[[Bild:Deep_space_nine_aussen_mit_enterprise.jpg|thumb|200px|right|'''Deep Space 9''' mit angedockter [[USS Enterprise (NCC-1701-D)|USS ''Enterprise'']] am oberen Pylon]]

Die Struktur der [[Raumstation|Station]] entspricht cardassianischem Design, in dem gerne mit Kreisformem und Dreiergruppen gearbeitet wird: Sie besteht aus dem zentralen Kern und zwei weiteren konzentrischen Ringen, die über drei Verbindungsstücke miteinander vebunden sind.

Der innere Kern ist eine zylindrische Struktur, die die meisten Primärsysteme beinhaltet. Am unteren Ende befindet sich der Fusionsreaktor, in der Mitte sind weitere Primärsysteme und Lager für [[Deuterium]]. Im oberen Kern ist die Promenade, sowie oben auf den Kern aufgesetzt das Kommandozentrum, die [[Operations Center|OPS]]. Genau an der Verbindungsstelle zwischen Kern und Ops befinden sich an Außlegern die drei [[Schilde|Schildgeneratoren]] der Station.