Drei Jahre nachdem Commander Benjamin Sisko im Kampf gegen die Borg bei der Schlacht von Wolf 359 seine Frau verliert, wird er als neuer Kommandant nach Deep Space 9, eine ehemalige cardassianische Bergbaustation, die sich im Orbit des Planeten Bajor befindet, versetzt. Ihm wird die Bajoranerin Major Kira, die strickt strikt gegen die Partnerschaft mit der Föderation ist, als erster Offizier unterstellt.

Auf Bajor trifft Sisko kurze Zeit später auf die religiöse Führerin des Volkes Kai Opaka. Die Kai übergibt ihm eine sogenannte Träne der Propheten und profezeit prophezeit ihm, dass er den Himmlischen Tempel der Bajorander Bajoraner finden wird, um sich selbst zu heilen.