Kurz darauf stürzen Janeway und Chakotay stürzen mit ihrem Shuttle auf einen Planeten. Janeway wird dabei schwer verletzt und fällt darauf ins Koma. Während sie im Koma liegt, versucht eine [[Janeway (Fremde Präsenz)|Fremde Präsenz]] Janeway in eine Art [[Jenseits]] zu locken, um sich dort von ihrer [[Seele]] zu ernähren. Währenddessen treffen der Doktor und Tuvok auf dem Planeten ein und der Doktor versucht Janeway wiederzubeleben. Doch eine Zeit lang sieht es so aus, als würde der Doktor Janeway verlieren, doch sie kämpft gegen die fremde Präsenz an und vertreibt diese Präsenz. Darauf erlangt Janeway wieder ihr Bewusstsein. ({{VOY|Der Wille}})

Ende 2373 erreicht die ''Voyager'' den [[Borg-Raum]]. Doch es gibt in diesem Territorium ein Gebiet, in dem sich keine Borg befinden, und die Crew tauft diese Region [[Nordwest-Passage]]. Um sich gegen die [[Assimilation]] zu wehren, untersucht der Doktor den Borg, der vor mehren Monaten geborgen wurden ist. Der Doktor findet heraus, dass [[Nanosonde]]n für die Assimilation verantwortlich sind. Der Doktor versucht herauszufinden, wie man diese Nanosonden stoppen kann, als Kes plötzlich eine seltsame Vision hat. Zur gleichen Zeit nähern sich 15 Borg-Kuben der ''Voyager'' doch plötzlich bricht das Signal zu diesen Schiffen ab. Die ''Voyager'' findet nur noch Trümmer der Kuben vor und ein fremdes Schiff dockt an einem der Trümmer an. Ein Außenteam beamt in den Kubus, als plötzlich Fähnrich Kim von einem der Fremden, die die Borg als [[Spezies 8472]] bezeichnen, angegriffen wird. Kim wird schwer verletzt und die fremde DNS von Spezies 8472 scheint Kim von innen her aufzufressen und der Doktor kann nichts dagegen tun. Währenddessen hat Kes weitere Visionen, die von Spezies 8472 stammt, und sie warnt Janeway vor dieser Gefahr. Als die ''Voyager'' die Nordwest-Passage erreicht, entdeckt die Crew, dass diese Region von Spezies 8472 besiedelt ist. Damit die Voyager auch diese Region durchfliegen kann und die Borg Spezies 8472 assimilieren kann, schlägt Janeway eine Allianz zwischen den Borg und der ''Voyager'' vor. Um sich vor der Assimilation der Borg zu schützen, speichert Janeway sämtliches wertvolle Wissen über Spezies 8472 im Programm des Doktors. Falls die Borg die ''Voyager'' bedrohen, will Janeway das Programm des Doktors mit all dem Wissen über Spezies 8472 löschen. Die Borg gehen auf die Allianz ein, als Spezies 8472 die ''Voyager'' und die Borg angreifen. ({{VOY|Skorpion, Teil I}})