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Während einer Außenmission in einem [[Dunkle-Materie-Nebel]] wird Chakotay im [[Shuttle]] verletzt und verliert dabei sein Bewusstsein. Tuvok erleidet während dieser Mission eine schwere Gehirnerschütterung. Beide werden darauf vom Doktor behandelt. Der Doktor kann vorerst nichts für Chakotay tun, da Chakotay hirntot ist. Aber der Doktor versucht Chakotays Körper am Leben zu erhalten. Inzwischen erwacht Tuvok und berichtet Janeway, dass ihr Shuttle angegriffen wurde. Zu der Zeit ahnt niemand, dass Tuvok unter der Kontrolle der [[Komar]], welche in dem Dunkle-Materie-Nebel leben. Als die ''Voyager'' diesen Vorfall untersuchen und in diesen Nebel fliegen will, komm es zu merkwürdigen Vorkommnissen an Bord. Paris ändert mehrmals den Kurs, ohne dass er sich daran erinnern kann. Darauf lässt sich Paris vom Doktor untersuchen, aber der Doktor findet nichts vor. Tuvok schlägt anhand seiner Ermittlungen fortzusetzen, dass die ''Voyager'' in den Dunkle-Materie-Nebel fliegt. Kurz darauf zeigt Torres ein ähnliches Verhalten wie Paris und deaktiviert den [[Warpkern]], ohne davon zu wissen. Als der Doktor Torres darauf untersucht, findet er heraus, dass Torres und Paris von einem fremden Wesen kontrolliert worden sind. Da das fremde Wesen nur Personen übernehmen kann, überträgt Janeway zur Sicherheit ihre [[Kommandocode]]s auf den Doktor. Auch Kes bemerkt, dieses Wesen und versucht Kontakt mit diesen aufnehmen. Da ihre telephatischen Fähigkeiten nicht vollständig ausgebildet sind, bietet Tuvok seine Unterstützung an. Doch Tuvok nutzt dies aus, um kes außer Gefecht zu setzen. Tuvok gibt darauf an, dass beide von einer Energieentladung getroffen wurde, doch der Rest der Crew findet nichts vor. Kurz darauf deaktiviert Tuvok dedn Doktor und dieser kann nicht mehr aktiviert werden. Da nun das Fremde Wesen weiter Kontrolle über die Crew ausübt, teilt Janeway ihre Kommandocodes mit Tuvok. Als Janeway verhindern will, dass die Voyager in den Nebel fliegt, übernimmt Tuvok das Kommando und droht die Crew zu töten. Der Geist von Chakotay hat währenddessen versucht über Paris und Torres dies zu verhindern. Nachdem Tuvok von dem fremden Wesen befreit worden ist, kann auch der Doktor wieder aktiviert werden. Dem Doktor gelingt es auch Chakotay zu behandeln, so das er wieder sein Bewusstsein erlangt. ({{VOY|Bewußtseinsverlust}})
[[Datei:Voyager im Orbit von Avery III.jpg|thumb|Die ''Voyager'' im Orbit von Avery III.]]
Einige Wochen später werden Paris, Torres und [[Pete Durst]] bei einer Außenmission von den Vidiianer gefangen genommen und in ein Arbeitslager auf gebracht. Paris und Durst müssen dort hart arbeiten, während der Vidiianer [[Sulan]] Experimente an Torres durchführt. Sulan entfernt die klingonische DNS von Torres und so wird diese rein menschlich, während Sulan aus der klingonischen DNS ein reines klingonisches Exemplar von ihr erschafft. Paris macht sich inzwischen Sorgen um Torres, da er nicht weiß, ob diese überhaupt noch lebt. Doch wenig später bringen die vidiianischen Aufseher die menschliche Torres in das Arbeitslager und Paris ist entsetzt, als er sieht was aus Torres geworden ist. Die ängstliche menschliche Torres vertraut sich in dieser Zeit Paris an. Als die Vidiianer Durst mitnehmen, erkennt Torres wie schwach sie nun ohne ihre klingonische Hälfte ist und fängt an zu weinen. Auch Paris kann Durst nicht vor den Vidiianern schützen und dieser wird zur Organverarbeitung gebracht. Bei den harten Arbeiten wirft sich Torres auch vor, dass diese Durst nicht helfen konnte und Paris tröstet sie über ihre Angst hinweg. Wenig später können Paris und Torres von Chakotay, welcher als Vidiianer verkleidet ist, gerettet werden. Doch bei der Flucht wird die klingonische Torres getötet. Um die menschliche Torres vor einen Gendefekt zu bewahren, implantiert der Doktor wieder ihre klingonische DNS in die menschliche Torres. ({{VOY|Von Angesicht zu Angesicht}})
[[Datei:Jetrel erläutert seine Pläne.jpg|thumb|left|Jetrel versucht Neelix zu helfen.]]
Kurze Zeit später trifft die ''Voyager ''auf ein [[haakonianisches Shuttle]]. Nachdem Neelix erfährt, dass der Pilot Doktor [[Ma'Bor Jetrel]] ist, verlässt er schockiert die Brücke. Wenig später informiert Neelix Janeway darüber, dass Jetrel eine [[Massenvernichtungswaffe]] konstruierte und damit seine Heimat [[Rinax]] ausgelöscht hat. Jetrel informiert Janeway, dass er vermutet, dass Neelix an [[Metremia]] erkrankt ist, da Neelix in der Vergangenheit [[Metreonstrahlung]] ausgesetzt gewesen ist. Zunächst will Neelix sich nicht von Jetrel untersuchen lassen, jedoch können ihn Kes und Janeway ihn vom Gegenteil überzeugen und lässt er die Untersuchung durch Jetrel zu. Diese ergibt vermeintlich, dass er Metremia im Anfangsstadium hat. Jetrel versucht nun einen Weg zu finden Neelix zu behandeln und die Voyager begibt sich auf Bitten von Jetrel nach Rinax. Als Neelix im Orbit von Talax das Gespräch mit Jetrel sucht, entdeckt er dessen Experiment und wird von ihm betäubt. Darauf wird Jetrel von Janeway und Tuvok aufgehalten und er erläutert seinen Plan, die Opfer von Rinax zurückzuholen und sagt Neelix, dass er nicht an Metremia leidet. Nachdem Jetrels Experiment gescheitert ist, begibt sich Neelix zu dem Sterbenden auf die Krankenstation. Dort verzeiht Neelix Jetrel, bevor dieser stirbt. ({{VOY|Dr. Jetrels Experiment}})
[[Datei:Am Ende des großen Laufes.jpg|thumb|Tuvok trainiert die ehemaligen Maquismitglieder.]]
Einige Zeit später kommt es zu einem kurzen Systemausfall an Bord des Schiffes. Es stellt sich heraus, dass der Ausfall durch [[Kenneth Dalby]] ausgelöst wurde, der ein defektes [[Bioneurales Gelpack]] eigenmächtig entfernt hat. Tuvok ermahnt Dalby darauf solche Reperaturen nicht eigenmächtig durchzuführen und Torres darüber zu informieren. Doch Dalby erwähnt, dass man beim Maquis sich immer um die Probleme gleich gekümmert hat und geht verärgert weg. Tuvok meldet diesen Vorfall Janeway und Chakotay. Da es auch mit anderen ehemaligen Maquis Probleme geben hat, soll Tuvok diese Trainieren, damit sich diese besser integrieren. Chakotay wählt Dalby, [[Chell]], [[Gerron]] und [[Mariah Henley]] für dieses Training aus. Doch die Vier sehen nicht ein mitzuwirken. Da die Vier mit Tuvok nicht zurecht kommen, verlassen diese das Training. Doch Tuvok zwingt die Vier an den Training teilzunehmen und die Vier machen widerwillig mit. So geht Tuvok eine strenge Inspektion der Uniformen der Vier vor und lässt die Vier dann durch das Schiff rennen. Doch trotz des Trainings von Tuvok gelingt es ihm nicht den Respekt der Vier zu bekommen. Tuvok ist ratlos, er hat Jahre an der Sternenflottenakademie unterrichtet, aber mit diesen Leuten kommt er nur schlecht zurecht. Auf einen Rat von Neelix versucht er die Maquis besser kennen zu lernen, aber auch dieser Versuch, ihnen näher zu kommen, scheitert. Währenddessen kommt es zu Fehlfunktionen auf der ''Voyager''. Schuld daran ist eine Verseuchung der [[Bioneurales Gelpack|Bioneuralen Gelpacks]] durch Pilzsporen vom Käse, welchen Neelix produziert hat. Der Doktor versucht die Bakterien in den Gelpack abzutöten, aber er scheitert. Schließlich findet der Doktor die Lösung: Durch [[Fieber]], beziehungsweise durch Hitze können die Gelpacks behandelt werden. Dafür wird der Warpantrieb aktiviert, aber die ''Voyager'' verlässt ihre Position nicht. Zu dieser Zeit führt Tuvok eine weitere Übung mit den Maquis durch. Durch die Hitze kommt es zu einem Plasmabrand im Frachtraum. Tuvok evakuiert den Raum, obwohl noch Gerron in Raum ist. Jedoch geht Tuvok zurück, um dieses – entgegen dem [[Protokoll]] – zu retten. Diese Tat gibt ihm Zugang zu den Maquis, wenn er – Tuvok – die Regeln brechen kann, dann werden die Maquis es auch schaffen sie zu halten, sagt Dalby. Durch die Hitze werden die Bakterien vom Käse schließlich abgtötet. ({{VOY|Erfahrungswerte}})
[[Datei:Der Doktor und das Hologramm von Barclay.jpg|thumb|left|Der Doktor und das Hologramm von Barclay.]]
Kurz darauf, während sich der Doktor auf dem Holodeck befindet, gerät sein Programm in eine [[Feedback|Feedback-Schleife]], die langsam seine Speicherbänke zerstört. Der Doktor befindet sich in einer Simulation und glaubt nun, dass die ''Voyager'' von den Kazon erobert worden ist. Darauf erscheint plötzlich [[Reginald Barclay (Hologramm 2371)|ein Hologramm]] von [[Reginald Barclay]], das versucht dem Doktor zu erklären, dass er in Wirklichkeit Doktor [[Lewis Zimmerman]] sei, der eine Simulation der ''Voyager'' im Delta-Quadranten nachspielt. Barclay versucht dem Doktor dies zu beweisen, indem er die Simulation von vorn beginnt und versetzt dem Doktor zu seiner ersten Aktivierung, als der Fürsorger die ''Voyager'' in den Delta-Quadranten gezogen hat. Langsam fängt der Doktor an Barclays Behauptungen zu glauben. Barclay erklärt dem Doktor, um diese Simulation zu beenden, muss der Doktor die ''Voyager'' vernichten. Doch plötzlich erscheint Chakotay und warnt den Doktor die Voyagersimulation zu beenden, da dies sein Programm schwer beschädigen würde, und er warten muss, bis er aus der Simulation befreit werden kann. In der Simulation erscheint Kes plötzlich als Ehefrau des Doktors und versucht ihn von Barclays Version zu überzeugen. Als der Doktor kurz davor ist seinen Verstand zu verlieren, kann der Doktor aus der Simulation befreit werden und er kehrt auf die Krankenstation zurück. ({{VOY|Das Holo-Syndrom}})
[[Datei:Die USS Voyager fliegt eine Rolle und lässt Plasmarückstände ab.jpg|thumb|Die ''Voyager'' unterwirft sich der Schwarmkreatur.]]
Wenig später gerät die ''Voyager'' in einen [[Schwarm (Gruppe)|Schwarm]] von im [[Weltraum]] lebenden Kreaturen. Diese beginnen sich mit der Zeit an die ''Voyager'' zu haften. Zur selben Zeit beginnt sich Kes seltsam zu verhalten, sie beginnt [[Käfer]] und Dreck zu essen. Als Neelix das seltsame Verhalten von Kes auffällt, bringt er diese sofort auf die Krankenstation. Während der Doktor Kes untersucht, erkennt Kes plötzlich, was in ihr vorgeht, sie erlebt das [[Elogium]]. Nur in dieser Zeit und auch nur einmal im Leben ist eine Ocampafrau für ein Kind empfangsbereit. Die Voyager versucht inzwischen aus dem Schwarm zu entkommen, aber eine der Kreaturen greift die ''Voyager'' immer wieder an, da diese in der ''Voyager'' einen Sexuellen Rivalen sieht. Um die Lebensform abzulenken, startet Kim eine Sonde, doch auch dies misslingt. Allerdings hat Chakotay die Idee, dass das Schiff rollen muss und wie die kleinen Kreaturen ihre Farbe ändern muss. Dazu löst Kim einen [[Plasma]]ausstoß aus und vollführt eine Rolle mit dem Schiff. Somit unterwirft sich die ''Voyager'' dem anderen Wesen und kann sich so von den anderen Wesen zurück ziehen. Paris gelingt es schließlich die ''Voyager'' aus dem Schwarm zu steuern. Es stellt sich heraus, dass das Feld des Schwarmes die Symptome vom Elogium bei Kes ausgelöst haben.({{VOY|Elogium}})
[[Datei:Crew wird von der Anomalie erfasst.jpg|thumb|left|Die Crew wird von der Anomalie erfasst.]]
Kurz darauf hat Kes ihren zweiten Geburtstag und sie bekommt eine [[Überraschungsparty]], welche sie in der [[Paris 3|holographischen Nachbildung]] des ''[[Chez Sandrine]]s'' feiert. Während Kes mit den meisten Führungsoffizieren auf dem Holodeck ihren zweiten Geburtstag feiert, muss Kim seinen Dienst auf der Brücke absolvieren. Dies bereitet ihm wenig Freude, weshalb er Tuvok, der das Kommando über die Brücke hat, mehrfach meldet, dass er [[Diagnose]]n von diversen technischen Geräten abgeschlossen hat. Tuvok erkennt, dass er an den Feierlichkeiten auf dem Holodeck teilnehmen will, weist ihn darauf hin, dass sein Dienst noch 34 Minuten dauert und lässt ihn daher eine Routineinspektion der [[Energieleitung]] auf dem Holodeck durchführen. Gerade als Kim hocherfreut die Brücke verlassen will, trifft die ''Voyager'' auf eine Anomalie, weshalb Kim auf seine Station zurückkehren muss. Kim analysiert die Anomalie, welche den [[Weltraum]] völlig neu zu strukturieren scheint. Er hält die Anomalie für eine Raumverzerrungswelle. Er meldet Tuvok, dass diese das [[Warpfeld]] hat zusammenbrechen lassen und begibt sich zu Janeway. Der Doktor informiert Kim auf dem Holodeck anschließend, dass der Captain und die anderen Offiziere aufgebrochen sind, um das Phänomen zu untersuchen. Wenig später, treffen Torres, Neelix und Kes wieder vor dem Holodeck ein. Sie halten eine Lagebesprechung ab. Zusammen mit Janeway kriecht Kim darauf durch eine [[Jefferies-Röhre]]. Dabei kommt der Captain in Kontakt mit der Raumanomalie und wird verletzt. Kim bringt sie darauf auf das Holodeck zurück. Dort besprechen die Führungsoffiziere die Lage. Torres schlägt vor, einen Schockimpuls zu erzeugen, um den [[Verzerrungsring]] aufzulösen. Chakotay genehmigt diesen Plan gegen Tuvoks Bedenken. Nachdem er diesen mit Torres durchgeführt hat, breitet sich die Anomalie jedoch im [[Maschinenraum]] aus und verschlingt weitere Teile des Schiffs. Man entscheidet sich, nichts zu unternehmen. Daraufhin durchläuft die Anomalie das Schiff ohne Schäden zu verursachen und hinterlässt eine große Datenmenge in den Computerspeichern des Schiffs. ({{VOY|Die Raumverzerrung}})
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