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Um bei der Forschung schnellere und größere Fortschritte zu erreichen, verwendet [[Doktor]] [[David Marcus]] vermutlich illegaler Weise instabile [[Protomaterie]]. Zudem wird die Vorbereitung der dritten Phase durch das Eingreifen einer Gruppe Exilanten um den macht- und [[rache]]besessenen [[Khan Noonien Singh|Khan]] massiv gestört, so dass sich aus Sicht des Projekts kaum verwertbare Daten über diese Phase sammeln lassen und im gleichen Zug ein Schiff der Sternenflotte zerstört wird.
Der weitere Verlauf in der Erforschung des aus dem Zwischenfall entstandenen [[Genesis (Planet)|Genesis-Planeten]], ist ebenfalls nicht ergiebig, da erneut keine Daten erhoben werden können und die Sternenflotte darüber hinaus in Auseinandersetzungen mit einem [[Klingonischer Bird-of-Prey|klingonischen Bird of Prey]] zwei weitere Schiffe verliert, bevor der Planet aufgrund der instabilen [[Protomaterie ]] [[Explosion|explodiert]].
Nach dem Verlust der ''Reliant'', der ''Grissom'' und der ''Enterprise'' sowie dem gewaltsamen [[Tod]] von David Marcus im Zuge des Projektes und der Erkenntnis, dass Genesis auch als Waffe missbraucht werden kann, stellt die Föderation die Forschungen ein. Nicht zuletzt auch, weil das bis dahin als geheim eingestufte Projekt inzwischen bekannt geworden ist und [[Diplomatie|diplomatische]] Konflikte nach sich zieht. ({{film|4}})