Kurz vor dem geplanten Gegenangriff der [[Föderation]] Mitte des Jahres [[2374]] finden Cardassianer und Dominion einen Weg, das Minenfeld zu deaktivieren, weshalb der Angriff einige Tage vorgezogen wird. Im Zuge der "[[Operation Rückkehr]]" können die [[2. Flotte|2.]] und [[5. Flotte]] der Sternenflotte mit Unterstützung durch [[Klingone|klingonische]] Verbände die Station und das Bajor-System zurückerobern. Allerdings gelingt es Dukat noch, das Minenfeld zu deaktivieren und zu zerstören, bevor das Dominion die Station aufgeben muss. Captain Sisko kann aber die Wurmlochwesen überzeugen, die Dominion-Flotte, die daraufhin durch das Wurmloch kommt, zu vernichten. ({{DS9|Sieg oder Niederlage}})

Deep Space 9 dient im weiteren Verlauf des Dominion-Krieges als Reparatur- und Versorgungsstation für die Streitkräfte und ist zugleich das Hauptquartier der [[9. Flotte]]. Außerdem werden die großen Offensiven, die in der [[Erste Schlacht von Chin'toka|ersten Schlacht von Chin'toka]] beziehungsweise der [[Schlacht um Cardassia]] gipfeln, von dort gestartet. Des Weiteren wird die Station für Friedensverhandlungen mit den [[Tzenkethi]] genutzt. ({{DS9|Klingonische Tradition|Tränen der Propheten|Das, was du zurückläßt, Teil I}})