Als immer mehr Besatzungsmitglieder verschwinden und stattdessen [[Nyrianer]] an Bord erscheinen, bespricht er die Situation mit Janeway und Torres. Sie internieren die Nyrianer in den Frachträumen und Shuttlerampen. Anschließend teilt er weitere Crewmitglieder der Sicherheit zu. Nachdem Janeway ebenfalls verschwindet, übernimmt er das Kommando und lässt Neelix den nyrianischen Astrophysiker [[Rislan]] in den Maschinenraum bringen, damit dieser hilft eine Erklärung zu finden. Er selbst übernimmt das Steuer und lässt die Sicherheitschefin [[Fähnrich]] [[Lang (Fähnrich)|Lang]] Kraftfelder um alle kritischen Systeme errichten. Als Gennaro bewusstlos gefunden wird, geht er in den Frachtraum und gibt Sicherheitsalarm. Er lässt die restliche Besatzung die Brücke und den Hauptmaschinenraum verteidigen. Chakotay selbst erkennt, dass die Nyrianer ihren Hauptcomputer angezapft haben. Er befiehlt allen Verbliebenen alle Systeme zu sabotieren. Er liefert sich dabei ein Feuergefecht mit drei Nyrianern. Es gelingt ihm den Warpkern abzuschalten, jedoch muss er feststellen, dass er allein auf dem Schiff ist. Er transferiert das Programm des Doktors in den mobilen Emitter und ergibt sich daraufhin zwei Nyrianern. In dem Habitat, wo er gefangen gesetzt wird, arbeitet er mit den anderen Besatzungsmitgliedern an einem Fluchtplan. Gemeinsam mit Neelix und Tuvok baut er improvisierte Waffen. So gelingt es letztlich die ''Voyager'' zurückzuerobern. ({{VOY|Translokalisation}})

Eine holografische Projektion von Chakotay ist Teil des Holoprogramms [[Rebellion Alpha]]. Darin [[Meuterei|meutert]] er und bringt die Voyager unter seine Kontrolle. Anschließend hält er eine Ansprache, um weitere Besatzungsmitglieder zum Überlaufen zu bewegen. Als Chakotay diesen Holoroman entdeckt, berichtet er darüber Janeway. Bei der nächsten Besprechung der Führungsoffiziere meldet er, dass er Roman [[47]] mal gespielt wurde. Als der Autor, Tuvok, mit Paris das Programm zu Ende schreiben möchte, aktiviert sich ein Programm von Seska, in dem diese die beiden jagt. Das Hologramm von Chakotay unterstützt sie dabei. Janeway versucht das Chakotay-Hologramm umzuprogrammieren, weshalb das Seska-Hologramm ihn erschießt. Nachdem Tuvok und Paris von Janeway gerettet werden können, stößt der reale Chakotay mit den Führungsoffizieren im Kasino an. ({{VOY|Rebellion Alpha}})