Ende des Jahres Wenig später ist die ''Enterprise'' unter der Kontrolle von [[Bele]]. Dieser will seinen Gefangenen [[Lokai]] nach [[Cheron]] bringen. Doch Kirk will dies nicht zu lassen, da die ''Enterprise'' dringend den Planeten [[Ariannus]] Entseuchen muss. Kirk befiehlt Scott die Steuerung umzustellen, doch auch dies hilft nicht. Da Bele aber das Schiff nicht freigeben will, ist Kirk gezwungen die [[Selbstzerstörung]] zu aktivieren. Auch Scott hat die Kommandoberechtigung für die Selbstzerstörung und gibt seinen Code mit ein. Kurz vor der Vernichtung lenkt Lokai ein und die Selbstzerstörung wird abgebrochen. Die ''Enterprise'' setzt ihre Mission auf Ariannus fort und Scott hilft mit bei der Entseuchung des Planeten. Nachdem die ''Enterprise'' Ariannus Entseucht hat, übernimmt Bele jedoch ein weiteres Mal die Kontrolle über die ''Enterprise''. Bele gibt die ''Enterprise'' erst frei, als diese Cheron erreicht. Dort müssen Bele und Lokai jedoch erkennen, dass ihre Heimat durch gegenseitigen Hass seiner Bewohner vernichtet worden ist. ({{TOS|Bele jagt Lokai}})

Nach dieser Mission Kurz darauf beamen Kirk und Spock auf den Planet [[Elba II]]. In der Kolonie befinden sich extrem gefährliche und wahnsinnige Gefangene. Um eine feindliche Übernahme der ''Enterprise'' zu verhindern erhält Scott ein Passwort, und nur wer die richtige Antwort kennt, wird wieder an Bord gebeamt. Aber der ehemalige wahnsinnige Sternenflottenoffizier [[Garth von Izar]] hat die Kontrolle über die Kolonie übernommen. Er versucht mehrmals an Bord der ''Enterprise'' zu gelangen, da er aber das Kennwort nicht kennt beamt ihn Scott nicht an Bord. Später gelingt es Kirk Garth von Izar zu überwältigen und Kontrolle über die Kolonie zu erlangen. ({{TOS|Wen die Götter zerstören}}) Ende des Jahres bekommt Kirk den Auftrag nach [[Gideon]] zu beamen um dort diplomatische Kontakte zu knöpfen. Aber offenbar gibt es Probleme mit dem Transporter und Kirk verschwindet spurlos. Scott untersucht den Transporter, aber er entdeckt keine Defekte an dem Transporter. Schließlich finden Spock und Scott heraus, dass das verschwinden von Kirk ein Trick der Bewohner von Gideon ist, um an den Erreger der [[Veganische Choriomeningitis|veganischer Choriomeningitis]] zu gelangen. ({{TOS|Fast unsterblich}})

 Kurz darauf Anfang [[2269]] befindet sich die ''Enterprise'' auf den Weg nach [[Memory Alpha]], der Zentralbibliothek der Föderation. Zu dieser Zeit hat Scott eine Romanze mit Lieutenant [[Mira Romaine]]. Auf dem Weg nach Memory Alpha gerät das Schiff in einen [[Energiesturm]]. Dieser Energiesturm erweist sich sich später als die letzten Überleben vom Planeten [[Zetar]]. Die [[Zetarianer]] versuchen von Romaine Besitz zu ergreifen und Romaine beginnt sich darauf seltsam zu verhalten. Scott macht sich große Sorgen um ihr Wohlergehen. Zu beginn glaubt Scott, dass Romaine an der [[Raumkrankheit]] leidet. Der Sturm bewegt sich darauf auf Memory Alpha zu. Dort findet die Besatzung der ''Enterprise'' später nur noch Tote vor. Kurz darauf wird die ''Enterprise'' wieder von dem Sturm angegriffen. Romaine glaubt, dass sie eine Verbindung zu dem Energiesturm hat, aber Scott glaubt noch immer das es sich bei ihr um die Raumkrankheit handelt. Doch schließlich stellt sich heraus, dass die Zetarianer sie übernommen haben. Romaine warnt Kirk und Scott, dass sie den Tod von Scott voraussieht. Um die ''Enterprise'' und Romain vor den Zetrianern zu retten, muss Romaine in die Druckkammer. Doch durch die Zetarianer ist sie zu einer tödlichen Gefahr geworden. Scott riskiert sein Leben und bringt diese in die Druckkammer. Durch die Druckkammer sterben die Zeterianer die von Romaine Besitz ergriffen haben. Scott kann kurz darauf sie wieder glücklich in seine Arme schließen. ({{TOS|Strahlen greifen an}})