer wieder erscheinen zu lassen, doch Q gelingt dies nicht. Plötzlich erscheint ein weiterer [[Q]] und dieser lässt die Männer wieder erscheinen. Darauf versucht Q zu fliehen und bringt die ''Voyager'' an verschiedene Orte und Zeiten. Doch Q findet schnell den flüchtigen anderen Q. Janeway entscheidet sich darauf zu einer [[Anhörung]], um über das weitere Schicksal des Q zu entscheiden. Der flüchtige Q ist deswegen eingesperrt worden, da er [[Selbstmord]] begehen will. Nach der Anhörung entscheidet sich Janeway dafür dem Q, welcher sich nun entscheidet sich Quinn zu nennen, Asyl zu gewähren. Allerdings begeht der Q doch Selbstmord. ({{VOY|Todessehnsucht}})
Nachdem das Schiff bei einem Angriff der Kazon schwer beschädigt wird, meldet Harry dem Captain die Schäden. Als Janeway den Führungsoffizieren eröffnet, dass sie Verhandlungen mit den Kazon über eine Allianz führen will, erhebt er zunächst Einspruch. Diesen weist Janeway jedoch zurück und beginnt Verhandlungen mit den Kazon und den [[Trabe]]. Eine Allianz kommt allerdings letztlich nicht zustande. ({{VOY|Allianzen}})
Nachdem die ''Voyager'' auf ein Trümmerfeld trifft, untersucht er dieses. Torres ersieht aus seiner Analyse, dass dies von einer cardassianischen Sonde verursacht wurde, die sie seinerzeit umprogrammierte. Nachdem ein Angriff auf den Flugkörper scheitert, registiert Harry, dass sie gerufen werden und leitet den Ruf weiter. Nachdem der Versuch Dreadnought anzugreifen scheitert, stellt er eine Verbindung zu Torres her. Er will Torres rausbeamen. Jedoch lehnt Torres es ab und versucht weiter Dreadnought zu zerstören. Anschließend befiehlt ihm Janeway in die Rettungskapsel zu gehen. ({{VOY|Der Flugkörper}})
Als die ''Voyager'' wenig später den Notruf einer [[Vidiianer|Vidiianerin]] empfängt, beamt er diese auf die [[Krankenstation]]. Später ist er Zeuge, wie Tom Paris zu spät zum Dienst erscheint und von Chakotay informiert wird, dass er heute nicht das Schiff fliegt. Daraufhin attackiert dieser Commander Chakotay und wird deswegen von Tuvok in die Arrestzelle gebracht. ({{VOY|Lebensanzeichen}})