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Einige Zeit später untersucht der ''Delta Flyer'' [[Terrasphäre 8]] von [[Spezies 8472]]. Die Crew sammelt vom Shuttle aus Daten über die Station, während [[Chakotay]] sich in die Terrasphäre 8 begibt. Tom Paris und Harry Kim halten Kontakt mit ihm. Als der Chakotays Kontakt zum ''Flyer'' abbricht, fliegt die ''Voyager'' zur Terrasphäre 8, um Chakotay zu retten. Später gelingt es Captain Janeway eine Friedensvereinbarung mit Spezies 8472 abzuschließen und Chakotay kehrt auf die ''Voyager'' zurück. ({{VOY|In Fleisch und Blut}})
Später im Jahr stürzt der ''Delta Flyer'' aufgrund eines [[Ionensturm]]s auf einen [[PlanetPlanetoid]]en ab und wird unter drei [[Kilometer]] Fels begraben, wobei auch das [[Lebenserhaltungssystem]] ausfällt. Die Ortung und Bergung gestaltet sich sehr schwierig, jedoch können Shuttle und Crew noch rechtzeitig geborgen werden. ({{VOY|Es war einmal}})
Einige Zeit später versucht die ''Voyager'' mit Hilfe des [[Quanten-Slipstream-Antrieb]]s zurück in den [[Alpha-Quadrant]]en. Da es im Slipsteam einige Turbulenzen gibt fliegt der ''Delta Flyer'' vor der ''Voyager'', um die [[Kurs]]korrekturen zu senden, damit die ''Voyager'' diesen ausweichen kann.
{{alt|
[[Datei:Challenger_DeltaFlyer.jpg|thumb|left|Die ''Challenger'' hat den ''Delta Flyer'' abgefangen.]]
In einer [[Alternative Zeitlinie|alternativen Zeitlinie]] schickt Harry Kim die falschen Korrekturen an die ''Voyager''. Dadurch wird die ''Voyager'' aus dem Quanten-Slipstream geschleudert und prallt mit voller [[Impulsantrieb|Impulsgeschwindigkeit]] auf einen Planeten [[Planet]]en und die gesamte Crew der ''Voyager'' [[Tod|stirbt]]. Nur der ''Delta Flyer'' mit Chakotay und Harry Kim gelangen zurück zur Erde. Über die nächsten Jahre gibt sich Harry Kim die [[Schuld]] für den Tod der Crew, da er die Kurskorrekturen falsch berechnet hat. [[2390]] [[Diebstahl|stehlen]] Harry Kim und Chakotay den ''Delta Flyer'' aus einer [[Schiffswerft]] der [[Föderation]]. Auf eigene Faust suchen sie die auf einem [[Eis]]planeten gestrandete und seit 15 Jahren tief im [[Eis]] begrabene USS ''Voyager''. Mit Hilfe der [[Implantat|Schädelimplantate]] der im Eis gefundenen Seven of Nine wollen Harry und Chakotay eine Nachricht in die Vergangenheit schicken, um die ''Voyager'' vor der Katastrophe zu bewahren. Während dieser temporalen Rettungsaktion wird der ''Delta Flyer'' von der [[USS Challenger (NCC-71099)|USS ''Challenger'']], einem Schiff der [[Galaxy-Klasse]] unter dem [[Kommando]] von Captain [[Geordi La Forge|La Forge]], entdeckt. Während dem Kampf mit der ''Challenger'' und dem erfolglosen Fluchtversuch des ''Delta Flyers'' kommt es zu einer Überladung der [[Warpmatrix]]. Captain La Forge [[befehl|befiehlt]] Chakotay das Senken der [[Schutzschild|Schilde]], um die Flüchtigen auf die ''Challenger'' zu [[beamen]] und so zu retten. Um Harry und dem [[Der Doktor|Doktor]] Zeit zu verschaffen, senkt Chakotay die Schilde des ''Delta Flyers'' jedoch nicht. Im letzten Moment gelingt es Harry Kim die richtigen Kurskorrekturen an Seven of Nine zu schicken, damit sich, in der Vergangenheit, der Quanten-Slipstream auflöst. Daraufhin [[Explosion|explodiert]] der ''Delta Flyer'' durch den [[Warpkernbruch]]s im Moment der Änderung der Zeitlinie.}}
[[Datei:Delta Flyer unter Wasser.jpg|thumb|Der ''Delta Flyer'' dringt in das Wasser der moneanischen Wasserwelt ein.]]