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Eines der [[Raumschiff]]e der Handelsmarine ist die [[SS Beagle|SS ''Beagle'']] unter dem [[Kommando]] von [[Captain]] [[R.M. Merik]]. Merik tritt der Handelsmarine nach bei, nachdem er die Qualifikationen der [[Sternenflottenakademie]] nicht erfüllt hat ({{TOS|Brot und Spiele}}).
Der [[Geologe]] [[Carstairs (Geologe)|Carstairs]] untersucht vor [[2268]] mit einem Schiff der Handelsmarine mehrere [[Planet]]en in dem [[Sektor]], in dem das [[Alpha -Carinae -System]] liegt ({{TOS|Computer M5}}).
{{meta|Es liegt nahe zu vermuten, dass die [[USS Biko]] und weitere in Star Trek erwähnte Schiffe der Föderation, die nicht zur [[Sternenflotte]] gehörten, von der Handelsmarine betrieben wurden. Insbesondere bei der [[FMS Geldonero|FMS ''Geldonero'']] könnte das „FMS“ für "Federation Merchant Ship" stehen.}}