[[2268]] findet der Geheimdienst heraus, dass die [[Romulaner]] nun auch [[Klingone|klingonische]] [[Kreuzer]] der [[D7-Klasse|''D7''-Klasse]] verwenden, die aus der gemeinsamen [[Klingonisch-Romulanische Allianz|Klingonisch-Romulanischen-Allianz]] stammen. Desweiteren beauftragen sie [[Captain]] [[James T. Tiberius Kirk|Kirk]] damit, eine romulanische [[Tarnvorrichtung]] zu entwenden ({{TOS|Die unsichtbare Falle}}).

[[2369]] glaubt der Geheimdienst, dass die [[Cardassianische Union|cardassianische Union]] daran arbeitet, eine [[Metagenetische Waffe|metagenetische Waffe]] auf [[Celtris III]] herzustellen. Diese Waffe wäre in der Lage gewesen, dass gesamte Leben eines [[Planet]]en vollständig auszulöschen, ohne aber dessen Infrastruktur zu beschädigen ({{TNG|Geheime Mission auf Celtris Drei, Teil I|Geheime Mission auf Celtris Drei, Teil II}}).

[[2370]] stellt der Geheimdienst der [[USS Enterprise (NCC-1701-D)|USS ''Enterprise''-D]] alle bekannten Informationen über [[Arctus Baran]]s [[Theta-Klasse|Schiff]] zur Verfügung, welches mehrere Angriffe auf [[Archäologie|archäologische]] Einrichtungen der Föderation durchgeführt hatte hat ({{TNG|Der Schachzug, Teil I|Der Schachzug, Teil II}}).

[[Rear Admiral]] [[Erik Pressman]] arbeitete arbeitet zeitweise für den Geheimdienst. Er gehört zu den wenigen Eingeweihten, die unter Anleitung des Geheimdienstes, eine geheime [[Interphasen-Tarnvorrichtung]] entwickelt haben, obwohl dies im [[Vertrag von Algeron]] ausdrücklich verboten worden ist. Im Jahr [[2358]] finden dazu geheime Tests auf der [[USS Pegasus|USS ''Pegasus'']] statt, auf der die Effizienz der neuen [[Tarnvorrichtung]] getestet werden soll. Allerdings schlägt dieser Test fehl, wodurch die ''Pegasus'' angeblich zerstört worden ist. Alle Vorfälle und die dazugehörigen Informationen wurden werden vom Geheimdienst unter Verschluß gestellt. [[2370]] kommt Pressman auf die ''Enterprise'', um nach der verschollenen ''Pegasus'' zu suchen. Als [[Commander]] [[William T. Thomas Riker|Riker]], der damals vormals an Bord der ''Pegasus'' dientegedient hat, schließlich die Wahrheit offenbart, wird Admiral Pressman von Captain [[Jean-Luc Picard|Picard]] unter [[Arrest]] gestellt ({{TNG|Das Pegasus-Projekt}}).

Während der [[2370er]] ist der [[Maquis]] einer von mehreren Zielen, die vom Geheimdienst der Sternenflotte genauer beobachtet werden. [[2372]] glaubt der Geheimdienst, dass der Maquis plant, mehrere [[Replikator|IndustriereplikatorenIndustriereplikator]] en zu [[Diebstahl|stehlen]], die eigentlich dazu gedacht warengewesen sind, die Wirtschaft und Industrie der cardassianischen Cardassianischen Union wieder aufzubauen. Es stellt sich später heraus, dass diese Informationen der Wahrheit entsprechen. Allerdings schlägt das Eingreifen des Geheimdienstes fehl, da sich ein [[Verräter ]] namens [[Michael Eddington]] auf der [[Raumstation]] ''[[Deep Space 9]]'' befindet, der diese Aktion unterbindet. Anschließend gelingt es ihm, die 12 Industriereplikatoren in seinen Besitz zu bringen ({{DS9|In eigener Sache}}).

Im [[Dominion-Krieg]] gelingt dem Geheimdienst ein großer Erfolg. Dabei spüren sie im Jahr 2374 eine geheime [[Phalanx|Sensorenphalanx]] des [[Dominion]] auf, die in der Lage ist, sämtliche [[Flotten der Sternenflotte|Flottenbewegungen]] der Sternenflotte in einem Bereich von fünf [[Sektor]]en beobachten zu können ({{DS9|Hinter der Linie}}).

[[2374]] wird [[Chief]] [[Miles Edward O'Brien|O'Brien]] vom Geheimdienst damit beauftragt in das [[Orion-Syndikat]] einzudringen und ein eventuelles Attentat auf einen klingonischen [[Botschafter]] zu vereiteln. Außerdem soll er überprüfen, ob eine Verbindung zwischen dem Syndikat und dem [[Dominion]] besteht ({{DS9|Ehre unter Dieben}}).

Eine der größten Niederlagen des Geheimdienstes war ist die Tatsache, dass es dem Dominion während des Krieges gelungen ist, unbemerkt eine gewaltige Invasionsarmee [[Invasion]]sarmee im [[Kalandra-Sektor]] zu stationieren, mit der sie erfolgreich den nahegelegenen Planeten [[Betazed]] erobern konnten kann ({{DS9|In fahlem Mondlicht}}).