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Kurz nach Beginn der Vermessungsarbeiten empfängt [[LieutenantSpock]] meldet, dass der Sternzerfall in die Phase des stärksten Strahlungsabbaus eintritt. Kirk lässt [[Uhura]] einen an die Sternenbasis melden, dass sie mit der Untersuchung anfangen. Jedoch muss Uhura ihm mitteilen, dass es starke Störungen im Interspacefunkbereich gibt. Sie kann den Ruf von einem der nicht identifizieren. Jedoch kommt er vom einzigen [[Satellit]]en des [[Stern]]s [[Cepheus]]. [[Von dort haben sie noch nie Funksprüche empfangen und Kirk lässt es abspielen. Spock hält dies für ein Zufallsmuster. Jedoch korrigiert er sich bald darauf. Spock]] identifiziert ein Wortmuster, allerdings im bereits seit 200 Jahren nicht mehr angewendeten [[Intersat-Code]]. Übermittelt wird das Codewort T-E-R-R-A-Z-I-N, [[Terrazin]]. Da auf die Antworten der ''Enterprise'' keine Reaktion erfolgt, nimmt das Schiff Kurs auf den Stern. McCoy hat Zweifel, doch Kirk meint, dass sie auf diese Nachricht reagieren müssen.

Sie treffen auf einen [[Klasse M]]-[[Planet]]en, der von gewaltigen Eruptionen ereilt wird. Mantel und Kruste sind kristallinisch. Die Eruptionen sind jedoch neu. Als die ''Enterprise'' in den [[Orbit]] einschwenken will, wird sie von einem unidentifizierten Strahlenimpuls getroffen. Eine Beschädigung ist jedoch zunächst nicht zu beobachten.<br>Kirk ruft Scott im Maschinenraum, der jedoch meldet, dass alles normal ist. Kirk fragt auch auf der Krankenstation nach. Jedoch zeigen auch die Tiere im Labor keine Reaktion. Kirk meint zu Spock, dass seine mysteriösen X-Strahlen doch harmlos gewesen seien. Sie analysieren sie, während sie in die Orbit eintreten. Als Lt. [[Arex]] die Scanergebnisse durchgibt, wird das Schiff über Sekunden von einer geheimnisvollen Strahlung getroffen. Gleichzeitig gibt es auf dem Planeten Vulkanausbrüche. Wiederum scheint es zunächst keine Beschädigungen zu geben, jedoch sind die [[Schutzschild]]e gegen die Strahlen unwirksam. [[Montgomery Scott|Scotty]] berichtet jedoch, dass sämtliche [[Dilithium]]kristallkontakte im [[Warp]]antrieb zerstört wurden, die Kristalle im Warpkern fallen auseinander. Scott meint, dass sie nur den Impulsantrieb reparieren könnten, aber dies erfordert viel Arbeit. Spock stellt erstaunt fest, dass alle Bruchlinien in den Dilithiumkristallen spiralförmig verlaufen und wie langkettige Moleküle aussehen. Kirk wendet ein, dass Dilithiummoleküle das härteste und widerstandsfähigste Element sind. Während der Untersuchung der Sache meldet sich [[Gabler]] bei Scotty: Er und sein Team hätten Probleme bei den Reparaturen, die Werkzeuge seien auf einmal viel zu groß für die Männer. Nun kommen auch Meldungen von den anderen Decks. Alles scheint sich zu vergrößern, bzw. die Mannschaft zu schrumpfen. Schnell versucht die ''Enterprise'', den Orbit des Planeten zu verlassen. Kirk lässt Sulu alle Energie auf den Impulsantrieb legen.

Auf einen von Uhura gesendeten Notruf erhält die ''Enterprise'' keine Antwort. Sie vermutet, dass sie zu wenig Sendeenergie haben, um Sternbasis 23 zu erreichen. Spock meldet,d ass diese Wellenart komplizierter ist, als jede ihm bekannte Wellenart. Scotty hat die Leitungen einigermaßen repariert, jedoch ist die Energie immer noch im kritischen Bereich, das Verlassen des Orbits unmöglich. Uhura und Arex sind bald schon nicht mehr in der Lage, die Knöpfe zu erreichen und Kirk wird auf die Krankenstation gerufen.

Auf der Krankenstation hat [[Doktor]] McCoy inzwischen herausgefunden, dass die Crew in der Tat schrumpft. Er zeigt Kirk am Mikroskop seine Ergebnisse. Dabei behalten die Menschen allerdings ihr Gewicht, lediglich die Abstände zwischen den Molekülen verringern sich. [[Spock]] bemerkt, dass die Schrumpfung bis ins Unendliche gehen könnte, wenn man bedenkt, dass die Molekülabstände den Abständen der Sterne im Universum entspricht. Chapel meldet, dass ihre Tiere ziemlich klein geworden sind un die Mäuse bereits aus ihren Käfigen entkommen sind. Kurz darauf bemerkt erSpock, dass der aus [[Titanium]] bestehende Armreif von Schwester [[Christine Chapel|Chapel]] nicht mitschrumpft, die Crewuniformen, die aus [[Xenilon]], einem Algenprodukt bestehen hingegen schon, betroffen seien demnach nur organische Stoffe. Ebenso schrumpfte die Korallendekoration des Aquariums. Spock meint, dass diese Welle spiralförmige Moleküle enger zu drehen scheint. Genauso geschah es mit der Doppelhelix der DNA. Dadurch können sie genau berechnen, wie lange sie schrumpfen würden. Spock berechnet dies mithilfe des Computers.

Kirk fragt Spock, auf welche Größe sie noch schrumpfen werden. Spock kann dies nicht genau bestimmen, jedoch können sie in acht Jahren nicht weiter verkleinern. Deshalb installiert die Crew auf der [[Brücke]] Notschaltknöpfe, um eine Bedienung weiterhin zu gewährleisten. Sulu schlägt vor, den Planeten mit den [[Phaser]]n zu beschießen. Noch bevor er seine Gründe darlegen kann, wird er von dem Zeiger eines Instrumentes erfasst und von seiner Konsole gestoßen. Dabei bricht er sich ein Bein. Kirk meint, dass sie eine Schiene benötigen und geben sie ihm. Als Arex und Kirk ihn in die [[Krankenstation]] bringen wollen, reagiert der Elektrosensor der [[Turbolift]]türe nicht mehr, da sie für diesen zu klein geworden sind. Mithilfe einer Stecknadel kann Kirk den Sensor aber auslösen.

Auf der Krankenstation versuchen sie versucht McCoy Sulu zu helfen. Er stellt fest, dass die Behandlung schwierig ist, was sich ohne [[Knochenverbindungslaser]] jedoch als schwierig herausstellt. Chapel schlägt deshalb vor, den [[Mikroskoplaser]] zu verwenden. Als sie ihn aus den Laborschränken holen will, stürzt sie in ein [[Aquarium]]und ruft um Hilfe. Kirk kann sie gerade so noch retten, indem er ihr eine Nadel mit einem Faden zuwirft. Mit Hilfe des Lasers kann Sulus Fraktur von McCoy schnell geheilt werden. Spock erklärt Kirk inzwischen, dass auf eine Größe von 1/16 [[Inch]] schrumpfen werden. Kirk kontaktiert Scott und fordert eine Mannschaft zum Transport seiner eigenen Person an.

Kirk lässt sich von einer ganzen Mannschaft, die nun zur Bedienung des [[Transporter]]s benötigt wird, in des das Zentrum des Wellenbeschusses [[beamen]]. Spock übergibt ihm einen Miniaturkommunikator. Die Crew zieht die Regler hoch und Kirk wird gebeamt. Auf dem Planeten angekommen hat Kirk seine richtige Größe wiedergewonnen, der Transporter hat die Moleküle im richtigen Abstand wieder zusammengesetzt. Spock meldet, dass der Wellenbeschuss aufgehört habe. Zwischen heftigen Vulkanausbrüchen entdeckt er eine winzig kleine Stadt. Bevor er sie untersuchen kann, wird er automatisch zurückgebeamt, so wie er es Scotty zuvor befohlen hatte.

Auf der Brücke trifft er auf einen inzwischen mikroskopisch kleinen Scotty, der berichtet, die gesamte Brückencrew sei weggebeamt worden. Kirk sendet nun eine Botschaft an die Bewohner der kleinen Stadt. Er erklärt ihnen, dass er sämtliche Waffen auf die Stadt gerichtet habe und zerstört zur Demonstartion Demonstration einen nahegelegenen Felsbrocken. Er fordert das Zurückbeamen der unverletzten Brückencrew. Es meldet sich, im Namen aller [[Terraziner]] der Bürgermeister der Stadt, der sich entschuldigt, dem Schiff Schaden zugefügt zu haben. Er versichert, dass sie auf dem Planeten genug Dilithium finden würden, um den Schaden zu ersetzen. Kirk fragt weiter nach seinen Offizieren. Er meint, dass sie ihnen ihre Not schildern wollten. Die Stadt habe ihre Kommunikationsantenne durch die Beben verloren und habe stattdessen ihr Verteidigungssystem eingesetzt, um sie zu erreichen.

Sulu erklärt, dass die Terraziner die gesamte Crew auf den Planeten gebeamt haben. Es meldet sich Spock zu Wort. Er erklärt, dass es sich um Siedler von der [[Erde]] handelt, die sich auf dem Planeten niedergelassen hattenund seit Jahren verschollen sind, und ihn nach der Erde Terra Zehn benannten, woraus im Laufe der Zeit Terrazin wurde. Durch die auf dem Planeten natürlich vorkommenden [[Epsilonwelle]]n seien die Menschen geschrumpft und sodann verschollen. Die Größe wurde inzwischen zur genetischen Eigenschaft.

Der Bürgermeister erklärt, dass sie isoliert blieben. Er bittet um die Rettung seiner Bürgerund meint, dass siesein Schiff unter Kontrolle bringen wollten. Uhura erklärt, dass sie ihnen nicht schaden wollten. Kirk verlangt jedoch zunächst das Zurückbringen der Brückencrew und das erwähnte Dilithium. So geschieht es. Mithilfe der mitgebrachten Kristalle kann die ''Enterprise'' wieder mit Energie versorgt werden. Auf dem Planeten kommt es zu immer heftigeren Beben und die Zeit wird langsam knapp. Schnell lässt Kirk die ganze Stadt an Bord beamen. Er verspricht den Bewohnernmithilfe eines Mikroskops, sie auf einen den Planeten[[Verdanis]], fast so schön wie die Erde, umzusiedeln. Daraufhin erklärt der Bürgermeister die Crew zu "Ehren-Terrazinern".