Damit der Doktor sich frei auf dem Schiff bewegen kann, installieren Torres und Kim einige Holoemitter. Die beiden wollen einen Test durchführen und transferieren den Doktor in den Maschinenraum. Doch der Test läuft schief und der Doktor schrumpft. Der kleine Doktor ist verärgert über den fehlgeschlagenen Test. Zu der Zeit befindet sich auch Janeway im Maschinenraum und der Doktor bemerkt, dass der Captain überarbeitet ist und obwohl . Obwohl er ein Hologramm ist, befiehlt der Doktor Janeway, sich frei zu nehmen. Darauf wird der Doktor auf die Krankenstation zurück gebracht und erhält seine normale Größe zurück. Zu der Zeit leidet Janeway an [[Halluzination]]en und der Doktor führt diese auf den Janeways [[Stress]] von Janeway zurück. Doch später sieht auch Kes diese Halluzinationen von Janeway und kann diese neutralisieren. Später stellen sich diese Halluzinationen als Falle der [[Bothaner]] heraus, um die ''Voyager'' zu übernehmen. Schließlich wird die gesamte Crew mit Ausnahme von dem Doktor des Doktors und Kes paralysiert. Mit Hilfe des Doktors gelingt es Kes jedoch die Bothaner aufzuhalten und die Crew aus ihren Halluzinationen zu befreien. ({{VOY|Rätselhafte Visionen}})

Während der Doktor Fähnrich Samantha Wildman behandelt, bemerkt Kes das schroffe Verhalten des Doktors. Sie erklärt dem Doktor, dass dieser er sensibel mit seinen kranken Patienten umgehen soll. Darauf programmiert sich der Doktor mit der [[Levodianische Grippe|levodianischen Grippe]], um zu zeigen, dass man auch im kranken Zustand arbeiten kann. Zu der Zeit fällt Kes auf, dass der Doktor auch wieder sein altes [[Begrüßungsprotokoll]] aktiviert hat, da er es für einen guten Beginn für eine [[Sprache|Konversation]] hält. Der Doktor behandelt in diesen diesem kranken Zustand weiter seine kranken Patienten, doch als die Krankheit länger dauert als erwartet, bekommt dieser er Panik. Der Doktor wird Wehleidig und bittet um ein Technikerteam. Kes beginnt sich um den Doktor zu kümmern und umsorgt ihn. Der Doktor ist Dankbar dankbar für Kes Kes’ Pflege, doch als Harry Kim kommt, um diesen Defekt zu beheben, gesteht Kes, dass sie die Simulation der Krankheit verlängert hat, damit der Doktor wirklich lernt , wie es ist Krank krank zu sein. ({{VOY|Tattoo}})

Einige Wochen später beginnen die Überreste des Fürsorgers zu vibrieren. Der Doktor meldet dies dem Captain und diese . Sie vermutet, dass sich ein weiteres Wesen dieser Spezies in der Nähe befindet. Da diese Spezies sehr mächtig ist, hilft der Doktor mit , ein Mittel zu entwickeln, welches des dieses Wesen etwas schwächt. Die ''Voyager'' trifft schließlich auf [[Suspiria]], welche die auch die ''Voyager'' angreift, aber schließlich in Schacht Schach gehalten wird. ({{VOY|Suspiria}})

Nachdem die Kazon Transportertechnologie von der ''Voyager'' gestohlen haben, verwendet der [[Erster Maje|Erste Maje]] [[Culluh]] diese Technologie, um einen verfeindeten Maje aus einer anderen Kazon-Sekte zu töten. Als die ''Voyager'' die Leichname im [[Weltraum]] vorfindet, untersucht der Doktor diese sie und findet heraus, dass diese Kazon lebendig ins All gebeamt worden und dadurch gestorben sind und darauf starben. ({{VOY|Das Signal}})

Einige Zeit später wird der [[Q (Spezies)|Q]], welcher der sich [[Quinn]] nennt, an Bord der ''Voyager'' aufgenommen. Da Quinn seine unsterbliche Existenz hasst , bekommt er vom [[Q-Kontinuum]] die Sterblichkeit. Quinn begeht darauf [[Selbstmord]] mit dem [[Gift]] [[Nogatch Hemlock]], wogegen gegen das der Doktor machtlos ist , und Quinn stirbt kurz darauf. ({{VOY|Todessehnsucht}})

Während eines schweren Gefechtes mit den Kazon, wird Crewman [[Kurt Bendera]] schwer verletzt und wird auf die Krankenstation gebracht. Doch auch der Doktor kann nichts mehr für ihn tun und Bendera erliegt seinen Verletzungen. Später als eine Gruppe von [[Trabe]] an Bord der ''Voyager'' kommt, behandelt der Doktor auch diesesie. ({{VOY|Allianzen}})

Nachdem Tom Paris mit einem Shuttle [[Warp 10]] erreicht hat, zeigt sein Körper einige Mutationen. Der Doktor versucht Paris zu behandeln, aber Paris stirbt kurz darauf an den Folgen der Mutationen. Doch wenige Stunden später erwacht Paris wieder zum Leben, jedoch mutiert er weiter. Der Doktor schlägt darauf vor die mutierte DNS mit Hilfe von [[Antiproton]]en aus dem [[Warpkern]] zu zerstören und die ursprüngliche wiederherzustellen. Doch bei dieser Behandlung flieht Paris und entführt dabei Captain Janeway. Paris führt einen weiteren [[Transwarp]]sprung durch und auch Janeway mutiert. Doch die beiden können auf einen einem Planeten gefunden werden und der Doktor stellt ihre ursprüngliche DNS wieder her. ({{VOY|Die Schwelle}})

Nachdem Crewman [[Frank Darwin]] tot aufgefunden worden ist, untersucht der Doktor den Leichnam. Der Doktor Er findet heraus, dass Darwin ermordet worden ist , und anhand von DNS Spuren -puren findet der Doktor den Mörder, Crewman [[Lon Suder]]. Tuvok versucht bei Suder ein Motiv zu finden und führt an ihm eine [[Gedankenverschmelzung]] durch. Da Suder ein [[Betazoid]] ist, übertragen sich seine aggressiven Emotionen auf Tuvok. Tuvok verliert die Kontrolle über sich und wird gewalttätig. Um Tuvok zu heilen setzt der Doktor sämtliche Emotionen frei, doch dieser jetzt ist Tuvok ist extrem Gefährlich gefährlich und bedroht jeden in seiner näheNähe. Jedoch beginnt Tuvok wieder langsam die Kontrolle über sich wieder zu gewinnen. Darauf entlässt der Doktor Tuvok aus der Krankenstation. ({{VOY|Gewalt}})

Bei der Behandlung von Fähnrich Wildman, grübelt diese sie über einen Namen für ihr Kind nach. Der Doktor kann bestätigen, dass es schwer ist einen passenden Namen zu finden, da er für sich noch immer keinen Namen gefunden hat. Kes schlägt den Namen [[Benaren]] vor, da ihr Vater so hieß, der Doktor beklagt sich daraufhin, dass Kes ihm den Namen nie vorgeschlagen hat. Einige Zeit später behandelt der Doktor Torres, nachdem diese sie die Waffe [[ATR-4107]] vernichtet, welche die den Planeten [[Rakosa V]] bedroht hat. ({{VOY|Der Flugkörper}})

Wenige Wochen später erreicht ein Notruf die ''Voyager'' und die Bewusstlose bewusstlose Vidiianerin [[Denara Pel]] wird auf die Krankenstation gebeamt. Der Doktor versucht diese sie zu Behandelnbehandeln, aber ihr [[Gehirn]] zeigt aufgrund ihrer Erkrankung, welche die auch die [[Fresszelle]] genannt wird, schwere Schäden. Um sie zu retten, transferiert der Doktor mit Hilfe eines vidiianischen [[Implantat]]s ihr Bewusstsein in den holographischen holografischen Emitter und erzeugt eine ein Hologramm von ihr. Denara Pel ist begeistert von ihrem neuen Körper und der Doktor und sie beginnen den echten kranken Körper von Denara Pel zu behandeln. Während ihrer gemeinsamen Arbeit fragt Denara Pel den Doktor nach seinen seinem Namen, doch der Doktor erwähnt, dass er keinen Namen hat. Als Denara Pel nach Freizeitaktivitäten fragt, führt der Doktor sie ins Holodeck ins Chez Sandríne aus. Bei diesen Abend kommen sich die beiden näher und Denara Pel gibt dem Doktor einen Namen <q>Shmullus</q>, – nach ihrem Onkel [[Shmullus]], welcher – der sowohl Denara Pel wie der als auch den Doktor zum Lachen gebracht hatbringt. Mit der Zeit bemerkt der Doktor, dass er sich in Denara Pel verliebt hat. Da der Doktor in Sachen Liebe sehr unerfahren ist, geht er schroff auf sie zu und sagt, dass er sich verliebt hat, doch darauf wird er von ihr abgewiesen. Niedergeschlagen wendet sich der Doktor an Tom Paris, um einen Ratschlag zu bekommen, wie man eine Frau vergisst. Als Paris jedoch bemerkt, dass der Doktor an schweren schwerem Liebeskummer leidet, beschließt dieser er dem Doktor zu helfen. Paris erschafft ein Holoprogramm für den Doktor und dieser der führt dort Denara Pel aus. Bei diesem Rendezvous küssen sich die beiden schließlich. Nach diesem Romantischen romantischen Abend stellt der Doktor fest, dass der reale Körper von Denara Pel vergiftet worden ist , und es stellt sich heraus, dass Denara Pel es selbst gewesen ist, die ihren Körper vergiftet getan hat. Denara Pel wünscht ihren holographischen holografischen Körper zu behalten, aber der Doktor macht ihr klar, dass sie in ihre Welt zurück muss, damit sie auch ihr ihrem Volk weiterhin helfen kann , und schließlich transferiert er ihr Bewusstsein wieder zurück in ihren Körper. Den restlichen Flug zu Denara Pels Kolonie verbringen der Doktor und Denara Pel zusammen und der Doktor hat sogar für sie das Tanzen gelernt. ({{VOY|Lebensanzeichen}})

Wenige Wochen später entwickelt Neelix ein Unterhaltungsprogramm, welches das er [[Briefing mit Neelix]] nennt. In dem Programm können Crewmitglieder der ''Voyager'' ihre Talente präsentieren. Neelix zeigt dieses Programm dem Doktor und dieser der ist zu Beginn nicht sehr Begeistertbegeistert, doch schließlich will dieser er auch an der Sendung teilnehmen. Als der Doktor ein Thema in der Sendung präsentieren will, nimmt Neelix ihn aus dem Programm, da er ein wichtigeres Thema präsentiert, nämlich das dass Tom Paris die ''Voyager'' verlässt. Der Doktor ist etwas verärgert, bittet allerdings zwei Themen in der nächsten Sendung präsentieren zu dürfen. Zu gleichen Zeit wird Paris von den Kazon-Nistrim entführt und gefangen genommen. Neelix kommt dies merkwürdig vor und beginnt diesen Vorfall von Paris Paris’ Entführung zu Untersuchen. Dabei findet Neelix heraus, dass es an Bord der ''Voyager'' einen Verräter gibt, welcher der Informationen an die Kazon weiter gibt. Neelix erkundigt sich gerade bei [[Michael Jonas]] über den Verräter, allerdings ahnt Neelix nicht, dass Jonas in Wirklichkeit der Verräter ist. Jonas will Neelix gerade heimlich töten, da er seine Pläne in Gefahr sieht, als sich der Doktor zu Neelix hinzu schaltet. Der Doktor ist verärgert, dass er wieder nicht in Neelix Neelix’ Sendung auftreten durfte. Der Doktor ahnt nicht, dass er mit dieser Botschaft Neelix sein das Leben gerettet hat, da Jonas sein Vorhaben mit Neelix abbrechen muss. Inzwischen findet Tom Paris bei den Kazon heraus, dass Jonas der Verräter ist und berichtet dies der ''Voyager''. Auf der ''Voyager'' gelingt es Neelix Jonas aufzuhalten die Sabotage der ''Voyager'' durchzuführen. Es kommt zu einem Kampf zwischen den beiden und dabei stürzt Jonas in ein [[Plasmafeuer]], welches das aus dem Warpkern entweicht und ihn verbrennt. Nachdem Paris auf die ''Voyager'' zurück gekehrt zurückgekehrt ist, interviewt Neelix Paris und entschuldigt sich das , dass der Doktor schon wieder nicht in seiner Sendung auftreten durfte. ({{VOY|Der Verräter}})

Während der Geburt von Fähnrich Wildmans Baby, flüchtet die ''Voyager'' vor den Vidiianern durch eine Plasmawolke und fliegt durch ein [[Subraumdivergenzfeld]]. Dabei wird das Schiff mit seiner ganzen [[Materie]] verdoppelt. Allerdings wird die [[Antimaterie]] nicht verdoppelt und der Antrieb fällt aus. Zu der Zeit kommt es bei der [[Geburt|Entbindung]] zu Komplikationen und der Doktor kann das Baby mit einen Fötustransport retten. Um den entstehenden Energieausfall zu stoppen , empfiehlt Torres den Antrieb mit [[Proton (Partikel)|Proton]]enausstößen zu aktivieren, als plötzlich die ''Voyager'' von Protonenausstößen getroffen wird und schwer beschädigt wird. Es gibt viele Verletzte und Kes und der Doktor beginnen diese zu behandeln. Durch den Beschuss von Protonenausstößen, fällt weitere Energie aus und auch das Programm des Doktors droht auszufallen. Aufgrund des Energieausfalls kann der Doktor nichts mehr für das Baby tun und dieses es stirbt. Während Kes Verletzte an Bord behandeln will, verschwindet diese sie plötzlich. Zu der Zeit kommt auch Harry Kim ums Leben. Später meldet sich bei Captain Janeway, eine zweite Janeway und diese erklärt, dass die ''Voyager'' durch das Subraumdivergenzfeld verdoppelt worden ist und beide . Beide Captains versuchen die ''Voyager'' wieder zu vereinen. Doch der erste Versuch zur Wiedervereinigung der beiden Schiffen scheitert. Kes kehrt auf ihre ''Voyager'' zurück, als sich plötzlich die Vidiianer nähern. Die Vidiianer greifen die''Voyager'' an, allerdings handelt es sich um die andere ''Voyager''. Die andere Janeway ist gezwungen ihr Schiff mit den Vidiianern zu vernichten. Doch bevor sie dies tut, schickt sie Harry Kim und das Baby auf die andere ''Voyager''. Als Harry Kim beim Doktor ist , erkundigt sich dieser, ob sein anderes Ich einen Namen hat, doch Kim gibt zu den anderen Doktor nie danach gefragt zu haben. ({{VOY|Die Verdopplung}})

Während sich die ''Voyager'' im Orbit von [[Drayan II]] befindet, empfängt Captain Janeway eine Delegation der [[Drayaner]] und führt diese auf der ''Voyager'' umher. Janeway zeigt der politischen Führerin [[Alcia]] auch die Krankenstation. Als Alcia erfährt, dass der Doktor ein Hologramm ist, tut begutachtet sie diesen ihn ausführlich begutachten. ({{VOY|Unschuld}})

In der Nähe der [[Heimatwelt der Kohl]], erhält die ''Voyager'' einen Notruf. Von der zerstörten Planetenoberfläche wird eine [[Stasiskammer|Stasiseinheit]] mit Überlebenden an Bord gebeamt. Die Gehirne der Überlebenden sind mit der Stasiseinheit verbunden und diese sie erschaffen eine virtuelle Welt. Da man die Überlebende Überlebenden nicht vom System trennen kann, begeben sich Torres und Kim in diese virtuelle Welt, um die Überlebende Überlebenden zu finden. Doch diese virtuelle Welt wird von einem [[der Clown|Clown]], welcher der sich aus den [[Angst|Ängsten]] der Überleben Überlebenden entwickelt hat, beherrscht. Da sich das System nun auch mit den Gehirnen von Kim und Torres verbunden hat und der Clown diese sie nicht gehen lässt, sind auch die beiden vorerst gefangene Gefangene des Clowns. Der Clown lässt Torres frei, um Janeway seine Forderungen übermitteln zu stellenlassen. Der einzige, der gegen die Kontrolle des Clowns immun ist, ist der Doktor. Der Doktor wird in das Programm transferiert, gerade als der Clown Kim mit einem [[Skalpell]] aufschneiden will. Der Doktor soll im Auftrag von Janeway verhandeln, doch der Clown merkt sofort, dass der Doktor anders ist und diesen er ihn nicht kontrollieren kann. Einer der Geiseln , [[Viorsa]], gibt dem Doktor heimlich einen Hinweis, wie man den Clown besiegt besiegen kann, und der Doktor gibt dies Janeway weiter. Der Doktor wird danach wieder in das Programm gebracht, um den Clown abzulenken, während Janeway und Torres versuchen Schritt für Schritt abzuschalten. Doch als der Clown dies es bemerkt , will er die Geiseln hinrichten und er fängt mit Viorsa an. Der Doktor versucht den Clown aufzuhalten, doch es gelingt ihm gelingt es nicht und Viorsa stirbt. Janeway und Torres brechen ihr Vorhaben ab, um die anderen Geiseln zu schützen. Es scheint so , als hat hätte der Clown gewonnen. Doch Janeway stellt dem Clown ein Ultimatum, die : Die Freilassung der Geiseln oder das System wird deaktiviert. ! Janeway erklärt sich auch bereit zu zur Verfügung , um die Geiseln zu befreien. Mit einer List gelingt es Janeway dem Clown vorzutäuschen, dass sie mit dem System verbunden istsei. Doch nachdem die Geiseln frei sind, verschwindet die virtuelle Welt mitsamt dem Clown. ({{VOY|Das Ultimatum}})

Nach einem Transporterunfall werden die Muster von Tuvok und Neelix vermischt und es entsteht eine neue Person. Der Doktor versucht beide Muster wieder zu trennen, aber er findet keine Möglichkeit die beiden zu trennen und . Tuvok und Neelix bleiben als ein Wesen, welches das sich [[Tuvix]] nennt vereint. Nach einigen Wochen findet der Doktor eine Möglichkeit die beiden Muster zu trennen. Doch Tuvix weigert sich dies zu zulassenzuzulassen, da dies seinen Tod bedeuten würde. Janeway beschließt trotzdem die Trennung durch zu führendurchzuführen, um Neelix und Tuvok zu retten. Als der Doktor sich weigert die Trennung ein zu leiteneinzuleiten, da er Tuvix nicht gegen seinen Willen töten will, leitet Janeway selbst den Trennungsprozess ein und mit Hilfe des Transporters werden Tuvok und Neelix wieder getrennt. ({{VOY|Tuvix}})

Auf einen Planeten werden Janeway und Chakotay von einem [[Insekt]] gebissen und mit einem Virus infiziert. Irgend etwas auf der Planetenoberfläche verhindert, dass die Krankheit ausbricht. Der Doktor forscht einen Monat permanent, allerdings findet er kein Heilmittel. Die ''Voyager'' setzt ihre Reise fort, während Chakotay und Janeway auf den dem Planeten zurück bleiben, welche den die beiden [[neue Erde]] nennen. Die Besatzung nimmt Kontakt mit den Vidiianern auf, um so ein Heilmittel zu bekommen, doch diese die Vidiianer greifen die ''Voyager'' an. An Bord des vidiianischen Schiffes befindet sich auch Denara Pel. Diese Sie schickt heimlich an den Doktor das Heilmittel. Der ''Voyager'' gelingt es den Vidiianern zu entkommen und mit dem Heilmittel gelingt es dem Doktor Janeway und Chakotay zu behandeln. ({{VOY|Entscheidungen}})

Als Chakotay eine Botschaft von Seska erhält, dass Culluh ihren gemeinsamen Sohn töten will, plant dieser er seinen Sohn aus der Gewalt der Kazon zu befreien. Captain Janeway sagt die Unterstützung der gesamten Crew der ''Voyager'' zu. Um sich auf dem Kampf mit den Kazon vorbereiten, schlägt der Doktor vor mit [[Parabol-Holografie]] weitere Schiffe zu projizieren. Auf dem Weg in den Nistrim-Raum findet die ''Voyager'' ein schwer beschädigtes [[Kazon-Shuttle]] vor. Der Überlebende [[Tierna]] wird an Bord gebeamt und vom Doktor behandelt. Tierna berichtet, dass Seska getötet wurde worden sei und das Kind zu einem Leben in [[Sklaverei]] erzogen wirdwerde. Auf dem Weg dorthin wird die ''Voyager'' von mehren Kazon-Splittergruppen angegriffen und leicht beschädigt. Später wird die ''Voyager'' von mehren [[Kazon-Trägerschiff]]en der Kazon-Nistrim umzingelt. Doch die ''Voyager'' hält mit Hilfe von holografisch erzeugten Schiffen den Kampf gegen die Kazon standStand. Doch dabei kommt es zu einer kleinen Panne, aus versehen Versehen wird auch der Doktor in den Weltraum projiziert, aber dieser er kommt schnell zurück an Bord gebracht. Nachdem sich Tierna mit einer [[Explosion]] getötet hat, fällt fallen die Energieversorgung und auch die holographischen holografischen Schiffe aus. Die Kazon gelingt es darauf die ''Voyager'' kampfunfähig zu schießen und die Kazon sie entern die ''Voyager''. Tom Paris gelingt es mit einem Shuttle zu fliehen, um Hilfe zu holen. Culluh und Seska übernehmen nun die ''Voyager''. Der Doktor deaktiviert sich vorübergehend, damit dieser er nicht entdeckt wird. Culluh setzt die Crew auf den dem [[Hanon-Planet]]en aus und verlässt mit der ''Voyager'' den Planeten. ({{VOY|Der Kampf ums Dasein, Teil I}})

Während die Besatzung der ''Voyager'' auf dem Hanon-Planet ums Überleben kämpft, überprüft Seska die Loyalität des Doktors und informiert ihn darüber, dass die Kazon nun die ''Voyager'' übernommen haben. Als Seska die Krankenstation verlassen hat, überlegt der Doktor wie er die ''Voyager'' zurück erobern zurückerobern kann. Durch den Computer erfährt der Doktor, dass sich Lon Suder noch an Bord der ''Voyager'' befindet. Zusammen mit Suder plant der Doktor die Rückeroberung der ''Voyager'', aber Suder fällt es nun sehr schwer wieder Gewalt anzuwenden. Suder gelingt es jedoch einige Sabotagen an Bord der ''Voyager'' durch zu führen durchzuführen und so die Kazon abzulenken. Währenddessen erhält der Doktor eine Botschaft von Tom Paris, indem dieser Berichtetin der Paris berichtet, dass der Doktor die [[Phaserenergiekupplung]] deaktivieren muss, damit Paris die ''Voyager'' mit Hilfe einiger Talaxianer zurück erobern zurückerobern kann. Plötzlich kommt Seska auf die Krankenstation und bezichtigt den Doktor der Sabotage. Um Suder zu schützen , gibt dieser der Doktor die Sabotage auch zu. Darauf zerstört Seska die Holosysteme auf der Krankenstation und der Doktor wird deaktiviert. Als Suder darauf daraufhin auf die Krankenstation kommt , erhält er vom Doktor eine aufgezeichnete Nachricht, indem in der der Doktor erklärt, dass Suder die Phaserenergiekupplung deaktivieren muss. Suder gelingt es zwar die Phaserenergiekupplung zu deaktivieren, allerdings wird dieser er dabei von einem Kazon erschossen. Da die Waffen nun nicht mehr funktionieren, gelingt es Paris mit den Talaxianern die ''Voyager'' zu entern und die Kazon verlassen die ''Voyager''. Nachdem die Crew vom Hanon-Planeten zurück geholt wurde, wird auch der Doktor wieder aktiviert und dieser er lobt Suders Heldenmut. ({{VOY|Der Kampf ums Dasein, Teil II}})

Als Tuvok zusammen brichtzusammenbricht, versucht der Doktor Tuvok ihm zu helfen. Da durch eine verborgene Erinnerung, – auch [[T'lokan-Schisma]] genannt, – eine Erkrankung im Gehirn auslöstausgelöst wird, kann der Doktor nichts für Tuvok tun. Um diese Erkrankung zu behandeln und diese Erinnerung zu finden, beschließt Tuvok eine Geistesverschmelzung mit einer vertrauten Person durchzuführen. Janeway erklärt sich dazu bereit und der Doktor überwacht diese Geistesverschmelzung. Während dieser Verschmelzung entdeckt der Doktor, dass Tuvok sich Tuvok mit einem Virus infiziert hat, welcher der diese Erinnerung auslöst. Mit starker [[Thoron]]strahlung kann der Doktor den Virus abtöten und Tuvok wird geheilt. ({{VOY|Tuvoks Flashback}})

Nach der Flucht aus dem [[Akritirianisches Hochsicherheitsgefängnis|akritirianischen Hochsicherheitsgefängnis]] behandelt der Doktor die beiden verletzten Verletzten Tom Paris und Harry Kim. ({{VOY|Das Hochsicherheitsgefängnis}})

Während der Doktor auf dem Holodeck eine [[Oper]] singt, beginnt dieser er plötzlich seinen Text zu vergessen. Der Doktor kann sich dies allerdings nicht erklären. Zur gleichen Zeit werden Paris und Torres auf einen einem Shuttle von einer fremden Spezies, welche die sich der [[Schwarm (Spezies)|Schwarm]] nennt, angegriffen und verletzt. Paris wird dabei schwer verletzt und bei . Dei der Behandlung von Paris bemerkt der Doktor immer mehr Erinnerungslücken. Als der Doktor Paris operieren will, hat dieser er vergessen , wie er diese Operation durchführen muss, doch dank der Hilfe von Kes gelingt es dem Doktor dennoch Paris erfolgreich zu operieren. Torres untersucht das Programm des Doktors und stellt fest, dass es im Programm des Doktors zu einer [[Kaskadenüberladung]] kommt, welche die sein Programm überlastet und beginnt seine [[Speicherkreise]] zu löschen. Um das Programm des Doktors zu retten, währe wäre ein kompletter Neustart des Programms nötig, allerdings würde damit der Doktor die Erfahrungen, welche die er die in den letzten zwei Jahre Jahren gesammelt hat , verlieren. Torres versucht darauf auf Kes Kes’ Bitten einen anderen Weg finden den Doktor zu retten. Torres aktiviert auf dem Holodeck das [[Diagnoseprogramm Alpha-11 der Jupiter-Station]], welches das speziell für die Wartung und Reparatur des MHNs erschaffen wurde, damit dieses Programm bei der Reparatur des Doktors hilft. Doch auch dieses Programm kann dem Doktor nicht Helfen helfen und empfiehlt auch den kompletten Neustart des Programms des Doktors. Das Diagnose Programm Diagnoseprogramm untersucht weiter den Doktor, um eine Möglichkeit zu finden den Doktor zu retten. Dabei findet das Diagnoseprogramm viele Unsinnige unnötige Unterprogramme des Doktors, wie etwa Freundschaften zur Crew, Hobbys und Musik. Währenddessen hat sich das Programm des Doktor Doktors so zersetzt, dass er niemanden mehr wiedererkennt , und er benimmt sich wie ein Kleinkind. Schließlich finden Kes und das Diagnoseprogramm eine gemeinsame Lösung , um den Doktor zu retten. Da das Diagnoseprogramm die selbe [[Holomatrix]] wie der Doktor hat, will Kes die Matrix des Diagnoseprogramms in die Matrix des Doktors transplantieren. Durch die [[Transplantation]] der Matrix des Diagnoseprogramms in die des Doktors geht zwar das Diagnoseprogramm verloren, aber der Doktor kann gerettet werden. Der Doktor wird wieder aktiviert und muss langsam wieder beginnen seine Erinnerungen zu sammeln. ({{VOY|Der Schwarm}})

Nachdem die [[Ferengi]] [[Arridor]] und [[Kol]], an Bord der ''Voyager'' gekommen sind, schlagen sie Fähnrich [[Murphy (Sicherheitsoffizier)|Murphy]], welcher der sie in Arrest bringen soll nieder und fliehen mit ihrem [[Ferengi-Shuttle|Shuttle]] durch das [[Barzan-Wurmloch]]. Der Doktor und Kes behandeln darauf Murphys Verletzungen. ({{VOY|Das Wurmloch}})

Als Torres durch eine [[Telepathie|telepathische]] Verbindung mit der [[Enaraner]]in [[Jora Mirell]] zusammen brichtzusammenbricht, wird diese sie auf die Krankenstation gebracht und dort vom Doktor behandelt. ({{VOY|Das Erinnern}})

Nachdem Kes bei einem Landurlaub auf [[Nicani]] in einem Heiligtum von einer Energieentladung getroffen wird, fällt diese sie ins [[Koma]]. Der Doktor kann jedoch nichts für Kes tun. Captain Janeway muss ein Ritual auf der Oberfläche von Nicani durchführen und ihr . Dadurch gelingt es nach dem Ritual ihr Kes zu retten. ({{VOY|Das Ritual}})

Wenige Wochen später erscheint eine temporäre Verzerrung und ein Föderationsschiff aus dem [[29. Jahrhundert]] erscheint durch dieserkommt aus ihr hervor. Captain [[Braxton]] hat mit seinem [[Zeitschiff]] [[Aeon|''Aeon'']] den Auftrag die ''Voyager'' zu vernichten, da diese scheinbar für die Vernichtung des [[Sol-System]]s im 29. Jahrhundert verantwortlich ist. Doch Janeway will dies nicht einfach so hinnehmen und kämpft gegen die ''Aeon''. Dabei werden beide Schiffe in die temporale Verzerrung gezogen und die ''Voyager'' landet im Jahr [[1996]] auf der Erde. Die ''Aeon'' dagegen stürzt auf die Erde im Jahr [[1967]] und das Schiff wird von [[Henry Starling]] geborgen, welcher der sich mit der geborgenen Technologie ein Wirtschaftsimperium aufbaut. Janeway erkennt, dass Braxton mit dem gestohlenen Zeitschiff, die Katastrophe im 29. Jahrhundert auslösen wird. Als Starling von der ''Voyager'' im Orbit der erfährt, stiehlt dieser er mit der Technologie des 29. Jahrhunderts Daten aus dem Computer der ''Voyager'', darunter auch das Programm des Doktors. Der Doktor befindet sich nun in der Gewalt von Starling. ({{VOY|Vor dem Ende der Zukunft, Teil I}})

Der Doktor bekommt von Starling einen [[Mobiler Emitter|mobilen Emitter]] aus dem 29. Jahrhundert und mit . Mit diesem Gerät kann der Doktor sich außerhalb der Krankenstation und des Holodecks bewegen. Starling fordert vom Doktor Informationen über Janeway, doch der Doktor schweigt. Darauf greift Starling in die Programmierung des Doktors ein und beginnt diesen ihn zu foltern, um an die Informationen zu gelangen. Später gelingt es dem Doktor Starling zu entkommen und trifft sich mit Paris, Tuvok und [[Rain Robinson]]. Als kurz darauf Torres und Chakotay von Anarchisten gefangen genommen werden, begeben sich Tuvok und der Doktor nach [[Arizona]], um diese sie zu befreien. Der Doktor dringt in das Gebäude ein und wird beschossen, da ihn aber Kugeln nichts anhaben können , gelingt es ihm die Anarchisten zu überwältigen und Chakotay und Torres zu befreien. Janeway gelingt es inzwischen Starling und das Zeitschiff zu vernichten und kann so die Katastrophe im 29. Jahrhundert verhindern. Plötzlich erscheint ein verwunderter etwas jüngerer Captain Braxton wieder mit seinem Zeitschiff und bringt die ''Voyager'' zurück ins Jahr 2373 in den Delta-QuadrantQuadranten. ({{VOY|Vor dem Ende der Zukunft, Teil II}})

Die ''Voyager'' erhält von einen schwer beschädigten [[Ilari-Raumschiff]] einen Notruf und beamt drei Überlebende an Bord der Krankenstation. Doch der Doktor kann für einen der Überlebenden nichts tun und dieser er stirbt. Doch bevor dieser er stirbt , transferiert dieser er seinen Geist in den Körper von Kes. Später gelingt es Kes sich von dem Geist des Diktators [[Tieran]] zu befreien. ({{VOY|Der Kriegsherr}})

Als die die Crew der ''Voyager'' eine [[Supernova]] beobachtet, befindet sich der Doktor auf der Brücke und nimmt dort an diesen diesem Ereignis teil. Der Doktor ist Begeistert begeistert diese Supernova von der Brücke aus beobachten zu dürfen. ({{VOY|Die Q-Krise}})

Nachdem die ''Voyager'' einen Notruf der [[Garaner]] erhält, begibt sich der Doktor auf seine erste Außenmission, um die erkrankten Garaner zu behandeln. Der Doktor vermutet eine einfache Virusinfektion und versucht diese sie bei den Garanern zu behandeln. Doch der Doktor er bemerkt, dass der Virus wächst und sich zu einem [[Makrovirus]] entwickelt. Der Doktor ist fasziniert davon und will eine Probe des Virus mit an Bord der ''Voyager'' bringen, doch Chakotay verbietet ihm dies, da die Gefahr einer Infektion zu groß ist. Als der Doktor an Bord der ''Voyager'' beamt, gelangt auch der das Virus mit an Bord und beginnt sich dort zu verbreiten. Der Doktor beginnt währenddessen ein Antigen gegen den das Virus zu entwickeln, doch der das Virus beginnt sich immer weiter auszubreiten und infiziert die Crew. Der Doktor untersucht die Viren und versucht diese sie abzutöten, doch die Viren werden immer größer. Der Doktor versucht einen dieser Makroviren mit dem Antigen zu töten und muss gegen den riesigen das riesige Virus kämpfen. Ihm gelingt es zwar den das Virus zu töten , doch die Viren beginnen den Doktor und seinen mobilen Emitter anzugreifen und , so dass es dem Doktor ist es nicht möglich die Crew zu impfen. Kurz darauf ist die gesamte Crew außer Gefecht gesetzt. Später kehren Janeway und Neelix zurück auf die ''Voyager'' und der Doktor erklärt Janeway , was geschehen ist. Janeway versucht das Antigen über de Umweltkontrollen zu verteilen, um so das Antigen über die ''Voyager'' zu verteilen. Um die Makroviren abzulenken , lockt Janeway de die riesigen Viren auf das Holodeck und vernichtet diese sie mit einer Antigenbombe, danach gelingt es dem Doktor die erkrankte Crew zu behandeln. ({{VOY|Makrokosmos}})

[[Datei:Der Doktor stellt T'Pera vor.jpg|thumb|left|Der Doktor stellt Vorik die holographische holografische T'Pera vor.]]

Der Doktor behandelt den leicht verletzten Neelix, nachdem dieser Neelix geholfen hat einige Kriminelle auf einer Raumstation am Rand der [[Nekrit-Ausdehnung]] zu verhaften. ({{VOY|Das Wagnis}})

Einige Zeit später nimmt der Doktor an dem von Neelix veranstalteten [[Luao]] auf dem Holodeck teil und dem Doktor gefällt sehr diese Feiersehr. Der Doktor flirtet dort mit den holographischen holografischen Frauen und küsst diese sie auch. ({{VOY|Das andere Ego}})

Janeway und Chakotay stürzen mit ihrem Shuttle auf einen Planeten und . Janeway wird dabei wird Janeway schwer verletzt und sie fällt darauf ins Koma. Während sie im Koma liegt , versucht eine [[Janeway (Fremde Präsenz)|Fremde Präsenz]] Janeway in eine Art [[Jenseits]] zu locken, um sich dort von ihrer [[Seele]] zu ernähren. Währenddessen treffen der Doktor und Tuvok auf dem Planeten ein und der Doktor versucht Janeway wieder zu belebenwiederzubeleben. Doch eine Zeit lang sieht es so aus, als würde der Doktor Janeway verlieren, doch Janeway sie kämpft gegen die fremde Präsenz an und vertreibt diesePräsenz. Darauf erlangt Janeway wieder ihr Bewusstsein. ({{VOY|Der Wille}})

Wenige Wochen später durchlebt der Vulkanier [[Vorik]] das [[Pon Farr]]. Der Doktor spricht Vorik darauf an und diesem . Vorik ist es furchtbar peinlich, da es hier um die [[Sexualität]] der Vulkanier geht, doch der Doktor erklärt, dass Vorik sterben wird , wenn sich das chemische Ungleichgewicht in seinem Körper nicht stabilisiert. Da es für Vorik keine reale Partnerin gibt, mit der er sich paaren kann, erschafft der Doktor die holographische holografische Vulkanierin [[T'Pera]]. Als der Doktor Vorik T'Pera vorstellt, ist Vorik zu Beginn über den Vorschlag des Doktors entsetzt, doch schließlich paart sich Vorik mit ihr. Danach verbessern sich Voriks chemische Werte vorerst und der Doktor ist fasziniert über seine entwickelte Therapie und er will mit der Erforschung von Sexualpraktiken an fremden Spezies, aus Kulturteller kultureller Sicht, beginnen. ({{VOY|Pon Farr}})

Als die ''Voyager'' einen verlassenen [[Borg-Kubus]] findet, wird ein scheinbar toter [[Borg]] an Bord der ''Voyager'' gebeamt. Der Doktor beginnt den Leichnam zu Untersuchenuntersuchen, doch dabei aktiviert dieser er aus versehen Versehen ein Energierelais des Borg und dieser der Borg erwacht plötzlich wieder zum Leben. Der Doktor kann den Borg zwar wieder deaktivieren, doch nun wurde die ursprüngliche Programmierung des Borgs wieder hergestellt. Mit der Zeit nimmt der Doktor den Borg vollständig auseinander, um seine Anatomie besser zu verstehen. ({{VOY|Die Kooperative|Skorpion, Teil I}})

Einige Zeit später versucht der Doktor seine Persönlichkeit zu verbessern, um einen besseren Umgang mit seinen Patienten zu pflegen. Um dies zu erreichen fügt er sich Charaktereigenschaften der wichtigsten [[Philosoph]]en, [[Poet]]en und [[Wissenschaftler]], darunter von [[Lord]] [[Byron]], [[Mahatma Gandhi]] und [[T'Pau]] in sein Programm ein. Die positiven Eigenschaften sollen das Programm des Doktors verbessern. Allerdings vergisst der Doktor, dass diese berühmten Figuren auch negative Eigenschaften haben und aus diesen negativen Eigenschaften entwickelt sich eine neue Persönlichkeit, welche die sich [[Neuer Meister]] nennt. Obwohl es sich bei dem Neuen Meister, um eine andere Persönlichkeit handelt, zeigt dieser er gegenüber von Kes einen Beschützer Instinkt und greift [[Zahir]], welcher der sich in Kes verliebt hat , an, um Kes so vor ihn Zahir zu schützen. Als der Doktor sich später wieder aktiviert, kann er sich an Nichtsnichts, was seine neue Persönlichkeit getan hat, erinnern. Torres kommt zum Doktor und erklärt ihm, dass der Doktor durch die Persönlichkeiten einige Fehler hat. Als der Doktor sich deaktiviert, damit Torres die Programmierung mit den neuen Persönlichkeiten Rückgängig rückgängig machen will, erwacht der Neue Meister wieder und greift Torres an. Als Tuvok und Janeway auf die Krankenstation kommen, finden sie die Bewusstlose bewusstlose Torres und aktivieren wieder den Doktor, doch dieser er kann sich wieder an Nichts nichts erinnern. Bei der Behandlung von Torres übernimmt wieder der Neue Meister die Kontrolle über den Doktor und erweckt Torres, damit diese sie den Doktor aus den Programm des Neuen Meisters löscht. Doch Torres weigert sich und sieht , wie das Programm des Neuen Meisters immer Instabiler instabiler wird. Darauf betäubt der Neue Meister Torres wieder Torres. Später entführt der Neue Meister er Kes und beamt mit ihr auf die Oberfläche eines Planeten. Auf der Planetenoberflächen Planetenoberfläche flieht der Neue Meister mit Kes vor dem Außenteam der ''Voyager''. Als dieser er vom Außenteam umzingelt wird, springt er mit Kes in einen Abgrund, doch die beiden werden rechtzeitig von der ''Voyager'' an Bord gebeamt. Darauf wird die Matrix des Neuen Meisters gelöscht und Torres stellt die ursprüngliche Programmierung des Doktors wieder her. ({{VOY|Charakterelemente}})

Als sich Neelix auf eine Außenmission auf in eine [[Nezu]]-Kolonie begibt, besorgt er sich einige Medikamente vom Doktor, damit er für die Außenmission besser ausgerüstet ist. ({{VOY|Die Asteroiden}})

Nachdem sich Harry Kim in einen [[Taresianer]] umwandelt hat, untersucht der Doktor die DNS von Kim. Der Doktor findet plötzlich Spuren der Taresianer taresianischen DNS in der DNS von Kim. Doch später findet der Doktor heraus, dass diese DNS künstlich erzeugt wurden worden ist, damit Kim sich Kim in einen Taresianer umwandelt und auf deren Heimatwelt bleibt. Die Männer der Taresianer sterben bei der Fortpflanzung und dieses Schicksal droht nun auch Kim. Doch Kim gelingt es den Taresianern zu entkommen und . Er wird zurück auf die ''Voyager'' gebeamt und wird dort von der falschen DNS befreit. ({{VOY|Die neue Identität}})

Kurz darauf befindet sich Kes Kes’ Körper in temporalen temporalem Ungleichgewicht und sie springt Rückwärts rückwärts durch die Zeit. Kes hat Erinnerungen an eine alternative Zukunft auf der ''Voyager''. Doch dem Doktor gelingt es Kes wieder in Temporales temporales Gleichgewicht zu bringen und ihre Zeitsprünge zu stoppen. ({{VOY|Temporale Sprünge}})

Wenige Wochen später erschafft sich der Doktor eine holographische holografische Familie. In dem Holoprogramm [[Familienprogramm Beta-Rho]] hat er eine Frau [[Charlene]] und zwei Kinder [[Jeffrey]] und [[Belle]]. In dem Programm heißt der Doktor [[Kenneth]]. Der Doktor erschafft sich die perfekte Familie in der er von seiner Familie verehrt wird. Als der Doktor Torres und Kes zum Abendessen bei seiner Familie einlädt, erklärt Torres, dass diese Familie zu Perfekt perfekt ist und das dass es so eine Familie nicht gibt. Darauf programmiert Torres das Programm um, damit die Familie realer wirkt. Doch als der Doktor seine neue Familie trifft , ist dieser er geschockt, er streitet sich mit seiner Frau und seinen Kindern. Vor allem mit seinen seinem Sohn Jeffrey gerät der Doktor in schwere Streitereien, – wegen seiner Musik und vor allem wegen seinen klingonischen Freunden. Doch als später Belle beim Training verletzt wird, versucht er diese sie zu Behandeln, doch er kann nichts für sie tun und sie liegt im sterbenSterben. Der Doktor bricht darauf das Programm ab, da er den Schmerz über seine sterbende Tochter nicht ertragen zu kannwill. Doch Paris gelingt es , den Doktor davon zu überzeugen das Programm fortzuführen. Der Doktor erlebt den schmerzhaften Verlust seiner Tochter und den Zusammenhalt seiner Familie, um den Schmerz zu verarbeiten. ({{VOY|Das wirkliche Leben}})

Einige Zeit später tauchen 2 fremde Wesen an Bord der ''Voyager'' auf und einer von ihnen entführt Chakotay. Der andere wird von Tuvok betäubt. Der Doktor untersucht den Fremden und findet viele gemeinsame Merkmale in der DNS zwischen den Menschen und dieser fremden Spezies heraus. Auf dem Holodeck versuchen der Doktor und Janeway Gemeinsamkeiten zwischen beide zu finden und sie entdecken, dass dieser Fremde von den [[Dinosaurier]]n auf der Erde abstammt. Später versuchen versucht Professor [[Forra Gegen]] vor der [[Regent]]in [[Odala]] zu Beweisenbeweisen, dass die [[Voth]] von der Erde abstammen. Doch die Regentin hält an dem der [[Doktrin]] der Voth fest und zwingt Gegen dazu seine Theorie zu widerrufen, später kehrt Chakotay auf die ''Voyager'' zurück. ({{VOY|Herkunft aus der Ferne}})

Als ein Fremder plötzlich auf der ''Voyager'' auftaucht, wird dieser er auf die Krankenstation gebracht und der Doktor untersucht den Fremden, welcher der keine Ahnung hat, wie er auf die ''Voyager'' gelangt ist. Zur gleichen selben Zeit wie , zu der der Fremde aufgetaucht ist, verschwindet Kes. Mit der Zeit verschwinden immer mehr Crewmitglieder und immer mehr Fremde tauchen auf. Die Fremden beginnen die ''Voyager'' zu übernehmen und bevor Chakotay als letztes Letzter von Bord verschwindet, lädt dieser er das Programm des Doktors in den Mobilen Emitter, damit die Fremden sein Programm nicht löschen. Chakotay und der Doktor gelangen auf ein [[Biosphärenschiff]] der [[Nyrianer]] und sind dort mit der übrigen Besatzung gefangene Gefangene der Nyrianer. Die Crew sitzt dort in einer Art Holodeck der Nyrianer fest, doch damit diese sie den Ausgang finden, wird der Doktor umprogrammiert, damit er den Ausgang finden aufspüren kann. Während der Programmierung unterhalten sich Torres und Paris über ihre Beziehung und der Doktor mischt sich ständig ein. Als es Torres zu viel wird, stellt sie den Doktor kurzzeitig auf Stumm. Später gelingt schafft es die Crew mit Hilfe des Doktor der Crew Doktors aus ihrem holografischen Gefängnis zu entkommen und die Kontrolle über das Biosphärenschiff zu erlangen. Kurz darauf gelingt es Janeway mit Hilfe des [[Translokator]]s die Kontrolle über die ''Voyager'' wieder zu übernehmen. ({{VOY|Translokalisation}})

[[Datei:Der Doktor muss sich entscheiden.jpg|thumb|left|Der Doktor muss sich entscheiden , wen er retten soll.]]

Als Tuvok und Paris den Holoroman [[Rebellion Alpha]] zu Ende schreiben wollen, bietet der Doktor weitere Vorschläge für den Holoroman an. Doch als dieser er mit seinen Vorschlägen zu Aufdringlich aufdringlich wird, transferiert Tuvok den Doktor ihn zurück auf die Krankenstation. ({{VOY|Rebellion Alpha}})

Kurz darauf begeben sich der Doktor, Fähnrich Kim und Fähnrich [[Ahni Jetal]] auf eine Außenmission. Der Doktor macht von dieser Mission viele [[Holofotografie|Holofotos]], als plötzlich das Shuttle von einer fremden Spezies angegriffen wird. Ein Fremder beamt sich an Bord des Shuttles und schießt auf die drei, doch der Doktor ist gegen diese Waffe immun. Darauf beamt der Doktor den Fremden von Bord, doch Kim und Jetal sind schwer verletzt. Der Doktor fliegt mit dem Shuttle zur ''Voyager'' zurück, um die beiden dort zu behandeln. Beide liegen jedoch im Sterben und der Doktor kann die beiden nur mit einem komplizierten Verfahren retten. Der Doktor kann sich nicht entscheiden , wen er zuerst retten soll. Der Doktor und entscheidet sich schließlich zuerst für Kim und rettet diesen ihm mit der Operation sein Leben. Doch während der Doktor er Kims Leben rettet , stirbt Jetal. Doch nach dem Tod von Jetal macht sich der Doktor Vorwürfe wegen seiner Entscheidung, da beide die gleiche Überlebenschance gehabt haben und er Jetal sterben ließ. Sein Programm gerät in eine [[Feedback|Feedback-Schleife]] und der Doktor fängt langsam an durchzudrehen. Um den Doktor zu retten, werden seine Erinnerungen an diese Ereignisse gelöscht. ({{VOY|Verborgene Bilder}})

Ende 2373 erreicht die ''Voyager'' den [[Borg-Raum]]. Doch es gibt in diesem Territorium ein Gebiet , in dem sich keine Borg befinden , und die Crew tauft diese Region [[Nordwest-Passage]]. Um sich gegen die [[Assimilation]] zu wehren , untersucht der Doktor den Borg, welcher der vor mehren Monaten geborgen wurden ist. Der Doktor findet heraus, dass [[Nanosonde]]n für die Assimilation verantwortlich sind. Der Doktor versucht heraus zu findenherauszufinden, wie man diese Nanosonden stoppen kann, als Kes plötzlich eine seltsame Vision hat. Zur gleichen Zeit nähren nähern sich 15 Borg-Kuben der ''Voyager'' doch plötzlich bricht das Signal zu diesen Schiffen ab. Die ''Voyager'' findet nur noch Trümmer der Kuben vor und ein fremdes Schiff dockt an einem der Trümmer an. Ein Außenteam beamt in den Kubus, als plötzlich Fähnrich Kim von einen einem der Fremden, welche die die Borg als [[Spezies 8472]] bezeichnen, angegriffen wird. Kim wird schwer verletzt und die Fremde fremde DNS von Spezies 8472 scheint Kim von innen her aufzufressen und der Doktor kann nichts dagegen tun. Währenddessen hat Kes weitere Visionen, welche die von Spezies 8472 stammt , und sie warnt Janeway vor dieser Gefahr. Als die ''Voyager'' die Nordwest-Passage erreicht, entdeckt die Crew, dass diese Region von Spezies 8472 besiedelt wirdist. Da Damit die Voyager auch diese Region durchfliegen kann und die Borg Spezies 8472 assimilieren kann , schlägt Janeway eine Allianz zwischen den Borg und der ''Voyager'' vor. Um sich vor der Assimilation der Borg zu schützen , speichert Janeway sämtliches Wertvolles wertvolle Wissen über Spezies 8472 im Programm des Doktors. Falls die Borg die ''Voyager'' bedrohen, will Janeway das Programm des Doktors mit all dem Wissen über Spezies 8472 löschen. Die Borg gehen auf die Allianz ein, als Spezies 8472 die ''Voyager'' und die Borg angreifen. ({{VOY|Skorpion, Teil I}})

Die ''Voyager'' und die Borg können den dem Angriff von Spezies 8472 entkommen und Janeway entwickelt zusammen mit den Borg eine Waffe gegen Spezies 8472. Um mit den Borg besser zusammenarbeiten zu können, wählen die Borg einen Repräsentanten [[Seven of Nine]]. Inzwischen gelingt es dem Doktor mit Hilfe von modifizierten Nanosonden Harry Kim von der fremden DNS zu heilen. Mit diesen modifizierten Nanosonden ist auch Spezies 8472 verwundbar. Als ein weiteres [[Bioschiff]] von Spezies 8472 angreift, opfern sich die Borg, um die ''Voyager'' und die Waffe gegen Spezies 8472 zu schützen. Dabei beamen sich einige Borg darunter auch Seven of Nine an Bord der ''Voyager''. Der Doktor beginnt darauf mit der Behandlung von der schwer verletzten Janeway, welche die durch den Angriff von Spezies 8472 verletzt worden ist. Als die Borg die Kontrolle über die ''Voyager'' übernehmen wollen, lässt Chakotay diese sie durch Öffnung einer Luke in den Weltraum blasen, nur Seven of Nine gelingt es an Bord zu bleiben. Später gelingt es der ''Voyager'' mit Hilfe der mit Nanosonden modifizierten Torpedos Spezies 8472 zu besiegen und diese die 8472 ziehen sich zurück. Seven of Nine wird vom [[Borg-Kollektiv]] getrennt und ihre menschliche Anatomie beginnt sich langsam zu regenerieren. ({{VOY|Skorpion, Teil II}})

Da Seven of Nine ihre Borgimplantate langsam abstößt, beginnt der Doktor diese sie zu entfernen. Währenddessen bemerkt auch Kes weitere Veränderungen an sich. Aufgrund ihres thelephatischen telephatischen Kontakts mit Spezies 8472 scheinen sich diese Kräfte weiter zu entwickeln. Da Kes Kes’ Kräfte immer stärker werden und sie diese sie nicht mehr Kontrollieren kontrollieren kann, verlässt Kes die ''Voyager''. Kes beginnt sich zu einem höheren Wesen weiter zu entwickeln und mit . Mit ihren Kräften schleudert sie die ''Voyager'' fast 10.000 Lichtjahre näher an den Alpha-Quadranten heran. Inzwischen gelingt es dem Doktor die meisten Implantate von Seven of Nine zu entfernen und sie sieht wieder fast wie ein Mensch aus. ({{VOY|Die Gabe}})

Da nun Kes dem Doktor nicht mehr bei seiner Arbeit unterstützen kann, ernennt der Doktor Notgedrungen motgedrungen wieder Tom Paris zu seinem medizinischen Assistenten, welcher der ihn auf der Krankenstation unterstützt. Kurz darauf erhält die ''Voyager'' einen Notruf von einer [[Isomorphe Projektion|Isomorphen Projektion]], welcher die ähnlich wie ein Hologramm funktioniert und der . Der Doktor will diesem Isomorph sofort helfen. Janeway stimmt der Bitte des Doktors zu und Torres begibt sich mit dem Doktor in einem Shuttle zum Schiff des Isomorphen. Der Isomorph berichtet, dass seine Crew durch einen Virus getötet wurden ist und er nun Hilfe bei der Reparatur des Schiffes benötigt. Torres kann das Programm des Isomorphen stabilisieren und dieser er beginnt sich mit dem Doktor anfreundenanzufreunden. Doch Torres bemerkt ein seltsames , ihr gegenüber feindseliges Verhalten des Isomorphen. Torres berichtet dies dem Doktor, doch der Doktor versteht das Verhalten seines Kollegen, da es ihm ähnlich ergangen ist. Doch inzwischen findet Torres heraus, dass der Isomorph die gesamte Crew an Bord des Schiffes ermordet hat. Doch plötzlich taucht der Isomorph auf und versucht Torres zu töten, doch Torres gelingt es dem aber den Isomorph zu deaktivieren. Als der Doktor und Torres von dem Schiff fliehen wollen, taucht plötzlich der Isomorph wieder auf und , verletzt Torres und deaktiviert den Doktor. Mit letzter Kraft gelingt es Torres den Isomorph zu vernichten und den Doktor wieder zu aktivieren. Beiden gelingt es auf die ''Voyager'' zurück zu kehren und dort behandelt der Doktor die verletzte Torres. ({{VOY|Der Isomorph}})

[[Datei:Der_Doktor_informiert_Seven_of_Nine.jpg|thumb|left|Der Doktor versteckt sich auf den dem Holodeck vor den Srivani.]]

Einige Zeit später empfiehlt der Doktor, dass Seven of Nine ihre erste richtige Nahrung zu sich nehmen darf. Doch bei ihrer ersten Nahrungsaufnahme, hat sie seltsame Erinnerungen an die Borg und plötzlich aktivieren sich einige Borg -Implantate in ihr und Seven of Nine verliert die Kontrolle über sich. Seven of Nine flieht mit einem Shuttle von der ''Voyager''. Der Doktor entwickelt ein Mittel, welches die die Produktion ihrer Nanosonden stoppt, um sie so aufhalten zu können. Es stellt sich heraus, dass ein Borgsignal, welches das von Seven of Nines ehemaligen Schiff , der [[USS Raven|USS ''Raven'']] , stammt. Nachdem es gelungen ist dieses Signal zu deaktivieren , kehrt Seven of Nine auf die ''Voyager'' zurück. Der Doktor deaktiviert darauf ein Implantat in Seven of Nines Körper, damit sich sie nicht mehr solche Signale empfangen kann. ({{VOY|Der schwarze Vogel}})  …