Als er im Jahr [[2369]] vorübergehend das Kommando über die ''Enterprise''-D übernimmt und Picard für kurze Zeit ablöst, führt er einige strenge Änderungen ein, wie beispielsweise eine Drei-Schicht-Rotation anstatt der offiziellen Vier-Schicht-Rotation. Desweiteren muss [[Counselor]] [[Deanna Troi]] nun eine Standarduniform tragen, obwohl sie zuvor auf freiwilliger Basis die offizielle Uniformplicht wählen konnte. [[Commander]] [[William T. Riker]] entwickelt mit der [[Zeit]] eine Antisympathie Antipathie zu seinem neuen Vorgesetzten Jellico. Als Picard später von den [[Cardassianer]]n gefangen und gefoltert wird, versteht Riker es nicht, dass Jellico so einfach das Leben von Picard riskieren kann. Das Streitverhältnis der Beiden endet schließlich damit, dass Jellico ihn suspendiert und ihn in seinem Quartier arrestiert, während [[Data]] dessen Posten übertragen bekommt. Als ein wichtiger Shuttleflug bevorsteht, ist Jellico auf Anraten von [[La Forge]] gezwungen Riker um Hilfe zu bitten. In seinem Quartier spiegelt sich ihr gegenseitige Antisympathie erneut wieder. Riker entschließt sich schlussendlich den Auftrag anzunehmen, denn er ist der beste Shuttlepilot an Bord der ''Enterprise''-D. Nachdem Picard durch ein Abkommen wieder der Freiheit entlassen wird, übernimmt er wieder das Kommando über sein altes Schiff. Riker scheint über diese Tatsache sichtlich erleichtert zu sein. Auch der [[Erster Medizinischer Offizier|Erste Medizinische Offizier]] der ''Enterprise'', [[Doktor]] [[Beverly Crusher]], hatte eine schlechte Beziehung zu Jellico, da sie bei Missionsbesprechungen immer über einen schlechten Ton mit ihm kommunizierte.