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Nachdem die ''Voyager'' eine [[Borg-Sonde]] vernichtet ist, beamt die Beatzung die [[Trümmer]] an Bord. Der Doktor ist sehr begeistert, als dieser in den Trümmern einige medizinische Komponenten entdeckt. Zu der Zeit beschließt Captain Janeway von den Borg eine [[Transwarpspule]] von den Borg zu stehlen, damit die ''Voyager'' mit dieser Technologie schneller zurück in den Alpha-Quadrant reisen kann. Doch bei dem Diebstahl der Transwarpspule bleibt Seven of Nine auf dem Borgschiff zurück und kehrt zum [[Borg-Kollektiv]] zurück. Janeway plant eine Rettungsmission und lässt die gestohlene Transwarpspule in den [[Delta Flyer|''Delta Flyer'']] installieren. Der Doktor soll diese Rettungsmission begleiten, da er sich um den medizinischen Zustand von Seven of Nine kümmern soll. Der ''Flyer'' fliegt durch einen [[Transwarpkanal]] zum [[Unikomplex]] der Borg. Doch das Programm des Doktors scheint den Flug durch den Transwarpkanal nicht richtig zu vertragen und dieser wird [[Raumkrankheit|Raumkrank]]. Später gelingt es Janeway Seven of Nine aus der Gewalt der Borg zu befreien und der Doktor stellt die volle Gesundheit an ihr fest. Später kehrt der ''Flyer'' zur ''Voyager'' zurück und mit der Transwarpspule gelingt es der ''Voyager'' 20.000 Lichtjahre näher an den Alpha-Quadrant hinzugelangen. ({{VOY|Das ungewisse Dunkel, Teil I|Das ungewisse Dunkel, Teil II}})
Als Harry Kim eine sexuelle Beziehung mit der [[Varro]] [[Derran Tal]] hat, fängt seine Haut plötzlich an zu luminiszieren. Kim begibt sich darauf zum Doktor und dieser untersucht ihn. Da sich der Doktor nicht erklären kann, woher das leuchten der Haut kommen, ist Kim gezwungen dem Doktor von seiner Beziehung mit Derran Tal zu berichten. Der Doktor behandelt darauf Kim, ist allerdings auch gezwungen diesen Vorfall den Captain zu melden. ({{VOY|Das Generationenschiff}})
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