Auf einem [[Markonianischer Außenposten|markonianischen Außenposten]] trifft Seven auf ehemalige Borg-Drohnen, die ebenfalls aus dem Kollektiv befreit worden sind. Doch trotzdem sind diese Drohnen noch immer miteinander durch einen Interlink verbunden. Die Drei drei sind als Drohnen mit Seven in der Vergangenheit zusammen gewesen und bitten sie , sie von dieser Verbindung zu befreien. Der Doktor findet allerdings keine Möglichkeit die drei voneinander zu trennen. Schließlich verbindet sich Seven mit den drei ehemaligen Drohnen. Bei dieser Verbindung stellt sich heraus, dass Seven für diese Verbindung verantwortlich ist. Da der Doktor nun die Ursache für diese Verbindung weiß, kann er den Interlink trennen, doch dies würde die drei innerhalb weniger Wochen töten. Anderseits würden die drei durch eine Rückkehr ins Borg-Kollektiv überleben. Der Doktor will den dreien das Leben retten und sie zurück zu den Borg bringen, doch Seven macht dem Doktor klar, dass Überleben nicht alles ist und das die drei lieber kurz in Freiheit leben sollen als bei den Borg. Der Doktor akzeptiert diese Entscheidung und trennt die Verbindung der drei ehemaligen Drohnen. ({{VOY|Überlebensinstinkt}})

In den nächsten Wochen fühlt sich der Doktor unterfordert. Darum bittet er Janeway, dass er, falls die Kommandoffiziere ausfallen, er das Kommando über die ''Voyager'' übernehmen darf. Doch Janeway lehnt den Vorschlag des Doktors ein [[Notfall-Kommando-Hologramm]] zu werden ab und er ist sehr enttäuscht darüber. Der Doktor sehnt sich in dieser Zeit sehr nach der Anerkennung aus der Crew. Zu dieser Zeit testet der Doktor eine Modifizierung seines Programms, in der er [[Tagtraum|Tagträume]] durchlebt und seiner Fantasie freien Lauf lässt. In seinen Träumen wird der Doktor von der Crew anerkannt, die Frauen flirten mit ihm, er übernimmt sogar das Kommando über die ''Voyager'' und rettet sie vor den Borg. Zu der Zeit befindet sich ein Schiff der [[Hierarchie]] in der Nähe und beginnt heimlich die ''Voyager'' zu überwachen. Die Crewmitglieder überlegen sich, ob sie die ''Voyager'' überfallen sollen. Bei der Überwachung der ''Voyager'' entdeckt das Crewmitglied [[Devro]] eine vermeintliche Transmission, die aber in Wirklichkeit nur die Tagtraumerlebnisse des Doktors sind. Anhand dieser Tagträume plant die Hierarchie einen Angriff auf die ''Voyager''. Währenddessen verliert der Doktor die Kontrolle über seine Tagträume und kann nicht mehr zwischen Traum und Wirklichkeit unterscheiden. Er will sogar in den Warpkern springen, da er in seinem Tagtraum glaubt, dass er so die ''Voyager'' retten kann. Um den Doktor zu retten, werden die Tagträume aufs Holodeck projiziert. Dabei sehen Kim, Seven of Nine und Janeway die heimlichen Phantasien des Doktors. Janeway sieht auch in einer Fantasie, dass der Doktor nur zum Wohl der Crew lebt und hofft nur einmal dafür Anerkennung zu bekommen. Nach ein paar Stunden Arbeit gelingt es Torres das Programm des Doktors zu reparieren. Währenddessen erkennt Devro, dass er nur Tagträume gesehen hat und aufgrund der Fehlinformation von der Hierarchie bestraft werden wird. Um dies zu verhindern, nimmt Devro heimlich Kontakt mit dem Doktor auf und informiert ihn über den Angriff der Hierarchie. Der Doktor soll dafür wie in der Simulation als Kommandant auftreten. Die ''Voyager'' bereitet sich mit dieser Information auf den Angriff der Hierarchie vor. Doch der Doktor ist als Kommandant sehr unsicher und die Hierarchie greift die ''Voyager'' an. Die ''Voyager'' ist im Kampf gegen die Hierarchie zunächst unterlegen, bis der Doktor plötzlich einen Trick aus seinem Tagtraum anwendet. Die Hierarchie-Mitglieder fallen auf diesen Trick herein und ziehen sich zurück. Nach seiner erfolgreichen Mission verleiht Janeway dem Doktor eine Auszeichnung und erklärt, dass sie den Doktor auch als Notfall-Kommando-Hologramm mit einsetzen wird. ({{VOY|Dame, Doktor, As, Spion}})

Kurz darauf erscheint in der Nähe der ''Voyager'' eine [[Graviton-Ellipse]], in der sich auch die das verschollene Erdenraumschiff [[Ares IV|''Ares IV'']] befindet. Seven hält die Bergung dieses Schiffes als zu gefährlich, dennoch begleitet sie die Außenmission im ''Delta Flyer''. Der Doktor beneidet Seven um diese Mission die Vergangenheit zu erforschen und bittet sie darum einige Fotos von der Graviton-Ellipse und dem Schiff zu schießen. ({{VOY|Ein kleiner Schritt}})

Einige Zeit später erreicht die ''Voyager'' einen [[~/Planet/VOY/6x12/1|Planeten]], auf dem die Zeit schneller vergeht als im normalen Raum. Für jede Sekunde, die im normalen Raum vergeht, vergeht ein Tag auf dem Planeten. Bei der Erforschung des Planeten gerät die ''Voyager'' in die Atmosphäre des Planeten, bildet somit einen dritten Pol auf der Planetenoberfläche und verursacht [[Erdbeben]] auf dem Planeten. Die ''Voyager'' kann von allein nicht mehr die Umlaufbahn des Planeten verlassen und die Crew beobachtet in dieser Zeit die Entwicklung der Kultur auf der Planetenoberfläche. Nachdem die [[~/Spezies/VOY/6x12/1|Bewohner]] versucht haben Kontakt mit der ''Voyager'' aufzunehmen, macht sich Janeway Sorgen über den Einfluss der ''Voyager'' auf die Bevölkerung. Um den genauen Einfluss der ''Voyager'' zu erforschen, wird der Doktor auf die Oberfläche gebeamt. Der Doktor soll nur wenige Tage auf der Oberfläche verbringen, doch der Rücktransport verläuft schief und somit verbringt der Doktor mehrere Jahre auf der Planetenoberfläche. Zu der Zeit hat sich der Doktor das Aussehen der Bevölkerung angenommen und lebt mit einer Frau namens [[Mareeza]] zusammen. Auf der Oberfläche hat der Doktor sogar einen Sohn namens [[Jason Tebreeze]]. Doch schließlich kann der Doktor wieder zurückgebeamt werden und ist sehr erfreut nach drei Jahren seine Freunde auf der ''Voyager'' wiederzusehen. Später besucht der Astronaut [[Gotana-Retz]] von der Planetenoberfläche die ''Voyager'' und der Doktor behandelt ihn, da er sich nun im normalen Zeitablauf befindet. Der Doktor erkundigt sich bei Gotana-Retz, bevor er auf den Planeten zurückkehrt, was aus seinem Sohn Jason Tebreeze geworden ist. Später wird die ''Voyager'' mit Hilfe der Technologie des Planeten aus der Atmosphäre bereit befreit und setzt ihre Reise fort. ({{VOY|Es geschah in einem Augenblick}})