[[Datei:Janeway aktiviert den Doktor.jpg|thumb|left|Janeway aktiviert zum ersten Mal den Doktor.]]

[[Datei:Doktor wird aktiviert.jpg|thumb|left|Der erste Einsatz des Doktors.]]Kurz darauf fliegt die ''Voyager'' in die [[Badlands]], um nach dem vermissten [[Maquis]]-Schiff [[Val Jean|''Val Jean'']] zu suchen. In den Badlands wird die ''Voyager'' von einer [[Verlagerungswelle]] erfasst und 75.000 [[Lichtjahr]]e entfernt in den [[Delta-Quadrant]] geschleudert. Dabei wird die ''Voyager'' schwer beschädigt und viele [[Liste von Crewmitgliedern der USS Voyager|Crewmitglieder]] kommen dabei ums Leben, darunter auch das gesamte medizinische Personal. Da es viele Verletzte gibt, aktiviert [[Fähnrich]] [[Harry Kim]] den Doktor. Der Doktor erfährt von Kim, dass das gesamte medizinische Personal tot ist, und erklärt Kim, dass er nur für kurzfristige Notfälle programmiert ist. Der Doktor beginnt die Verletzten zu behandeln, als sie plötzlich alle auf unerklärliche Weise verschwinden. Die Crew wird auf die [[Phalanx des Fürsorgers]] gebeamt und von dem [[Fürsorger]] untersucht. Nach drei Tagen wird die Crew auf die ''Voyager'' zurück gebracht. Später bringt Captain Janeway zwei Fremde mit Namen [[Neelix]] und [[Kes]] auf die Krankenstation, damit sich der Doktor um diese kümmert. Als Janeway darauf mit ihrem [[Sicherheitschef]] [[Tuvok]] eine Diskussion auf der Krankenstation führt, fordert der Doktor alle auf die Krankenstation zu verlassen. Doch Janeway deaktiviert daraufhin einfach den Doktor. Später wird die ''Voyager'' von den [[Kazon]] angegriffen und Captain Janeway ist gezwungen die Phalanx des gestorbenen Fürsorgers zu vernichten, damit diese Technologie nicht in die Hände der feindlichen Spezies fällt. Janeway will mit diesem Opfer die [[Ocampa]] vor den Kazon schützen. Nach der Zerstörung der Phalanx sitzt die ''Voyager'' im Delta-Quadranten fest und Janeway befiehlt einen Kurs nach Hause in den [[Alpha-Quadrant]]en zu setzen. ({{VOY|Der Fürsorger, Teil I|Der Fürsorger, Teil II}})   [[Datei:Der Doktor geschrumpft.JPG|thumb|left|Der Doktor ist durch den Einfluss einer Quantensingularität geschrumpft.]]Wenige Wochen später verletzt [[B'Elanna Torres]] [[Joseph Carey]] bei einem Streit im [[Maschinenraum]] und der Doktor muss die gebrochene [[Nase]] von Carey behandeln. Zu der Zeit teilt Captain Janeway den [[Steuermann]] [[Tom Paris]] als Sanitäter ein, der den Doktor bei seiner Arbeit unterstützen soll. Wenig später besucht Kes den Doktor, um einige Bodenproben von ihm zu bekommen. Kes stellt dabei fest, dass der Doktor kleiner wird. Der Doktor meldet diesen Vorfall der [[Brücke]]. Doch zu der Zeit befindet sich die ''Voyager'' im [[Ereignishorizont]] einer [[Quantensingularität]] und dadurch werden auch die Holoprojektoren auf der Krankenstation gestört. Durch die Singularität erleiden die Crewmitglieder [[Kopfschmerz]]en und Schwindelgefühle. Obwohl der Doktor immer kleiner wird, behandelt er die Crew. Nachdem die ''Voyager'' die Singularität verlassen hat, kümmern sich die Techniker darum, dass der Doktor wieder seine normale Größe erhält. ({{VOY|Die Parallaxe}})

 [[Datei:Die Führungsoffiziere beraten sich.jpg|thumb|left|Der Doktor wird von den Führungsoffizieren ignoriert.]]Einige Zeit später entdeckt die ''Voyager'' einen [[Nukleogenisches Nebelwesen|Nebel]] und fliegt in ihn hinein, um ihre [[Energie]]reserven aufzufüllen. Der ''Voyager'' gelingt es später gerade so aus dem Nebel zu entkommen. Darauf untersucht Torres eine Probe von dem Nebel und vermutet, dass es sich bei diesem Nebel um eine Lebensform handelt. Ihre These lässt sich Torres schließlich vom Doktor bestätigen. Da die Lebensform von der ''Voyager'' verletzt worden ist, kehrt diese zum Nebel zurück, um die Schäden zu beheben. Janeway berät sich darauf mit ihren [[Führungsoffizier]]en auf der Brücke und auch der Doktor ist dazu geschaltet. Als der Doktor einen sarkastischen Kommentar ablässt, stellt Janeway den Doktor einfach auf Stumm, doch der Doktor macht sich schließlich auf sich aufmerksam, weil er eine Lösung für das Problem gefunden hat. Wenig später fliegt die ''Voyager'' wieder in den Nebel und es gelingt der ''Voyager'' den Schaden an der Kreatur zu beheben. ({{VOY|Der mysteriöse Nebel}})

In der Nähe eines [[Datei:Der Doktor sagt gegen Seska aus.jpgKlasse D|thumb|Der Klasse-D-Planeten]] erweckt der Doktor sagt gegen Seska auseinen Leichnam einer kürzlich verstorbenen Frau namens [[Ptera]].Ptera glaubt an ein Leben nach dem [[Tod]], aber es kam anderes, als sie gedacht hat. Zu der Zeit verschwindet Fähnrich Kim, aber er taucht später auf ähnliche Weise wie Ptera auf. Auch Kim ist zu diesem Zeitpunkt tot, allerdings gelingt es dem Doktor auch ihn wieder zu erwecken. Ptera stirbt jedoch, als man versucht sie zurück auf ihre Heimatwelt zu bringen. ({{VOY|Das Unvorstellbare}})   

In der Nähe eines [[Klasse DDatei:Der Doktor sagt gegen Seska aus.jpg|thumb|left|Klasse-D-PlanetenDer Doktor sagt gegen Seska aus.]] erweckt Wenige Wochen später trifft die ''Voyager'' wieder auf die Kazon. Man stellt allerdings fest, dass die Kazon Föderationstechnologie erhalten haben, und vermutet einen Verräter an Bord der ''Voyager''. Zur gleichen Zeit fällt dem Doktor einen Leichnam einer kürzlich verstorbenen Frau namens und Kes auf, dass die [[PteraBlut]]. Ptera glaubt an ein Leben nach dem werte von Fähnrich [[TodSeska]]noch nicht vollständig in die medizinische Datenbank des Schiffes aufgenommen worden sind. Später, aber es kam anderesals Seska verletzt wird, als sie gedacht hatstellt der Doktor seltsame Werte in ihrem Blut fest. Zu der Zeit verschwindet Fähnrich KimDer Doktor findet heraus, dass Seska verändert worden ist und keine [[Bajoraner]]in, aber er taucht später auf ähnliche Weise wie Ptera aufsondern eine [[Cardassianer]]in ist. Auch Kim ist zu diesem Zeitpunkt totSpäter stellt sich heraus, allerdings gelingt es dem Doktor auch ihn wieder zu erweckendass Seska heimlich die Technologie an die Kazon weiter gegeben hat. Ptera stirbt jedochAls Seska enttarnt wird, als man versucht beamt sie zurück auf ihre Heimatwelt zu bringenden Kazon und entkommt der ''Voyager''. ({{VOY|Das UnvorstellbareDer Verrat}})

[[Datei:Der Doktor kämpft mit dem Schwert.jpg|thumb|left|Der Doktor kämpft gegen Unferth.]]Als Chakotay, Kim und Tuvok auf dem [[Holodeck]] von einer unbekannten [[photon]]ischen [[Energie]]quelle selbst in Energie umgewandelt worden sind, schickt Janeway den Doktor auf das Holodeck, um die drei zu retten. Auf dem Holodeck läuft das Programm über die Legende von [[Beowulf]]. Zu der Zeit legt sich der Doktor auch einen Namen zu und nennt sich fortan Schweitzer. In dem Programm trifft er auf die [[Schildjungfer]] [[Freya]], die ihn zum [[König]] [[Hrothgar]] führt. Dort allerdings fordert [[Unferth]] den Doktor zum Kampf heraus. Der Doktor ist allerdings im Kampf unterlegen. Da der Doktor aber seine Materie selbst kontrollieren kann, durchdringt das Schwert von Unferth den Doktor, ohne dass dem Doktor etwas geschieht. Darauf hat der Doktor den Respekt des Königs bekommen und überall wird er als der Held Schweitzer verehrt. Freya beginnt darauf Interesse an dem mutigen Helden Schweitzer zu zeigen und beginnt ihn zu [[Kuss|küssen]]. Der Doktor wartet danach auf die photonische Energie, die im Holoprogramm als [[Ungeheuer]] [[Grendel]] dargestellt wird. Plötzlich greift das Energiewesen den Doktor an und er muss mit einem Nottransport auf die Krankenstation gebeamt werden, allerdings fehlt dem Doktor ein Arm. Der Doktor bekommt einen neuen Arm programmiert. Inzwischen findet Janeway heraus, dass es sich bei dieser photonischen Energie um eine Lebensform handelt. Da die ''Voyager'' bereits eine Probe gesammelt hat, bekommt der Doktor den Auftrag auf dem Holodeck diese Energieprobe an Grendel zurück zu bringen, damit Chakotay, Kim und Tuvok wieder freigelassen werden. Auf dem Holodeck wird der Doktor wieder von Unferth angegriffen, doch Freya verteidigt den Doktor. Dabei wird sie von Unferth getötet. Der Doktor kehrt aufs Schloss zurück und ihm gelingt es Grendel die Energieprobe zu übergeben. Darauf gibt das Energiewesen Chakotay, Kim und Tuvok wieder frei. Der Doktor bekommt nach dieser Mission ein Lob vom Captain, der auch ins [[Logbuch]] eingetragen wird. Nach diesen Ereignissen nennt sich der Doktor nicht mehr Schweitzer, da ihn dieser Name zu sehr an den Verlust von Freya erinnert. ({{VOY|Helden und Dämonen}})

[[Datei:Der Doktor und Kes überwachen die GelpacksJaneway überträgt ihre Kommandocodes.jpg|thumb|left|Janeway überträgt ihre Kommandocodes auf den Doktor.]]Während einer Außenmission in einem [[Dunkle-Materie-Nebel]] wird Chakotay im [[Shuttle]] verletzt und verliert sein Bewusstsein. Der Doktor kann vorerst nichts für Chakotay tun, da Chakotay hirntot ist. Aber der Doktor versucht Chakotays Körper am Leben zu erhalten. Als die ''Voyager'' diesen Vorfall untersuchen und Kes überwachen die Erhitzung in diesen Nebel fliegen will, komm es zu merkwürdigen Vorkommnissen an Bord. Paris ändert mehrmals den Kurs, ohne dass er sich daran erinnern kann. Darauf lässt sich Paris vom Doktor untersuchen, aber der Doktor findet nichts vor. Später zeigt Torres ein ähnliches Verhalten wie Paris und deaktiviert den [[Warpkern]], ohne davon zu wissen. Als der bioneuralen GelpacksDoktor Torres darauf untersucht, findet er heraus, dass Torres und Paris von einem fremden Wesen kontrolliert worden sind.Da das fremde Wesen nur Personen übernehmen kann, überträgt Janeway zur Sicherheit ihre [[Kommandocode]]s auf den Doktor. Doch später ist das Programm des Doktors deaktiviert worden und kann nicht mehr aktiviert werden. Es stellt sich heraus, dass eine fremde Macht aus dem Nebel Kontrolle über Tuvok übernommen hat, damit die ''Voyager'' in den Nebel fliegt. Der Geist von Chakotay hat währenddessen versucht über Paris und Torres dies zu verhindern. Nachdem Tuvok von dem fremden Wesen befreit worden ist, kann auch der Doktor wieder aktiviert werden. Dem Doktor gelingt es auch Chakotay zu behandeln, so das er wieder sein Bewusstsein erlangt. ({{VOY|Bewußtseinsverlust}})

Während sich der Doktor auf dem Holodeck befindet, gerät sein Programm in eine [[Feedback|Feedback-Schleife]], Datei:Der Doktor und Kes überwachen die langsam seine Speicherbänke zerstörtGelpacks. jpg|thumb|left|Der Doktor befindet sich in einer Simulation und glaubt nun, dass Kes überwachen die ''Voyager'' von den Kazon erobert worden istErhitzung der bioneuralen Gelpacks. Darauf erscheint plötzlich ein Hologramm von ]]Als die [[Reginald BarclayBioneurales Gelpack|bioneuralen Gelpacks]], das versucht dem Doktor zu erklären, dass er in Wirklichkeit Doktor Lewis Zimmerman sei, der eine Simulation an Bord der ''Voyager'' im Delta-Quadranten nachspielt. Barclay versucht dem Doktor dies zu beweisenausfallen, indem er bringt Torres eines der Gelpacks auf die Simulation von vorn beginnt und versetzt dem Doktor zu seiner ersten AktivierungKrankenstation, als damit der Fürsorger Doktor die ''Voyager'' in den Delta-Quadranten gezogen hatorganischen Komponenten untersucht. Langsam fängt der Doktor an Barclays Behauptungen zu glauben. Barclay erklärt dem Der Doktorfindet heraus, um diese Simulation zu beenden, muss der Doktor dass die ''Voyager'' vernichtenGelpacks mit [[Bakterie]]n infiziert sind. Doch plötzlich erscheint Chakotay und warnt den Der Doktor versucht die Voyagersimulation zu beendenBakterien in den Gelpack abzutöten, da dies sein Programm schwer beschädigen würde, und aber er warten muss, bis er aus der Simulation befreit werden kann. In der Simulation erscheint Kes plötzlich als Ehefrau des Doktors und versucht ihn von Barclays Version zu überzeugenscheitert. Als Schließlich findet der Doktor kurz davor ist seinen Verstand zu verlierendie Lösung: Durch [[Fieber]], kann der Doktor aus der Simulation befreit beziehungsweise durch Hitze können die Gelpacks behandelt werden. Durch diese Behandlung werden die Bakterien in den Gelpacks abgetötet und er kehrt auf die Krankenstation zurückGelpacks sind wieder voll funktionsfähig. ({{VOY|Das Holo-SyndromErfahrungswerte}})    

[[Datei:Der Doktor und Sandrinedas Hologramm von Barclay.jpg|thumb|left|Der Doktor wird und das Hologramm von Sandrine belästigtBarclay.]]Während sich der Doktor auf dem Holodeck befindet, gerät sein Programm in eine [[Feedback|Feedback-Schleife]], die langsam seine Speicherbänke zerstört. Der Doktor befindet sich in einer Simulation und glaubt nun, dass die ''Voyager'' von den Kazon erobert worden ist. Darauf erscheint plötzlich ein Hologramm von [[Reginald Barclay]], das versucht dem Doktor zu erklären, dass er in Wirklichkeit Doktor Lewis Zimmerman sei, der eine Simulation der ''Voyager'' im Delta-Quadranten nachspielt. Barclay versucht dem Doktor dies zu beweisen, indem er die Simulation von vorn beginnt und versetzt dem Doktor zu seiner ersten Aktivierung, als der Fürsorger die ''Voyager'' in den Delta-Quadranten gezogen hat. Langsam fängt der Doktor an Barclays Behauptungen zu glauben. Barclay erklärt dem Doktor, um diese Simulation zu beenden, muss der Doktor die ''Voyager'' vernichten. Doch plötzlich erscheint Chakotay und warnt den Doktor die Voyagersimulation zu beenden, da dies sein Programm schwer beschädigen würde, und er warten muss, bis er aus der Simulation befreit werden kann. In der Simulation erscheint Kes plötzlich als Ehefrau des Doktors und versucht ihn von Barclays Version zu überzeugen. Als der Doktor kurz davor ist seinen Verstand zu verlieren, kann der Doktor aus der Simulation befreit werden und er kehrt auf die Krankenstation zurück. ({{VOY|Das Holo-Syndrom}})

  [[Datei:Der Doktor und Sandrine.jpg|thumb|left|Der Doktor wird von Sandrine belästigt.]]Der Doktor nimmt an der Geburtstagsparty von Kes auf dem Holodeck teil. Doch während der Feier flirtet – sehr zu seinem Leidwesen – [[Sandrine]] mit ihm und er versucht sich ihr immer wieder zu entziehen. Zu der Zeit gerät die ''Voyager'' in einen [[Verzerrungsring]], der die ''Voyager'' in ein [[Labyrinth]] verwandelt. Die Offiziere wollen sich auf ihre Posten begeben, doch sie verlaufen sich an Bord. Auch der Doktor versucht sich auf die Krankenstation zu transferieren. doch dies klappt nicht und Sandrine macht sich darauf wieder an den Doktor ran. Doch nachdem sich der Doktor heftig mit ihr gestritten hat, gibt Sandrine ihre Flirtversuche schließlich auf. Währenddessen gerät Janeway in Kontakt mit dem Verzerrungsring und verliert ihr Bewusstsein. Der Doktor versucht sie darauf zu behandeln. Zur gleichen Zeit wird die komplette ''Voyager'' von demn Ring verschlungen. Durch den Verzerrungsring findet ein Datenaustausch statt. Nachdem die ''Voyager'' den Verzerrungsring verlassen hat, wird der ursprüngliche Zustand des Schiffes wieder hergestellt. ({{VOY|Die Raumverzerrung}})

[[Datei:Der Doktor winzig klein.jpg|thumb|left|Der kleine Doktor befiehlt Janeway sich zu erholen.]]Damit der Doktor sich frei auf dem Schiff bewegen kann, installieren Torres und Kim einige Holoemitter. Die beiden wollen einen Test durchführen und transferieren den Doktor in den Maschinenraum. Doch der Test läuft schief und der Doktor [[schrumpfen|schrumpft]]. Der kleine Doktor ist verärgert über den fehlgeschlagenen Test. Zu der Zeit befindet sich auch Janeway im Maschinenraum und der Doktor bemerkt, dass der Captain überarbeitet ist. Obwohl er ein Hologramm ist, befiehlt der Doktor Janeway, sich frei zu nehmen. Darauf wird der Doktor auf die Krankenstation zurück gebracht und erhält seine normale Größe zurück. Zu der Zeit leidet Janeway an [[Halluzination]]en und der Doktor führt diese auf Janeways [[Stress]] zurück. Doch später sieht auch Kes diese Halluzinationen von Janeway und kann diese neutralisieren. Später stellen sich diese Halluzinationen als Falle der [[Bothaner]] heraus, um die ''Voyager'' zu übernehmen. Schließlich wird die gesamte Crew mit Ausnahme des Doktors und Kes paralysiert. Mit Hilfe des Doktors gelingt es Kes jedoch die Bothaner aufzuhalten und die Crew aus ihren Halluzinationen zu befreien. ({{VOY|Rätselhafte Visionen}})   [[Datei:Der kranke Doktor.jpg|thumb|left|Kes pflegt den kranken Doktor.]]Während der Doktor Fähnrich Samantha Wildman behandelt, bemerkt Kes das schroffe Verhalten des Doktors. Sie erklärt dem Doktor, dass er sensibel mit seinen kranken Patienten umgehen soll. Darauf programmiert sich der Doktor mit der [[Levodianische Grippe|levodianischen Grippe]], um zu zeigen, dass man auch im kranken Zustand arbeiten kann. Zu der Zeit fällt Kes auf, dass der Doktor auch wieder sein altes [[Begrüßungsprotokoll]] aktiviert hat, da er es für einen guten Beginn für eine [[Sprache|Konversation]] hält. Der Doktor behandelt in diesem kranken Zustand weiter seine kranken Patienten, doch als die Krankheit länger dauert als erwartet, bekommt er Panik. Der Doktor wird Wehleidig und bittet um ein Technikerteam. Kes beginnt sich um den Doktor zu kümmern und umsorgt ihn. Der Doktor ist dankbar für Kes’ Pflege, doch als Harry Kim kommt, um diesen Defekt zu beheben, gesteht Kes, dass sie die Simulation der Krankheit verlängert hat, damit der Doktor wirklich lernt, wie es ist krank zu sein. ({{VOY|Tattoo}})

 [[Datei:Der Doktor behandelt Tom Paris.jpg|thumb|left|Der Doktor behandelt den mutierten Paris.]]Nachdem Tom Paris mit einem Shuttle [[Warp 10]] erreicht hat, zeigt sein Körper einige Mutationen. Der Doktor versucht Paris zu behandeln, aber Paris stirbt kurz darauf an den Folgen der Mutationen. Doch wenige Stunden später erwacht Paris wieder zum Leben, jedoch mutiert er weiter. Der Doktor schlägt darauf vor die mutierte DNS mit Hilfe von [[Antiproton]]en aus dem [[Warpkern]] zu zerstören und die ursprüngliche wiederherzustellen. Doch bei dieser Behandlung flieht Paris und entführt dabei Captain Janeway. Paris führt einen weiteren [[Transwarp]]sprung durch und auch Janeway mutiert. Doch die beiden können auf einem Planeten gefunden werden und der Doktor stellt ihre ursprüngliche DNS wieder her. ({{VOY|Die Schwelle}})

Bei der Behandlung von Fähnrich Wildman grübelt sie über einen Namen für ihr Kind nach. Der Doktor kann bestätigen, dass es schwer ist einen passenden Namen zu finden, da er für sich noch immer keinen Namen gefunden hat. Kes schlägt den Namen [[Benaren]] vor, da ihr Vater so hieß, der Doktor beklagt sich daraufhin, dass Kes ihm den Namen nie vorgeschlagen hat. Einige Zeit später behandelt der Doktor Torres, nachdem sie die Waffe [[ATR-4107]] vernichtet, die den Planeten [[Rakosa V]] bedroht hat. ({{VOY|Der Flugkörper}})   [[Datei:Der Doktor und Danara Pel.jpg|thumb|left|Der Doktor und Pel verbringen einen romantischen Abend.]]Wenige Wochen später erreicht ein Notruf die ''Voyager'' und die bewusstlose Vidiianerin [[Danara Pel]] wird auf die Krankenstation gebeamt. Der Doktor versucht sie zu behandeln, aber ihr [[Gehirn]] zeigt aufgrund ihrer Erkrankung, die auch die [[Fresszelle]] genannt wird, schwere Schäden. Um sie zu retten, transferiert der Doktor mit Hilfe eines vidiianischen [[Implantat]]s ihr Bewusstsein in den holografischen Emitter und erzeugt ein Hologramm von ihr. Danara Pel ist begeistert von ihrem neuen Körper und der Doktor und sie beginnen den echten kranken Körper von Danara Pel zu behandeln. Während ihrer gemeinsamen Arbeit fragt Danara Pel den Doktor nach seinem Namen, doch der Doktor erwähnt, dass er keinen Namen hat. Als Danara Pel nach Freizeitaktivitäten fragt, führt der Doktor sie ins Holodeck ins Chez Sandríne aus. Bei diesen Abend kommen sich die beiden näher und Danara Pel gibt dem Doktor einen Namen <q>Shmullus</q> – nach ihrem Onkel [[Shmullus]] – der sowohl Danara Pel als auch den Doktor zum Lachen bringt. Mit der Zeit bemerkt der Doktor, dass er sich in Danara Pel verliebt hat. Da der Doktor in Sachen Liebe sehr unerfahren ist, geht er schroff auf sie zu und sagt, dass er sich verliebt hat, doch darauf wird er von ihr abgewiesen. Niedergeschlagen wendet sich der Doktor an Tom Paris, um einen Ratschlag zu bekommen, wie man eine Frau vergisst. Als Paris jedoch bemerkt, dass der Doktor an schwerem Liebeskummer leidet, beschließt er dem Doktor zu helfen. Paris erschafft ein Holoprogramm für den Doktor und der führt dort Danara Pel aus. Bei diesem Rendezvous küssen sich die beiden schließlich. Nach diesem romantischen Abend stellt der Doktor fest, dass der reale Körper von Danara Pel vergiftet worden ist, und es stellt sich heraus, dass Danara Pel es selbst getan hat. Danara Pel wünscht ihren holografischen Körper zu behalten, aber der Doktor macht ihr klar, dass sie in ihre Welt zurück muss, damit sie auch ihrem Volk weiterhin helfen kann, und schließlich transferiert er ihr Bewusstsein wieder zurück in ihren Körper. Den restlichen Flug zu Danara Pels Kolonie verbringen der Doktor und Danara Pel zusammen und der Doktor hat sogar für sie das Tanzen gelernt. ({{VOY|Lebensanzeichen}})   [[Datei:Neelix zeigt dem Doktor seine Sendung.jpg|thumb|left|Neelix zeigt dem Doktor Briefing mit Neelix.]]Wenige Wochen später entwickelt Neelix ein Unterhaltungsprogramm, das er [[Briefing mit Neelix]] nennt. In dem Programm können Crewmitglieder der ''Voyager'' ihre Talente präsentieren. Neelix zeigt dieses Programm dem Doktor und der ist zu Beginn nicht sehr begeistert, doch schließlich will er auch an der Sendung teilnehmen. Als der Doktor ein Thema in der Sendung präsentieren will, nimmt Neelix ihn aus dem Programm, da er ein wichtigeres Thema präsentiert, nämlich dass Tom Paris die ''Voyager'' verlässt. Der Doktor ist etwas verärgert, bittet allerdings zwei Themen in der nächsten Sendung präsentieren zu dürfen. Zu gleichen Zeit wird Paris von den Kazon-Nistrim entführt und gefangen genommen. Neelix kommt dies merkwürdig vor und beginnt diesen Vorfall von Paris’ Entführung zu Untersuchen. Dabei findet Neelix heraus, dass es an Bord der ''Voyager'' einen Verräter gibt, der Informationen an die Kazon weiter gibt. Neelix erkundigt sich gerade bei [[Michael Jonas]] über den Verräter, allerdings ahnt Neelix nicht, dass Jonas der Verräter ist. Jonas will Neelix gerade heimlich töten, da er seine Pläne in Gefahr sieht, als sich der Doktor zu Neelix hinzu schaltet. Der Doktor ist verärgert, dass er wieder nicht in Neelix’ Sendung auftreten durfte. Der Doktor ahnt nicht, dass er mit dieser Botschaft Neelix das Leben gerettet hat, da Jonas sein Vorhaben mit Neelix abbrechen muss. Inzwischen findet Tom Paris bei den Kazon heraus, dass Jonas der Verräter ist und berichtet dies der ''Voyager''. Auf der ''Voyager'' gelingt es Neelix Jonas aufzuhalten die Sabotage der ''Voyager'' durchzuführen. Es kommt zu einem Kampf zwischen den beiden und dabei stürzt Jonas in ein [[Plasmafeuer]], das aus dem Warpkern entweicht und ihn verbrennt. Nachdem Paris auf die ''Voyager'' zurückgekehrt ist, interviewt Neelix Paris und entschuldigt sich, dass der Doktor schon wieder nicht in seiner Sendung auftreten durfte. ({{VOY|Der Verräter}})   [[Datei:Der Doktor fällt aus.jpg|thumb|left|Das Programm des Doktors droht auszufallen.]]Während der Geburt von Fähnrich Wildmans Baby flüchtet die ''Voyager'' vor den Vidiianern durch eine Plasmawolke und fliegt durch ein [[Subraumdivergenzfeld]]. Dabei wird das Schiff mit seiner ganzen [[Materie]] verdoppelt. Allerdings wird die [[Antimaterie]] nicht verdoppelt und der Antrieb fällt aus. Zu der Zeit kommt es bei der [[Geburt|Entbindung]] zu Komplikationen und der Doktor kann das Baby mit einen Fötustransport retten. Um den entstehenden Energieausfall zu stoppen, empfiehlt Torres den Antrieb mit [[Proton (Partikel)|Proton]]enausstößen zu aktivieren, als plötzlich die ''Voyager'' von Protonenausstößen getroffen wird und schwer beschädigt wird. Es gibt viele Verletzte und Kes und der Doktor beginnen diese zu behandeln. Durch den Beschuss von Protonenausstößen fällt weitere Energie aus und auch das Programm des Doktors droht auszufallen. Aufgrund des Energieausfalls kann der Doktor nichts mehr für das Baby tun und es stirbt. Während Kes Verletzte an Bord behandeln will, verschwindet sie plötzlich. Zu der Zeit kommt auch Harry Kim ums Leben. Später meldet sich bei Captain Janeway eine zweite Janeway und diese erklärt, dass die ''Voyager'' durch das Subraumdivergenzfeld verdoppelt worden ist. Beide Captains versuchen die ''Voyager'' wieder zu vereinen. Doch der erste Versuch zur Wiedervereinigung der beiden Schiffen scheitert. Kes kehrt auf ihre ''Voyager'' zurück, als sich plötzlich die Vidiianer nähern. Die Vidiianer greifen die''Voyager'' an, allerdings handelt es sich um die andere ''Voyager''. Die andere Janeway ist gezwungen ihr Schiff mit den Vidiianern zu vernichten. Doch bevor sie dies tut, schickt sie Harry Kim und das Baby auf die andere ''Voyager''. Als Harry Kim beim Doktor ist, erkundigt sich dieser, ob sein anderes Ich einen Namen hat, doch Kim gibt zu den anderen Doktor nie danach gefragt zu haben. ({{VOY|Die Verdopplung}})

[[Datei:Der Alcia mustert den Doktor fällt aus.jpg|thumb|left|Das Programm des Doktors droht auszufallenAlcia mustert den Doktor.]]Während sich die ''Voyager'' im Orbit von [[Drayan II]] befindet, empfängt Captain Janeway eine Delegation der [[Drayaner]] und führt diese auf der ''Voyager'' umher.Janeway zeigt der politischen Führerin [[Alcia]]auch die Krankenstation. Als Alcia erfährt, dass der Doktor ein Hologramm ist, begutachtet sie ihn ausführlich. ({{VOY|Unschuld}})

Während sich [[Datei:Der Doktor und der Clown.jpg|thumb|left|Der Doktor hält den Clown auf Kim aufzuschneiden.]]In der Nähe der [[Heimatwelt der Kohl]] erhält die ''Voyager'' im Orbit einen Notruf. Von der zerstörten Planetenoberfläche wird eine [[Stasiskammer|Stasiseinheit]] mit Überlebenden an Bord gebeamt. Die Gehirne der Überlebenden sind mit der Stasiseinheit verbunden und sie erschaffen eine virtuelle Welt. Da man die Überlebenden nicht vom System trennen kann, begeben sich Torres und Kim in diese virtuelle Welt, um die Überlebenden zu finden. Doch diese virtuelle Welt wird von einem [[Drayan IIder Clown|Clown]] befindet, empfängt Captain Janeway eine Delegation der sich aus den [[DrayanerAngst|Ängsten]] der Überlebenden entwickelt hat, beherrscht. Da sich das System nun auch mit den Gehirnen von Kim und Torres verbunden hat und führt diese auf der ''Voyager'' umherClown sie nicht gehen lässt, sind auch die beiden vorerst Gefangene des Clowns. Der Clown lässt Torres frei, um Janeway zeigt seine Forderungen übermitteln zu lassen. Der einzige, der gegen die Kontrolle des Clowns immun ist, ist der Doktor. Der Doktor wird in das Programm transferiert, gerade als der politischen Führerin Clown Kim mit einem [[AlciaSkalpell]] auch die Krankenstationaufschneiden will. Als Alcia erfährtDer Doktor soll im Auftrag von Janeway verhandeln, doch der Clown merkt sofort, dass der Doktor anders ist und er ihn nicht kontrollieren kann. Einer der Geiseln, [[Viorsa]], gibt dem Doktor heimlich einen Hinweis, wie man den Clown besiegen kann, und der Doktor gibt dies Janeway weiter. Der Doktor wird danach wieder in das Programm gebracht, um den Clown abzulenken, während Janeway und Torres versuchen Schritt für Schritt abzuschalten. Doch als der Clown es bemerkt, will er die Geiseln hinrichten und er fängt mit Viorsa an. Der Doktor versucht den Clown aufzuhalten, doch es gelingt ihm nicht und Viorsa stirbt. Janeway und Torres brechen ihr Vorhaben ab, um die anderen Geiseln zu schützen. Es scheint so, als hätte der Clown gewonnen. Doch Janeway stellt dem Clown ein Hologramm istUltimatum: Die Freilassung der Geiseln oder das System wird deaktiviert! Janeway erklärt sich auch zur Verfügung, um die Geiseln zu befreien. Mit einer List gelingt es Janeway dem Clown vorzutäuschen, begutachtet dass sie ihn ausführlichmit dem System verbunden sei. Doch nachdem die Geiseln frei sind, verschwindet die virtuelle Welt mitsamt dem Clown. ({{VOY|UnschuldDas Ultimatum}})

[[Datei:Der Doktor und Tuvix.jpg|thumb|left|Der Doktor und Tuvix.]]Nach einem Transporterunfall werden die Muster von Tuvok und Neelix vermischt und es entsteht eine neue Person. Der Doktor versucht beide Muster wieder zu trennen, aber er findet keine Möglichkeit die beiden zu trennen. Tuvok und Neelix bleiben als ein Wesen, das sich [[Tuvix]] nennt vereint. Nach einigen Wochen findet der Doktor eine Möglichkeit die beiden Muster zu trennen. Doch Tuvix weigert sich dies zuzulassen, da dies seinen Tod bedeuten würde. Janeway beschließt trotzdem die Trennung durchzuführen, um Neelix und Tuvok zu retten. Als der Doktor sich weigert die Trennung einzuleiten, da er Tuvix nicht gegen seinen Willen töten will, leitet Janeway selbst den Trennungsprozess ein und mit Hilfe des Transporters werden Tuvok und Neelix wieder getrennt. ({{VOY|Tuvix}})

 [[Datei:Der Doktor im All.jpg|thumb|left|Der Doktor im Weltraum.]]Als Chakotay eine Botschaft von Seska erhält, dass Culluh ihren gemeinsamen Sohn töten will, plant er seinen Sohn aus der Gewalt der Kazon zu befreien. Captain Janeway sagt die Unterstützung der gesamten Crew der ''Voyager'' zu. Um sich auf dem Kampf mit den Kazon vorbereiten, schlägt der Doktor vor mit [[Parabol-Holografie]] weitere Schiffe zu projizieren. Auf dem Weg in den Nistrim-Raum findet die ''Voyager'' ein schwer beschädigtes [[Kazon-Shuttle]] vor. Der Überlebende [[Tierna]] wird an Bord gebeamt und vom Doktor behandelt. Tierna berichtet, dass Seska getötet worden sei und das Kind zu einem Leben in [[Sklaverei]] erzogen werde. Auf dem Weg dorthin wird die ''Voyager'' von mehren Kazon-Splittergruppen angegriffen und leicht beschädigt. Später wird die ''Voyager'' von mehren [[Kazon-Trägerschiff]]en der Kazon-Nistrim umzingelt. Doch die ''Voyager'' hält mit Hilfe von holografisch erzeugten Schiffen den Kampf gegen die Kazon Stand. Doch dabei kommt es zu einer kleinen Panne, aus Versehen wird auch der Doktor in den Weltraum projiziert, aber er kommt schnell zurück an Bord. Nachdem sich Tierna mit einer [[Explosion]] getötet hat, fallen die Energieversorgung und auch die holografischen Schiffe aus. Die Kazon gelingt es darauf die ''Voyager'' kampfunfähig zu schießen und sie entern die ''Voyager''. Tom Paris gelingt es mit einem Shuttle zu fliehen, um Hilfe zu holen. Culluh und Seska übernehmen nun die ''Voyager''. Der Doktor deaktiviert sich vorübergehend, damit er nicht entdeckt wird. Culluh setzt die Crew auf dem [[Hanon-Planet]]en aus und verlässt mit der ''Voyager'' den Planeten. ({{VOY|Der Kampf ums Dasein, Teil I}})  

  [[Datei:Seska wirft dem Doktor Sabotage vor.jpg|thumb|left|Seska wirft dem Doktor Sabotage vor.]]Während die Besatzung der ''Voyager'' auf dem Hanon-Planet ums Überleben kämpft, überprüft Seska die Loyalität des Doktors und informiert ihn darüber, dass die Kazon nun die ''Voyager'' übernommen haben. Als Seska die Krankenstation verlassen hat, überlegt der Doktor wie er die ''Voyager'' zurückerobern kann. Durch den Computer erfährt der Doktor, dass sich Lon Suder noch an Bord der ''Voyager'' befindet. Zusammen mit Suder plant der Doktor die Rückeroberung der ''Voyager'', aber Suder fällt es nun sehr schwer wieder Gewalt anzuwenden. Suder gelingt es jedoch einige Sabotagen an Bord der ''Voyager'' durchzuführen und so die Kazon abzulenken. Währenddessen erhält der Doktor eine Botschaft von Tom Paris, in der Paris berichtet, dass der Doktor die [[Phaserenergiekupplung]] deaktivieren muss, damit Paris die ''Voyager'' mit Hilfe einiger Talaxianer zurückerobern kann. Plötzlich kommt Seska auf die Krankenstation und bezichtigt den Doktor der Sabotage. Um Suder zu schützen, gibt der Doktor die Sabotage zu. Darauf zerstört Seska die Holosysteme auf der Krankenstation und der Doktor wird deaktiviert. Als Suder daraufhin auf die Krankenstation kommt, erhält er vom Doktor eine aufgezeichnete Nachricht, in der der Doktor erklärt, dass Suder die Phaserenergiekupplung deaktivieren muss. Suder gelingt es zwar die Phaserenergiekupplung zu deaktivieren, allerdings wird er dabei von einem Kazon erschossen. Da die Waffen nun nicht mehr funktionieren, gelingt es Paris mit den Talaxianern die ''Voyager'' zu entern und die Kazon verlassen die ''Voyager''. Nachdem die Crew vom Hanon-Planeten zurück geholt wurde, wird auch der Doktor wieder aktiviert und er lobt Suders Heldenmut. ({{VOY|Der Kampf ums Dasein, Teil II}})

Nach der Flucht aus dem [[Datei:Diagnoseprogramm Alpha-11 untersucht den Akritirianisches Hochsicherheitsgefängnis|akritirianischen Hochsicherheitsgefängnis]] behandelt der Doktordie beiden Verletzten Tom Paris und Harry Kim.jpg|thumb|left({{VOY|Das Diagnoseprogramm Alpha-11 der Jupiter-Station untersucht den Doktor.]]Hochsicherheitsgefängnis}})

[[Datei:Der Diagnoseprogramm Alpha-11 untersucht den Doktor in der Gewalt von Starling.jpg|thumb|left|Das Diagnoseprogramm Alpha-11 der Jupiter-Station untersucht den Doktor.]]Während der Doktor auf dem Holodeck eine [[Oper]] singt, beginnt er plötzlich seinen Text zu vergessen. Der Doktor kann sich dies allerdings nicht erklären. Zur gleichen Zeit werden Paris und Torres auf einem Shuttle von einer fremden Spezies, die sich der [[Schwarm (Spezies)|Schwarm]] nennt, angegriffen und verletzt. Paris wird dabei schwer verletzt. Dei der Behandlung bemerkt der Doktor immer mehr Erinnerungslücken. Als der Doktor Paris operieren will, hat er vergessen, wie er diese Operation durchführen muss, doch dank der Hilfe von Kes gelingt es dem Doktor dennoch Paris erfolgreich zu operieren. Torres untersucht das Programm des Doktors und stellt fest, dass es im Programm des Doktors zu einer [[Kaskadenüberladung]] kommt, die sein Programm überlastet und beginnt seine [[Speicherkreise]] zu löschen. Um das Programm des Doktors zu retten, wäre ein kompletter Neustart des Programms nötig, allerdings würde damit der Doktor die Erfahrungen, die er in den letzten zwei Jahren gesammelt hat, verlieren. Torres versucht darauf auf Kes’ Bitten einen anderen Weg finden den Doktor zu retten. Torres aktiviert auf dem Holodeck das [[Diagnoseprogramm Alpha-11 der Gewalt von StarlingJupiter-Station]], das speziell für die Wartung und Reparatur des MHNs erschaffen wurde. Doch auch dieses Programm kann dem Doktor nicht helfen und empfiehlt auch den kompletten Neustart des Programms des Doktors. Das Diagnoseprogramm untersucht weiter den Doktor, um eine Möglichkeit zu finden den Doktor zu retten. Dabei findet das Diagnoseprogramm viele unnötige Unterprogramme des Doktors, wie etwa Freundschaften zur Crew, Hobbys und Musik. Währenddessen hat sich das Programm des Doktors so zersetzt, dass er niemanden mehr wiedererkennt, und er benimmt sich wie ein Kleinkind. Schließlich finden Kes und das Diagnoseprogramm eine gemeinsame Lösung, um den Doktor zu retten. Da das Diagnoseprogramm die selbe [[Holomatrix]] wie der Doktor hat, will Kes die Matrix des Diagnoseprogramms in die Matrix des Doktors transplantieren.Durch die [[Transplantation]]der Matrix des Diagnoseprogramms in die des Doktors geht zwar das Diagnoseprogramm verloren, aber der Doktor kann gerettet werden. Der Doktor wird wieder aktiviert und muss langsam beginnen seine Erinnerungen zu sammeln. ({{VOY|Der Schwarm}})

[[Datei:Der Doktor in der Gewalt von Starling.jpg|thumb|left|Der Doktor in der Gewalt von Starling.]]Wenige Wochen später erscheint eine temporäre Verzerrung und ein Föderationsschiff aus dem [[29. Jahrhundert]] kommt aus ihr hervor. Captain [[Braxton]] hat mit seinem [[Zeitschiff]] [[Aeon|''Aeon'']] den Auftrag die ''Voyager'' zu vernichten, da diese scheinbar für die Vernichtung des [[Sol-System]]s im 29. Jahrhundert verantwortlich ist. Doch Janeway will dies nicht einfach so hinnehmen und kämpft gegen die ''Aeon''. Dabei werden beide Schiffe in die temporale Verzerrung gezogen und die ''Voyager'' landet im Jahr [[1996]] auf der Erde. Die ''Aeon'' dagegen stürzt auf die Erde im Jahr [[1967]] und das Schiff wird von [[Henry Starling]] geborgen, der sich mit der geborgenen Technologie ein Wirtschaftsimperium aufbaut. Janeway erkennt, dass Braxton mit dem gestohlenen Zeitschiff die Katastrophe im 29. Jahrhundert auslösen wird. Als Starling von der ''Voyager'' im Orbit erfährt, stiehlt er mit der Technologie des 29. Jahrhunderts Daten aus dem Computer der ''Voyager'', darunter auch das Programm des Doktors. Der Doktor befindet sich nun in der Gewalt von Starling. ({{VOY|Vor dem Ende der Zukunft, Teil I}}) [[Datei:Der Doktor kämpft gegen den Makrovirus.jpg|thumb|left|Der Doktor kämpft gegen den Makrovirus.]]

Als die Crew der ''Voyager'' eine [[Supernova]] beobachtet, befindet sich der Doktor auf der Brücke und nimmt dort an diesem Ereignis teil. Der Doktor ist begeistert diese Supernova von der Brücke aus beobachten zu dürfen. ({{VOY|Die Q-Krise}}) [[Datei:Der Doktor kämpft gegen den Makrovirus.jpg|thumb|left|Der Doktor kämpft gegen den Makrovirus.]]Nachdem die ''Voyager'' einen Notruf der [[Garaner]] erhält, begibt sich der Doktor auf seine erste Außenmission, um die erkrankten Garaner zu behandeln. Der Doktor vermutet eine einfache Virusinfektion und versucht sie bei den Garanern zu behandeln. Doch er bemerkt, dass der Virus wächst und sich zu einem [[Makrovirus]] entwickelt. Der Doktor ist fasziniert davon und will eine Probe des Virus mit an Bord der ''Voyager'' bringen, doch Chakotay verbietet ihm dies, da die Gefahr einer Infektion zu groß ist. Als der Doktor an Bord der ''Voyager'' beamt, gelangt auch das Virus mit an Bord und beginnt sich dort zu verbreiten. Der Doktor beginnt währenddessen ein Antigen gegen das Virus zu entwickeln, doch das Virus beginnt sich immer weiter auszubreiten und infiziert die Crew. Der Doktor untersucht die Viren und versucht sie abzutöten, doch die Viren werden immer größer. Der Doktor versucht einen dieser Makroviren mit dem Antigen zu töten und muss gegen das riesige Virus kämpfen. Ihm gelingt es zwar das Virus zu töten, doch die Viren beginnen den Doktor und seinen mobilen Emitter anzugreifen, so dass es dem Doktor ist es nicht möglich die Crew zu impfen. Kurz darauf ist die gesamte Crew außer Gefecht gesetzt. Später kehren Janeway und Neelix zurück auf die ''Voyager'' und der Doktor erklärt Janeway, was geschehen ist. Janeway versucht das Antigen über de Umweltkontrollen zu verteilen, um so das Antigen über die ''Voyager'' zu verteilen. Um die Makroviren abzulenken, lockt Janeway die riesigen Viren auf das Holodeck und vernichtet sie mit einer Antigenbombe, danach gelingt es dem Doktor die erkrankte Crew zu behandeln. ({{VOY|Makrokosmos}}) Der Doktor behandelt den leicht verletzten Neelix, nachdem Neelix geholfen hat einige Kriminelle auf einer Raumstation am Rand der [[Nekrit-Ausdehnung]] zu verhaften. ({{VOY|Das Wagnis}})   [[Datei:Dem Doktor gefällt die Feier.jpg|thumb|left|Dem Doktor gefällt die Feier auf dem Holodeck.]]Einige Zeit später nimmt der Doktor an dem von Neelix veranstalteten [[Lūʻau]] auf dem Holodeck teil und dem Doktor gefällt diese Feier sehr. Der Doktor flirtet dort mit den holografischen Frauen und küsst sie auch. ({{VOY|Das andere Ego}})   

Als [[Datei:Der Doktor stellt T'Pera vor.jpg|thumb|left|Der Doktor stellt Vorik die holografische T''Voyager'' einen verlassenen Pera vor.]]Wenige Wochen später durchlebt der Vulkanier [[Borg-KubusVorik]] findet, wird ein scheinbar toter das [[BorgPon Farr]] an Bord der ''Voyager'' gebeamt. Der Doktor beginnt den Leichnam zu untersuchenspricht Vorik darauf an. Vorik ist es furchtbar peinlich, da es hier um die [[Sexualität]] der Vulkanier geht, doch dabei aktiviert der Doktor erklärt, dass Vorik sterben wird, wenn sich das chemische Ungleichgewicht in seinem Körper nicht stabilisiert. Da es für Vorik keine reale Partnerin gibt, mit der er aus Versehen ein Energierelais des Borg und sich paaren kann, erschafft der Borg erwacht plötzlich wieder zum LebenDoktor die holografische Vulkanierin [[T'Pera]]. Der Als der Doktor kann Vorik T'Pera vorstellt, ist Vorik zu Beginn über den Borg zwar wieder deaktivierenVorschlag des Doktors entsetzt, doch nun wurde die ursprüngliche Programmierung des Borgs wieder hergestelltschließlich paart sich Vorik mit ihr. Mit der Zeit nimmt Danach verbessern sich Voriks chemische Werte vorerst und der Doktor den Borg vollständig auseinander, um ist fasziniert über seine Anatomie besser zu verstehenentwickelte Therapie und er will mit der Erforschung von Sexualpraktiken an fremden Spezies aus kultureller Sicht beginnen. ({{VOY|Die Kooperative|Skorpion, Teil IPon Farr}}) 

Einige Zeit später versucht der [[Datei:Der Doktor seine Persönlichkeit zu verbessern, um untersucht einen besseren Umgang mit seinen Patienten zu pflegenBorg.jpg|thumb|left|Der Doktor untersucht eine Borg-Drohne. Um dies zu erreichen fügt er sich Charaktereigenschaften der wichtigsten [[Philosoph]]en, Als die ''Voyager'' einen verlassenen [[Poet]]en und [[WissenschaftlerBorg-Kubus]]findet, darunter von wird ein scheinbar toter [[LordBorg]] [[Byron]], [[Mahatma Gandhi]] und [[Tan Bord der ''Voyager''Pau]] in sein Programm eingebeamt. Die positiven Eigenschaften sollen das Programm des Doktors verbessern. Allerdings vergisst der Der Doktorbeginnt den Leichnam zu untersuchen, dass diese berühmten Figuren auch negative Eigenschaften haben und doch dabei aktiviert er aus diesen negativen Eigenschaften entwickelt sich eine neue Persönlichkeit, die sich [[Neuer Meister]] nennt. Obwohl es sich bei dem Neuen Meister um eine andere Persönlichkeit handelt, zeigt er gegenüber Kes einen Beschützer Instinkt Versehen ein Energierelais des Borg und greift [[Zahir]], der sich in Kes verliebt hat, an, um Kes so vor Zahir zu schützen. Als der Doktor sich später Borg erwacht plötzlich wieder aktiviert, kann er sich an nichts, was seine neue Persönlichkeit getan hat, erinnern. Torres kommt zum Doktor und erklärt ihm, dass der Doktor durch die Persönlichkeiten einige Fehler hatLeben. Als der Der Doktor sich deaktiviert, damit Torres die Programmierung mit kann den neuen Persönlichkeiten rückgängig machen will, erwacht der Neue Meister Borg zwar wieder und greift Torres an. Als Tuvok und Janeway auf die Krankenstation kommendeaktivieren, finden sie doch nun wurde die bewusstlose Torres und aktivieren ursprüngliche Programmierung des Borgs wieder den Doktor, doch er kann sich wieder an nichts erinnernhergestellt. Bei Mit der Behandlung von Torres übernimmt wieder Zeit nimmt der Neue Meister die Kontrolle über den Doktor und erweckt Torres, damit sie den Doktor aus den Programm des Neuen Meisters löscht. Doch Torres weigert sich und siehtBorg vollständig auseinander, wie das Programm des Neuen Meisters immer instabiler wird. Darauf betäubt der Neue Meister Torres wieder. Später entführt er Kes und beamt mit ihr auf die Oberfläche eines Planeten. Auf der Planetenoberfläche flieht der Neue Meister mit Kes vor dem Außenteam der ''Voyager''. Als er vom Außenteam umzingelt wird, springt er mit Kes in einen Abgrund, doch die beiden werden rechtzeitig von der ''Voyager'' an Bord gebeamt. Darauf wird die Matrix des Neuen Meisters gelöscht und Torres stellt die ursprüngliche Programmierung des Doktors wieder herum seine Anatomie besser zu verstehen. ({{VOY|CharakterelementeDie Kooperative|Skorpion, Teil I}})

  [[Datei:Doktor FamileNeuer Meister entführt Kes.jpg|thumb|left|Der neue Meister entführt Kes.]]Einige Zeit später versucht der Doktor seine Persönlichkeit zu verbessern, um einen besseren Umgang mit seinen Patienten zu pflegen. Um dies zu erreichen fügt er sich Charaktereigenschaften der wichtigsten [[Philosoph]]en, [[Poet]]en und seine perfekte Familie[[Wissenschaftler]], darunter von [[Lord]] [[Byron]], [[Mahatma Gandhi]] und [[T'Pau]] in sein Programm ein. Die positiven Eigenschaften sollen das Programm des Doktors verbessern. Allerdings vergisst der Doktor, dass diese berühmten Figuren auch negative Eigenschaften haben und aus diesen negativen Eigenschaften entwickelt sich eine neue Persönlichkeit, die sich [[Neuer Meister]] nennt.Obwohl es sich bei dem Neuen Meister um eine andere Persönlichkeit handelt, zeigt er gegenüber Kes einen Beschützer Instinkt und greift [[Zahir]], der sich in Kes verliebt hat, an, um Kes so vor Zahir zu schützen. Als der Doktor sich später wieder aktiviert, kann er sich an nichts, was seine neue Persönlichkeit getan hat, erinnern. Torres kommt zum Doktor und erklärt ihm, dass der Doktor durch die Persönlichkeiten einige Fehler hat. Als der Doktor sich deaktiviert, damit Torres die Programmierung mit den neuen Persönlichkeiten rückgängig machen will, erwacht der Neue Meister wieder und greift Torres an. Als Tuvok und Janeway auf die Krankenstation kommen, finden sie die bewusstlose Torres und aktivieren wieder den Doktor, doch er kann sich wieder an nichts erinnern. Bei der Behandlung von Torres übernimmt wieder der Neue Meister die Kontrolle über den Doktor und erweckt Torres, damit sie den Doktor aus den Programm des Neuen Meisters löscht. Doch Torres weigert sich und sieht, wie das Programm des Neuen Meisters immer instabiler wird. Darauf betäubt der Neue Meister Torres wieder. Später entführt er Kes und beamt mit ihr auf die Oberfläche eines Planeten. Auf der Planetenoberfläche flieht der Neue Meister mit Kes vor dem Außenteam der ''Voyager''. Als er vom Außenteam umzingelt wird, springt er mit Kes in einen Abgrund, doch die beiden werden rechtzeitig von der ''Voyager'' an Bord gebeamt. Darauf wird die Matrix des Neuen Meisters gelöscht und Torres stellt die ursprüngliche Programmierung des Doktors wieder her. ({{VOY|Charakterelemente}})

[[Datei:Der Ausgang ist gefundenDoktor Famile.jpg|thumb|left|Der Doktor und seine perfekte Familie.]]Wenige Wochen später erschafft sich der Doktor eine holografische Familie. In dem Holoprogramm [[Familienprogramm Beta-Rho]] hat er eine Frau [[Charlene]] und zwei Kinder [[Jeffrey]] und [[Belle]]. In dem Programm heißt der Doktor [[Kenneth]]. Der Doktor erschafft sich die Crew gefangen perfekte Familie in einem Habitat der Nyrianerer von seiner Familie verehrt wird. Als der Doktor Torres und Kes zum Abendessen bei seiner Familie einlädt, erklärt Torres, dass diese Familie zu perfekt ist und dass es so eine Familie nicht gibt. Darauf programmiert Torres das Programm um, damit die Familie realer wirkt. Doch als der Doktor seine neue Familie trifft, ist er geschockt, er streitet sich mit seiner Frau und seinen Kindern. Vor allem mit seinem Sohn Jeffrey gerät der Doktor in schwere Streitereien – wegen seiner Musik und vor allem wegen seinen klingonischen Freunden. Doch als später Belle beim Training verletzt wird, versucht er sie zu Behandeln, doch er kann nichts für sie tun und sie liegt im Sterben. Der Doktor bricht darauf das Programm ab, da er den Schmerz über seine sterbende Tochter nicht ertragen will. Doch Paris gelingt es, den Doktor davon zu überzeugen das Programm fortzuführen.]]Der Doktor erlebt den schmerzhaften Verlust seiner Tochter und den Zusammenhalt seiner Familie, um den Schmerz zu verarbeiten. ({{VOY|Das wirkliche Leben}})  

[[Datei:Janeway und der Doktor betrachten einen Dinosaurier.jpg|thumb|left|Der Doktor und Janeway untersuchen die Vorfahren der Voth auf dem Holodeck.]]Einige Zeit später tauchen 2 fremde Wesen an Bord der ''Voyager'' auf und einer von ihnen entführt Chakotay. Der andere wird von Tuvok betäubt. Der Doktor untersucht den Fremden und findet viele gemeinsame Merkmale in der DNS zwischen den Menschen und dieser fremden Spezies heraus. Auf dem Holodeck versuchen der Doktor und Janeway Gemeinsamkeiten zwischen beide zu finden und sie entdecken, dass dieser Fremde von den [[Dinosaurier]]n auf der Erde abstammt. Später versucht Professor [[Forra Gegen]] vor der [[Regent]]in [[Odala]] zu beweisen, dass die [[Voth]] von der Erde abstammen. Doch die Regentin hält an der [[Doktrin]] der Voth fest und zwingt Gegen dazu seine Theorie zu widerrufen, später kehrt Chakotay auf die ''Voyager'' zurück. ({{VOY|Herkunft aus der Ferne}})

 [[Datei:Der Doktor muss sich entscheidenAusgang ist gefunden.jpg|thumb|left|Der Doktor muss und die Crew gefangen in einem Habitat der Nyrianer.]]Als ein Fremder plötzlich auf der ''Voyager'' auftaucht, wird er auf die Krankenstation gebracht und der Doktor untersucht den Fremden, der keine Ahnung hat, wie er auf die ''Voyager'' gelangt ist. Zur selben Zeit, zu der der Fremde aufgetaucht ist, verschwindet Kes. Mit der Zeit verschwinden immer mehr Crewmitglieder und immer mehr Fremde tauchen auf. Die Fremden beginnen die ''Voyager'' zu übernehmen und bevor Chakotay als Letzter von Bord verschwindet, lädt er das Programm des Doktors in den Mobilen Emitter, damit die Fremden sein Programm nicht löschen. Chakotay und der Doktor gelangen auf ein [[Biosphärenschiff]] der [[Nyrianer]] und sind dort mit der übrigen Besatzung Gefangene der Nyrianer. Die Crew sitzt dort in einer Art Holodeck der Nyrianer fest, doch damit sie den Ausgang finden, wird der Doktor umprogrammiert, damit er den Ausgang aufspüren kann. Während der Programmierung unterhalten sich Torres und Paris über ihre Beziehung und der Doktor mischt sich entscheidenständig ein. Als es Torres zu viel wird, wen er retten sollstellt sie den Doktor kurzzeitig auf Stumm. Später schafft es die Crew mit Hilfe des Doktors aus ihrem holografischen Gefängnis zu entkommen und die Kontrolle über das Biosphärenschiff zu erlangen.Kurz darauf gelingt es Janeway mit Hilfe des [[Translokator]]s die Kontrolle über die ''Voyager'' wieder zu übernehmen. ({{VOY|Translokalisation}})

[[Datei:Der Doktor muss sich entscheiden.jpg|thumb|left|Der Doktor muss sich entscheiden, wen er retten soll.]]Kurz darauf begeben sich der Doktor, Fähnrich Kim und Fähnrich [[Ahni Jetal]] auf eine Außenmission. Der Doktor macht von dieser Mission viele [[Holofotografie|Holofotos]], als plötzlich das Shuttle von einer fremden Spezies angegriffen wird. Ein Fremder beamt sich an Bord des Shuttles und schießt auf die drei, doch der Doktor ist gegen diese Waffe immun. Darauf beamt der Doktor den Fremden von Bord, doch Kim und Jetal sind schwer verletzt. Der Doktor fliegt mit dem Shuttle zur ''Voyager'' zurück, um die beiden dort zu behandeln. Beide liegen jedoch im Sterben und der Doktor kann die beiden nur mit einem komplizierten Verfahren retten. Der Doktor kann sich nicht entscheiden, wen er zuerst retten soll und entscheidet sich schließlich zuerst für Kim und rettet ihm mit der Operation sein Leben. Doch während er Kims Leben rettet, stirbt Jetal. Doch nach dem Tod von Jetal macht sich der Doktor Vorwürfe wegen seiner Entscheidung, da beide die gleiche Überlebenschance gehabt haben und er Jetal sterben ließ. Sein Programm gerät in eine [[Feedback|Feedback-Schleife]] und der Doktor fängt langsam an durchzudrehen. Um den Doktor zu retten, werden seine Erinnerungen an diese Ereignisse gelöscht. ({{VOY|Verborgene Bilder}})   [[Datei:Kes und der Doktor untersuchen Nanosonden.jpg|thumb|left|Kes und der Doktor untersuchen die Nanosonden der Borg.]]Ende 2373 erreicht die ''Voyager'' den [[Borg-Raum]]. Doch es gibt in diesem Territorium ein Gebiet, in dem sich keine Borg befinden, und die Crew tauft diese Region [[Nordwest-Passage]]. Um sich gegen die [[Assimilation]] zu wehren, untersucht der Doktor den Borg, der vor mehren Monaten geborgen wurden ist. Der Doktor findet heraus, dass [[Nanosonde]]n für die Assimilation verantwortlich sind. Der Doktor versucht herauszufinden, wie man diese Nanosonden stoppen kann, als Kes plötzlich eine seltsame Vision hat. Zur gleichen Zeit nähern sich 15 Borg-Kuben der ''Voyager'' doch plötzlich bricht das Signal zu diesen Schiffen ab. Die ''Voyager'' findet nur noch Trümmer der Kuben vor und ein fremdes Schiff dockt an einem der Trümmer an. Ein Außenteam beamt in den Kubus, als plötzlich Fähnrich Kim von einem der Fremden, die die Borg als [[Spezies 8472]] bezeichnen, angegriffen wird. Kim wird schwer verletzt und die fremde DNS von Spezies 8472 scheint Kim von innen her aufzufressen und der Doktor kann nichts dagegen tun. Währenddessen hat Kes weitere Visionen, die von Spezies 8472 stammt, und sie warnt Janeway vor dieser Gefahr. Als die ''Voyager'' die Nordwest-Passage erreicht, entdeckt die Crew, dass diese Region von Spezies 8472 besiedelt ist. Damit die Voyager auch diese Region durchfliegen kann und die Borg Spezies 8472 assimilieren kann, schlägt Janeway eine Allianz zwischen den Borg und der ''Voyager'' vor. Um sich vor der Assimilation der Borg zu schützen, speichert Janeway sämtliches wertvolle Wissen über Spezies 8472 im Programm des Doktors. Falls die Borg die ''Voyager'' bedrohen, will Janeway das Programm des Doktors mit all dem Wissen über Spezies 8472 löschen. Die Borg gehen auf die Allianz ein, als Spezies 8472 die ''Voyager'' und die Borg angreifen. ({{VOY|Skorpion, Teil I}})