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Pike behält das Kommando über die ''Enterprise'' bis er es in den [[2260er]] an [[James T. Kirk]] übergibt. Nach Beendigung seiner Dienstzeit an Bord der ''Enterprise'' wird Pike zum [[Fleet Captain]] [[Beförderung|befördert]].
Im Jahr [[2266]] wird Pike bei einem Unfall auf einem [[Schulschiff|Ausbildungsschiff]] der [[J-Klasse|''J''-Klasse]] schwer verletzt, als er sich bei der Rettung einiger [[Kadett]]en [[Radioaktivität|hochradioaktiver]] [[Deltastrahlung]] aussetzt. Seit diesem Vorfall trägt er nicht nur schwere Narben, sondern ist zudem vollständig gelähmt und kann sich seiner Umgebung nicht mehr mitteilen. Um ihm dennoch ein Mindestmaß an Bewegung und Kommunikation zu ermöglichen, wird eine Rollstuhlkonstruktion [[Rollstuhl]]konstruktion angefertigt, die er mit seinen Gedanken steuern kann, indem ein Gerät seine [[Hirnwelle]]n misst. Als Kommunikation dient ihm ein Licht, durch das er auf Fragen mit ''ja'' (1x Blinken) und ''nein'' (2x Blinken) antworten kann.
Trotz seiner totalen [[Invalide|Invalidität ]] ist er weiterhin auf der Liste des aktiven Personals der [[Sternenflotte]] geführt, da man ihn in so jungen Jahren noch nicht pensionieren will. [[2267]] befindet sich Pike auf [[Sternenbasis 11]]. Dort wird er von Spock [[Entführung|entführt]] und auf die ''Enterprise'' gebracht. Spock fliegt mit der ''Enterprise'' zum mittlerweile verbotenen Planeten Talos IV. Der Planet wurde in der Zwischenzeit, aufgrund der Gefahr durch die Talosianer, unter [[Quarantäne]] gesetzt. Allein der Kontakt mit dem Planeten wird mit dem [[Todesstrafe|Tod bestraft]].
Kurz darauf wird Spock von [[Commodore]] [[José Mendez]] und Kirk verhaftet und Spock wird vor ein [[Kriegsgericht]] gestellt. Aber auch Kirk und Mendez können nicht verhindern, dass die ''Enterprise'' nach Talos IV fliegt. Auch Pike ist mit Vorsitzender in den Prozess. Es stellt sich bei dem Prozess herraus, dass Spock mit den Talosianern zusammenarbeitet. Die Talosianer wollen Pike von seinem Leiden erlösen. Pike beamt auf den Planeten und wird dort in einer Illusion geheilt. Dort trifft er auch wieder auf Vina und lebt von nun an mit ihr zusammen auf Talos IV. ({{TOS|Talos IV - Tabu, Teil I|Talos IV - Tabu, Teil II}})