Mit Hilfe eines uralten Kommunikationsnetzwerks wird der Doktor in den Alpha-Quadranten geschickt, wo er dem Sternenflottenhauptquartier Bericht erstatten soll, dass die ''Voyager'' nicht verloren sei, sondern im Delta-Quadranten verschollen ist und dass sich die Crew auf der Heimreise befindet.

[[B'Elanna Torres]] äußert in einem Gespräch mit Chakotay ihren Unmut über [[Seven of Nine]]s ruppigen Umgang gegenüber ihrem Vorgesetzten [[Commander]] [[Chakotay]]. So hat sie heute einen isolinearen Prozessor aus dem Maschinenraum geholt und als Torres ihn zurückholen wollte, hat sie sich im astrometrischen Labor eingeschlossen. Chakotay fragt, ob er Seven nun für den Arest Rest der Reise in die Arrestzelle stecken soll, was Torres für keine schlechte Idee hält. Dieser rät ihr dazu etwas nachsichtiger zu sein, als Seven den Commander und den [[Captain]] in das [[Astrometrisches Labor|astrometrische Labor]] bestellt. Torres meint, dass sie nicht weiß, wie sie beim nächsten Vorfall reagiert. Chakotay weist sie allerdings an, einen Lösungsweg zu finden als Führungsoffizier.

Auf dem Weg zum astrometrischen Labor, trifft Chakotay auf Captain Kathryn Janeway, die ebenfalls dorthin zitiert wurde. Beide wissen jedoch nicht , um welche Angelegenheit es sich handelt. Als die beiden in das Labor kommen, präsentiert ihnen Seven das Bild eines [[Raumschiff]]s, welches sie mithilfe einer Verbesserung der Sensoren entdeckt hat – und zwar das eines Schiffs der [[Sternenflotte]].

Auf der anderen Seite, wird seine Matrix von dem holografischen System der [[Krankenstation]] automatisch nach Empfang aktiviert und sein Programm gestartet. Er ruft nach der Besatzung, jedoch meldet sich niemand – auch auf den Ruf zur Brücke folgt nichts als Schweigen. Durch eine [[Computer]]anfrage erfährt der Doktor, dass er sich auf dem [[Föderation]]sraumschiff [[USS Prometheus (NX-59650/NX-74913)|USS ''Prometheus'']] im Alpha-Quadranten befindet. Laut dem Computer funktioniert das Kommunikationssystem jedoch. Allerdings wurde der Zugang gesperrt. An einer Wand erblickt er Phaserverbrennungen, die seine Aufmerksamkeit erregen. Er erkundet die Umgebung und findet schließlich schnell mehrere Crewmitglieder. Einer von ihnen ist bereits tot, ein weiterer liegt im Sterben. Der Doktor verabreicht ihm ein [[Hypospray]] und der Mann kann dem Doktor noch mitteilen, dass das Schiff von [[Romulaner]]n gekapert worden sei. Dann erliegt der Mann seinen Verletzungen.

[[Datei:MHN_MHN2.jpg|thumb|Das MHN 1 bringt das MHN 2 zum schweigenSchweigen.]]Das MHN Typ II meint, dass er programmiert wurde, jedes Crewmitglied des Schiffes zu erkennen und er nicht dazu gehört. Bevor der Doktor etwas sagen kann, verlangt das MHN nun den Rang und die Sicherheitsgenehmigung des Doktors zu erfahren. Dieser berichtet, dass er ein Hologramm für medizinische Notfälle ist und hierher geschickt wurde. Dann erkennt er den Doktor und meint, dass der Doktor das primitive Modell I ist. Der Doktor erklärt ihm, dass er von der ''Voyager'' stammt, die vor vier Jahren von einem fremden Wesen in den Delta-Quadranten gezogen wurde. Beim Anblick des Romulaners geht das "Modell II" zu einer Konsole und versucht die [[Sicherheit]] zu rufen, wird jedoch vom Doktor aufgehalten. Als er seinem Nachfolgemodell erklärt, dass das Schiff von den Romulanern übernommen wurde, deaktiviert sich dieses. Umgehend aktiviert ihn der Doktor wieder. Dieser zitiert eine Sternenflottenvorschrift, welche die Deaktivierung des MHN nach einer Kaperung vorsieht. Entnervt erkundigt sich der Doktor nach der politischen Situation. Er erfährt, dass kein Krieg mit den Romulanern herrscht, aber die Föderation stattdessen mit dem Dominion kämpfte. Der Doktor kann damit nichts anfangen, doch das MHN meint nur, dass dies eine lange Geschichte sei. Der Doktor will die Situation unter Kontrolle bringen. Das MHN Typ II erklärt, dass es sich bei dem Schiff und bei seinem Programm um einen Prototyp handelt und wird nervös. Der Doktor erklärt jedoch, dass er umfangreiche Erfahrungen hat und will mit ihm den Romulaner behandeln. Das MHN II will den Romulaner als Feind nicht behandeln, doch der Doktor erkennt mit seinem Tricorder, dass dessen Matrix destabilisiert ist, was sein unberechenbares Verhalten erklären würde. Der Doktor meint, dass er ihn braucht. Nach wie vor, will sich das MHN II deaktivieren. Der Doktor setzt die Behandlung unterdessen fort. Das MHN II fragt, was sie gegen die Romulaner tun könnten. Der Doktor hält sich jedoch qualifiziert, da er makrovirale Verseuchungen bekämpfte, den Raum der Borg durchquerte und das Schiff von den Kazon befreit hat. Auch berichtet er, dass er seit vier Jahren aktiv ist. Das MHN Modell II glaubt, dass sich das Programm des Doktor nach vier Jahren destabilisiert. Er erklärt, dass er Hilfe bei der Behandlung des verletzten Romulaners bräuchte, da er mit den moderneren medizinischen Gerätschaften nicht zurechtkommt. "Modell II" lässt sich überzeugen und beginnt mit dem Doktor als Assistent die Behandlung. Als der Doktor den Thrombusmodulator nicht erkennt, lässt er sich das kegelförmige Instrument reichen.

Der frustrierte [[Tom Paris|Tom]] hingegen muss den Doktor auf der Krankenstation ersetzen und behandelt die kleinen Wehwehchen der Crew. Als er die Krankenstation betritt, wird er von [[Neelix]] empfangen, der einen Notfall meldet. Neelix meint, dass die beiden Crewmitglieder beim Essen plötzlich anfingen zu Schwitzen schwitzen und über Magenschmerzen klagten. Paris diagnostiziert jedoch nur ein durch Neelix' scharfe Küche hervorgerufenes [[Sodbrennen]]. Neelix entschuldigt sich, während Paris ein Gegenmittel repliziert. Paris beruhigt ihn, dass es sich nur um Sodbrennen handelt und nicht um die terrelianische Pest. Neelix ist überzeugt, dass der Doktor zurückkehren wird und einen Plan mitbringen wird, wie sie zurückkehren können. Paris antwortet ironisch, dass er ansonsten den Rest der Reise verdorbene Mägen behandeln muss. Neelix will jedoch das Problem beheben, indem er beim nächsten Mal weniger Jalapenos für das Chili verwendet. Dann verlässt er die Krankenstation.

Im Alpha-Quadranten überlegt der Doktor, was er unternehmen kann, um seinen ursprünglichen Auftrag zu erfüllen – allerdings fliegt die ''Prometheus'' mit maximaler [[Warp]]geschwindigkeit auf das [[Territorium]] des [[Romulanisches Sternenimperium|romulanischen Imperiums]] zu, so dass Eile geboten ist. Um das Schiff zu wenden, muss der Doktor die Romulaner außer Gefecht setzen. Der Doktor und das MHN überlegen, welche Betäubungsmittel sie benutzen könnten. Dazu müsste man jedoch auf das [[Lebenserhaltungssystem|Ventilationssystem]] zugreifen – das funktioniert aber nur von der Brücke aus, da die Umweltkontrolle auf die Brücke transferiert wurde. Modell II zeigt dem Doktor einen Plan des Ventilationssystem. Der Doktor erkennt, dass auf dem ganzen Schiff Holoemitter installiert wurden. Er berichtet, dass er das Schiff durch einen mobilen Emitter verlassen kann. Er meint, dass er sich mit Fremden verbrüdert und sogar sexuelle Erfahrungen gemacht hat. Modell II fragt, ob es möglich sei, einige dieser Erinnerungen in seine Matrix zu übertragen, worüber der Doktor denken will. Modell II hat bereits Sorgen, wie er auf die Brücke gelangen soll. Der Doktor erklärt sich bereit, diese Aufgabe zu übernehmen; sobald er die Kontrollen entsperrt hat, soll "Modell II" das Gas in das Ventilationssystem pumpen. Sobald der Doktor ihm erklärt hat, wie man in eine Jeffriesröhre klettert , nämlich mit dem Kopf voran, macht sich das MHN auf den Weg.

Seven of Nine betritt unterdessen das astrometrische Labor und ist von der Anwesenheit von B'Elanna Torres überrascht. Sie erkennt, dass Torres, das Relaisinterface rekalibriert und fragt , warum sie das tut. Im astrometrischen Labor unterhalten sich Seven und B'Elanna gerade über Sevens unmöglichen Umgang mit anderen Personen, die jedoch ihr Verhalten mit Effizienz begründet. Die beiden erhalten eine Transmission aus dem Netzwerk erhalten. Ein [[Hirogen]] fordert sie auf, die Verbindung zum Netzwerk zu trennen, da sie ihre Technologie benutzen. Als B'Elanna die Situation erläutern will, bricht er die Transmission selbst ab – der Weg in den Alpha-Quadrant ist nun versperrt, der Doktor fernab der ''Voyager'' gestrandet.

Auf der ''Prometheus'' wird der Doktor von Rekar und Nevala verhört. Der Doktor weigert sich die Fragen zu beantworten, da sie ihn sowieso deaktivieren werden. Nevala meint, dass der Doktor als vom Computer erzeugte Projektion diese Handlungen nicht in Eigeninitiative durchführen könne und fragt daher, wer ihn steuert. Er fragt, ob er von einem Crewmitglied gesteuert wird, dass das sie übersehen haben, oder von einem seiner Männer. Darauf fragt der Doktor, ob Paranoia Teil der romulanischen Lebensart ist. Als Nevala von einem holografischen Signal berichtet, das die Sensoren des Schiffs vor sechs Stunden aufgezeichnet haben, erzählt der Doktor schließlich die unglaubliche Wahrheit, dass er von einem Sternenflottenschiff im Delta-Quadranten über ein fremdes Sensorennetz hierhertranseriert hierher transferiert wurde, welche was aber auf taube Ohren stößt. Nevala schlägt schließlich vor, die Matrix des Doktors Stück für Stück zu dekompilieren und jede Subroutine einzeln zu analysieren. Rekar stimmt dem zu, worauf der Doktor fragt, ob es nicht eine Konention Konvention über die Behandlung von Gefangenen gibt.

Die Situation stellt nun jedoch wieder beide vor ein erneutes Problem: Keiner der beiden ist ausgebildeter Pilot, jedoch hat der Doktor einige Trainingsflüge in einigen [[Shuttle]]s absolviert und sich den ein oder anderen Trick von Mr. Paris abgeschaut. Auf der Brücke sucht er jedoch zunächst das Steuer und setzt sich auf den Platz, nachdem er den Romulaner beiseitegeschoben hat. Der Doktor ist nervös und fordert das MHN II auf ihm nicht in den Nacken zu atmen. Als dieser sich verteidigt, dass sein Atem nur eine holografische Simulation ist, antwortet der Doktor, dass sein Nacken auch nur eine Simulation ist. Durch eine leichte Gondelüberlastung bringt er das Warpfeld zum Kollabieren. Allerdings ertönt nun ein Alarm, da er eine Antriebsüberlastung ausgelöst hat, welche den Ausfall des Warpantriebs zur Folge hat.

In der Krankenstation hat Harry derweil eine Matrix entwickelt , deren Aussehen auf dem des Doktors basiert und beginnt nun diese mit der medizinischen Datenbank zu füttern. Paris will ihn bereits umprogrammieren, doch Kim meint, dass sie das Programm zunächst zum Laufen bringen müssen. Als sie das Programm jedoch aktivieren, beginnt dieses nur den Inhalt der Datenbank vorzutragen , bis es aufgrund der Datenmengen instabil wird und zusammenbricht. Auf Toms Unzufriedenheit hin merkt Harry an, dass er mit einem solchen Ergebnis gerechnet hat – dann überträgt er [[Gray's Anatomy‎‎]] auf ein [[PADD]] und überreicht es Tom, da er wohl schneller den Inhalt auswendig lernt, als dass Harry es schafft, einen Ersatz für den Doktor herzustellen.

Im Alpha-Quadranten spitzt sich die Lage immer weiter zu. Die Hologramme transferieren Energie in die Steuerung. Jedoch fluktuiert plötzlich das Porgramm Programm des Doktors, da Modell II Energie von den Holoprojektoren abgezogen hat. Daher leitet er nun Energie von der Lebenserhaltung um. Der Doktor erkennt inzwischen auch das eigentliche Problem: Der Triebwerksinitiator ist ausgefallen. Die Warbirds rücken immer näher und als die Romulaner sich melden, versucht sich der Doktor darin Rekar zu imitieren, was jedoch vom Tal Shiar schnell durchschaut wird, so dass die Warbirds das Feuer eröffnen. Als die Sensoren drei weitere Schiffe ausmachen , ist man zunächst froh, dass es sich um Schiffe der Sternenflotte handelt. Jedoch kommen die offenbar nicht, um die ''Prometheus'' unter allen Umständen zurückzuholen, sondern um unter allen Umständen zu verhindern, dass sie in feindliche Hände fällt, denn sie eröffnen ebenfalls das Feuer auf die ''Prometheus''. Da das [[Kommunikation]]ssystem der ''Prometheus'' defekt ist, kann keines der beiden Notfallprogramme die Sternenflottenschiffe darüber informieren, dass die Romulaner an Bord überwältigt sind.

;Der Doktor:Sagen wir einfach, ich habe meinem Programm etwas hinzugefügt.