Kurz darauf ist die ''Enterprise'' an mehren mehreren Rettungsmissionen beteiligt. So hilft die Crew den [[Valakianer]] bei der Bekämpfung einer [[Seuche]] auf den Planeten. Doktor Phlox kann zwar der Bevölkerung nicht ein Heilmittel übergeben, denn das wäre eine Einmischung in die natürliche [[Evolution]] auf den Planeten, aber er übergibt ein Mittel, welches die Symptome lindert. Nach diesen Ereignissen rettet die ''Enterprise'' ein klingonisches Schiff der [[Raptor-Klasse|''Raptor''-Klasse]] aus der [[Atmosphäre]] eines [[Gasriese]]n. ({{ENT|Lieber Doktor|Schlafende Hunde}})

Kurz darauf scheitert der Erstkontakt mit den [[Kreetassaner]]n durch ein diplomatisches Missverständnis. Als diese von Bord der ''Enterprise'' gehen, löst sich von ihrem Schiff eine [[netzartige Lebensform]] und kommt an Bord der ''Enterprise''. Das Wesen nimmt einige Crewmitglieder der ''Enterprise'' gefangen und verbindet sich mit ihnen, damit es überleben kann. Alle versuche Versuche diese Crewmitglieder zu befreien scheitern. Mit Hilfe eines von Malcolm Reed weiter entwickelten [[Kraftfeld]] gelingt es Hoshi Sato Kontakt mit dem Wesen aufzunehmen, ohne das dass sie in Gefahr gerät auch von den Wesen gefangen zu werden. Sie erfährt von dem Wesen, dass es nur nach Hause gebracht werden will. Die ''Enterprise'' bringt das Wesen auf seine Heimatwelt und die gefangenen Crewmitglieder werden freigelassen. ({{ENT|Vox Sola}})

Ein paar Tage später bekommt die ''Enterprise'' den Auftrag, die Vulkanierin [[V'Lar]] vom Planeten [[Mazar]] zum vulkanischen Schiff [[Sh'Raan|''Sh'Raan'']] zu bringen. Aber einige [[Mazaritisches Kriegsschiff|mazaritische Schiffe]] verfolgen die ''Enterprise'' und fordern die Herausgabe von V'Lar. Aber Archer weigert sich und es kommt zu einen einem kurzen Kampf. Die unterlegene ''Enterprise'' versucht den Schiffen zu entkommen. Aber die [[Mazarit]]en verfolgen die ''Enterprise''. Die ''Enterprise'' versucht die ''Sh'Raan'' zu erreichen, damit die Vulkanier die ''Enterprise'' schützen können. Bei dieser Flucht überschreitet die ''Enterprise'' das erste mal Mal Warp Fünf. Die Mazariten können die ''Enterprise'' zwar einholen aber mit einen Trick kann Archer V'Lar vor den Mazariten schützen. ({{ENT|Gefallene Heldin}})

Einige Wochen später nähert sich die ''Enterprise'' einem [[Schwarzes Loch|schwarzen Loch]]. Durch die Einwirkung des schwarzen Schwarzen Loches beginnt sich die gesamte Crew mit Ausnahme von T'Pol seltsam zu verhalten. Die gesamte Crew scheint sich intensiv nur noch um unwichtige Dinge zu kümmern. So kümmert sich Tucker nur noch um den neuen [[Stuhl des Captains]], Sato versucht ständig ihre Kochrezepte zur Perfektion zu bringen und Archer beschäftigt sich nur noch mit der Einleitung für die Biografie seines Vaters. Die ''Enterprise'' nähert sich immer mehr dem schwarzen Loch und die gesamte Crew verliert das Bewusstsein und droht durch die Einwirkung des schwarzen Lochs zu sterben. T'Pol muss mit der ''Enterprise'' nah am schwarzen Loch vorbei fliegen um das Schiff schnellstmöglich aus der Gefahrenzone zu bringen. Mit Hilfe von Archer und dem von Reed, in seinem Wahn entwickelten [[Taktischer Alarm|Taktischen Alarm]], kann das Schiff und die Crew gerettet werden. ({{ENT|Eigenarten}})

Im März des selben desselben Jahres werden einige Forscher auf der Erde von den [[Borg]] [[Assimilation|assimiliert]]. Die Borg können mit einem [[Arctic One|Raumschiff]] fliehen. Die ''Enterprise'' bekommt den Auftrag die Borg zu verfolgen und die Wissenschaftler zu retten. Einige überlebende von einem Frachter, können von der ''Enterprise'' vor den Borg gerettet werden. Aber auch diese sind bereits assimiliert wurden und beginnen als Drohnen die ''Enterprise'' zu assimilieren. Nur durch das öffnen Öffnen einer [[Luftschleuse]], bei der die Drohnen ins Weltall hinaus gezogen, können die Borg aufgehalten werden. Kurz darauf kommt es zu einen einem Kampf zwischen der ''Enterprise'' und dem Borgschiff. Währendes des Kampfes beamt ein Außenteam an Bord des Borgschiffes. An Bord des Borgschiffes muss das Außenteam erkennen, dass auch die Forscher assimiliert wurden und nicht mehr zu retten sind. Mit Hilfe von [[Sprengstoff|Sprengladungen]] kann das Borgschiff vernichtet werden. Vor der Zerstörung gelingt es den Borg, eine Nachricht mit den [[Koordinaten]] der Erde in den [[Delta-Quadrant]]en zu schicken, die aber erst im [[24. Jahrhundert]] ankommen wird. An Bord der ''Enterprise'' und auf der Erde hat bis zum 24. Jahrhundert niemand den Namen dieser Spezies erfahren. ({{ENT|Regeneration}})

Nach mehr als drei Wochen Flugzeit erreicht die ''Enterprise'' Anfang [[2154]] schließlich das System und findet mit einem aus einem insektoiden Schiffswrack geborgenen Aufklärungsschiff die Konstruktionsstätte der Waffe, welche in einem Ozean liegt. Archer macht sich schließlich auf den Weg, um die Waffe zu zerstören, allerdings ist sie bei seiner Ankunft verschwunden. Das Aufklärungsschiff wird schließlich abgefangen und durch aquarianische Schiffe außer Gefecht gesetzt. Bevor sich Archer aber auf den Weg macht erfährt er von Daniels, dass in Wirklichkeit die [[Sphärenbauer]] für diesen Konflikt verantwortlich sind. Sie benutzen die Xindi dafür die Menschen zu vernichten, damit diese den Spährenbauern in der Zukunft nicht mehr gefährlich werden können. Er gibt Archer eine [[Xindi-Initiationsmedaille|Initiationsmedaille der Xindi]] mit um zu beweisen, dass die Menschen und Xindi einmal Alliierte werden. Nachdem Archer von den Xindi gefangen genommen wurde, will dieser den Xindi beweisen, dass die Menschen nicht die Feinde sind. Aber die Reptilianer glauben Archer nicht und sie beginnen mit den dem Angriff auf die im System entdeckten ''Enterprise''. Obwohl sich die ''Enterprise'' wehrt ist das Schiff den Xindi unterlegen und steht kurz vor der Vernichtung. ({{ENT|Brutstätte|Azati Prime}})

Im Mai 2154 greifen eine Gruppe menschlicher [[Augment]]s einen klingonischen Bird-of-Prey an und kapern diesen. Mit diesen diesem Vorfall beginnt die [[Augment-Krise]]. Der Vorfall führte zu einer akuten Kriegsgefahr zwischen Menschen und Klingonen. Die ''Enterprise'' wird wieder in den Einsatz geschickt um die Augments aufzuhalten. An Bord der ''Enterprise'' befindet sich [[Arik Soong]], ein Gefangener welcher der Ziehvater der Augments ist. Die ''Enterprise'' fliegt ins [[Borderland]] um dort die Augments aufzuspüren. Dort gelingt Soong die Flucht von der ''Enterprise'' und er kann mit den Augments entkommen.

Kurz darauf kommt es zu einem Bombenanschlag auf die [[Botschaft]] der Erde auf Vulkan. Dabei sterben 43 Menschen, darunter auch Admiral Forrest. Die ''Enterprise'' fliegt nach Vulkan, um den Vorfall zu untersuchen. Unter Verdacht stehen die [[Syrrannit]]en, eine pazifistische Gruppierung auf [[Vulkan]]. Aber es stellt sich heraus, dass [[Administrator]] [[V'Las]] vom vulkanischen Oberkommando mit für diesen Anschlag verantwortlich ist. Er gibt den Syrranniten die Schuld um von einen einem Angriff auf [[Andoria]] abzulenken. Den Angriff auf Andoria hingegen erklärt V'Las seinen Ministern, indem er behauptet, dass die Andorianer die Xindi-Superwaffe besitzen.

Die Besatzung der ''Enterprise'' findet heraus, dass es sich bei den dem Angreifer um die Romulaner handelt. Die Vier Völker bilden aber eine [[Allianz (2154)|Allianz]] und eine Flotte aus andorianischen, tellaritischen, vulkanischen Raumschiffen und die ''Enterprise'' versuchen mit Hilfe eines [[Sensorennetz]]es das romulanische Schiff aufzuspüren. Am Ende gelingt es das romulanische Drohnenschiff aufzuhalten und Streitigkeiten zwischen Andorianern und Tellariten werden beigelegt. ({{ENT|Babel|Vereinigt|Die Aenar}})

Infolge der Augment-Krise beginnen die Klingonen ende Ende des Jahres mit der Manipulation ihrer eigenen Gene und versuchen sie mit der gefundenen Augment-[[DNS]] auf zu werten. Dabei entsteht jedoch ein aggressives mutagenes Virus, das schnell große Teile der klingonischen Bevölkerung infiziert. Da die Klingonen Hilfe benötigen lassen diese Ende des Jahres Doktor Phlox entführen, welcher sich zu dieser Zeit auf der Erde befindet. Captain Archer versucht Phlox aufzuspüren aber eine Gruppe [[Klingonischer Augment|klingonischer Augments]] dringt an Bord der ''Enterprise'' ein. Die Klingonen manipulieren den [[Warpantrieb]] und können von Bord entkommen. Die ''Enterprise'' beschleunigt und wird immer schneller und es droht ein [[Warpkernbruch]]. Die [[Columbia (NX-02)|''Columbia'' (NX-02)]] kommt der ''Enterprise'' zu Hilfe und nimmt die ''Enterprise'' in ihr [[Warpfeld]] auf. Somit kann Commander Tucker den Warpantrieb ausschalten und neu starten ohne das die klingonische Sabotage größere Schäden an Bord der ''Enterprise'' anrichten kann. Phlox findet inzwischen ein Heilmittel für die Klingonen und kann kurz darauf von der ''Enterprise'' und der ''Columbia'' gerettet werden. ({{ENT|Die Heimsuchung|Die Abweichung}})

Die Crew der ''Enterprise'' versucht Paxton aufzuhalten und fliegt zum Mars. Getarnt hinter einem Komet fliegt eine [[Fähre]], in dem sich ein [[Außenteam]] befindet, zum Mars. Das Außenteam landet auf den Mars ohne das dass es Terra Prime auf der Oberfläche mitbekommt. Captain Archer dringt mit seinen Außenteam in die Orpheus-Bergbaukolonie ein. Es kommt dort zu einem Kampf zwischen Paxton und Archer. Es gelingt Archer den Start der Waffe zu unterbrechen. Nachdem es aber zu einem [[Hüllenbruch]] kommt und die [[Luft]] entweicht gelingt es Paxton die Waffe wieder zu starten. Er feuert den Strahl auf das Sternenflottenhauptquartier ab. Tucker gelingt es im letzten Moment das Ziel der Waffe zu ändern und die Waffe feuert auf den [[Ozean]]. Paxton und die Mitglieder von Terra Prime werden nach diesen diesem Vorfall verhaftet.

Im Jahr [[2161]] hilft die Crew des Schiffs ihrem alten Freund [[Shran]], dessen Tochter aus den Fängen einiger Entführer zu befreien. Bei einem anschließenden Überfall dieser Entführer auf die ''Enterprise'' , opfert sich Commander Tucker und reißt in einer [[Explosion]] die Angreifer mit in den Tod, um seinen Captain zu retten. Nach diesen Ereignissen fliegt die ''Enterprise'' zur Erde wo die Gründung der [[Föderation]] statt findetstattfindet. Nach diesem Flug wird die ''Enterprise'' offiziell außer Dienst gestellt. ({{ENT|Dies sind die Abenteuer}})